ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53976

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.014, 0.053, 0.091, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.009, 0.061, 0.113, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.061 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.029, 0.087, 0.145, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.087 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.064, 0.152, 0.241, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.152 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.005, 0.098, 0.191, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.098 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.007, 0.101, 0.195, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.101 std_dev=0.094
C5' A 0, 0.036, 0.156, 0.276, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.156 std_dev=0.120
P B 0, 0.089, 0.216, 0.343, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.216 std_dev=0.127
C4 B 0, 0.096, 0.228, 0.359, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.228 std_dev=0.132
O3' B 0, 0.053, 0.186, 0.319, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.186 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.020, 0.154, 0.287, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.154 std_dev=0.133
OP2 B 0, 0.027, 0.184, 0.340, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.184 std_dev=0.157
O4' B 0, 0.074, 0.239, 0.405, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.239 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.087, 0.252, 0.418, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.252 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.101, 0.274, 0.447, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.274 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.154, 0.368, 0.582, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.368 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.155, 0.377, 0.598, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.377 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.150, 0.372, 0.595, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.372 std_dev=0.222
N9 B 0, 0.155, 0.388, 0.621, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.388 std_dev=0.233
P A 0, 0.065, 0.306, 0.546, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.306 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.186, 0.452, 0.718, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.452 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.113, 0.382, 0.651, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.382 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.178, 0.455, 0.732, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.455 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.175, 0.481, 0.788, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.481 std_dev=0.307
OP1 A 0, 0.103, 0.420, 0.738, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.420 std_dev=0.318
N1 B 0, 0.148, 0.467, 0.786, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.467 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.240, 0.571, 0.902, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.571 std_dev=0.331
C8 B 0, 0.241, 0.572, 0.903, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.572 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.243, 0.576, 0.909, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.576 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.232, 0.575, 0.918, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.575 std_dev=0.343
OP2 A 0, 0.154, 0.523, 0.891, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.523 std_dev=0.369
N2 B 0, 0.215, 0.604, 0.993, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.604 std_dev=0.389
O6 B 0, 0.268, 0.694, 1.121, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.694 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.529, 1.259, 1.988, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.259 std_dev=0.730
O2' B 0, 0.895, 2.124, 3.354, 2.940 max_d=2.940 avg_d=2.124 std_dev=1.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.12 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.08 0.12 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.11 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.12 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.12 0.06
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.11 0.06
N4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.12 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.12 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.17 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.12 0.06
