ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53965

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.017
OP2 B 0, 0.203, 0.483, 0.762, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.483 std_dev=0.280
P B 0, 0.196, 0.477, 0.759, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.477 std_dev=0.282
O4' A 0, 0.242, 0.578, 0.913, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.578 std_dev=0.336
C2' A 0, 0.266, 0.641, 1.017, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.641 std_dev=0.376
C4' A 0, 0.414, 0.986, 1.559, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.986 std_dev=0.572
OP1 B 0, 0.420, 1.013, 1.606, 1.506 max_d=1.506 avg_d=1.013 std_dev=0.593
C3' A 0, 0.466, 1.102, 1.738, 1.481 max_d=1.481 avg_d=1.102 std_dev=0.636
C5' A 0, 0.452, 1.136, 1.820, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.136 std_dev=0.684
O2' A 0, 0.540, 1.283, 2.026, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.283 std_dev=0.743
O3' A 0, 0.759, 1.818, 2.876, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.818 std_dev=1.058
O5' B 0, 0.886, 2.097, 3.307, 2.826 max_d=2.826 avg_d=2.097 std_dev=1.211
OP1 A 0, 1.200, 2.992, 4.784, 4.769 max_d=4.769 avg_d=2.992 std_dev=1.792
O5' A 0, 1.287, 3.080, 4.873, 4.482 max_d=4.482 avg_d=3.080 std_dev=1.793
C5' B 0, 1.437, 3.404, 5.371, 4.669 max_d=4.669 avg_d=3.404 std_dev=1.967
P A 0, 1.457, 3.575, 5.693, 5.540 max_d=5.540 avg_d=3.575 std_dev=2.118
C5 B 0, 1.590, 3.918, 6.247, 6.124 max_d=6.124 avg_d=3.918 std_dev=2.328
C6 B 0, 1.681, 4.092, 6.502, 6.237 max_d=6.237 avg_d=4.092 std_dev=2.410
C4' B 0, 1.998, 4.739, 7.481, 6.586 max_d=6.586 avg_d=4.739 std_dev=2.741
C3' B 0, 2.111, 5.023, 7.934, 7.121 max_d=7.121 avg_d=5.023 std_dev=2.912
O4' B 0, 2.302, 5.468, 8.635, 7.687 max_d=7.687 avg_d=5.468 std_dev=3.166
C2' B 0, 2.308, 5.509, 8.709, 7.929 max_d=7.929 avg_d=5.509 std_dev=3.201
C4 B 0, 2.277, 5.523, 8.769, 8.355 max_d=8.355 avg_d=5.523 std_dev=3.246
O4 B 0, 2.277, 5.552, 8.828, 8.504 max_d=8.504 avg_d=5.552 std_dev=3.276
N1 B 0, 2.409, 5.773, 9.136, 8.441 max_d=8.441 avg_d=5.773 std_dev=3.364
OP2 A 0, 2.406, 5.771, 9.136, 8.463 max_d=8.463 avg_d=5.771 std_dev=3.365
C1' B 0, 2.489, 5.936, 9.384, 8.519 max_d=8.519 avg_d=5.936 std_dev=3.447
O2' B 0, 2.486, 5.952, 9.417, 8.670 max_d=8.670 avg_d=5.952 std_dev=3.466
O3' B 0, 2.639, 6.266, 9.893, 8.771 max_d=8.771 avg_d=6.266 std_dev=3.627
N3 B 0, 2.991, 7.171, 11.352, 10.507 max_d=10.507 avg_d=7.171 std_dev=4.181
C2 B 0, 3.095, 7.392, 11.689, 10.674 max_d=10.674 avg_d=7.392 std_dev=4.297
O2 B 0, 3.752, 8.932, 14.112, 12.709 max_d=12.709 avg_d=8.932 std_dev=5.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.10 0.09 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.06 0.20 0.14 0.31 0.19
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.07 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.16 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.15 0.09 0.10 0.16 0.03 0.00 0.00 0.01 0.20 0.20 0.29 0.15
