ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 17, 18, 9, 3, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.007, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.007, 0.011, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.011, 0.015, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.013, 0.018, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.026, 0.038, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.066, 0.124, 0.181, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.124 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.019, 0.106, 0.192, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.106 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.062, 0.150, 0.238, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.150 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.086, 0.185, 0.284, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.185 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.043, 0.151, 0.258, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.151 std_dev=0.107
OP1 B 0, 0.110, 0.251, 0.392, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.251 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.189, 0.347, 0.505, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.347 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.065, 0.227, 0.389, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.227 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.069, 0.232, 0.394, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.232 std_dev=0.163
P B 0, 0.076, 0.253, 0.429, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.253 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.064, 0.259, 0.454, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.259 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.107, 0.316, 0.525, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.316 std_dev=0.209
P A 0, 0.125, 0.364, 0.604, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.364 std_dev=0.239
C5' B 0, 0.134, 0.374, 0.614, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.374 std_dev=0.240
O4' B 0, 0.153, 0.411, 0.668, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.411 std_dev=0.257
OP2 A 0, 0.216, 0.481, 0.745, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.481 std_dev=0.265
OP1 A 0, 0.098, 0.365, 0.632, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.365 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.111, 0.389, 0.667, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.389 std_dev=0.278
C4' B 0, 0.167, 0.447, 0.727, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.447 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.103, 0.397, 0.691, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.397 std_dev=0.294
N1 B 0, 0.163, 0.459, 0.756, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.459 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.176, 0.480, 0.784, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.480 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.155, 0.474, 0.792, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.474 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.226, 0.551, 0.877, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.551 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.227, 0.559, 0.890, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.559 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.180, 0.514, 0.848, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.514 std_dev=0.334
N4 B 0, 0.148, 0.490, 0.831, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.490 std_dev=0.342
O2 B 0, 0.277, 0.636, 0.994, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.636 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.199, 0.562, 0.925, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.562 std_dev=0.363
O3' B 0, 0.174, 0.558, 0.942, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.558 std_dev=0.384
O2' B 0, 0.252, 0.657, 1.062, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.657 std_dev=0.405

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.08 0.11 0.07
C5' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.03 0.08 0.04 0.03
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.04 0.02 0.09 0.03 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.11 0.11 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.17 0.10 0.11 0.07 0.07 0.07 0.05
C2 0.11 0.10 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.14 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06
C2' 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.17 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08
C3' 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.17 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.10
C4' 0.07 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.09 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.06 0.06 0.05 0.08 0.08 0.07
C5 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10
C5' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.08 0.10 0.09 0.10 0.05 0.06 0.07 0.10 0.10 0.09
C6 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07
N1 0.10 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.14 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05
N3 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08
N4 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.13 0.12 0.12
O2 0.15 0.14 0.13 0.10 0.14 0.11 0.15 0.09 0.15 0.14 0.14 0.15 0.15 0.18 0.10 0.14 0.09 0.08 0.07 0.06
O2' 0.17 0.11 0.18 0.17 0.08 0.19 0.10 0.16 0.12 0.13 0.09 0.09 0.14 0.24 0.19 0.19 0.17 0.13 0.12 0.13
O3' 0.16 0.14 0.17 0.14 0.13 0.14 0.14 0.11 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.23 0.16 0.15 0.10 0.09 0.08 0.08
O4' 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.05 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.14 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07
O5' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.10 0.09 0.10 0.06 0.06 0.09 0.11 0.12 0.11
OP1 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.16 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12
OP2 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.11 0.13 0.14 0.13
P 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.10 0.07 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.09 0.11 0.08 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.07 0.09 0.06 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.05
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.11 0.08 0.08
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.07 0.08 0.10 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.02
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.06 0.09 0.05 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.05 0.11 0.06 0.09 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00