ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53955

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N4 B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C5' B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C4' B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O5' B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O2 B 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C2' B 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
P B 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
OP2 B 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
OP1 B 0, 0.000, 0.570, 1.140, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.570 std_dev=0.570
O2' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C4' A 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
O4' A 0, 0.000, 0.866, 1.731, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.866 std_dev=0.866
C2' A 0, 0.000, 0.894, 1.789, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.894 std_dev=0.894
C3' A 0, 0.000, 1.366, 2.732, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.366 std_dev=1.366
O2' A 0, 0.000, 1.468, 2.935, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.468 std_dev=1.468
C5' A 0, 0.000, 1.687, 3.373, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.687 std_dev=1.687
O3' A 0, 0.000, 2.101, 4.202, 4.202 max_d=4.202 avg_d=2.101 std_dev=2.101
O5' A 0, 0.000, 2.703, 5.407, 5.407 max_d=5.407 avg_d=2.703 std_dev=2.703
OP2 A 0, 0.000, 3.498, 6.996, 6.996 max_d=6.996 avg_d=3.498 std_dev=3.498
P A 0, 0.000, 3.699, 7.398, 7.398 max_d=7.398 avg_d=3.699 std_dev=3.699
OP1 A 0, 0.000, 4.496, 8.993, 8.993 max_d=8.993 avg_d=4.496 std_dev=4.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.01 0.11 0.41 0.70 0.35
C2 0.03 0.00 0.20 0.54 0.00 0.28 0.01 0.56 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.21 0.15 1.04 0.70 0.61 0.84
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08 0.18 0.19 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.30 0.55 0.68 0.47
C3' 0.01 0.54 0.00 0.00 0.36 0.00 0.31 0.01 0.41 0.03 0.51 0.49 0.38 0.15 0.15 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.24 0.10
C4 0.02 0.00 0.12 0.36 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.06 0.43 0.08 0.24 0.09
C4' 0.02 0.28 0.03 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.15 0.06 0.23 0.26 0.12 0.01 0.03 0.24 0.01 0.00 0.04 0.04 0.44 0.12
C5 0.01 0.01 0.07 0.31 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 0.00 0.28 0.36 0.39 0.10
C5' 0.05 0.56 0.08 0.01 0.24 0.01 0.14 0.00 0.27 0.16 0.45 0.50 0.21 0.07 0.01 0.16 0.15 0.02 0.01 0.25 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.41 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.14 0.04 0.53 0.08 0.06 0.18
C8 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.12 0.11 0.28 0.96 0.96 0.67
N1 0.02 0.00 0.18 0.51 0.00 0.23 0.00 0.45 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.21 0.10 0.86 0.41 0.40 0.61
N3 0.03 0.00 0.19 0.49 0.00 0.26 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.17 0.90 0.52 0.32 0.64
N6 0.01 0.01 0.09 0.38 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.15 0.01 0.43 0.25 0.16 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.03 0.08 0.11 0.87 0.81 0.54
N9 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.09 0.02 0.01 0.51 0.67 0.33
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.16 0.24 0.23 0.16 0.22 0.27 0.16 0.08 0.26 0.29 0.17 0.00 0.07 0.12 0.15 0.36 0.58 0.29
O3' 0.23 0.21 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.15 0.14 0.12 0.21 0.14 0.15 0.03 0.09 0.07 0.00 0.10 0.16 0.39 0.02 0.19
O4' 0.01 0.15 0.03 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.10 0.17 0.01 0.08 0.02 0.12 0.10 0.00 0.05 0.27 0.70 0.29
O5' 0.11 1.04 0.30 0.06 0.43 0.04 0.28 0.01 0.53 0.28 0.86 0.90 0.43 0.11 0.01 0.15 0.16 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00
