ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54009

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 2, 1, 0, 1, 1, 1, 3, 3, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.019, 0.055, 0.091, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.055 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.027, 0.071, 0.115, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.001, 0.093, 0.184, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.093 std_dev=0.091
C2' A 0, -0.002, 0.105, 0.213, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.105 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.015, 0.162, 0.309, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.162 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.039, 0.188, 0.338, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.188 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.024, 0.187, 0.350, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.187 std_dev=0.163
O3' A 0, 0.073, 0.324, 0.575, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.324 std_dev=0.251
C5' A 0, 0.038, 0.298, 0.558, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.298 std_dev=0.260
P A 0, 0.177, 0.441, 0.705, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.441 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.040, 0.342, 0.644, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.342 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.184, 0.492, 0.801, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.492 std_dev=0.308
C2' B 0, 0.185, 0.495, 0.805, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.495 std_dev=0.310
O3' B 0, 0.233, 0.553, 0.874, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.553 std_dev=0.321
OP1 A 0, 0.259, 0.604, 0.948, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.604 std_dev=0.344
OP2 A 0, 0.232, 0.580, 0.928, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.580 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.194, 0.626, 1.057, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.626 std_dev=0.431
N9 B 0, 0.082, 0.579, 1.076, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.579 std_dev=0.497
O2' B 0, 0.319, 0.842, 1.366, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.842 std_dev=0.523
O4' B 0, 0.271, 0.807, 1.342, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.807 std_dev=0.536
C4 B 0, 0.041, 0.620, 1.198, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.620 std_dev=0.579
N3 B 0, 0.140, 0.760, 1.379, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.760 std_dev=0.619
C8 B 0, 0.081, 0.702, 1.323, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.702 std_dev=0.621
C4' B 0, 0.316, 0.949, 1.581, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.949 std_dev=0.633
C5 B 0, -0.036, 0.694, 1.425, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.694 std_dev=0.730
N7 B 0, 0.020, 0.781, 1.542, 3.284 max_d=3.284 avg_d=0.781 std_dev=0.761
C2 B 0, 0.074, 0.870, 1.666, 3.336 max_d=3.336 avg_d=0.870 std_dev=0.796
C6 B 0, -0.078, 0.816, 1.710, 3.757 max_d=3.757 avg_d=0.816 std_dev=0.894
N1 B 0, -0.036, 0.880, 1.795, 3.673 max_d=3.673 avg_d=0.880 std_dev=0.916
C5' B 0, 0.468, 1.386, 2.305, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.386 std_dev=0.918
N6 B 0, -0.079, 0.997, 2.072, 4.595 max_d=4.595 avg_d=0.997 std_dev=1.075
O5' B 0, 0.424, 1.980, 3.536, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.980 std_dev=1.556
