ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53998

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, -0.001, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
O4' A 0, -0.051, 0.136, 0.322, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.136 std_dev=0.186
C2' A 0, -0.067, 0.167, 0.400, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.167 std_dev=0.233
O2' A 0, -0.097, 0.239, 0.574, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.239 std_dev=0.336
C4' A 0, -0.096, 0.242, 0.579, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.242 std_dev=0.338
C3' A 0, -0.096, 0.251, 0.598, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.251 std_dev=0.347
OP2 B 0, -0.089, 0.283, 0.656, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.283 std_dev=0.372
O2' B 0, -0.132, 0.357, 0.846, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.357 std_dev=0.489
O3' A 0, -0.147, 0.379, 0.906, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.379 std_dev=0.526
C2' B 0, -0.154, 0.385, 0.924, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.385 std_dev=0.539
P B 0, -0.160, 0.439, 1.037, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.439 std_dev=0.599
C5' A 0, -0.171, 0.438, 1.047, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.438 std_dev=0.609
O5' B 0, -0.206, 0.527, 1.261, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.527 std_dev=0.733
C3' B 0, -0.209, 0.525, 1.259, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.525 std_dev=0.734
OP1 B 0, -0.221, 0.617, 1.454, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.617 std_dev=0.837
C4' B 0, -0.406, 1.011, 2.429, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.011 std_dev=1.417
C5' B 0, -0.453, 1.123, 2.698, 3.350 max_d=3.350 avg_d=1.123 std_dev=1.575
C1' B 0, -0.482, 1.177, 2.837, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.177 std_dev=1.660
O5' A 0, -0.505, 1.260, 3.024, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.260 std_dev=1.765
O4' B 0, -0.526, 1.287, 3.099, 3.849 max_d=3.849 avg_d=1.287 std_dev=1.812
O3' B 0, -0.527, 1.310, 3.147, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.310 std_dev=1.837
P A 0, -0.568, 1.435, 3.438, 4.267 max_d=4.267 avg_d=1.435 std_dev=2.003
OP2 A 0, -0.664, 1.672, 4.008, 4.975 max_d=4.975 avg_d=1.672 std_dev=2.336
OP1 A 0, -0.672, 1.700, 4.072, 5.055 max_d=5.055 avg_d=1.700 std_dev=2.372
N9 B 0, -0.717, 1.748, 4.214, 5.235 max_d=5.235 avg_d=1.748 std_dev=2.466
C8 B 0, -0.803, 1.960, 4.724, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.960 std_dev=2.764
C4 B 0, -0.959, 2.336, 5.630, 6.995 max_d=6.995 avg_d=2.336 std_dev=3.295
N3 B 0, -0.986, 2.408, 5.802, 7.208 max_d=7.208 avg_d=2.408 std_dev=3.394
N7 B 0, -1.093, 2.666, 6.425, 7.982 max_d=7.982 avg_d=2.666 std_dev=3.759
C5 B 0, -1.189, 2.896, 6.981, 8.673 max_d=8.673 avg_d=2.896 std_dev=4.085
C2 B 0, -1.254, 3.065, 7.385, 9.174 max_d=9.174 avg_d=3.065 std_dev=4.319
C6 B 0, -1.475, 3.602, 8.679, 10.782 max_d=10.782 avg_d=3.602 std_dev=5.077
N1 B 0, -1.495, 3.652, 8.800, 10.932 max_d=10.932 avg_d=3.652 std_dev=5.147
N6 B 0, -1.730, 4.236, 10.203, 12.674 max_d=12.674 avg_d=4.236 std_dev=5.966

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.32 0.10 0.19
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.65 0.70 0.59 0.59