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.08 0.06 0.04 0.11 0.05 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.09 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.07 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.17 0.13 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.24 0.13 0.06 0.08 0.10 0.09 0.13 0.07 0.10 0.08 0.08 0.13 0.05 0.33 0.05 0.07 0.03 0.18 0.13 0.05 0.06
C2 0.15 0.09 0.29 0.15 0.07 0.09 0.10 0.09 0.14 0.05 0.12 0.09 0.09 0.11 0.07 0.38 0.05 0.08 0.03 0.20 0.14 0.01 0.05
C2' 0.11 0.09 0.19 0.12 0.08 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.09 0.14 0.07 0.23 0.05 0.08 0.06 0.18 0.13 0.08 0.08
C3' 0.11 0.10 0.17 0.12 0.09 0.09 0.13 0.11 0.15 0.12 0.12 0.11 0.10 0.16 0.08 0.17 0.06 0.09 0.09 0.18 0.16 0.12 0.11
C4 0.16 0.12 0.33 0.16 0.09 0.11 0.11 0.09 0.16 0.06 0.15 0.12 0.10 0.10 0.09 0.40 0.06 0.09 0.05 0.21 0.14 0.07 0.05
C4' 0.10 0.06 0.16 0.10 0.06 0.05 0.11 0.10 0.12 0.11 0.08 0.08 0.07 0.16 0.05 0.21 0.04 0.05 0.08 0.17 0.15 0.14 0.11
C5 0.15 0.11 0.33 0.16 0.08 0.11 0.11 0.09 0.15 0.05 0.14 0.11 0.10 0.10 0.09 0.39 0.06 0.09 0.05 0.20 0.14 0.07 0.05
C5' 0.10 0.07 0.16 0.11 0.07 0.05 0.12 0.11 0.13 0.14 0.09 0.08 0.08 0.17 0.07 0.18 0.06 0.05 0.11 0.17 0.16 0.18 0.13
C6 0.15 0.09 0.31 0.15 0.07 0.10 0.10 0.09 0.14 0.05 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07 0.37 0.05 0.09 0.03 0.18 0.14 0.02 0.05
N1 0.14 0.09 0.28 0.14 0.07 0.09 0.10 0.09 0.14 0.06 0.11 0.09 0.09 0.11 0.07 0.37 0.05 0.08 0.02 0.19 0.13 0.01 0.05
N3 0.15 0.11 0.31 0.15 0.08 0.10 0.11 0.09 0.16 0.06 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.40 0.06 0.09 0.04 0.21 0.14 0.05 0.05
N4 0.16 0.13 0.34 0.16 0.10 0.11 0.12 0.09 0.18 0.07 0.17 0.14 0.11 0.10 0.10 0.41 0.06 0.09 0.07 0.23 0.13 0.10 0.06
O2 0.14 0.08 0.28 0.14 0.07 0.08 0.10 0.09 0.14 0.06 0.11 0.09 0.08 0.11 0.07 0.38 0.04 0.08 0.02 0.19 0.14 0.01 0.05
O2' 0.09 0.06 0.15 0.09 0.06 0.07 0.12 0.11 0.13 0.11 0.09 0.07 0.06 0.15 0.06 0.19 0.06 0.06 0.08 0.18 0.14 0.10 0.09
O3' 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.13 0.13 0.14 0.14 0.11 0.10 0.09 0.17 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.18 0.19 0.15 0.14
O4' 0.12 0.06 0.23 0.12 0.05 0.06 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.14 0.04 0.33 0.04 0.06 0.04 0.17 0.13 0.09 0.07
O5' 0.09 0.01 0.16 0.08 0.04 0.03 0.12 0.13 0.12 0.14 0.06 0.05 0.03 0.18 0.04 0.27 0.01 0.04 0.15 0.16 0.18 0.23 0.17
OP1 0.07 0.08 0.04 0.08 0.13 0.07 0.21 0.15 0.20 0.26 0.13 0.07 0.07 0.29 0.14 0.30 0.00 0.05 0.15 0.24 0.13 0.16 0.14
OP2 0.07 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.12 0.09 0.11 0.18 0.07 0.13 0.09 0.19 0.08 0.08 0.02 0.05 0.10 0.14 0.15 0.22 0.14
P 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.02 0.13 0.11 0.12 0.18 0.06 0.08 0.06 0.20 0.07 0.16 0.00 0.03 0.12 0.16 0.12 0.18 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.09 0.00 0.22 0.10 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.17 0.04 0.26 0.30 0.29
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.15 0.07 0.02 0.03 0.14 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.08 0.17 0.11
C4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.15 0.06 0.09
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.13 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.06 0.02 0.10 0.00 0.20 0.12 0.15
C5' 0.03 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.04 0.09 0.01 0.00 0.08 0.04 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.02 0.12 0.00 0.27 0.17 0.19
C8 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.04 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.11 0.00 0.27 0.14 0.18
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.06 0.09 0.00 0.23 0.10 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.00 0.16 0.07 0.09
N7 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.04 0.10 0.01 0.15 0.13 0.14
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.13 0.04 0.12 0.19 0.06 0.05 0.02 0.19 0.09 0.00 0.01 0.12 0.12 0.16 0.26 0.30 0.29
O3' 0.07 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.05 0.12 0.04 0.12 0.09 0.12 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.12 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O5' 0.04 0.09 0.17 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.11 0.09 0.07 0.10 0.04 0.12 0.07 0.02 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.07 0.03 0.14 0.00 0.31 0.22 0.23
OP1 0.06 0.22 0.26 0.08 0.15 0.02 0.20 0.04 0.27 0.06 0.27 0.23 0.16 0.15 0.07 0.26 0.06 0.05 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.10 0.30 0.17 0.06 0.09 0.12 0.02 0.17 0.05 0.14 0.10 0.07 0.13 0.04 0.30 0.11 0.06 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.29 0.11 0.09 0.04 0.15 0.00 0.19 0.05 0.18 0.13 0.09 0.14 0.05 0.29 0.06 0.03 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00