ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54010

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 7, 2, 2, 0, 2, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.023, 0.033, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.025, 0.036, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.036 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.052, 0.076, 0.100, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.076 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.053, 0.081, 0.108, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.081 std_dev=0.027
C3' B 0, 0.148, 0.373, 0.598, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.373 std_dev=0.225
C2' A 0, -0.058, 0.208, 0.474, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.208 std_dev=0.266
O4' A 0, -0.064, 0.207, 0.478, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.207 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.122, 0.423, 0.723, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.423 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.085, 0.416, 0.747, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.416 std_dev=0.331
O2' A 0, -0.077, 0.301, 0.679, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.301 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.079, 0.457, 0.836, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.457 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.092, 0.477, 0.862, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.477 std_dev=0.385
C3' A 0, -0.060, 0.351, 0.763, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.351 std_dev=0.411
P B 0, 0.104, 0.516, 0.928, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.516 std_dev=0.412
C4' A 0, -0.137, 0.303, 0.742, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.303 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.132, 0.576, 1.020, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.576 std_dev=0.444
C1' B 0, 0.058, 0.521, 0.985, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.521 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.077, 0.552, 1.026, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.552 std_dev=0.474
P A 0, -0.022, 0.477, 0.975, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.477 std_dev=0.499
C5' B 0, 0.067, 0.621, 1.175, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.621 std_dev=0.554
O3' A 0, -0.038, 0.526, 1.089, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.526 std_dev=0.563
O5' A 0, -0.109, 0.529, 1.167, 3.356 max_d=3.356 avg_d=0.529 std_dev=0.638
C5' A 0, -0.170, 0.486, 1.142, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.486 std_dev=0.656
OP1 A 0, -0.077, 0.580, 1.237, 3.437 max_d=3.437 avg_d=0.580 std_dev=0.657
OP2 A 0, -0.103, 0.609, 1.321, 3.894 max_d=3.894 avg_d=0.609 std_dev=0.712
OP1 B 0, -0.006, 0.752, 1.510, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.752 std_dev=0.758
N9 B 0, -0.079, 0.735, 1.549, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.735 std_dev=0.814
OP2 B 0, -0.104, 0.841, 1.785, 4.060 max_d=4.060 avg_d=0.841 std_dev=0.944
C8 B 0, -0.107, 0.937, 1.980, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.937 std_dev=1.043
C4 B 0, -0.318, 1.035, 2.387, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.035 std_dev=1.353
N7 B 0, -0.213, 1.157, 2.526, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.157 std_dev=1.370
C5 B 0, -0.357, 1.201, 2.759, 5.514 max_d=5.514 avg_d=1.201 std_dev=1.558
N3 B 0, -0.485, 1.326, 3.137, 6.705 max_d=6.705 avg_d=1.326 std_dev=1.811
C6 B 0, -0.559, 1.564, 3.687, 7.718 max_d=7.718 avg_d=1.564 std_dev=2.123