C4 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.05 0.01 0.13 0.25 0.17 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.07 0.13 0.00 0.00 0.01 0.14 0.11 0.04
C5 0.00 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.21 0.10 0.04 0.06 0.28 0.02 0.05
C5' 0.05 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.10 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.07 0.05 0.05 0.24 0.02 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.12 0.15 0.17 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.05 0.19 0.20 0.30 0.19
N4 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.06 0.02 0.14 0.29 0.18 0.12
O2 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.23 0.10 0.26 0.12 0.43 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.17 0.13 0.21 0.05 0.19 0.10 0.10 0.18 0.06 0.00 0.01 0.08 0.19 0.32 0.33 0.20
O3' 0.15 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.06 0.23 0.01 0.00 0.10 0.37 0.46 0.57 0.39
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.10 0.08 0.10 0.00 0.18 0.02 0.25 0.15
O5' 0.10 0.20 0.05 0.20 0.13 0.01 0.06 0.00 0.05 0.12 0.19 0.14 0.26 0.19 0.37 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.14 0.19 0.20 0.25 0.14 0.28 0.09 0.24 0.15 0.20 0.29 0.12 0.32 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.31 0.16 0.29 0.17 0.11 0.02 0.04 0.02 0.17 0.30 0.18 0.43 0.33 0.57 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.04 0.15 0.11 0.04 0.05 0.01 0.04 0.09 0.19 0.12 0.27 0.20 0.39 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.37 0.30 0.54 0.34 0.38 0.30 0.34 0.31 0.34 0.37 0.39 0.31 0.77 0.32 0.31 0.32 0.11 0.04 0.05
C2 0.50 0.64 0.42 0.25 0.52 0.31 0.38 0.28 0.39 0.52 0.64 0.70 0.49 0.38 0.51 0.49 0.38 0.08 0.15 0.03
C2' 0.23 0.26 0.23 0.45 0.24 0.25 0.20 0.18 0.20 0.24 0.27 0.29 0.25 0.76 0.23 0.21 0.25 0.29 0.16 0.14
C3' 0.47 0.49 0.50 0.84 0.44 0.64 0.42 0.53 0.43 0.47 0.48 0.51 0.45 1.19 0.42 0.45 0.41 0.24 0.19 0.22
C4 0.84 1.08 0.75 0.36 0.91 0.52 0.71 0.39 0.69 0.90 1.08 1.18 0.78 0.24 0.88 0.80 0.46 0.13 0.26 0.03
C4' 0.66 0.70 0.66 0.98 0.62 0.81 0.59 0.69 0.61 0.67 0.68 0.73 0.58 1.26 0.58 0.65 0.51 0.10 0.20 0.28
C5 0.74 0.89 0.69 0.32 0.70 0.45 0.56 0.36 0.58 0.77 0.85 0.97 0.70 0.22 0.65 0.69 0.45 0.12 0.26 0.03
C5' 0.82 0.83 0.80 1.13 0.68 0.99 0.65 0.87 0.73 0.81 0.78 0.87 0.69 1.38 0.61 0.85 0.65 0.16 0.31 0.40
C6 0.47 0.55 0.45 0.25 0.40 0.29 0.29 0.27 0.34 0.48 0.52 0.61 0.48 0.38 0.35 0.44 0.38 0.07 0.17 0.04
N1 0.39 0.47 0.35 0.33 0.36 0.29 0.26 0.28 0.30 0.40 0.45 0.52 0.40 0.50 0.32 0.38 0.36 0.07 0.12 0.04
N3 0.70 0.92 0.61 0.25 0.79 0.42 0.58 0.34 0.57 0.75 0.93 1.01 0.67 0.22 0.78 0.67 0.42 0.11 0.21 0.02
N4 1.07 1.39 0.94 0.53 1.19 0.69 0.93 0.50 0.89 1.14 1.40 1.53 0.97 0.40 1.18 1.01 0.50 0.17 0.31 0.07
O2 0.42 0.54 0.34 0.30 0.46 0.29 0.33 0.28 0.34 0.45 0.55 0.60 0.42 0.47 0.45 0.43 0.36 0.09 0.13 0.02
