ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54006

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 10, 13, 9, 2, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.076, 0.199, 0.322, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.199 std_dev=0.123
O4' A 0, 0.025, 0.159, 0.292, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.159 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.153, 0.295, 0.436, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.295 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.297, 0.483, 0.669, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.483 std_dev=0.186
C4' A 0, 0.071, 0.266, 0.460, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.266 std_dev=0.194
C3' A 0, 0.077, 0.277, 0.477, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.277 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.210, 0.411, 0.612, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.411 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.091, 0.361, 0.631, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.361 std_dev=0.270
O5' A 0, 0.319, 0.630, 0.941, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.630 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.207, 0.550, 0.893, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.550 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.349, 0.709, 1.068, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.709 std_dev=0.359
P A 0, 0.407, 0.790, 1.174, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.790 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.288, 0.673, 1.059, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.673 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.549, 0.939, 1.329, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.939 std_dev=0.390
O3' B 0, 0.343, 0.748, 1.152, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.748 std_dev=0.404
O4' B 0, 0.466, 0.927, 1.389, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.927 std_dev=0.461
OP1 A 0, 0.645, 1.134, 1.624, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.134 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.486, 1.015, 1.544, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.015 std_dev=0.529
N9 B 0, 0.301, 0.886, 1.471, 3.123 max_d=3.123 avg_d=0.886 std_dev=0.585
C8 B 0, 0.494, 1.272, 2.050, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.272 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.531, 1.425, 2.319, 3.800 max_d=3.800 avg_d=1.425 std_dev=0.894
C4 B 0, 0.101, 1.003, 1.904, 4.811 max_d=4.811 avg_d=1.003 std_dev=0.902
O5' B 0, 0.777, 1.795, 2.813, 4.671 max_d=4.671 avg_d=1.795 std_dev=1.018
N7 B 0, 0.461, 1.531, 2.601, 5.076 max_d=5.076 avg_d=1.531 std_dev=1.070
N3 B 0, -0.043, 1.052, 2.147, 6.460 max_d=6.460 avg_d=1.052 std_dev=1.095
C5 B 0, 0.239, 1.371, 2.503, 5.969 max_d=5.969 avg_d=1.371 std_dev=1.132
OP2 B 0, 2.296, 3.629, 4.962, 6.671 max_d=6.671 avg_d=3.629 std_dev=1.333
P B 0, 1.244, 2.690, 4.135, 6.489 max_d=6.489 avg_d=2.690 std_dev=1.446
C2 B 0, -0.061, 1.408, 2.878, 8.292 max_d=8.292 avg_d=1.408 std_dev=1.469
C6 B 0, 0.158, 1.660, 3.162, 7.865 max_d=7.865 avg_d=1.660 std_dev=1.502
N1 B 0, 0.008, 1.662, 3.316, 8.680 max_d=8.680 avg_d=1.662 std_dev=1.654
