ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N1 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O2 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N4 A 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP2 B 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
P B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N4 B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O2 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C3' A 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5' B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C2' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
OP1 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O3' A 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C4' A 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
OP1 A 0, 0.000, 0.488, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.488 std_dev=0.488
O3' B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
P A 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP2 A 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
C5' A 0, 0.000, 0.767, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.767 std_dev=0.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.21 0.19 0.20 0.19
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.03 0.14 0.11 0.13 0.13
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.02 0.36 0.30 0.34 0.32
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.03 0.10 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.20 0.15
C4 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.10 0.00 0.33 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.16 0.05 0.03 0.12 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03
C5 0.01 0.04 0.05 0.11 0.00 0.16 0.00 0.40 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.06 0.07 0.07
C5' 0.09 0.15 0.09 0.03 0.33 0.02 0.40 0.00 0.36 0.21 0.23 0.36 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.16 0.00 0.36 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.15 0.13 0.14 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.18 0.15 0.16 0.16
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.09 0.04 0.07 0.07
N4 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.12 0.02 0.36 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00
O2 0.05 0.01 0.04 0.10 0.03 0.12 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.16 0.08 0.17 0.13 0.16 0.15
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.40 0.34 0.39 0.38
O3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.03 0.16 0.00 0.00 0.04 0.08 0.07 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.12 0.10 0.09
O5' 0.21 0.14 0.36 0.21 0.07 0.02 0.09 0.01 0.15 0.18 0.09 0.04 0.17 0.40 0.08 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.19 0.11 0.30 0.15 0.02 0.00 0.06 0.02 0.13 0.15 0.04 0.03 0.13 0.34 0.07 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.13 0.34 0.20 0.04 0.04 0.07 0.15 0.14 0.16 0.07 0.00 0.16 0.39 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.32 0.15 0.04 0.03 0.07 0.02 0.14 0.16 0.07 0.00 0.15 0.38 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.17 0.12 0.04 0.02 0.00 0.09 0.01 0.05 0.10 0.03 0.19 0.20 0.15 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01
C2 0.08 0.13 0.15 0.11 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.11 0.03 0.22 0.18 0.11 0.04 0.09 0.07 0.02 0.06
C2' 0.11 0.09 0.22 0.19 0.03 0.05 0.02 0.08 0.04 0.07 0.07 0.01 0.14 0.25 0.25 0.03 0.06 0.10 0.14 0.07
C3' 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.17 0.12 0.31 0.12 0.10 0.06 0.10 0.01 0.07 0.03 0.18 0.12 0.24 0.22 0.20
C4 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.01 0.09 0.06 0.09 0.03 0.03 0.04 0.13 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
C4' 0.20 0.14 0.11 0.20 0.17 0.31 0.22 0.42 0.23 0.20 0.13 0.16 0.07 0.05 0.15 0.29 0.23 0.28 0.27 0.27
C5 0.02 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.15 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
C5' 0.39 0.38 0.28 0.41 0.40 0.51 0.42 0.64 0.42 0.42 0.37 0.39 0.33 0.14 0.28 0.50 0.49 0.49 0.53 0.51
C6 0.08 0.12 0.16 0.12 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.03 0.21 0.17 0.13 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01
N1 0.10 0.14 0.18 0.13 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.12 0.04 0.22 0.20 0.14 0.05 0.09 0.03 0.01 0.04
N3 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.00 0.08 0.05 0.07 0.01 0.06 0.02 0.16 0.11 0.06 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03
N4 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.15 0.07 0.14 0.08 0.02 0.09 0.07 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02
O2 0.10 0.14 0.17 0.12 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.04 0.24 0.20 0.13 0.05 0.11 0.09 0.03 0.08
O2' 0.23 0.21 0.32 0.32 0.14 0.21 0.13 0.12 0.16 0.19 0.17 0.11 0.26 0.34 0.35 0.17 0.25 0.13 0.04 0.14
O3' 0.08 0.01 0.00 0.05 0.05 0.16 0.10 0.26 0.11 0.08 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.15 0.04 0.11 0.10 0.09
O4' 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.09 0.04 0.21 0.05 0.00 0.07 0.02 0.15 0.13 0.02 0.07 0.03 0.12 0.11 0.09
O5' 0.02 0.11 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.01 0.10 0.02 0.21 0.06 0.00 0.00 0.15 0.10 0.10 0.12
OP1 0.04 0.11 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.21 0.13 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05 0.06
OP2 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.17 0.06 0.00 0.02 0.12 0.08 0.08 0.10
P 0.02 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.19 0.08 0.00 0.01 0.12 0.06 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.09 0.08 0.04 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.14 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06
C4 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.09 0.06 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01
C5 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.10 0.06 0.08
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.11 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.10 0.04 0.08
N3 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.08 0.07 0.04 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.09 0.07 0.09
O2 0.01 0.00 0.14 0.14 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.05 0.07 0.07 0.03 0.08
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.08 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.09 0.12 0.03 0.08
O5' 0.07 0.09 0.03 0.08 0.10 0.00 0.10 0.00 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.01 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.08 0.01 0.01 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.04 0.04 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.00 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00