ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53963

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.022, 0.091, 0.161, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.091 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.049, 0.120, 0.192, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.120 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.022, 0.094, 0.166, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.094 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.057, 0.155, 0.253, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.155 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.075, 0.200, 0.324, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.200 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.045, 0.192, 0.339, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.192 std_dev=0.147
C5' A 0, 0.120, 0.311, 0.502, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.311 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.096, 0.309, 0.521, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.309 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.152, 0.369, 0.585, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.369 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.124, 0.361, 0.599, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.361 std_dev=0.238
P B 0, 0.133, 0.376, 0.618, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.376 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.109, 0.367, 0.625, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.367 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.137, 0.440, 0.743, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.440 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.155, 0.462, 0.768, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.462 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.218, 0.528, 0.838, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.528 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.238, 0.572, 0.906, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.572 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.145, 0.491, 0.836, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.491 std_dev=0.345
P A 0, 0.232, 0.580, 0.929, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.580 std_dev=0.349
C5' B 0, 0.184, 0.536, 0.889, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.536 std_dev=0.353
C1' B 0, 0.213, 0.587, 0.961, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.587 std_dev=0.374
C5 B 0, 0.280, 0.658, 1.036, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.658 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.199, 0.580, 0.962, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.580 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.258, 0.643, 1.028, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.643 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.227, 0.618, 1.008, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.618 std_dev=0.390
O3' B 0, 0.173, 0.578, 0.983, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.578 std_dev=0.405
C4 B 0, 0.373, 0.880, 1.387, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.880 std_dev=0.507
C2 B 0, 0.359, 0.871, 1.383, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.871 std_dev=0.512
N3 B 0, 0.403, 0.960, 1.518, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.960 std_dev=0.557
OP2 A 0, 0.420, 1.002, 1.585, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.002 std_dev=0.582
O2 B 0, 0.413, 1.006, 1.599, 1.567 max_d=1.567 avg_d=1.006 std_dev=0.593
O4 B 0, 0.445, 1.056, 1.668, 1.523 max_d=1.523 avg_d=1.056 std_dev=0.612

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.18 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.10 0.22 0.21 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.05 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.25 0.28 0.18
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.24 0.25 0.16
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.23 0.20 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.21 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.10 0.24 0.26 0.18
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.26 0.31 0.19
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.13 0.21 0.20 0.16
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.19 0.03 0.04
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.17 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.05 0.15 0.07 0.07
O5' 0.05 0.10 0.04 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.05 0.06 0.10 0.08 0.13 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.22 0.19 0.11 0.25 0.08 0.24 0.08 0.23 0.21 0.24 0.26 0.21 0.19 0.05 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.21 0.05 0.07 0.28 0.05 0.25 0.01 0.20 0.17 0.26 0.31 0.20 0.03 0.17 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.06 0.03 0.18 0.02 0.16 0.01 0.13 0.12 0.18 0.19 0.16 0.04 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.07 0.07 0.16 0.04 0.15 0.05 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09 0.07 0.18 0.07 0.05 0.08 0.09 0.08
C2 0.07 0.11 0.07 0.06 0.11 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.12 0.12 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09
C2' 0.06 0.07 0.09 0.11 0.13 0.07 0.12 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.11 0.15 0.05 0.08 0.10 0.11 0.11
C3' 0.07 0.12 0.05 0.05 0.18 0.04 0.17 0.05 0.13 0.11 0.16 0.11 0.08 0.06 0.21 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08
C4 0.04 0.06 0.07 0.05 0.13 0.07 0.13 0.10 0.09 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.16 0.06 0.09 0.10 0.12 0.11
C4' 0.12 0.18 0.08 0.05 0.23 0.07 0.22 0.06 0.17 0.16 0.21 0.17 0.10 0.05 0.25 0.11 0.06 0.07 0.07 0.06
C5 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.03 0.12 0.06 0.11 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.13 0.05 0.06 0.08 0.11 0.09
C5' 0.14 0.19 0.10 0.07 0.23 0.10 0.22 0.10 0.19 0.18 0.21 0.18 0.11 0.05 0.24 0.14 0.10 0.09 0.06 0.06
C6 0.07 0.05 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.09 0.06 0.05 0.04 0.10 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07
N1 0.05 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07
N3 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.07 0.11 0.05 0.05 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10
N4 0.07 0.14 0.09 0.08 0.25 0.10 0.22 0.13 0.14 0.11 0.21 0.12 0.12 0.09 0.29 0.08 0.11 0.12 0.13 0.14
O2 0.10 0.17 0.08 0.08 0.18 0.10 0.13 0.10 0.11 0.13 0.19 0.18 0.10 0.09 0.19 0.12 0.09 0.10 0.10 0.09
O2' 0.09 0.04 0.14 0.16 0.09 0.13 0.10 0.16 0.08 0.06 0.07 0.04 0.13 0.16 0.13 0.09 0.16 0.15 0.14 0.17
O3' 0.08 0.14 0.06 0.05 0.21 0.04 0.19 0.05 0.14 0.12 0.18 0.13 0.08 0.06 0.25 0.07 0.05 0.08 0.09 0.09
O4' 0.11 0.17 0.08 0.06 0.22 0.07 0.20 0.06 0.16 0.15 0.20 0.16 0.09 0.07 0.23 0.11 0.05 0.06 0.08 0.05
O5' 0.11 0.16 0.09 0.06 0.18 0.07 0.17 0.05 0.14 0.14 0.18 0.15 0.11 0.07 0.20 0.10 0.05 0.05 0.09 0.04
OP1 0.13 0.07 0.16 0.19 0.05 0.18 0.07 0.20 0.09 0.10 0.05 0.08 0.14 0.20 0.06 0.15 0.20 0.25 0.33 0.28
OP2 0.25 0.17 0.29 0.31 0.09 0.28 0.12 0.26 0.18 0.20 0.12 0.19 0.30 0.35 0.07 0.25 0.25 0.28 0.31 0.28
P 0.10 0.04 0.14 0.16 0.05 0.14 0.04 0.13 0.05 0.06 0.04 0.06 0.14 0.19 0.09 0.11 0.13 0.17 0.22 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.09 0.07 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.12 0.13 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.13 0.09
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.08 0.07 0.06
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.13 0.16 0.10
O3' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.15 0.14 0.09
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.09 0.12 0.14 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.10 0.13 0.15 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.13 0.13 0.07 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.16 0.14 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.09 0.09 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.10 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00