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.20 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.07 0.36 0.17
C4 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.67 0.86 0.59 0.65
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.07 0.06 0.10 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.03 0.23 0.22 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.51 0.75 0.33 0.49
C5' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.24 0.00 0.19 0.00 0.14 0.13 0.23 0.26 0.17 0.04 0.04 0.01 0.00 0.42 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.40 0.60 0.18 0.36
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.47 0.57 0.32 0.41
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.07 0.73 0.83 0.70 0.69
N4 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.73 0.95 0.67 0.72
O2 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.12 0.67 0.65 0.68 0.61
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.07 0.02 0.14 0.00 0.03 0.03 0.26 0.17 0.28 0.24
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.04 0.11 0.04 0.04 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.63 0.26 0.66 0.47
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.12 0.03 0.00 0.00 0.41 0.45 0.14 0.29
O5' 0.26 0.65 0.12 0.24 0.67 0.03 0.51 0.00 0.40 0.47 0.73 0.73 0.67 0.26 0.63 0.41 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.32 0.70 0.04 0.07 0.86 0.23 0.75 0.42 0.60 0.57 0.83 0.95 0.65 0.17 0.26 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.59 0.20 0.36 0.59 0.22 0.33 0.35 0.18 0.32 0.70 0.67 0.68 0.28 0.66 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.59 0.10 0.17 0.65 0.02 0.49 0.01 0.36 0.41 0.69 0.72 0.61 0.24 0.47 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.94 1.43 0.17 0.05 1.38 0.26 1.59 0.02 1.67 1.46 1.58 1.30 1.80 1.67 1.26 0.23 0.27 1.02 0.03 0.03 0.01 0.01
C2 0.90 1.76 0.22 0.11 1.65 0.05 2.06 0.39 2.26 1.73 2.09 1.51 2.58 2.16 1.41 0.26 0.41 0.75 0.11 0.07 0.04 0.01
C2' 0.96 1.38 0.17 0.04 1.36 0.32 1.54 0.05 1.58 1.47 1.51 1.27 1.67 1.62 1.27 0.23 0.27 1.09 0.02 0.03 0.05 0.02
C3' 0.47 0.62 0.17 0.13 0.62 0.23 0.69 0.10 0.70 0.69 0.67 0.59 0.73 0.74 0.60 0.09 0.16 0.73 0.03 0.03 0.01 0.00
C4 0.62 1.48 0.19 0.05 1.38 0.26 1.84 0.58 2.07 1.51 1.85 1.21 2.45 1.98 1.14 0.21 0.25 0.35 0.04 0.16 0.10 0.09
C4' 0.49 0.53 0.22 0.14 0.53 0.35 0.53 0.27 0.52 0.54 0.52 0.52 0.50 0.53 0.53 0.13 0.16 0.84 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.51 1.15 0.15 0.02 1.11 0.19 1.48 0.49 1.63 1.26 1.44 0.96 1.92 1.63 0.94 0.17 0.09 0.31 0.03 0.20 0.13 0.13
C5' 0.10 0.08 0.51 0.23 0.06 0.25 0.15 0.27 0.20 0.06 0.16 0.03 0.28 0.17 0.00 0.41 0.10 0.53 0.04 0.01 0.05 0.03
C6 0.62 1.15 0.14 0.02 1.12 0.03 1.42 0.32 1.52 1.27 1.37 1.00 1.74 1.56 0.99 0.18 0.09 0.53 0.04 0.16 0.11 0.11
N1 0.83 1.47 0.18 0.05 1.41 0.05 1.73 0.27 1.85 1.52 1.70 1.28 2.08 1.84 1.24 0.22 0.27 0.76 0.04 0.08 0.05 0.04
N3 0.79 1.75 0.23 0.11 1.62 0.20 2.10 0.53 2.34 1.71 2.14 1.46 2.74 2.21 1.35 0.24 0.39 0.55 0.10 0.11 0.06 0.04
N4 0.53 1.46 0.19 0.05 1.34 0.37 1.85 0.68 2.12 1.47 1.88 1.16 2.57 1.98 1.08 0.20 0.24 0.19 0.04 0.19 0.11 0.10
O2 1.03 1.98 0.25 0.16 1.83 0.01 2.23 0.34 2.46 1.86 2.30 1.70 2.78 2.30 1.56 0.29 0.53 0.90 0.15 0.03 0.01 0.02