O2' 0.18 0.23 0.22 0.46 0.24 0.19 0.20 0.14 0.17 0.20 0.25 0.25 0.22 0.79 0.26 0.17 0.27 0.44 0.29 0.29
O3' 0.63 0.62 0.71 1.05 0.53 0.81 0.49 0.64 0.53 0.60 0.59 0.66 0.69 1.47 0.51 0.59 0.55 0.36 0.31 0.34
O4' 0.50 0.55 0.47 0.77 0.52 0.63 0.50 0.57 0.50 0.53 0.55 0.57 0.41 0.98 0.49 0.50 0.41 0.08 0.09 0.22
O5' 0.74 0.64 0.77 1.17 0.42 1.05 0.42 0.94 0.53 0.64 0.54 0.72 0.69 1.54 0.34 0.81 0.78 0.38 0.44 0.56
OP1 0.93 0.91 0.98 1.16 0.59 1.03 0.50 0.84 0.64 0.84 0.80 1.05 0.88 1.45 0.49 0.93 0.67 0.74 0.61 0.65
OP2 0.97 0.77 1.06 1.36 0.49 1.28 0.55 1.13 0.67 0.80 0.61 0.88 1.07 1.82 0.40 1.04 1.02 0.74 0.63 0.79
P 1.01 0.88 1.07 1.39 0.54 1.27 0.52 1.08 0.68 0.86 0.72 1.00 1.01 1.82 0.41 1.06 0.90 0.54 0.51 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.02 0.01 0.22 0.35 0.25 0.19
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.12 0.27 0.29 0.31 0.19
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.09 0.02 0.08 0.16 0.00 0.02 0.04 0.01 0.28 0.56 0.29 0.32
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.25 0.00 0.28 0.01 0.25 0.15 0.19 0.06 0.01 0.00 0.27 0.01 0.06 0.46 0.05 0.14
C4 0.02 0.02 0.04 0.25 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.14 0.00 0.02 0.15 0.12 0.30 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.22 0.07 0.02 0.15 0.16 0.01 0.12 0.00 0.01 0.24 0.07 0.03
C5 0.03 0.02 0.06 0.28 0.00 0.22 0.00 0.28 0.00 0.02 0.00 0.02 0.27 0.20 0.00 0.10 0.06 0.06 0.30 0.13
C5' 0.02 0.04 0.09 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.27 0.07 0.04 0.17 0.06 0.10 0.17 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.00 0.22 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.15 0.00 0.14 0.07 0.13 0.27 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.20 0.26 0.27 0.14
N3 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.01 0.09 0.23 0.22 0.31 0.15
O2 0.01 0.00 0.16 0.06 0.02 0.15 0.02 0.17 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.17 0.03 0.22 0.33 0.37 0.32 0.25
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.19 0.16 0.27 0.06 0.27 0.11 0.09 0.14 0.00 0.04 0.20 0.12 0.12 0.52 0.22 0.24
O3' 0.16 0.06 0.02 0.00 0.14 0.01 0.20 0.10 0.15 0.02 0.04 0.17 0.04 0.00 0.17 0.10 0.25 0.40 0.40 0.24
O4 0.02 0.02 0.04 0.27 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.17 0.00 0.02 0.14 0.08 0.31 0.12
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.09 0.22 0.12 0.10 0.02 0.00 0.14 0.20 0.20 0.09
O5' 0.22 0.27 0.28 0.06 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.20 0.23 0.33 0.12 0.25 0.14 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.35 0.29 0.56 0.46 0.12 0.24 0.06 0.10 0.13 0.26 0.22 0.37 0.52 0.40 0.08 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.31 0.29 0.05 0.30 0.07 0.30 0.07 0.27 0.27 0.31 0.32 0.22 0.40 0.31 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.19 0.32 0.14 0.11 0.03 0.13 0.01 0.09 0.14 0.15 0.25 0.24 0.24 0.12 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00