ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53997

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O4' A 0, 0.006, 0.149, 0.291, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.149 std_dev=0.143
C2' A 0, 0.003, 0.153, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.153 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.003, 0.167, 0.331, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.006, 0.224, 0.443, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.224 std_dev=0.219
C3' A 0, 0.006, 0.243, 0.481, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.243 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.010, 0.360, 0.710, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.360 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.005, 0.356, 0.706, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.356 std_dev=0.351
C5' A 0, 0.008, 0.374, 0.740, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.374 std_dev=0.366
C8 B 0, 0.015, 0.389, 0.764, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.389 std_dev=0.375
C4' B 0, 0.005, 0.405, 0.806, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.405 std_dev=0.400
C5' B 0, 0.007, 0.411, 0.814, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.411 std_dev=0.403
O5' A 0, 0.012, 0.427, 0.841, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.427 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.019, 0.452, 0.886, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.452 std_dev=0.434
O5' B 0, 0.009, 0.456, 0.902, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.456 std_dev=0.447
P B 0, 0.010, 0.480, 0.951, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.470
OP2 B 0, 0.011, 0.482, 0.954, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.482 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.012, 0.493, 0.974, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.481
N9 B 0, 0.016, 0.523, 1.030, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.523 std_dev=0.507
C3' B 0, 0.013, 0.580, 1.148, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.580 std_dev=0.568
P A 0, 0.015, 0.597, 1.180, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.597 std_dev=0.583
O2' B 0, 0.013, 0.601, 1.189, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.601 std_dev=0.588
C2' B 0, 0.014, 0.610, 1.207, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.610 std_dev=0.596
OP1 B 0, 0.014, 0.625, 1.235, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.625 std_dev=0.610
C5 B 0, 0.024, 0.646, 1.269, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.646 std_dev=0.623
OP2 A 0, 0.015, 0.659, 1.303, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.659 std_dev=0.644
O3' B 0, 0.018, 0.669, 1.320, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.669 std_dev=0.651
OP1 A 0, 0.014, 0.669, 1.323, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.669 std_dev=0.654
C4 B 0, 0.022, 0.693, 1.364, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.693 std_dev=0.671
N6 B 0, 0.033, 0.774, 1.514, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.774 std_dev=0.741
C6 B 0, 0.030, 0.798, 1.566, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.798 std_dev=0.768
N3 B 0, 0.026, 0.871, 1.716, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.871 std_dev=0.845
N1 B 0, 0.035, 0.980, 1.925, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.980 std_dev=0.945
C2 B 0, 0.033, 1.004, 1.976, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.004 std_dev=0.972

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.09 0.12 0.15 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06
C5' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.13 0.15 0.12
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.05
O2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.09 0.15 0.18 0.23 0.19
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.13 0.07 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.15 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.15 0.06 0.23 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.07 0.14 0.05 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.11 0.04 0.13 0.12 0.10 0.06 0.07 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01
C2' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N3 0.07 0.14 0.05 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.12 0.04 0.14 0.12 0.11 0.06 0.07 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01
N4 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2 0.11 0.21 0.10 0.06 0.16 0.04 0.15 0.01 0.17 0.08 0.20 0.19 0.16 0.10 0.12 0.12 0.04 0.08 0.05 0.00 0.03 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01
OP2 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03
P 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.07
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.07 0.07 0.06
C8 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.11 0.10 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.09 0.08
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.12 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
O5' 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.03 0.01 0.06 0.09 0.05 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.11 0.04 0.01 0.09 0.12 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.10 0.05 0.03 0.09 0.12 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.04 0.02 0.08 0.11 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00