P B 0, 0.502, 2.740, 4.978, 7.289 max_d=7.289 avg_d=2.740 std_dev=2.238
OP1 B 0, 0.334, 2.904, 5.474, 8.194 max_d=8.194 avg_d=2.904 std_dev=2.570
OP2 B 0, 0.740, 3.514, 6.288, 8.776 max_d=8.776 avg_d=3.514 std_dev=2.774

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.14 0.10 0.23 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.09 0.03 0.22 0.09 0.22 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.29 0.10
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.11 0.07 0.08 0.10 0.11 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.31 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.28 0.16 0.24 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.12 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.04 0.29 0.16 0.23 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.14 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.17 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.04 0.26 0.10 0.22 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.21 0.08 0.22 0.07
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.26 0.12 0.23 0.11
N4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.04 0.29 0.20 0.25 0.18
O2 0.05 0.01 0.12 0.11 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.14 0.05 0.19 0.08 0.22 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.09 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.06 0.10 0.27 0.09
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.04 0.13 0.07 0.10 0.13 0.14 0.05 0.00 0.02 0.18 0.21 0.37 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.14 0.17 0.20 0.12
O5' 0.14 0.22 0.07 0.08 0.28 0.02 0.29 0.01 0.26 0.21 0.26 0.29 0.19 0.06 0.18 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.09 0.08 0.12 0.16 0.12 0.16 0.17 0.10 0.08 0.12 0.20 0.08 0.10 0.21 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.22 0.29 0.31 0.24 0.18 0.23 0.08 0.22 0.22 0.23 0.25 0.22 0.27 0.37 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.10 0.14 0.15 0.05 0.15 0.01 0.09 0.07 0.11 0.18 0.07 0.09 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.53 0.29 0.16 0.37 0.19 0.46 0.24 0.48 0.51 0.51 0.44 0.53 0.53 0.38 0.43 0.17 0.28 0.85 1.24 1.19 0.96
C2 0.30 0.61 0.24 0.16 0.33 0.23 0.43 0.45 0.42 0.56 0.52 0.47 0.48 0.60 0.36 0.37 0.09 0.30 1.20 1.65 1.82 1.43
C2' 0.28 0.54 0.25 0.11 0.35 0.12 0.44 0.24 0.50 0.48 0.53 0.44 0.56 0.52 0.34 0.39 0.14 0.22 0.86 1.32 1.26 1.02
C3' 0.20 0.53 0.18 0.12 0.30 0.11 0.36 0.24 0.43 0.40 0.49 0.43 0.47 0.43 0.26 0.30 0.14 0.15 0.76 1.23 1.06 0.91
C4 0.20 0.77 0.18 0.19 0.39 0.33 0.37 0.64 0.54 0.41 0.74 0.60 0.51 0.40 0.25 0.24 0.08 0.28 1.43 1.94 2.17 1.75
C4' 0.22 0.51 0.21 0.10 0.30 0.12 0.35 0.11 0.41 0.38 0.48 0.42 0.44 0.40 0.27 0.32 0.15 0.17 0.56 0.96 0.74 0.64
C5 0.18 0.68 0.18 0.18 0.39 0.31 0.36 0.58 0.49 0.35 0.63 0.58 0.46 0.35 0.23 0.22 0.09 0.23 1.32 1.78 1.79 1.54
C5' 0.18 0.48 0.19 0.11 0.26 0.12 0.27 0.12 0.32 0.31 0.42 0.42 0.33 0.32 0.21 0.24 0.13 0.14 0.41 0.81 0.55 0.50
C6 0.20 0.57 0.20 0.14 0.28 0.20 0.27 0.40 0.33 0.39 0.48 0.49 0.33 0.37 0.23 0.27 0.07 0.19 1.08 1.49 1.39 1.22
N1 0.28 0.55 0.25 0.15 0.30 0.19 0.37 0.36 0.37 0.49 0.46 0.45 0.41 0.50 0.32 0.36 0.11 0.25 1.05 1.46 1.48 1.20
N3 0.25 0.72 0.20 0.17 0.33 0.29 0.36 0.57 0.43 0.52 0.65 0.54 0.42 0.53 0.31 0.30 0.06 0.30 1.36 1.86 2.11 1.66
N4 0.21 0.85 0.17 0.21 0.48 0.40 0.51 0.75 0.74 0.35 0.90 0.65 0.75 0.38 0.27 0.21 0.12 0.31 1.54 2.14 2.49 1.98
