ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53953

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 B 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C6 B 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C5' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O2 B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
N1 B 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5' B 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
N4 B 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C4' B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP1 A 0, 0.000, 0.109, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C3' B 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C1' B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
P A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O5' B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2' B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
OP2 A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
OP2 B 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
P B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O3' B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP1 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02
N6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
C2 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05
C2' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C4 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02
C6 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.03
C8 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
N1 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05
N3 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03
N6 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.04 0.08 0.03 0.04 0.03 0.04
N7 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
N9 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O2' 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
O3' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
O5' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04
OP1 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03
P 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
N4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
O2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00