N6 B 0, -0.579, 1.793, 4.165, 8.324 max_d=8.324 avg_d=1.793 std_dev=2.372
C2 B 0, -0.688, 1.708, 4.104, 8.759 max_d=8.759 avg_d=1.708 std_dev=2.396
N1 B 0, -0.727, 1.808, 4.342, 9.360 max_d=9.360 avg_d=1.808 std_dev=2.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.13 0.00 0.15 0.09 0.25 0.11
C2 0.02 0.00 0.12 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.07 0.34 0.16 0.28 0.14
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.10 0.02 0.09 0.05 0.21 0.00 0.01 0.01 0.22 0.28 0.41 0.32
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.20 0.01 0.17 0.02 0.14 0.12 0.20 0.22 0.18 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.25 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.20 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.13 0.03 0.49 0.26 0.49 0.30
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.13 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.12 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.11 0.07 0.52 0.25 0.48 0.30
C5' 0.03 0.12 0.07 0.02 0.19 0.00 0.19 0.00 0.15 0.09 0.16 0.21 0.11 0.07 0.11 0.01 0.01 0.18 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.09 0.45 0.17 0.31 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.33 0.14 0.24 0.11
N3 0.02 0.00 0.09 0.20 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.06 0.42 0.22 0.40 0.23
N4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.16 0.03 0.53 0.31 0.59 0.36
O2 0.03 0.00 0.21 0.18 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.19 0.13 0.27 0.14 0.24 0.10
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.18 0.14 0.22 0.07 0.20 0.10 0.11 0.20 0.10 0.00 0.04 0.10 0.09 0.19 0.50 0.29
O3' 0.13 0.13 0.01 0.01 0.13 0.02 0.11 0.11 0.08 0.05 0.15 0.16 0.19 0.04 0.00 0.09 0.21 0.37 0.19 0.16
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.13 0.10 0.09 0.00 0.13 0.08 0.32 0.15
O5' 0.15 0.34 0.22 0.24 0.49 0.01 0.52 0.01 0.45 0.33 0.42 0.53 0.27 0.09 0.21 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.28 0.28 0.26 0.12 0.25 0.18 0.17 0.14 0.22 0.31 0.14 0.19 0.37 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.28 0.41 0.25 0.49 0.28 0.48 0.29 0.31 0.24 0.40 0.59 0.24 0.50 0.19 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.32 0.19 0.30 0.07 0.30 0.02 0.19 0.11 0.23 0.36 0.10 0.29 0.16 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 1.77 0.20 0.17 0.90 0.23 0.89 0.33 1.14 0.88 1.55 1.48 1.12 0.96 0.53 0.23 0.30 0.27 0.27 0.46 0.44 0.15
C2 0.33 2.19 0.23 0.08 1.12 0.17 1.05 0.24 1.47 0.81 2.02 1.76 1.38 0.93 0.56 0.28 0.21 0.32 0.31 0.63 0.54 0.18
C2' 0.15 1.68 0.14 0.30 0.74 0.41 0.75 0.52 1.06 0.79 1.50 1.34 1.08 0.86 0.35 0.30 0.51 0.31 0.45 0.48 0.40 0.28
C3' 0.12 1.51 0.18 0.12 0.71 0.21 0.70 0.29 0.98 0.68 1.35 1.24 0.99 0.74 0.32 0.34 0.30 0.15 0.24 0.39 0.50 0.07
C4 0.37 2.08 0.29 0.07 1.23 0.16 1.15 0.20 1.59 0.50 2.03 1.71 1.44 0.65 0.59 0.28 0.13 0.32 0.33 0.72 0.63 0.23
C4' 0.16 1.25 0.18 0.10 0.59 0.14 0.60 0.28 0.78 0.69 1.08 1.06 0.80 0.73 0.34 0.32 0.16 0.14 0.16 0.34 0.48 0.11
C5 0.32 1.74 0.27 0.07 1.08 0.16 0.93 0.22 1.24 0.44 1.62 1.52 1.08 0.50 0.51 0.25 0.12 0.30 0.29 0.58 0.56 0.15
C5' 0.18 0.92 0.27 0.10 0.39 0.10 0.38 0.25 0.53 0.55 0.77 0.79 0.54 0.53 0.20 0.48 0.14 0.11 0.12 0.33 0.47 0.14
C6 0.26 1.66 0.22 0.07 0.94 0.18 0.78 0.27 1.05 0.62 1.46 1.46 0.92 0.61 0.45 0.23 0.17 0.28 0.27 0.48 0.48 0.13
N1 0.29 1.91 0.21 0.10 1.00 0.19 0.91 0.27 1.22 0.80 1.69 1.61 1.13 0.86 0.51 0.25 0.23 0.29 0.29 0.53 0.48 0.15
N3 0.36 2.27 0.27 0.05 1.21 0.16 1.13 0.21 1.63 0.66 2.20 1.81 1.52 0.80 0.58 0.29 0.17 0.33 0.33 0.71 0.60 0.23