O2 0.34 0.57 0.26 0.16 0.39 0.23 0.54 0.41 0.55 0.62 0.53 0.44 0.67 0.69 0.42 0.41 0.13 0.33 1.16 1.60 1.80 1.38
O2' 0.34 0.58 0.29 0.14 0.42 0.17 0.53 0.19 0.60 0.52 0.61 0.47 0.68 0.58 0.40 0.44 0.16 0.27 0.79 1.23 1.19 0.93
O3' 0.20 0.53 0.19 0.14 0.31 0.14 0.38 0.28 0.45 0.39 0.51 0.43 0.51 0.43 0.26 0.30 0.17 0.15 0.72 1.21 1.04 0.89
O4' 0.29 0.51 0.27 0.17 0.33 0.20 0.38 0.18 0.42 0.43 0.47 0.42 0.44 0.44 0.32 0.39 0.21 0.25 0.65 1.00 0.82 0.69
O5' 0.19 0.42 0.20 0.14 0.23 0.11 0.25 0.16 0.27 0.36 0.34 0.38 0.28 0.35 0.22 0.20 0.01 0.13 0.58 1.02 0.61 0.70
OP1 0.09 0.33 0.06 0.09 0.17 0.20 0.25 0.38 0.26 0.36 0.28 0.29 0.33 0.39 0.16 0.15 0.01 0.17 0.39 0.60 0.69 0.54
OP2 0.16 0.50 0.17 0.07 0.37 0.16 0.45 0.29 0.49 0.49 0.50 0.42 0.54 0.53 0.31 0.11 0.02 0.11 0.64 1.18 0.47 0.82
P 0.05 0.35 0.08 0.02 0.18 0.09 0.24 0.16 0.26 0.34 0.31 0.31 0.30 0.35 0.15 0.10 0.01 0.05 0.40 0.78 0.35 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.32 0.40 0.59 0.31
C2 0.07 0.00 0.23 0.29 0.01 0.16 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.23 0.33 0.06 0.89 0.97 1.42 0.95
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.13 0.13 0.18 0.23 0.12 0.11 0.05 0.01 0.02 0.01 0.36 0.53 0.48 0.29
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.14 0.00 0.11 0.02 0.15 0.19 0.23 0.28 0.13 0.15 0.06 0.02 0.01 0.02 0.38 0.59 0.30 0.32
C4 0.03 0.01 0.11 0.14 0.00 0.11 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.81 0.84 1.18 0.81
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.33 0.46 0.16
C5 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.11 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.91 1.04 1.41 1.00
C5' 0.08 0.34 0.04 0.02 0.29 0.01 0.32 0.00 0.36 0.27 0.36 0.30 0.38 0.31 0.21 0.07 0.06 0.02 0.01 0.39 0.44 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.15 0.02 0.12 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.19 0.03 0.98 1.17 1.62 1.13
C8 0.02 0.02 0.13 0.19 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.21 0.06 0.71 0.83 1.01 0.75
N1 0.05 0.01 0.18 0.23 0.01 0.15 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.27 0.04 0.98 1.12 1.60 1.09
N3 0.07 0.01 0.23 0.28 0.01 0.15 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.30 0.07 0.79 0.81 1.19 0.78
N6 0.03 0.02 0.12 0.13 0.02 0.13 0.02 0.38 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.19 0.04 1.02 1.31 1.75 1.24
N7 0.01 0.02 0.11 0.15 0.01 0.12 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.20 0.05 0.85 1.06 1.33 0.98
N9 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.64 0.65 0.88 0.60
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.11 0.07 0.10 0.07 0.15 0.06 0.20 0.20 0.14 0.07 0.04 0.00 0.06 0.08 0.15 0.45 0.53 0.22
O3' 0.02 0.33 0.02 0.01 0.15 0.03 0.14 0.06 0.19 0.21 0.27 0.30 0.19 0.20 0.07 0.06 0.00 0.04 0.27 0.57 0.35 0.31
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00 0.12 0.34 0.61 0.35
O5' 0.32 0.89 0.36 0.38 0.81 0.01 0.91 0.01 0.98 0.71 0.98 0.79 1.02 0.85 0.64 0.15 0.27 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.97 0.53 0.59 0.84 0.33 1.04 0.39 1.17 0.83 1.12 0.81 1.31 1.06 0.65 0.45 0.57 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 1.42 0.48 0.30 1.18 0.46 1.41 0.44 1.62 1.01 1.60 1.19 1.75 1.33 0.88 0.53 0.35 0.61 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.95 0.29 0.32 0.81 0.16 1.00 0.02 1.13 0.75 1.09 0.78 1.24 0.98 0.60 0.22 0.31 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00