N6 B 0, 0.272, 2.047, 3.822, 9.274 max_d=9.274 avg_d=2.047 std_dev=1.775
OP1 B 0, 1.068, 2.922, 4.776, 7.348 max_d=7.348 avg_d=2.922 std_dev=1.854

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.03 0.15 0.17 0.27 0.18
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.09 0.14 0.12 0.08
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.09 0.09 0.11 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.11 0.03 0.21 0.28 0.38 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.10 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.21 0.27 0.36 0.26
C5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.18 0.19 0.27 0.19
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.13 0.14 0.23 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.18 0.23 0.34 0.23
N4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.03 0.22 0.32 0.42 0.30
O2 0.04 0.01 0.09 0.11 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.13 0.04 0.13 0.14 0.24 0.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.08 0.12 0.00 0.05 0.05 0.05 0.15 0.11 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.10 0.05 0.11 0.12 0.13 0.05 0.00 0.02 0.14 0.25 0.20 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.08 0.18 0.11
O5' 0.06 0.15 0.09 0.12 0.21 0.02 0.21 0.01 0.18 0.13 0.18 0.22 0.13 0.05 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.17 0.14 0.17 0.28 0.10 0.27 0.09 0.19 0.14 0.23 0.32 0.14 0.15 0.25 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.27 0.12 0.13 0.38 0.09 0.36 0.08 0.27 0.23 0.34 0.42 0.24 0.11 0.20 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.08 0.10 0.26 0.02 0.26 0.02 0.19 0.15 0.23 0.30 0.15 0.06 0.16 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 1.04 0.25 0.23 0.72 0.19 0.80 0.27 0.94 0.62 1.05 0.88 0.97 0.74 0.53 0.18 0.20 0.26 0.46 0.55 0.85 0.56
C2 0.48 1.36 0.29 0.33 1.01 0.31 1.17 0.56 1.38 0.92 1.45 1.11 1.45 1.11 0.77 0.18 0.24 0.41 0.76 0.90 1.44 0.97
C2' 0.30 1.01 0.24 0.19 0.70 0.14 0.80 0.25 0.96 0.63 1.04 0.82 1.02 0.77 0.51 0.19 0.16 0.20 0.48 0.57 0.88 0.57
C3' 0.24 0.81 0.23 0.17 0.55 0.13 0.63 0.21 0.74 0.52 0.81 0.67 0.79 0.61 0.41 0.24 0.15 0.16 0.40 0.48 0.72 0.44
C4 0.55 1.34 0.31 0.42 1.05 0.50 1.30 0.83 1.43 1.11 1.41 1.10 1.53 1.32 0.88 0.17 0.29 0.56 1.01 1.17 1.88 1.28
C4' 0.22 0.71 0.22 0.13 0.46 0.18 0.50 0.16 0.59 0.41 0.68 0.61 0.61 0.47 0.33 0.24 0.16 0.16 0.25 0.36 0.49 0.28
C5 0.52 1.14 0.31 0.43 0.91 0.50 1.07 0.79 1.11 1.01 1.13 0.96 1.14 1.12 0.80 0.18 0.30 0.53 0.95 1.01 1.65 1.13
C5' 0.25 0.54 0.25 0.14 0.35 0.20 0.35 0.20 0.41 0.32 0.49 0.49 0.41 0.34 0.27 0.32 0.16 0.18 0.19 0.36 0.43 0.23
C6 0.44 0.99 0.30 0.35 0.80 0.35 0.88 0.57 0.94 0.81 0.98 0.87 0.95 0.89 0.67 0.16 0.25 0.40 0.73 0.77 1.26 0.85
N1 0.42 1.14 0.28 0.30 0.86 0.27 0.96 0.46 1.09 0.79 1.17 0.97 1.12 0.92 0.67 0.17 0.22 0.35 0.65 0.74 1.19 0.80
N3 0.53 1.41 0.30 0.38 1.08 0.42 1.32 0.72 1.53 1.05 1.55 1.15 1.64 1.28 0.86 0.17 0.27 0.50 0.92 1.09 1.75 1.18
N4 0.57 1.43 0.30 0.46 1.07 0.60 1.39 0.98 1.55 1.22 1.52 1.12 1.73 1.48 0.91 0.18 0.32 0.63 1.15 1.37 2.20 1.49
O2 0.46 1.42 0.29 0.30 1.00 0.27 1.18 0.49 1.42 0.88 1.54 1.13 1.53 1.10 0.74 0.19 0.22 0.38 0.71 0.86 1.36 0.92
O2' 0.27 1.03 0.22 0.16 0.67 0.18 0.78 0.19 0.96 0.58 1.07 0.82 1.03 0.72 0.47 0.19 0.17 0.21 0.37 0.49 0.74 0.47
