ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53995

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.026, 0.066, 0.107, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.066 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.038, 0.085, 0.131, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.085 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.023, 0.075, 0.126, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.075 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.054, 0.116, 0.177, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.116 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.038, 0.107, 0.176, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.012, 0.082, 0.152, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.082 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.094, 0.200, 0.305, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.200 std_dev=0.106
P A 0, 0.103, 0.243, 0.383, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.243 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.085, 0.238, 0.391, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.238 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.080, 0.236, 0.392, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.236 std_dev=0.156
O3' B 0, 0.084, 0.247, 0.410, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.247 std_dev=0.163
OP2 A 0, 0.172, 0.345, 0.519, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.345 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.142, 0.340, 0.539, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.340 std_dev=0.198
C5' B 0, 0.212, 0.421, 0.629, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.421 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.145, 0.363, 0.580, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.363 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.190, 0.411, 0.632, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.411 std_dev=0.221
O5' B 0, 0.176, 0.402, 0.628, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.402 std_dev=0.226
P B 0, 0.145, 0.383, 0.621, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.383 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.150, 0.392, 0.633, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.392 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.167, 0.422, 0.677, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.422 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.179, 0.451, 0.722, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.451 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.239, 0.524, 0.809, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.524 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.222, 0.524, 0.826, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.524 std_dev=0.302
N9 B 0, 0.234, 0.559, 0.883, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.559 std_dev=0.325
C8 B 0, 0.215, 0.544, 0.873, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.544 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.268, 0.609, 0.949, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.609 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.232, 0.576, 0.920, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.576 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.268, 0.615, 0.963, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.615 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.299, 0.647, 0.996, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.647 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.303, 0.662, 1.022, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.662 std_dev=0.359
C2 B 0, 0.332, 0.694, 1.056, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.694 std_dev=0.362
N6 B 0, 0.307, 0.672, 1.037, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.672 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.337, 0.704, 1.071, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.704 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.12 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.12 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.10 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.10 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.10 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.07 0.05 0.10 0.03 0.12 0.01 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.00 0.08 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.12 0.06
C2 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.12 0.07
C2' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.09 0.05
C3' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.08 0.05
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.12 0.09
C4' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.10 0.08 0.06
C5 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09
C5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.15 0.07 0.08
C6 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08
N1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.12 0.07
N3 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.12 0.08
N4 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.10
O2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.07
O2' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.10 0.05
O3' 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06
O4' 0.06 0.10 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.07
O5' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.11 0.07
OP1 0.04 0.08 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.02 0.05 0.09 0.05 0.06
OP2 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.05
P 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00