ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53996

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.016, 0.047, 0.078, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.005, 0.042, 0.079, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.042 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.034, 0.089, 0.144, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.089 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.030, 0.088, 0.146, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.088 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.042, 0.117, 0.192, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.117 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.052, 0.131, 0.211, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.131 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.051, 0.132, 0.213, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.132 std_dev=0.081
P A 0, 0.050, 0.144, 0.238, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.144 std_dev=0.094
C2' B 0, 0.069, 0.166, 0.264, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.166 std_dev=0.098
O3' B 0, 0.063, 0.163, 0.262, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.163 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.072, 0.178, 0.283, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.178 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.002, 0.117, 0.231, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.117 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.077, 0.192, 0.307, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.192 std_dev=0.115
OP2 A 0, 0.071, 0.195, 0.318, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.195 std_dev=0.124
C4' B 0, 0.066, 0.202, 0.337, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.202 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.081, 0.223, 0.365, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.223 std_dev=0.142
O5' A 0, -0.007, 0.141, 0.289, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.141 std_dev=0.148
O4' B 0, 0.094, 0.247, 0.400, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.247 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.086, 0.245, 0.405, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.245 std_dev=0.159
OP2 B 0, 0.076, 0.257, 0.438, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.257 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.020, 0.201, 0.382, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.201 std_dev=0.181
O5' B 0, 0.073, 0.255, 0.438, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.255 std_dev=0.183
P B 0, 0.043, 0.229, 0.415, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.229 std_dev=0.186
OP1 A 0, 0.063, 0.257, 0.451, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.257 std_dev=0.194
N9 B 0, 0.121, 0.326, 0.531, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.326 std_dev=0.205
C8 B 0, 0.116, 0.388, 0.659, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.388 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.179, 0.462, 0.745, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.462 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.226, 0.540, 0.854, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.540 std_dev=0.314
N7 B 0, 0.144, 0.476, 0.807, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.476 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.281, 0.706, 1.130, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.706 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.099, 0.534, 0.968, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.534 std_dev=0.434
N6 B 0, 0.339, 0.805, 1.271, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.805 std_dev=0.466
N1 B 0, 0.215, 0.779, 1.342, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.779 std_dev=0.564
C2 B 0, 0.111, 0.691, 1.271, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.691 std_dev=0.580

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.18 0.18 0.12
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.18 0.16 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.17 0.14 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.16 0.13 0.10
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.16 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.18 0.16 0.12
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.17 0.15 0.11
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.16 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.18 0.17 0.11
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.18 0.20 0.12
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.18 0.19 0.14
O5' 0.06 0.07 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.08 0.11 0.05 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.18 0.18 0.12 0.04 0.17 0.07 0.16 0.02 0.16 0.18 0.17 0.16 0.18 0.18 0.04 0.18 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.16 0.14 0.07 0.14 0.12 0.13 0.05 0.14 0.16 0.15 0.14 0.17 0.20 0.03 0.19 0.00 0.02 0.00 0.02
P 0.12 0.11 0.07 0.00 0.11 0.06 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.07 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.18 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.15 0.16 0.05 0.05 0.04 0.10 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03
C2 0.04 0.11 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.07 0.10 0.04 0.08 0.03 0.11 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04
C2' 0.07 0.11 0.09 0.08 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.13 0.08 0.09 0.03 0.12 0.06 0.15 0.08 0.04 0.07 0.08 0.08 0.10
C3' 0.11 0.04 0.14 0.13 0.07 0.09 0.11 0.08 0.08 0.20 0.03 0.04 0.11 0.19 0.12 0.19 0.14 0.08 0.11 0.11 0.13 0.15
C4 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.13 0.12 0.03 0.10 0.05 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01
C4' 0.05 0.14 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.10 0.12 0.03 0.11 0.05 0.13 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.05 0.04 0.03 0.09 0.06 0.09 0.10 0.05 0.03 0.14 0.13 0.04 0.10 0.05 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02
C5' 0.07 0.07 0.11 0.09 0.05 0.04 0.08 0.09 0.06 0.16 0.04 0.06 0.09 0.16 0.08 0.15 0.09 0.05 0.05 0.04 0.02 0.07
C6 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.09 0.03 0.07 0.08 0.11 0.03 0.10 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03
N1 0.04 0.12 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.03 0.08 0.03 0.10 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04
N3 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.08 0.02 0.06 0.08 0.10 0.03 0.11 0.05 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03
N4 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.10 0.05 0.12 0.08 0.08 0.02 0.17 0.13 0.03 0.09 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00
O2 0.05 0.14 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.11 0.13 0.02 0.07 0.04 0.12 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04
O2' 0.06 0.23 0.06 0.05 0.11 0.05 0.07 0.06 0.12 0.08 0.20 0.19 0.09 0.06 0.05 0.10 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07
O3' 0.16 0.03 0.18 0.18 0.11 0.15 0.15 0.13 0.12 0.24 0.06 0.05 0.15 0.23 0.17 0.23 0.19 0.14 0.16 0.13 0.18 0.19
O4' 0.06 0.21 0.04 0.04 0.11 0.09 0.07 0.12 0.10 0.06 0.17 0.19 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.10 0.07 0.02 0.07 0.02
O5' 0.05 0.16 0.07 0.04 0.09 0.13 0.05 0.21 0.08 0.06 0.14 0.15 0.05 0.04 0.05 0.14 0.02 0.12 0.16 0.11 0.19 0.11
OP1 0.08 0.21 0.14 0.02 0.09 0.02 0.09 0.09 0.15 0.07 0.21 0.16 0.14 0.02 0.02 0.27 0.03 0.03 0.08 0.06 0.15 0.08
OP2 0.10 0.17 0.12 0.05 0.06 0.06 0.03 0.05 0.09 0.11 0.16 0.13 0.07 0.06 0.06 0.25 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03
P 0.05 0.19 0.10 0.02 0.08 0.03 0.05 0.08 0.11 0.08 0.17 0.15 0.09 0.03 0.01 0.21 0.01 0.02 0.06 0.04 0.09 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.19 0.14 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.20 0.10 0.09 0.19 0.01 0.07
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.09 0.15 0.18 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.09
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.06 0.09 0.11 0.13 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.09
C4 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.07 0.07 0.14 0.01 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.10 0.20 0.05 0.10
C5' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.08 0.04 0.11 0.09 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.08 0.12 0.25 0.05 0.12
C8 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.06 0.11 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.15 0.11 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.17 0.09 0.11 0.24 0.03 0.10
N3 0.02 0.00 0.18 0.13 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.18 0.08 0.06 0.14 0.01 0.05
N6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.08 0.14 0.30 0.08 0.15
N7 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.19 0.07 0.11
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04
O2' 0.01 0.25 0.00 0.03 0.12 0.02 0.07 0.03 0.13 0.07 0.21 0.23 0.10 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.09 0.09
O3' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.06 0.10 0.09 0.17 0.18 0.07 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.09 0.09 0.11
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.05
O5' 0.02 0.09 0.05 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.06 0.11 0.06 0.14 0.10 0.03 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.19 0.08 0.08 0.14 0.02 0.20 0.04 0.25 0.11 0.24 0.14 0.30 0.19 0.08 0.07 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.09 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.07 0.09 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.12 0.07 0.10 0.05 0.15 0.11 0.04 0.09 0.11 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00