ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C2 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C1' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N9 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N3 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
N6 A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.000, 0.116, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP2 A 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N4 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
P A 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
OP1 A 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
P B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
N1 B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O2' A 0, 0.000, 0.404, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C5' A 0, 0.000, 0.405, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.000, 0.421, 0.842, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.421 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
OP2 B 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C2 B 0, 0.000, 0.478, 0.956, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
OP1 B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C2' B 0, 0.000, 0.544, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O3' B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O2 B 0, 0.000, 0.691, 1.383, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.691 std_dev=0.691
O2' B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04
C2 0.07 0.00 0.13 0.10 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.18 0.12 0.03 0.05 0.03 0.09 0.06
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.08 0.14 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.12 0.05 0.06
C3' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.05 0.12 0.08 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.09 0.09
C4 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.04 0.02 0.10 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01
C5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.04 0.03 0.15 0.12 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01
C8 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.10 0.04
N1 0.05 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
N3 0.08 0.00 0.14 0.12 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.14 0.04 0.07 0.05 0.11 0.08
N6 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.08 0.05 0.11 0.11 0.05 0.09
N7 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.06
O2' 0.03 0.18 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.13 0.18 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.05 0.17 0.08 0.08
O3' 0.00 0.12 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.14 0.08 0.10 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.22 0.19 0.18
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.12 0.09
O5' 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.05 0.05 0.05 0.12 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.02 0.03 0.12 0.13 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.02 0.17 0.22 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.05 0.09 0.10 0.01 0.06 0.01 0.03 0.10 0.05 0.11 0.05 0.05 0.11 0.08 0.19 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.09 0.01 0.06 0.08 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.19 0.14 0.11 0.11 0.14 0.07 0.13 0.12 0.07 0.13 0.03 0.23 0.17 0.11 0.04 0.04 0.10 0.03
C2 0.11 0.11 0.22 0.22 0.01 0.18 0.13 0.17 0.14 0.06 0.15 0.00 0.21 0.24 0.29 0.12 0.14 0.12 0.05 0.11
C2' 0.13 0.10 0.19 0.14 0.14 0.12 0.16 0.09 0.15 0.13 0.10 0.17 0.07 0.21 0.17 0.12 0.07 0.01 0.08 0.00
C3' 0.09 0.06 0.15 0.10 0.08 0.07 0.10 0.04 0.10 0.09 0.06 0.09 0.04 0.17 0.13 0.07 0.03 0.06 0.12 0.05
C4 0.09 0.02 0.17 0.14 0.04 0.11 0.12 0.08 0.11 0.07 0.05 0.05 0.08 0.20 0.19 0.09 0.06 0.00 0.06 0.00
C4' 0.11 0.07 0.17 0.12 0.08 0.08 0.11 0.05 0.11 0.10 0.06 0.10 0.05 0.20 0.15 0.08 0.03 0.07 0.12 0.05
C5 0.04 0.08 0.10 0.08 0.00 0.06 0.10 0.05 0.08 0.02 0.10 0.04 0.14 0.12 0.11 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00
C5' 0.10 0.07 0.17 0.12 0.07 0.08 0.10 0.04 0.10 0.10 0.06 0.07 0.05 0.19 0.15 0.08 0.03 0.08 0.11 0.05
C6 0.00 0.16 0.06 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08 0.07 0.02 0.17 0.00 0.24 0.07 0.11 0.04 0.08 0.07 0.06 0.07
C8 0.08 0.02 0.13 0.08 0.06 0.06 0.10 0.03 0.09 0.07 0.00 0.09 0.02 0.15 0.11 0.07 0.01 0.08 0.11 0.05
N1 0.03 0.19 0.13 0.16 0.05 0.13 0.10 0.14 0.10 0.01 0.21 0.02 0.29 0.13 0.22 0.08 0.13 0.13 0.09 0.12
N3 0.14 0.02 0.24 0.22 0.04 0.17 0.14 0.15 0.15 0.10 0.07 0.03 0.09 0.27 0.28 0.13 0.12 0.07 0.01 0.06
N6 0.09 0.21 0.07 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.20 0.00 0.29 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.13 0.09
N7 0.03 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.09 0.07 0.04 0.00 0.07 0.08 0.04
N9 0.10 0.03 0.17 0.12 0.07 0.09 0.12 0.06 0.11 0.09 0.01 0.09 0.02 0.20 0.16 0.09 0.03 0.05 0.10 0.03
O2' 0.16 0.14 0.20 0.15 0.17 0.14 0.18 0.11 0.17 0.16 0.15 0.20 0.11 0.23 0.17 0.15 0.09 0.01 0.07 0.01
O3' 0.08 0.08 0.13 0.09 0.07 0.06 0.09 0.04 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.15 0.11 0.06 0.03 0.06 0.13 0.05
O4' 0.11 0.06 0.18 0.12 0.08 0.09 0.11 0.05 0.11 0.10 0.05 0.10 0.03 0.22 0.16 0.09 0.02 0.08 0.13 0.06
O5' 0.08 0.05 0.12 0.07 0.05 0.05 0.08 0.01 0.08 0.07 0.04 0.06 0.04 0.14 0.09 0.06 0.00 0.11 0.14 0.07
OP1 0.09 0.10 0.12 0.04 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.09 0.07 0.10 0.14 0.06 0.05 0.04 0.19 0.20 0.13
OP2 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.19 0.18 0.13
P 0.06 0.05 0.09 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.11 0.04 0.04 0.03 0.16 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.08 0.16 0.10
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C4 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.07 0.14 0.23 0.15
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02 0.08 0.15 0.22 0.16
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.10 0.16 0.12
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.13 0.08
N3 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.12 0.22 0.13
N4 0.03 0.04 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.10 0.04 0.01 0.08 0.16 0.26 0.17
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.15 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03
O5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.00 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.10 0.07 0.12 0.16 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.07 0.16 0.01 0.00 0.23 0.01 0.22 0.01 0.16 0.13 0.22 0.26 0.15 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02
P 0.04 0.10 0.01 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.12 0.08 0.13 0.17 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00