ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53973

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 7, 7, 1, 4, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.030, 0.049, 0.067, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.049 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.030, 0.059, 0.087, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.059 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.073, 0.138, 0.203, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.138 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.058, 0.128, 0.197, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.128 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.176, 0.321, 0.467, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.321 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.079, 0.229, 0.378, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.229 std_dev=0.149
P B 0, 0.128, 0.295, 0.462, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.295 std_dev=0.167
OP2 B 0, 0.087, 0.304, 0.521, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.304 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.209, 0.476, 0.743, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.476 std_dev=0.267
O2' A 0, -0.058, 0.244, 0.546, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.244 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.050, 0.432, 0.814, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.432 std_dev=0.382
C3' A 0, -0.083, 0.307, 0.697, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.307 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.052, 0.470, 0.889, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.470 std_dev=0.418
OP1 A 0, -0.104, 0.569, 1.241, 2.432 max_d=2.432 avg_d=0.569 std_dev=0.672
O3' A 0, -0.282, 0.517, 1.315, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.517 std_dev=0.799
P A 0, -0.288, 0.554, 1.396, 3.416 max_d=3.416 avg_d=0.554 std_dev=0.842
C5' B 0, -0.246, 0.705, 1.657, 4.386 max_d=4.386 avg_d=0.705 std_dev=0.952
C4' B 0, -0.581, 0.896, 2.373, 5.760 max_d=5.760 avg_d=0.896 std_dev=1.477
OP2 A 0, -0.634, 0.879, 2.391, 5.733 max_d=5.733 avg_d=0.879 std_dev=1.512
C3' B 0, -0.582, 0.944, 2.470, 5.296 max_d=5.296 avg_d=0.944 std_dev=1.526
O4' B 0, -0.846, 0.974, 2.795, 6.765 max_d=6.765 avg_d=0.974 std_dev=1.820
C2' B 0, -0.894, 1.010, 2.913, 6.486 max_d=6.486 avg_d=1.010 std_dev=1.903
C1' B 0, -1.098, 1.103, 3.303, 7.158 max_d=7.158 avg_d=1.103 std_dev=2.201
O3' B 0, -0.962, 1.261, 3.483, 7.669 max_d=7.669 avg_d=1.261 std_dev=2.222
C8 B 0, -1.255, 1.009, 3.273, 7.503 max_d=7.503 avg_d=1.009 std_dev=2.264
N9 B 0, -1.306, 1.132, 3.570, 7.836 max_d=7.836 avg_d=1.132 std_dev=2.438
O2' B 0, -1.234, 1.257, 3.747, 8.387 max_d=8.387 avg_d=1.257 std_dev=2.491
N7 B 0, -1.600, 1.206, 4.013, 9.173 max_d=9.173 avg_d=1.206 std_dev=2.806
C4 B 0, -1.691, 1.390, 4.472, 9.798 max_d=9.798 avg_d=1.390 std_dev=3.081
C5 B 0, -1.855, 1.423, 4.701, 10.435 max_d=10.435 avg_d=1.423 std_dev=3.278
N3 B 0, -1.895, 1.618, 5.131, 11.665 max_d=11.665 avg_d=1.618 std_dev=3.513
C6 B 0, -2.251, 1.719, 5.689, 12.547 max_d=12.547 avg_d=1.719 std_dev=3.970
C2 B 0, -2.250, 1.855, 5.959, 13.593 max_d=13.593 avg_d=1.855 std_dev=4.104
N1 B 0, -2.411, 1.903, 6.217, 13.904 max_d=13.904 avg_d=1.903 std_dev=4.314
O6 B 0, -2.453, 1.868, 6.190, 13.770 max_d=13.770 avg_d=1.868 std_dev=4.322
N2 B 0, -2.496, 2.109, 6.714, 15.620 max_d=15.620 avg_d=2.109 std_dev=4.605

