ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53958

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
N1 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
N4 B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O5' A 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
P A 0, 0.000, 0.508, 1.015, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.508 std_dev=0.508
O2 B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
C1' B 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
OP2 A 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O4' B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP1 A 0, 0.000, 0.656, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.656 std_dev=0.656
C2' B 0, 0.000, 0.730, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.730 std_dev=0.730
O5' B 0, 0.000, 0.785, 1.570, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.785 std_dev=0.785
C3' B 0, 0.000, 0.807, 1.614, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.807 std_dev=0.807
C4' B 0, 0.000, 0.809, 1.617, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.809 std_dev=0.809
OP2 B 0, 0.000, 0.811, 1.623, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.811 std_dev=0.811
C5' B 0, 0.000, 0.845, 1.689, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.845 std_dev=0.845
P B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850
O2' B 0, 0.000, 0.902, 1.805, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.902 std_dev=0.902
O3' B 0, 0.000, 0.925, 1.850, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.925 std_dev=0.925
OP1 B 0, 0.000, 1.020, 2.040, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.020 std_dev=1.020

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.20 0.07 0.13
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.19 0.16 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.02 0.11
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.16 0.07 0.07
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.07 0.02 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.02 0.02
C5' 0.03 0.08 0.00 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.13 0.11 0.06 0.16 0.16 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.05 0.01
C8 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.10 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.11 0.05
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.22 0.15 0.13
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.05 0.01 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.17 0.07 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.16 0.04 0.08
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.23 0.06 0.17
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.19 0.09 0.15
O5' 0.03 0.12 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.17 0.14 0.15 0.10 0.19 0.17 0.10 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.20 0.19 0.17 0.11 0.16 0.10 0.10 0.02 0.09 0.10 0.12 0.22 0.05 0.07 0.16 0.23 0.09 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.16 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.11 0.15 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.03 0.01 0.08 0.17 0.06 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.14 0.24 0.21 0.08 0.19 0.04 0.17 0.06 0.14 0.02 0.23 0.23 0.27 0.23 0.18 0.17 0.21 0.17 0.17
C2 0.11 0.02 0.13 0.17 0.06 0.14 0.04 0.17 0.10 0.07 0.10 0.13 0.04 0.09 0.19 0.11 0.21 0.30 0.29 0.26
C2' 0.22 0.16 0.23 0.19 0.06 0.18 0.05 0.15 0.05 0.14 0.05 0.20 0.27 0.27 0.21 0.18 0.14 0.18 0.14 0.13
C3' 0.19 0.12 0.20 0.17 0.06 0.16 0.04 0.14 0.05 0.12 0.03 0.18 0.21 0.23 0.19 0.15 0.13 0.19 0.15 0.14
C4 0.13 0.07 0.13 0.12 0.08 0.11 0.03 0.11 0.04 0.08 0.02 0.18 0.12 0.14 0.15 0.10 0.13 0.20 0.18 0.16
C4' 0.21 0.10 0.25 0.23 0.07 0.21 0.01 0.20 0.08 0.13 0.02 0.20 0.16 0.27 0.27 0.18 0.20 0.28 0.23 0.22
C5 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.09 0.04 0.05 0.02 0.05 0.13 0.13 0.09
C5' 0.23 0.11 0.27 0.28 0.01 0.25 0.08 0.26 0.16 0.17 0.02 0.09 0.13 0.26 0.32 0.21 0.28 0.39 0.34 0.32
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.14 0.16 0.10
C8 0.10 0.11 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.06 0.05 0.16 0.18 0.11 0.08 0.06 0.04 0.09 0.07 0.05
N1 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.00 0.08 0.05 0.08 0.04 0.06 0.01 0.14 0.24 0.26 0.20
N3 0.16 0.05 0.19 0.20 0.08 0.17 0.00 0.18 0.09 0.11 0.07 0.19 0.08 0.19 0.22 0.14 0.21 0.28 0.26 0.23
N6 0.10 0.04 0.15 0.15 0.02 0.13 0.02 0.10 0.06 0.07 0.01 0.08 0.04 0.16 0.13 0.12 0.06 0.05 0.09 0.02
N7 0.05 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.03 0.05 0.10 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02
N9 0.15 0.11 0.16 0.13 0.07 0.12 0.05 0.11 0.03 0.10 0.02 0.20 0.19 0.18 0.16 0.12 0.12 0.17 0.14 0.13
O2' 0.26 0.18 0.28 0.23 0.07 0.22 0.05 0.19 0.06 0.17 0.06 0.22 0.31 0.34 0.26 0.22 0.17 0.20 0.15 0.15
O3' 0.19 0.13 0.21 0.17 0.07 0.16 0.05 0.14 0.04 0.12 0.03 0.19 0.22 0.25 0.20 0.16 0.12 0.17 0.13 0.12
O4' 0.21 0.09 0.24 0.23 0.09 0.21 0.02 0.20 0.08 0.13 0.03 0.22 0.16 0.27 0.26 0.18 0.20 0.27 0.22 0.21
O5' 0.25 0.10 0.32 0.35 0.02 0.31 0.12 0.33 0.20 0.19 0.00 0.09 0.09 0.30 0.40 0.25 0.36 0.48 0.43 0.40
OP1 0.09 0.30 0.02 0.10 0.29 0.04 0.15 0.08 0.08 0.15 0.38 0.36 0.36 0.02 0.19 0.06 0.14 0.31 0.24 0.20
OP2 0.10 0.20 0.07 0.01 0.18 0.04 0.09 0.00 0.06 0.12 0.24 0.22 0.24 0.12 0.03 0.09 0.06 0.22 0.19 0.14
P 0.00 0.16 0.06 0.12 0.18 0.08 0.06 0.12 0.00 0.05 0.23 0.24 0.20 0.02 0.19 0.01 0.17 0.32 0.28 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.19 0.25 0.18
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.13 0.19 0.24 0.18
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.15 0.17 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.14 0.10
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.12 0.16 0.22 0.16
N4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.14 0.22 0.28 0.20
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.08 0.15 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.13 0.01 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.11 0.05 0.05 0.19 0.00 0.19 0.03 0.15 0.10 0.16 0.22 0.08 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.17 0.06 0.04 0.25 0.02 0.24 0.01 0.17 0.14 0.22 0.28 0.15 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.04 0.04 0.18 0.01 0.18 0.01 0.13 0.10 0.16 0.20 0.09 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00