ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N4 B 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N3 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2 B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4 B 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O2 B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N6 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N1 B 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C6 B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C5 B 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O4' B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C1' B 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C4' B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C2' B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C5' B 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C3' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O5' B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
P B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O2' A 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O5' A 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
P A 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.000, 0.483, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.483 std_dev=0.483
OP1 A 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.08 0.08 0.05 0.09 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C5' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.07 0.08 0.04
C8 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.03 0.02
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03
N6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.10 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03
O5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.17 0.06 0.07
C2 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.08 0.10 0.05
C2' 0.11 0.09 0.12 0.12 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.12 0.12 0.11 0.07 0.26 0.11 0.15
C3' 0.11 0.10 0.13 0.13 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.06 0.11 0.13 0.13 0.11 0.09 0.30 0.12 0.18
C4 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.13 0.10 0.07
C4' 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.06 0.11 0.05 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.07 0.04 0.27 0.09 0.14
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.08 0.05
C5' 0.09 0.13 0.13 0.10 0.14 0.07 0.12 0.06 0.10 0.11 0.15 0.15 0.13 0.14 0.09 0.07 0.06 0.32 0.10 0.16
C6 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.07 0.03
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.06 0.05
N1 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.07 0.08 0.03
N3 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.11 0.11 0.07
N6 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.05 0.03
N9 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.15 0.08 0.07
O2' 0.12 0.05 0.13 0.15 0.01 0.15 0.04 0.15 0.06 0.08 0.00 0.03 0.07 0.11 0.15 0.14 0.10 0.23 0.12 0.17
O3' 0.11 0.08 0.11 0.12 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.11 0.12 0.11 0.08 0.24 0.11 0.16
O4' 0.05 0.08 0.06 0.04 0.12 0.02 0.11 0.00 0.08 0.07 0.11 0.13 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.20 0.05 0.08
O5' 0.08 0.10 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.06 0.07 0.34 0.10 0.18
OP1 0.06 0.05 0.11 0.12 0.01 0.09 0.02 0.10 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.11 0.10 0.06 0.11 0.39 0.16 0.24
OP2 0.05 0.07 0.09 0.08 0.05 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.10 0.07 0.04 0.08 0.35 0.14 0.20
P 0.09 0.09 0.13 0.13 0.06 0.10 0.05 0.11 0.05 0.07 0.09 0.04 0.12 0.13 0.11 0.08 0.11 0.38 0.16 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.03
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.02
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
O5' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.03 0.08 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.06 0.06 0.10 0.11 0.09 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00