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.00 0.07 0.21 0.31 0.12
C2 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.12 0.03 0.08 0.14 0.44 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.18 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.15 0.25 0.67 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.25 0.00 0.27 0.01 0.23 0.14 0.18 0.27 0.06 0.01 0.00 0.01 0.14 0.30 0.55 0.14
C4 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.02 0.13 0.12 0.51 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01 0.31 0.27 0.13
C5 0.02 0.00 0.04 0.27 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.02 0.14 0.13 0.49 0.12
C5' 0.10 0.11 0.18 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.02 0.14 0.02 0.01 0.27 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.13 0.15 0.43 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.09 0.15 0.41 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.04 0.02 0.10 0.12 0.49 0.09
N4 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.02 0.14 0.12 0.54 0.13
O2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.25 0.04 0.06 0.16 0.42 0.09
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.17 0.18 0.13 0.02 0.10 0.11 0.19 0.19 0.18 0.00 0.03 0.12 0.08 0.34 0.47 0.16
O3' 0.22 0.12 0.02 0.00 0.09 0.01 0.15 0.14 0.10 0.07 0.04 0.13 0.25 0.03 0.00 0.18 0.03 0.48 0.42 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.18 0.00 0.19 0.32 0.11 0.27
O5' 0.07 0.08 0.15 0.14 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.14 0.06 0.08 0.03 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.14 0.25 0.30 0.12 0.31 0.13 0.27 0.15 0.15 0.12 0.12 0.16 0.34 0.48 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.44 0.67 0.55 0.51 0.27 0.49 0.32 0.43 0.41 0.49 0.54 0.42 0.47 0.42 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.08 0.18 0.14 0.11 0.13 0.12 0.02 0.09 0.08 0.09 0.13 0.09 0.16 0.13 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.88 1.67 0.72 0.16 1.54 0.15 1.84 0.43 2.02 1.48 1.90 1.63 1.47 1.86 1.28 0.78 0.66 0.54 0.21 2.21 0.15 0.11 0.09
C2 1.11 2.15 0.84 0.08 1.93 0.12 2.32 0.30 2.62 1.79 2.47 2.10 1.86 2.29 1.59 0.85 0.51 0.78 0.22 2.92 0.12 0.09 0.08
C2' 0.50 1.29 0.36 0.50 1.14 0.43 1.45 0.62 1.66 1.10 1.54 1.25 1.07 1.47 0.90 0.39 1.09 0.21 0.14 1.88 0.14 0.13 0.10
C3' 0.25 0.78 0.17 0.59 0.71 0.51 0.94 0.62 1.07 0.73 0.97 0.74 0.64 1.00 0.55 0.19 1.19 0.11 0.25 1.23 0.40 0.16 0.21
C4 1.12 2.04 0.83 0.12 1.88 0.22 2.25 0.16 2.51 1.82 2.36 1.98 1.79 2.26 1.59 0.73 0.40 0.87 0.24 2.78 0.14 0.14 0.07
C4' 0.34 0.79 0.32 0.47 0.73 0.43 0.91 0.61 1.00 0.76 0.93 0.75 0.67 0.96 0.60 0.37 1.01 0.11 0.16 1.11 0.28 0.09 0.09
C5 1.02 1.73 0.77 0.10 1.66 0.19 1.99 0.16 2.15 1.70 1.99 1.65 1.54 2.06 1.45 0.63 0.43 0.80 0.23 2.35 0.13 0.14 0.07
C5' 0.14 0.40 0.15 0.58 0.40 0.55 0.54 0.62 0.59 0.48 0.51 0.36 0.33 0.61 0.33 0.15 1.16 0.14 0.17 0.67 0.31 0.15 0.08
C6 0.96 1.63 0.74 0.09 1.57 0.12 1.88 0.26 2.02 1.64 1.87 1.55 1.45 1.98 1.38 0.65 0.52 0.70 0.22 2.19 0.11 0.10 0.08
N1 1.00 1.84 0.78 0.09 1.71 0.10 2.06 0.33 2.26 1.68 2.11 1.78 1.62 2.11 1.44 0.76 0.57 0.69 0.22 2.48 0.12 0.09 0.08
N3 1.16 2.23 0.87 0.09 2.00 0.18 2.40 0.22 2.71 1.86 2.57 2.18 1.93 2.36 1.65 0.83 0.44 0.86 0.23 3.03 0.13 0.11 0.07
N4 1.15 2.10 0.84 0.16 1.91 0.28 2.28 0.12 2.56 1.83 2.42 2.04 1.83 2.26 1.62 0.71 0.33 0.93 0.24 2.84 0.16 0.17 0.08
