ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.009, 0.143, 0.277, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.143 std_dev=0.134
C2' A 0, 0.015, 0.151, 0.286, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.151 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.017, 0.162, 0.307, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.162 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.011, 0.220, 0.429, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.220 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.011, 0.236, 0.460, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.236 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.010, 0.347, 0.684, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.347 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.020, 0.362, 0.704, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.362 std_dev=0.342
O5' A 0, 0.028, 0.417, 0.806, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.389
OP2 A 0, 0.032, 0.472, 0.913, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.472 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.017, 0.515, 1.014, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.498
P A 0, 0.029, 0.533, 1.037, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.504
P B 0, 0.011, 0.528, 1.045, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.528 std_dev=0.517
OP2 B 0, 0.008, 0.603, 1.198, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.603 std_dev=0.595
OP1 A 0, 0.028, 0.627, 1.226, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.627 std_dev=0.599
O4' B 0, 0.018, 0.646, 1.275, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.646 std_dev=0.629
OP1 B 0, 0.008, 0.648, 1.287, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.648 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.021, 0.715, 1.410, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.715 std_dev=0.695
C4' B 0, 0.021, 0.765, 1.509, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.765 std_dev=0.744
C6 B 0, 0.012, 0.765, 1.517, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.765 std_dev=0.753
C5 B 0, 0.013, 0.774, 1.536, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.774 std_dev=0.762
C1' B 0, 0.015, 0.816, 1.617, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.816 std_dev=0.801
N1 B 0, 0.011, 0.814, 1.617, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.814 std_dev=0.803
C4 B 0, 0.010, 0.817, 1.624, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.817 std_dev=0.807
N4 B 0, 0.012, 0.828, 1.643, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.828 std_dev=0.816
N3 B 0, 0.010, 0.868, 1.726, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.868 std_dev=0.858
C2 B 0, 0.011, 0.875, 1.739, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.875 std_dev=0.864
O2 B 0, 0.014, 0.949, 1.884, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.949 std_dev=0.935
C3' B 0, 0.025, 0.986, 1.947, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.986 std_dev=0.961
C2' B 0, 0.022, 1.016, 2.010, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.016 std_dev=0.994
O2' B 0, 0.033, 1.076, 2.120, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.076 std_dev=1.043
O3' B 0, 0.039, 1.142, 2.245, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.142 std_dev=1.103

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.17 0.15 0.15
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.04
C5' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.09 0.03 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.00 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.16 0.11 0.13
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04
O2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.09 0.18 0.28 0.26 0.26
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05
O5' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.09 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.17 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.16 0.05 0.28 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.15 0.09 0.06 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.03 0.26 0.10 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.05 0.13 0.04 0.26 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.01 0.06 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.10 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02
C2 0.09 0.04 0.09 0.08 0.07 0.07 0.13 0.04 0.14 0.10 0.03 0.06 0.01 0.09 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.08 0.17 0.08 0.07 0.15 0.05 0.05 0.04 0.04 0.09 0.20 0.17 0.19 0.08 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01
C4' 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
C5 0.19 0.30 0.18 0.15 0.30 0.12 0.19 0.08 0.16 0.22 0.33 0.30 0.31 0.18 0.15 0.13 0.07 0.03 0.02 0.00
C5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02
C6 0.15 0.25 0.15 0.12 0.21 0.10 0.13 0.06 0.12 0.18 0.26 0.20 0.27 0.15 0.11 0.11 0.06 0.03 0.04 0.01
N1 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.04 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
N3 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.09 0.02 0.09 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01
N4 0.11 0.20 0.11 0.09 0.19 0.07 0.09 0.05 0.07 0.12 0.23 0.23 0.22 0.11 0.09 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02
O2 0.20 0.17 0.19 0.16 0.17 0.13 0.21 0.08 0.22 0.20 0.15 0.15 0.15 0.20 0.15 0.16 0.03 0.03 0.01 0.01
O2' 0.12 0.06 0.13 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.14 0.11 0.05 0.07 0.03 0.11 0.12 0.13 0.07 0.03 0.07 0.05
O3' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.07 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.06 0.04 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
O5' 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.09 0.04 0.08 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01
OP1 0.00 0.11 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.15 0.17 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
OP2 0.02 0.09 0.02 0.04 0.09 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.12 0.11 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06
P 0.01 0.08 0.01 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.07 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00