ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53972

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 16, 15, 7, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.012, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.020, 0.031, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.022, 0.056, 0.090, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.056 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.039, 0.081, 0.123, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.081 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.046, 0.095, 0.144, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.095 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.043, 0.099, 0.154, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.099 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.102, 0.162, 0.223, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.162 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.070, 0.154, 0.237, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.154 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.075, 0.159, 0.244, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.159 std_dev=0.085
OP2 B 0, 0.135, 0.250, 0.366, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.250 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.109, 0.229, 0.349, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.229 std_dev=0.120
P B 0, 0.168, 0.299, 0.429, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.299 std_dev=0.131
P A 0, 0.176, 0.314, 0.452, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.314 std_dev=0.138
OP1 B 0, 0.209, 0.356, 0.502, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.356 std_dev=0.146
O3' B 0, 0.163, 0.312, 0.461, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.312 std_dev=0.149
OP2 A 0, 0.196, 0.352, 0.508, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.352 std_dev=0.156
C3' B 0, 0.177, 0.335, 0.493, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.335 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.173, 0.336, 0.500, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.336 std_dev=0.163
O5' B 0, 0.178, 0.342, 0.505, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.342 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.234, 0.410, 0.585, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.410 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.180, 0.357, 0.535, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.357 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.224, 0.403, 0.582, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.403 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.298, 0.492, 0.685, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.492 std_dev=0.193
O4' B 0, 0.210, 0.412, 0.614, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.412 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.227, 0.437, 0.646, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.437 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.183, 0.393, 0.603, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.393 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.211, 0.433, 0.654, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.433 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.252, 0.474, 0.696, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.474 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.302, 0.546, 0.790, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.546 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.283, 0.529, 0.775, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.529 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.394, 0.669, 0.943, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.669 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.352, 0.628, 0.904, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.628 std_dev=0.276
O6 B 0, 0.457, 0.743, 1.028, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.743 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.420, 0.722, 1.024, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.722 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.433, 0.737, 1.041, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.737 std_dev=0.304
N2 B 0, 0.507, 0.846, 1.186, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.846 std_dev=0.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.12 0.10 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.11 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.10 0.10 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.13 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.09 0.11 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.13 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.05
O5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.09 0.07 0.04 0.12 0.05 0.12 0.01 0.11 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.04 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.03 0.09 0.04 0.10 0.01 0.08 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.05 0.10 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.12 0.11 0.07 0.07
C2 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.07 0.05 0.08 0.08 0.15 0.15 0.08 0.10
C2' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.12 0.11 0.08 0.08
C3' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.12 0.10 0.08 0.08
C4 0.12 0.15 0.12 0.11 0.14 0.10 0.16 0.10 0.17 0.14 0.16 0.14 0.13 0.16 0.13 0.11 0.09 0.12 0.11 0.19 0.18 0.10 0.12
C4' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.03 0.05 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07
C5 0.12 0.14 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.10 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.18 0.16 0.10 0.12
C5' 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.11 0.07 0.05 0.05 0.06 0.09 0.11 0.08 0.09 0.07
C6 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.15 0.13 0.08 0.09
N1 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.14 0.13 0.07 0.08
N3 0.10 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.15 0.12 0.15 0.13 0.12 0.14 0.11 0.09 0.07 0.10 0.10 0.17 0.17 0.09 0.11
N4 0.14 0.17 0.13 0.12 0.16 0.12 0.18 0.12 0.19 0.16 0.19 0.17 0.16 0.18 0.15 0.13 0.11 0.14 0.13 0.21 0.20 0.11 0.14
O2 0.06 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.13 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.06 0.04 0.07 0.07 0.14 0.14 0.08 0.09
O2' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.12 0.10 0.08 0.07
O3' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.08
O4' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.05 0.03 0.05 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09 0.13 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.01 0.07 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10
OP1 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.03 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.01 0.05 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11
OP2 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.01 0.03 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07
P 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.07 0.00 0.01 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.12 0.08 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.07 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.10 0.08 0.09
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.00 0.12 0.09 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.12 0.09 0.09
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.01 0.13 0.08 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.10 0.07 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.11 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05
O5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.00 0.14 0.11 0.11
OP1 0.05 0.12 0.03 0.03 0.09 0.03 0.10 0.04 0.12 0.08 0.12 0.13 0.10 0.10 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.11 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.04 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00