O2 1.12 2.28 0.86 0.08 1.99 0.11 2.38 0.34 2.74 1.76 2.62 2.26 1.95 2.29 1.60 0.92 0.53 0.76 0.22 3.08 0.12 0.09 0.09
O2' 0.68 1.56 0.54 0.33 1.36 0.31 1.66 0.52 1.91 1.24 1.82 1.54 1.32 1.63 1.08 0.62 0.93 0.36 0.22 2.14 0.18 0.11 0.08
O3' 0.15 0.56 0.14 0.62 0.50 0.60 0.71 0.67 0.82 0.53 0.73 0.52 0.43 0.76 0.37 0.24 1.21 0.21 0.28 0.98 0.55 0.18 0.26
O4' 0.82 1.37 0.74 0.14 1.30 0.15 1.52 0.43 1.61 1.32 1.52 1.32 1.23 1.57 1.14 0.80 0.59 0.49 0.22 1.70 0.21 0.13 0.11
O5' 0.17 0.36 0.20 0.49 0.34 0.40 0.40 0.46 0.43 0.34 0.41 0.35 0.32 0.40 0.29 0.23 1.03 0.10 0.24 0.45 0.34 0.12 0.14
OP1 0.49 0.30 0.53 0.89 0.35 0.69 0.29 0.49 0.25 0.39 0.26 0.30 0.35 0.30 0.42 0.47 1.48 0.50 0.24 0.21 0.32 0.14 0.12
OP2 0.43 0.67 0.51 0.12 0.60 0.15 0.61 0.23 0.66 0.49 0.69 0.69 0.62 0.54 0.52 0.48 0.69 0.24 0.27 0.66 0.43 0.54 0.29
P 0.13 0.19 0.12 0.66 0.14 0.60 0.22 0.52 0.27 0.12 0.25 0.19 0.13 0.21 0.07 0.13 1.35 0.28 0.12 0.32 0.20 0.32 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.01 0.20 0.03 0.23 0.36 0.22
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.48 0.08 0.17 0.02 0.59 0.53 0.30
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.11 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.33 0.05 0.09 0.32 0.24
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.21 0.04 0.18 0.35 0.08 0.12 0.05 0.34 0.17 0.03 0.01 0.01 0.17 0.24 0.16 0.31 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.24 0.05 0.25 0.02 0.52 0.60 0.39
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.15 0.07 0.04 0.03 0.16 0.09 0.23 0.01 0.00 0.04 0.14 0.23 0.24 0.10
C5 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.07 0.03 0.35 0.02 0.67 0.78 0.56
C5' 0.04 0.17 0.11 0.04 0.17 0.01 0.22 0.00 0.24 0.20 0.21 0.15 0.14 0.24 0.14 0.13 0.18 0.02 0.02 0.27 0.14 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.18 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.14 0.05 0.33 0.01 0.73 0.79 0.56
C8 0.01 0.01 0.06 0.35 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.22 0.04 0.48 0.02 0.62 0.82 0.64
N1 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.33 0.07 0.24 0.02 0.67 0.66 0.44
N2 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.63 0.09 0.14 0.03 0.61 0.44 0.23
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.48 0.08 0.14 0.02 0.51 0.47 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.18 0.03 0.47 0.02 0.74 0.92 0.70
N9 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.30 0.03 0.43 0.59 0.41
O2' 0.01 0.34 0.00 0.03 0.27 0.23 0.30 0.13 0.34 0.17 0.36 0.35 0.29 0.24 0.17 0.00 0.05 0.16 0.11 0.34 0.40 0.29 0.18
O3' 0.25 0.48 0.03 0.01 0.24 0.01 0.07 0.18 0.14 0.22 0.33 0.63 0.48 0.18 0.09 0.05 0.00 0.16 0.22 0.07 0.53 0.73 0.44
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.16 0.16 0.00 0.09 0.05 0.23 0.27 0.15
O5' 0.20 0.17 0.33 0.17 0.25 0.04 0.35 0.02 0.33 0.48 0.24 0.14 0.14 0.47 0.30 0.11 0.22 0.09 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.24 0.02 0.14 0.02 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.34 0.07 0.05 0.37 0.00 0.81 0.88 0.65
OP1 0.23 0.59 0.09 0.16 0.52 0.23 0.67 0.14 0.73 0.62 0.67 0.61 0.51 0.74 0.43 0.40 0.53 0.23 0.01 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.53 0.32 0.31 0.60 0.24 0.78 0.28 0.79 0.82 0.66 0.44 0.47 0.92 0.59 0.29 0.73 0.27 0.01 0.88 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.24 0.13 0.39 0.10 0.56 0.02 0.56 0.64 0.44 0.23 0.25 0.70 0.41 0.18 0.44 0.15 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00