ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53979

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
OP1 B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C5' B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O4' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C4' B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
P B 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C2' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.000, 0.276, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C8 B 0, 0.000, 0.299, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C4' A 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
OP2 B 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP2 A 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
P A 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
O2' A 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C4 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O5' A 0, 0.000, 0.462, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.000, 0.479, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
N3 B 0, 0.000, 0.528, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.528 std_dev=0.528
OP1 A 0, 0.000, 0.574, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C6 B 0, 0.000, 0.596, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C2 B 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O6 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
N1 B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
N2 B 0, 0.000, 0.716, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.716 std_dev=0.716

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.03 0.01 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.21 0.29 0.19
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.22 0.14
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.04
C5 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02
C6 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.08 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.06 0.04 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.06 0.08 0.05
O2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.03 0.11 0.04 0.02 0.04
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.27 0.38 0.24
O3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.23 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01
O5' 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.08 0.02 0.11 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.03 0.21 0.19 0.04 0.08 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.06 0.04 0.27 0.18 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.01 0.29 0.22 0.04 0.10 0.01 0.00 0.08 0.08 0.04 0.08 0.02 0.38 0.23 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.19 0.14 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.04 0.24 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.10 0.10 0.03 0.10 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.13 0.14 0.09 0.13 0.07 0.06 0.10 0.09
C2 0.11 0.09 0.14 0.13 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.08 0.16 0.16 0.10 0.13 0.13 0.03 0.10 0.08
C2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.12 0.06 0.05 0.06 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00
C3' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.06 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02
C4 0.12 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.06 0.12 0.11 0.11 0.06 0.09 0.17 0.16 0.10 0.12 0.15 0.00 0.09 0.07
C4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03
C5 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.05 0.09 0.09 0.09 0.05 0.08 0.15 0.15 0.11 0.13 0.13 0.00 0.09 0.07
C5' 0.11 0.15 0.07 0.05 0.16 0.10 0.16 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.15 0.05 0.00 0.11 0.11 0.10 0.22 0.14 0.17
C6 0.10 0.06 0.11 0.11 0.06 0.10 0.05 0.09 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.14 0.14 0.10 0.13 0.10 0.02 0.09 0.08
N1 0.10 0.06 0.11 0.11 0.06 0.09 0.05 0.08 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.14 0.14 0.09 0.13 0.10 0.04 0.10 0.08
N3 0.12 0.12 0.14 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.06 0.12 0.11 0.11 0.06 0.09 0.17 0.16 0.10 0.13 0.15 0.01 0.10 0.07
N4 0.11 0.13 0.13 0.10 0.11 0.08 0.11 0.04 0.13 0.06 0.13 0.13 0.12 0.06 0.09 0.16 0.13 0.08 0.10 0.15 0.02 0.07 0.05
O2 0.11 0.09 0.14 0.13 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.04 0.07 0.17 0.17 0.09 0.12 0.12 0.02 0.09 0.07
O2' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04 0.10 0.04 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05
O3' 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08 0.09 0.05 0.08 0.00 0.04 0.06 0.05
O4' 0.06 0.02 0.08 0.09 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.07 0.10 0.08 0.02 0.10 0.07
O5' 0.10 0.14 0.06 0.06 0.15 0.09 0.16 0.13 0.14 0.17 0.14 0.14 0.15 0.18 0.15 0.04 0.00 0.10 0.10 0.10 0.21 0.13 0.16
OP1 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.09 0.04 0.02 0.04 0.10 0.05 0.05 0.09 0.02 0.04 0.02 0.18 0.11 0.12
OP2 0.12 0.13 0.16 0.14 0.09 0.09 0.08 0.03 0.11 0.04 0.12 0.14 0.12 0.03 0.09 0.17 0.18 0.10 0.07 0.13 0.11 0.01 0.02
P 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.02 0.00 0.02 0.14 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01
C2 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.09 0.09 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02
C5 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
C8 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.09
N2 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11
N3 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09
N7 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01
O5' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01
O6 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03
OP1 0.02 0.10 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.01 0.04 0.09 0.04 0.09 0.03 0.09 0.05 0.10 0.11 0.10 0.09 0.06 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.00 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.09 0.11 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00