ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53974

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 4, 2, 4, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.017, 0.030, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C1' B 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N9 B 0, 0.028, 0.061, 0.093, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.061 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.040, 0.076, 0.111, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.076 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.021, 0.057, 0.094, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.057 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.060, 0.099, 0.138, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.099 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.053, 0.096, 0.138, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.096 std_dev=0.043
C8 B 0, 0.070, 0.122, 0.174, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.122 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.039, 0.092, 0.145, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.053
C2' B 0, 0.039, 0.092, 0.145, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.075 std_dev=0.053
O4' B 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.075 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.068, 0.129, 0.191, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.129 std_dev=0.062
O2' B 0, 0.068, 0.129, 0.191, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.129 std_dev=0.062
C5 B 0, 0.061, 0.127, 0.192, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.127 std_dev=0.065
N7 B 0, 0.073, 0.143, 0.212, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.143 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.047, 0.119, 0.191, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.119 std_dev=0.072
C4' B 0, 0.047, 0.119, 0.191, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.119 std_dev=0.072
N3 B 0, 0.075, 0.152, 0.229, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.152 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.055, 0.134, 0.213, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.134 std_dev=0.079
C3' B 0, 0.055, 0.134, 0.213, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.134 std_dev=0.079
C6 B 0, 0.076, 0.164, 0.252, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.164 std_dev=0.088
O6 B 0, 0.076, 0.169, 0.262, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.169 std_dev=0.093
C2 B 0, 0.092, 0.189, 0.286, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.189 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.091, 0.195, 0.300, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.195 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.100, 0.206, 0.312, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.206 std_dev=0.106
O3' B 0, 0.100, 0.206, 0.312, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.206 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.058, 0.176, 0.295, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.176 std_dev=0.118
O5' B 0, 0.058, 0.176, 0.295, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.176 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.079, 0.200, 0.320, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.200 std_dev=0.120
C5' B 0, 0.079, 0.200, 0.320, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.200 std_dev=0.120
N2 B 0, 0.129, 0.290, 0.451, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.290 std_dev=0.161
P A 0, 0.099, 0.302, 0.506, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.302 std_dev=0.204
P B 0, 0.099, 0.302, 0.506, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.302 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.157, 0.393, 0.630, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.393 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.157, 0.393, 0.630, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.393 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.126, 0.373, 0.620, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.373 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.126, 0.373, 0.620, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.373 std_dev=0.247

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.09 0.15 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.09 0.13 0.18 0.13
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.10 0.14 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.17 0.11
N4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04 0.08 0.14 0.20 0.14
O2 0.05 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.09 0.14 0.08
O2' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.06 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.13 0.05 0.10 0.07 0.11 0.14 0.09 0.05 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.15 0.09 0.09 0.19 0.02 0.18 0.02 0.14 0.12 0.17 0.20 0.14 0.06 0.11 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.05 0.07 0.13 0.01 0.13 0.02 0.10 0.07 0.11 0.14 0.08 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04
C2 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.06 0.09 0.15 0.09
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07
C4 0.02 0.10 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.11 0.07 0.08 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.08 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.10 0.04 0.05 0.08 0.03 0.09 0.06 0.09 0.02 0.10 0.10 0.08 0.10 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.09 0.13 0.18 0.13
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.09 0.03 0.05 0.08 0.03 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.08 0.10 0.14 0.10
N1 0.01 0.07 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.10 0.04 0.04 0.04 0.03 0.09 0.04 0.05 0.08 0.09 0.11 0.07 0.09 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.11 0.17 0.11
N4 0.02 0.10 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.11 0.05 0.11 0.12 0.07 0.05 0.02 0.04 0.08 0.04 0.08 0.10 0.14 0.20 0.14
O2 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.09 0.14 0.08
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.14 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.10 0.04 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.13 0.06 0.08 0.11 0.04 0.14 0.05 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.08 0.05 0.10 0.04 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.20 0.09 0.09 0.17 0.02 0.20 0.02 0.22 0.17 0.22 0.20 0.17 0.21 0.14 0.06 0.11 0.05 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.13 0.05 0.07 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.12 0.14 0.13 0.11 0.15 0.09 0.02 0.08 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04
C2 0.05 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.04 0.10 0.02 0.13 0.20 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.03 0.11 0.17 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01
C5 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.14 0.20 0.14
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.10 0.01 0.15 0.22 0.15
C8 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.09 0.04 0.12 0.17 0.12
N1 0.05 0.01 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.04 0.11 0.03 0.14 0.22 0.14
N2 0.07 0.01 0.11 0.11 0.02 0.09 0.03 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.14 0.12 0.07 0.11 0.06 0.12 0.20 0.13
N3 0.05 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.09 0.02 0.11 0.17 0.11
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.10 0.05 0.15 0.21 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.04 0.08 0.14 0.09
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.14 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.10 0.04 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.10 0.00 0.15 0.22 0.15
OP1 0.04 0.13 0.06 0.08 0.11 0.04 0.14 0.05 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.08 0.05 0.10 0.04 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.20 0.09 0.09 0.17 0.02 0.20 0.02 0.22 0.17 0.22 0.20 0.17 0.21 0.14 0.06 0.11 0.05 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.13 0.05 0.07 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.12 0.14 0.13 0.11 0.15 0.09 0.02 0.08 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00