ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54007

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 15, 12, 9, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O3' B 0, 0.621, 0.774, 0.927, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.774 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.806, 0.973, 1.140, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.973 std_dev=0.167
C2' A 0, 0.852, 1.032, 1.213, 1.403 max_d=1.403 avg_d=1.032 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.719, 0.954, 1.189, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.954 std_dev=0.235
C4' A 0, 1.309, 1.566, 1.824, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.566 std_dev=0.258
O2' A 0, 1.339, 1.603, 1.867, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.603 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.653, 0.926, 1.199, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.926 std_dev=0.273
C3' A 0, 1.451, 1.724, 1.997, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.724 std_dev=0.273
O5' A 0, 1.285, 1.584, 1.882, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.584 std_dev=0.299
C5' A 0, 1.537, 1.882, 2.226, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.882 std_dev=0.344
P A 0, 1.400, 1.759, 2.119, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.759 std_dev=0.360
C5 B 0, 1.659, 2.021, 2.382, 2.501 max_d=2.501 avg_d=2.021 std_dev=0.361
C3' B 0, 1.802, 2.173, 2.544, 2.446 max_d=2.446 avg_d=2.173 std_dev=0.371
N7 B 0, 1.633, 2.005, 2.376, 2.700 max_d=2.700 avg_d=2.005 std_dev=0.371
N6 B 0, 1.546, 1.924, 2.303, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.924 std_dev=0.378
N9 B 0, 1.885, 2.271, 2.657, 2.703 max_d=2.703 avg_d=2.271 std_dev=0.386
C4 B 0, 2.088, 2.488, 2.888, 2.818 max_d=2.818 avg_d=2.488 std_dev=0.400
C8 B 0, 1.913, 2.316, 2.718, 2.829 max_d=2.829 avg_d=2.316 std_dev=0.403
C6 B 0, 1.963, 2.373, 2.783, 2.848 max_d=2.848 avg_d=2.373 std_dev=0.410
C1' B 0, 2.163, 2.590, 3.016, 3.027 max_d=3.027 avg_d=2.590 std_dev=0.427
O3' A 0, 2.304, 2.732, 3.160, 3.160 max_d=3.160 avg_d=2.732 std_dev=0.428
OP2 A 0, 1.915, 2.418, 2.921, 3.670 max_d=3.670 avg_d=2.418 std_dev=0.503
N3 B 0, 2.924, 3.461, 3.999, 3.766 max_d=3.766 avg_d=3.461 std_dev=0.537
OP1 A 0, 2.624, 3.173, 3.722, 4.162 max_d=4.162 avg_d=3.173 std_dev=0.549
N1 B 0, 2.949, 3.515, 4.080, 3.858 max_d=3.858 avg_d=3.515 std_dev=0.566
C2 B 0, 3.364, 3.991, 4.618, 4.410 max_d=4.410 avg_d=3.991 std_dev=0.627
C4' B 0, 3.546, 4.220, 4.894, 4.704 max_d=4.704 avg_d=4.220 std_dev=0.674
O4' B 0, 3.640, 4.328, 5.015, 4.844 max_d=4.844 avg_d=4.328 std_dev=0.688
C5' B 0, 5.342, 6.323, 7.304, 6.804 max_d=6.804 avg_d=6.323 std_dev=0.981
O5' B 0, 5.444, 6.441, 7.438, 6.962 max_d=6.962 avg_d=6.441 std_dev=0.997
P B 0, 7.205, 8.507, 9.809, 8.936 max_d=8.936 avg_d=8.507 std_dev=1.302
OP1 B 0, 8.430, 9.954, 11.478, 10.516 max_d=10.516 avg_d=9.954 std_dev=1.524
OP2 B 0, 8.639, 10.198, 11.757, 10.678 max_d=10.678 avg_d=10.198 std_dev=1.559

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.20 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.08 0.24 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.20 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.19 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.15 0.11 0.21 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.16 0.11 0.19 0.12
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.14 0.08 0.20 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.07 0.22 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.13 0.09 0.22 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.16 0.12 0.20 0.13
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.03 0.09 0.08 0.25 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.02 0.03 0.05 0.11 0.19 0.06
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.10 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.20 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.10 0.18 0.09
O5' 0.05 0.10 0.06 0.09 0.15 0.02 0.16 0.01 0.14 0.09 0.13 0.16 0.09 0.05 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.11 0.11 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.20 0.24 0.20 0.19 0.21 0.16 0.19 0.14 0.20 0.22 0.22 0.20 0.25 0.19 0.20 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.06 0.05 0.11 0.04 0.12 0.01 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.06 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.10 0.11 0.14 0.17 0.12 0.11 0.18 0.11 0.12
C2 0.09 0.14 0.08 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.12 0.17 0.14 0.13
C2' 0.09 0.14 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.09 0.10 0.17 0.11 0.11
C3' 0.08 0.13 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.17 0.11 0.11
C4 0.07 0.15 0.07 0.07 0.11 0.07 0.11 0.11 0.13 0.10 0.15 0.14 0.14 0.12 0.08 0.11 0.10 0.08 0.14 0.14 0.12 0.11
C4' 0.09 0.12 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.12 0.07 0.08 0.08 0.11 0.12 0.10 0.10 0.18 0.12 0.12
C5 0.08 0.16 0.08 0.08 0.12 0.09 0.11 0.12 0.13 0.10 0.15 0.15 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.15 0.13 0.10 0.10
C5' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06 0.12 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.13 0.19 0.15 0.15
C6 0.10 0.16 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.15 0.16 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.14 0.13 0.09 0.09
N1 0.10 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.11 0.10 0.10 0.13 0.15 0.10 0.11 0.16 0.10 0.10
N3 0.08 0.15 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.13 0.14 0.12 0.09 0.11 0.11 0.08 0.13 0.15 0.14 0.13
N4 0.08 0.17 0.08 0.09 0.12 0.09 0.14 0.13 0.16 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.09 0.12 0.10 0.09 0.16 0.14 0.15 0.13
O2 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.09 0.12 0.15 0.10 0.13 0.20 0.18 0.16
O2' 0.11 0.14 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.11 0.18 0.14 0.13
O3' 0.08 0.12 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.17 0.11 0.11
O4' 0.13 0.16 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.16 0.10 0.10 0.11 0.15 0.18 0.12 0.10 0.19 0.12 0.13
O5' 0.07 0.07 0.06 0.09 0.04 0.16 0.06 0.20 0.04 0.12 0.05 0.06 0.05 0.10 0.07 0.05 0.01 0.14 0.20 0.21 0.19 0.18
OP1 0.03 0.14 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.13 0.10 0.06 0.13 0.12 0.10 0.06 0.05 0.11 0.02 0.06 0.12 0.19 0.16 0.15
OP2 0.08 0.22 0.11 0.04 0.15 0.04 0.15 0.05 0.18 0.08 0.21 0.20 0.17 0.11 0.11 0.18 0.01 0.04 0.07 0.13 0.10 0.10
P 0.03 0.11 0.04 0.01 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.03 0.03 0.09 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.07 0.11 0.09 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.07 0.10 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.09 0.11 0.12 0.09
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.12 0.13 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.10 0.11 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02 0.08 0.11 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.02 0.06 0.10 0.08 0.07
N6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.11 0.13 0.16 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.12 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.08 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.10 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.11 0.06 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.05 0.06
O5' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.07 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.03 0.09 0.03 0.12 0.04 0.13 0.11 0.11 0.08 0.16 0.14 0.08 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.10 0.06 0.04 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00