O3' 0.23 0.75 0.23 0.16 0.50 0.16 0.58 0.20 0.69 0.47 0.77 0.62 0.75 0.57 0.36 0.26 0.17 0.15 0.36 0.47 0.66 0.39
O4' 0.26 0.83 0.23 0.20 0.55 0.20 0.58 0.19 0.69 0.47 0.79 0.72 0.70 0.54 0.39 0.20 0.23 0.21 0.31 0.39 0.57 0.37
O5' 0.25 0.54 0.27 0.12 0.36 0.09 0.39 0.14 0.44 0.39 0.51 0.48 0.46 0.40 0.30 0.35 0.02 0.17 0.31 0.43 0.52 0.30
OP1 0.17 0.42 0.11 0.03 0.23 0.10 0.29 0.24 0.38 0.21 0.42 0.35 0.43 0.29 0.12 0.23 0.02 0.16 0.30 0.70 0.56 0.45
OP2 0.18 0.85 0.23 0.07 0.61 0.21 0.70 0.37 0.83 0.51 0.88 0.71 0.88 0.64 0.41 0.21 0.02 0.13 0.45 0.62 0.67 0.45
P 0.09 0.48 0.14 0.02 0.29 0.08 0.34 0.17 0.43 0.27 0.48 0.41 0.47 0.33 0.16 0.19 0.01 0.09 0.28 0.51 0.42 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.22 0.33 0.32 0.25
C2 0.05 0.00 0.26 0.26 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.28 0.16 0.51 1.03 0.93 0.72
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.13 0.03 0.08 0.13 0.12 0.15 0.20 0.26 0.10 0.10 0.04 0.00 0.04 0.01 0.16 0.26 0.32 0.23
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.18 0.01 0.22 0.05 0.24 0.24 0.25 0.24 0.26 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.16 0.21 0.24 0.18
C4 0.03 0.01 0.13 0.18 0.00 0.08 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.08 0.49 0.89 0.84 0.61
C4' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.12 0.14 0.13 0.16 0.07 0.19 0.04 0.01 0.02 0.19 0.25 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.11 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.04 0.64 1.16 1.14 0.80
C5' 0.08 0.35 0.13 0.05 0.27 0.01 0.32 0.00 0.34 0.34 0.35 0.31 0.38 0.37 0.21 0.10 0.13 0.02 0.01 0.35 0.43 0.02
C6 0.03 0.00 0.12 0.24 0.01 0.11 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.22 0.06 0.65 1.28 1.22 0.86
C8 0.01 0.01 0.15 0.24 0.00 0.17 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.17 0.11 0.71 0.98 1.11 0.79
N1 0.04 0.00 0.20 0.25 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.26 0.12 0.58 1.20 1.10 0.80
N3 0.05 0.01 0.26 0.24 0.00 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.25 0.16 0.44 0.85 0.77 0.60
N6 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.24 0.04 0.73 1.45 1.41 0.97
N7 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.16 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.19 0.07 0.77 1.25 1.34 0.92
N9 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.47 0.71 0.72 0.52
O2' 0.03 0.38 0.00 0.02 0.22 0.19 0.21 0.10 0.26 0.21 0.33 0.36 0.25 0.21 0.11 0.00 0.08 0.13 0.13 0.17 0.38 0.20
O3' 0.14 0.28 0.04 0.01 0.16 0.04 0.17 0.13 0.22 0.17 0.26 0.25 0.24 0.19 0.09 0.08 0.00 0.11 0.21 0.44 0.40 0.27
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.11 0.12 0.16 0.04 0.07 0.02 0.13 0.11 0.00 0.22 0.20 0.27 0.23
O5' 0.22 0.51 0.16 0.16 0.49 0.02 0.64 0.01 0.65 0.71 0.58 0.44 0.73 0.77 0.47 0.13 0.21 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 1.03 0.26 0.21 0.89 0.19 1.16 0.35 1.28 0.98 1.20 0.85 1.45 1.25 0.71 0.17 0.44 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.93 0.32 0.24 0.84 0.25 1.14 0.43 1.22 1.11 1.10 0.77 1.41 1.34 0.72 0.38 0.40 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.72 0.23 0.18 0.61 0.04 0.80 0.02 0.86 0.79 0.80 0.60 0.97 0.92 0.52 0.20 0.27 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00