N4 0.41 2.05 0.32 0.12 1.30 0.18 1.32 0.21 1.80 0.41 2.13 1.67 1.73 0.71 0.67 0.30 0.13 0.33 0.35 0.82 0.71 0.30
O2 0.33 2.22 0.22 0.10 1.09 0.18 1.08 0.25 1.51 0.90 2.07 1.74 1.51 1.06 0.58 0.27 0.24 0.32 0.31 0.63 0.53 0.19
O2' 0.17 1.68 0.11 0.31 0.75 0.44 0.81 0.62 1.10 0.86 1.51 1.33 1.15 0.96 0.42 0.19 0.47 0.31 0.54 0.57 0.41 0.44
O3' 0.13 1.49 0.19 0.10 0.70 0.16 0.70 0.25 0.98 0.66 1.35 1.21 1.01 0.73 0.32 0.33 0.23 0.12 0.22 0.38 0.55 0.09
O4' 0.29 1.41 0.24 0.19 0.74 0.21 0.73 0.30 0.89 0.80 1.20 1.24 0.88 0.84 0.48 0.28 0.20 0.25 0.19 0.36 0.49 0.15
O5' 0.12 0.97 0.15 0.12 0.46 0.04 0.40 0.14 0.57 0.52 0.84 0.84 0.54 0.47 0.22 0.25 0.02 0.09 0.31 0.68 0.41 0.36
OP1 0.45 0.68 0.33 0.15 0.43 0.31 0.33 0.30 0.41 0.35 0.58 0.62 0.36 0.29 0.35 0.49 0.04 0.42 0.18 0.42 0.34 0.12
OP2 0.11 0.89 0.08 0.13 0.54 0.12 0.51 0.25 0.68 0.30 0.85 0.76 0.66 0.36 0.26 0.15 0.02 0.15 0.30 0.81 0.46 0.43
P 0.14 0.72 0.10 0.02 0.35 0.14 0.26 0.19 0.42 0.26 0.63 0.63 0.37 0.19 0.09 0.25 0.01 0.16 0.15 0.56 0.31 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.22 0.21 0.41 0.19
C2 0.03 0.00 0.37 0.50 0.01 0.17 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.56 0.13 0.78 0.71 0.89 0.77
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.09 0.04 0.15 0.20 0.27 0.38 0.11 0.14 0.04 0.00 0.02 0.02 0.24 0.27 0.34 0.14
C3' 0.01 0.50 0.00 0.00 0.29 0.00 0.19 0.02 0.28 0.17 0.42 0.47 0.23 0.09 0.08 0.02 0.01 0.03 0.23 0.32 0.28 0.11
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.14 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.29 0.06 0.67 0.52 0.64 0.60
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.18 0.12 0.18 0.15 0.19 0.15 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.19 0.39 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.19 0.03 0.73 0.56 0.72 0.70
C5' 0.08 0.37 0.04 0.02 0.34 0.01 0.41 0.00 0.44 0.33 0.42 0.32 0.47 0.40 0.27 0.04 0.07 0.02 0.01 0.30 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.28 0.01 0.18 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.31 0.05 0.81 0.67 0.90 0.83
C8 0.02 0.01 0.20 0.17 0.00 0.12 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.19 0.11 0.49 0.39 0.37 0.37
N1 0.03 0.00 0.27 0.42 0.01 0.18 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.47 0.10 0.83 0.74 0.97 0.85
N3 0.04 0.00 0.38 0.47 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.51 0.13 0.69 0.60 0.73 0.64
N6 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.19 0.01 0.47 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.25 0.04 0.81 0.69 0.94 0.87
N7 0.01 0.01 0.14 0.09 0.00 0.15 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.07 0.63 0.48 0.51 0.57
N9 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.50 0.35 0.42 0.37
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.09 0.13 0.13 0.17 0.10 0.12 0.04 0.00 0.04 0.11 0.11 0.21 0.35 0.11
O3' 0.02 0.56 0.02 0.01 0.29 0.02 0.19 0.07 0.31 0.19 0.47 0.51 0.25 0.12 0.07 0.04 0.00 0.04 0.17 0.38 0.26 0.10
O4' 0.00 0.13 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.10 0.13 0.04 0.07 0.01 0.11 0.04 0.00 0.06 0.14 0.61 0.28
O5' 0.22 0.78 0.24 0.23 0.67 0.02 0.73 0.01 0.81 0.49 0.83 0.69 0.81 0.63 0.50 0.11 0.17 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.21 0.71 0.27 0.32 0.52 0.19 0.56 0.30 0.67 0.39 0.74 0.60 0.69 0.48 0.35 0.21 0.38 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.89 0.34 0.28 0.64 0.39 0.72 0.31 0.90 0.37 0.97 0.73 0.94 0.51 0.42 0.35 0.26 0.61 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.77 0.14 0.11 0.60 0.10 0.70 0.02 0.83 0.37 0.85 0.64 0.87 0.57 0.37 0.11 0.10 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00