O2' 1.25 1.60 0.31 0.01 1.57 0.60 1.68 0.34 1.72 1.60 1.69 1.52 1.75 1.69 1.49 0.37 0.30 1.47 0.04 0.03 0.07 0.05
O3' 0.26 0.26 0.34 0.16 0.26 0.30 0.24 0.31 0.23 0.26 0.25 0.27 0.21 0.23 0.26 0.24 0.10 0.64 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.69 0.92 0.05 0.10 0.90 0.30 0.99 0.10 1.02 0.94 0.99 0.86 1.08 1.03 0.85 0.04 0.20 0.91 0.04 0.01 0.07 0.03
O5' 0.65 0.82 1.35 1.01 0.80 0.41 0.87 0.33 0.91 0.81 0.88 0.78 0.95 0.88 0.75 1.31 0.89 0.13 0.70 0.77 0.43 0.65
OP1 0.96 1.51 1.58 0.96 1.41 0.25 1.62 0.04 1.76 1.40 1.69 1.36 1.92 1.64 1.25 1.61 0.72 0.22 0.43 0.40 0.06 0.28
OP2 0.99 1.48 1.59 1.11 1.38 0.56 1.57 0.44 1.69 1.35 1.63 1.34 1.84 1.57 1.23 1.55 0.91 0.41 0.78 0.94 0.63 0.77
P 0.76 1.18 1.42 0.96 1.11 0.30 1.28 0.15 1.38 1.11 1.32 1.06 1.51 1.30 0.98 1.40 0.78 0.14 0.58 0.65 0.35 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.76 0.10 0.20
C2 0.01 0.00 0.50 0.49 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.46 0.25 0.21 1.02 0.08 0.17
C2' 0.00 0.50 0.00 0.01 0.26 0.04 0.12 0.13 0.23 0.22 0.39 0.50 0.16 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.31 0.94 0.30 0.51
C3' 0.03 0.49 0.01 0.00 0.35 0.00 0.34 0.00 0.42 0.11 0.48 0.44 0.40 0.22 0.19 0.01 0.02 0.03 0.13 0.30 0.07 0.18
C4 0.01 0.01 0.26 0.35 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.30 0.14 0.17 1.07 0.07 0.20
C4' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03 0.28 0.04 0.00 0.01 0.07 0.23 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.33 0.07 0.21 1.22 0.17 0.21
C5' 0.08 0.13 0.13 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.13 0.08 0.14 0.12 0.13 0.09 0.10 0.13 0.19 0.01 0.00 0.21 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.23 0.42 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.42 0.13 0.24 1.22 0.20 0.19
C8 0.00 0.00 0.22 0.11 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.34 0.10 0.14 0.15 1.25 0.14 0.24
N1 0.01 0.00 0.39 0.48 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.48 0.21 0.24 1.13 0.15 0.18
N3 0.01 0.00 0.50 0.44 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.38 0.25 0.17 0.95 0.02 0.18
N6 0.00 0.01 0.16 0.40 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.43 0.09 0.26 1.28 0.27 0.19
N7 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.22 0.07 0.21 1.33 0.23 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.12 1.03 0.03 0.21
O2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.04 0.28 0.11 0.13 0.03 0.34 0.15 0.31 0.11 0.31 0.12 0.00 0.03 0.17 0.20 0.81 0.23 0.40
O3' 0.07 0.46 0.06 0.02 0.30 0.04 0.33 0.19 0.42 0.10 0.48 0.38 0.43 0.22 0.13 0.03 0.00 0.05 0.01 0.14 0.08 0.04
O4' 0.00 0.25 0.01 0.03 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.14 0.21 0.25 0.09 0.07 0.01 0.17 0.05 0.00 0.20 0.31 0.07 0.07
O5' 0.01 0.21 0.31 0.13 0.17 0.01 0.21 0.00 0.24 0.15 0.24 0.17 0.26 0.21 0.12 0.20 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.76 1.02 0.94 0.30 1.07 0.07 1.22 0.21 1.22 1.25 1.13 0.95 1.28 1.33 1.03 0.81 0.14 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.08 0.30 0.07 0.07 0.23 0.17 0.40 0.20 0.14 0.15 0.02 0.27 0.23 0.03 0.23 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.17 0.51 0.18 0.20 0.03 0.21 0.01 0.19 0.24 0.18 0.18 0.19 0.22 0.21 0.40 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00