OP1 0.41 0.70 0.55 0.06 0.08 0.04 0.36 0.25 0.08 0.96 0.41 0.52 0.25 0.87 0.51 0.36 0.39 0.27 0.04 0.00 0.03 0.00
OP2 0.70 0.61 0.68 0.24 0.24 0.44 0.39 0.26 0.06 0.96 0.40 0.32 0.16 0.81 0.67 0.58 0.02 0.70 0.00 0.03 0.00 0.00
P 0.35 0.84 0.47 0.10 0.09 0.12 0.10 0.01 0.18 0.67 0.61 0.64 0.05 0.54 0.33 0.29 0.19 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.15 0.21 0.07 0.01 0.14 0.03 0.04 0.04 0.13 0.07 0.05 0.27 0.38 0.05 0.18 0.12 0.15 0.20 0.16
C2 0.21 0.22 0.26 0.13 0.05 0.10 0.00 0.04 0.08 0.18 0.16 0.02 0.27 0.31 0.11 0.15 0.20 0.29 0.32 0.28
C2' 0.28 0.30 0.18 0.06 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.19 0.20 0.00 0.51 0.42 0.16 0.21 0.25 0.37 0.40 0.32
C3' 0.12 0.10 0.03 0.28 0.23 0.12 0.34 0.31 0.24 0.03 0.03 0.29 0.37 0.39 0.37 0.03 0.54 0.68 0.73 0.64
C4 0.20 0.20 0.23 0.09 0.01 0.10 0.04 0.02 0.03 0.14 0.11 0.06 0.30 0.34 0.07 0.15 0.18 0.25 0.29 0.25
C4' 0.19 0.17 0.22 0.38 0.31 0.29 0.38 0.38 0.36 0.25 0.21 0.31 0.03 0.02 0.39 0.23 0.56 0.58 0.59 0.58
C5 0.18 0.19 0.22 0.09 0.00 0.09 0.03 0.04 0.03 0.13 0.12 0.06 0.28 0.31 0.08 0.13 0.19 0.27 0.32 0.27
C5' 0.79 0.59 0.83 1.05 0.70 0.99 0.85 1.08 0.90 0.78 0.57 0.64 0.42 0.60 1.10 0.90 1.22 1.24 1.16 1.22
C6 0.18 0.20 0.22 0.11 0.04 0.08 0.00 0.05 0.06 0.14 0.16 0.03 0.26 0.29 0.10 0.13 0.19 0.29 0.34 0.29
C8 0.17 0.14 0.18 0.06 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.10 0.06 0.08 0.25 0.32 0.05 0.13 0.17 0.23 0.29 0.24
N1 0.19 0.21 0.24 0.12 0.06 0.08 0.02 0.05 0.07 0.16 0.17 0.01 0.25 0.28 0.11 0.13 0.20 0.30 0.34 0.29
N3 0.23 0.21 0.27 0.11 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.17 0.13 0.04 0.29 0.34 0.09 0.16 0.19 0.25 0.28 0.25
N6 0.16 0.18 0.21 0.11 0.04 0.07 0.01 0.06 0.05 0.13 0.15 0.01 0.23 0.28 0.10 0.11 0.19 0.30 0.35 0.29
N7 0.17 0.15 0.19 0.07 0.03 0.08 0.05 0.04 0.02 0.10 0.08 0.08 0.25 0.31 0.07 0.12 0.18 0.26 0.32 0.26
N9 0.19 0.16 0.20 0.06 0.03 0.10 0.05 0.01 0.01 0.11 0.07 0.07 0.27 0.34 0.05 0.15 0.17 0.22 0.27 0.22
O2' 0.57 0.69 0.35 0.10 0.48 0.29 0.38 0.17 0.41 0.55 0.63 0.46 0.89 0.51 0.09 0.50 0.06 0.08 0.05 0.01
O3' 0.76 0.70 0.58 0.19 0.30 0.43 0.20 0.20 0.32 0.58 0.53 0.20 0.99 0.97 0.02 0.66 0.02 0.25 0.28 0.15
O4' 0.36 0.36 0.33 0.39 0.40 0.36 0.44 0.41 0.44 0.41 0.36 0.37 0.28 0.15 0.31 0.37 0.56 0.52 0.54 0.56
O5' 1.22 0.90 1.24 1.65 1.10 1.59 1.37 1.79 1.43 1.22 0.87 1.01 0.62 0.89 1.71 1.43 1.96 2.04 1.92 2.00
OP1 1.49 0.78 1.52 2.10 0.85 2.26 1.29 2.55 1.50 1.27 0.60 0.66 0.50 1.38 2.42 1.91 2.52 2.85 2.31 2.59
OP2 1.21 0.68 1.06 1.66 0.89 1.84 1.31 2.23 1.44 1.13 0.60 0.76 0.37 0.78 1.67 1.61 2.39 2.63 2.29 2.48
P 1.54 0.98 1.51 2.07 1.10 2.16 1.48 2.41 1.64 1.41 0.86 0.94 0.69 1.25 2.25 1.90 2.47 2.63 2.28 2.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.02 0.06 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.10 0.15 0.18 0.16
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.15 0.17 0.16
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.06 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.09 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.08
N3 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.12 0.15 0.13
N4 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.13 0.20 0.24 0.20
O2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.08
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.08 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03
O5' 0.00 0.06 0.04 0.07 0.10 0.01 0.11 0.00 0.08 0.05 0.08 0.13 0.04 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.08 0.02 0.02 0.15 0.02 0.15 0.02 0.10 0.06 0.12 0.20 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.10 0.01 0.03 0.18 0.05 0.17 0.04 0.09 0.06 0.15 0.24 0.08 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.03 0.16 0.00 0.16 0.01 0.12 0.08 0.13 0.20 0.08 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00