ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 4, 3, 4, 2, 4, 6, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.038, 0.087, 0.136, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.087 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.047, 0.108, 0.169, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.108 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.068, 0.140, 0.213, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.140 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.056, 0.141, 0.225, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.141 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.078, 0.167, 0.257, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.090
C5' B 0, 0.168, 0.278, 0.388, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.278 std_dev=0.110
O5' B 0, 0.180, 0.307, 0.434, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.307 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.111, 0.241, 0.371, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.241 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.115, 0.246, 0.377, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.246 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.175, 0.338, 0.501, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.338 std_dev=0.163
O5' A 0, 0.130, 0.295, 0.459, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.295 std_dev=0.165
P B 0, 0.141, 0.317, 0.492, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.317 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.153, 0.333, 0.512, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.333 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.158, 0.339, 0.520, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.181
C3' B 0, 0.181, 0.369, 0.556, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.369 std_dev=0.188
P A 0, 0.163, 0.357, 0.551, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.357 std_dev=0.194
O4' B 0, 0.213, 0.420, 0.628, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.420 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.148, 0.358, 0.567, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.358 std_dev=0.209
OP1 A 0, 0.195, 0.410, 0.625, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.410 std_dev=0.215
OP2 A 0, 0.167, 0.388, 0.609, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.388 std_dev=0.221
C2' B 0, 0.226, 0.473, 0.719, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.216, 0.479, 0.742, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.479 std_dev=0.263
O2' B 0, 0.252, 0.516, 0.781, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.516 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.169, 0.449, 0.728, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.449 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.200, 0.491, 0.783, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.491 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.187, 0.500, 0.813, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.500 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.246, 0.581, 0.916, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.581 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.234, 0.580, 0.926, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.580 std_dev=0.346
N3 B 0, 0.303, 0.670, 1.037, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.670 std_dev=0.367
C6 B 0, 0.284, 0.677, 1.070, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.677 std_dev=0.393
N6 B 0, 0.290, 0.700, 1.109, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.700 std_dev=0.409
C2 B 0, 0.339, 0.756, 1.172, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.756 std_dev=0.416
N1 B 0, 0.331, 0.761, 1.191, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.761 std_dev=0.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.06 0.11 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.07
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.03 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.11 0.07 0.05 0.11 0.03 0.10 0.01 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.06 0.04 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.05 0.04 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.04 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.12 0.08 0.09 0.12 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06
C2 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.06 0.09 0.11 0.08 0.11 0.12 0.07 0.09 0.08 0.15 0.09
C2' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.12 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06
C3' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.08 0.08 0.12 0.07 0.07 0.10 0.13 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.07
C4 0.12 0.09 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.15 0.10 0.09 0.13 0.15 0.12 0.15 0.11 0.11 0.11 0.14 0.17 0.14
C4' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.12 0.06 0.05 0.08 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09
C5 0.13 0.09 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.13 0.17 0.10 0.10 0.14 0.17 0.14 0.16 0.12 0.12 0.11 0.14 0.15 0.13
C5' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.11 0.07 0.12 0.07 0.09 0.10 0.13 0.06 0.07 0.03 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11
C6 0.11 0.08 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.15 0.09 0.08 0.12 0.15 0.12 0.13 0.13 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10
N1 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.12 0.07 0.07 0.10 0.12 0.09 0.11 0.12 0.07 0.08 0.06 0.13 0.07
N3 0.09 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.09 0.10 0.11 0.17 0.12
N4 0.14 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.17 0.12 0.11 0.14 0.16 0.14 0.18 0.11 0.13 0.13 0.18 0.19 0.16
O2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.11 0.07 0.10 0.11 0.15 0.10
O2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08
O3' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.08 0.08 0.12 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.07
O4' 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.12 0.07 0.08 0.12 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08
O5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.06 0.08 0.09 0.12 0.03 0.05 0.01 0.07 0.10 0.09 0.11 0.09
OP1 0.05 0.09 0.06 0.03 0.06 0.03 0.10 0.05 0.08 0.15 0.07 0.09 0.10 0.16 0.08 0.09 0.02 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
OP2 0.05 0.10 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.07 0.13 0.07 0.09 0.08 0.13 0.07 0.06 0.01 0.02 0.03 0.10 0.07 0.06
P 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.05 0.13 0.06 0.08 0.08 0.13 0.05 0.06 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.08 0.07 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.04
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.07 0.08 0.03
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.08 0.07 0.03
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.07 0.10 0.05
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.15 0.06 0.08
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.06 0.09 0.04 0.08 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.12 0.08 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.15 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00