ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53999

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O3' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O4' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C2' A 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C5' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
P A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O3' B 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
OP1 A 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
OP2 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
O5' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
P B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C5' B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
OP1 B 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C2' B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O2' B 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.533
O4' B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C1' B 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C8 B 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
N9 B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
N7 B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
C4 B 0, 0.000, 0.723, 1.446, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.723 std_dev=0.723
C5 B 0, 0.000, 0.749, 1.499, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.749 std_dev=0.749
N3 B 0, 0.000, 0.781, 1.561, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.781 std_dev=0.781
C6 B 0, 0.000, 0.841, 1.683, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.841 std_dev=0.841
C2 B 0, 0.000, 0.869, 1.738, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.869 std_dev=0.869
N6 B 0, 0.000, 0.877, 1.755, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.877 std_dev=0.877
N1 B 0, 0.000, 0.901, 1.802, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.901 std_dev=0.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.12 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.09 0.07
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
O2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.17 0.13
O3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.02 0.12 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.17 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.11 0.03 0.16 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.10 0.07 0.09 0.04 0.04
C2 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.05 0.05 0.03
C2' 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.16 0.06 0.21 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.09 0.15 0.12 0.12 0.01 0.08
C3' 0.05 0.02 0.02 0.07 0.03 0.12 0.03 0.18 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.11 0.10 0.13 0.02 0.08
C4 0.07 0.06 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.12 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.03 0.11 0.04 0.01 0.07 0.00
C4' 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.08 0.14 0.01 0.08
C5 0.09 0.08 0.04 0.03 0.08 0.11 0.07 0.14 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.01 0.13 0.04 0.03 0.08 0.01
C5' 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.08 0.09 0.13 0.03 0.09
C6 0.09 0.07 0.04 0.04 0.07 0.12 0.06 0.16 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.01 0.13 0.06 0.01 0.07 0.01
N1 0.06 0.04 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.15 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.11 0.06 0.06 0.05 0.03
N3 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04 0.12 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.09 0.04 0.02 0.05 0.02
N4 0.07 0.07 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.02 0.04 0.11 0.03 0.04 0.07 0.01
O2 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04
O2' 0.12 0.08 0.09 0.12 0.09 0.18 0.08 0.22 0.06 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.10 0.08 0.13 0.16 0.12 0.11 0.00 0.08
O3' 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.08 0.14 0.00 0.07
O4' 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.05 0.11 0.04 0.04
O5' 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.09 0.03 0.14 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.01 0.04
OP1 0.05 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
OP2 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
P 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.11 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.12 0.08
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.13 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.11 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.10 0.06
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.14 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.13 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.11 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.10 0.14 0.13 0.09 0.01 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00