ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 1, 1, 5, 4, 2, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.006, 0.029, 0.053, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.055, 0.163, 0.271, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.163 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.027, 0.149, 0.270, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.149 std_dev=0.122
O4' A 0, 0.016, 0.155, 0.293, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.155 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.089, 0.296, 0.503, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.296 std_dev=0.207
C4' A 0, 0.077, 0.293, 0.508, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.293 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.175, 0.414, 0.653, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.414 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.266, 0.524, 0.783, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.524 std_dev=0.259
O3' B 0, 0.170, 0.440, 0.709, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.440 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.385, 0.674, 0.963, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.674 std_dev=0.289
O3' A 0, 0.148, 0.449, 0.749, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.449 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.321, 0.647, 0.974, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.647 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.454, 0.817, 1.180, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.817 std_dev=0.363
O4' B 0, 0.362, 0.725, 1.089, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.725 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.126, 0.490, 0.855, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.490 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.272, 0.650, 1.028, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.650 std_dev=0.378
N9 B 0, 0.459, 0.949, 1.439, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.949 std_dev=0.490
P A 0, -0.002, 0.562, 1.126, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.562 std_dev=0.564
C8 B 0, 0.357, 0.997, 1.637, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.997 std_dev=0.640
O5' A 0, -0.041, 0.658, 1.357, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.658 std_dev=0.699
N7 B 0, 0.657, 1.489, 2.321, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.489 std_dev=0.832
OP1 A 0, -0.181, 0.709, 1.598, 3.431 max_d=3.431 avg_d=0.709 std_dev=0.889
OP2 A 0, -0.222, 0.718, 1.657, 3.564 max_d=3.564 avg_d=0.718 std_dev=0.939
C4 B 0, 0.820, 1.777, 2.734, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.777 std_dev=0.957
P B 0, 0.571, 1.532, 2.492, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.532 std_dev=0.961
OP2 B 0, 0.517, 1.478, 2.439, 4.706 max_d=4.706 avg_d=1.478 std_dev=0.961
O5' B 0, 0.565, 1.539, 2.514, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.539 std_dev=0.974
C5 B 0, 0.925, 1.932, 2.939, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.932 std_dev=1.007
OP1 B 0, 1.038, 2.379, 3.720, 3.816 max_d=3.816 avg_d=2.379 std_dev=1.341
N3 B 0, 1.061, 2.504, 3.948, 3.751 max_d=3.751 avg_d=2.504 std_dev=1.444
C6 B 0, 1.271, 2.754, 4.236, 3.892 max_d=3.892 avg_d=2.754 std_dev=1.482
N6 B 0, 1.443, 3.059, 4.676, 4.433 max_d=4.433 avg_d=3.059 std_dev=1.616
C2 B 0, 1.377, 3.265, 5.153, 4.784 max_d=4.784 avg_d=3.265 std_dev=1.888
N1 B 0, 1.474, 3.389, 5.305, 4.996 max_d=4.996 avg_d=3.389 std_dev=1.916

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.16 0.08 0.32 0.09
C2 0.03 0.00 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.16 0.03 0.37 0.14 0.52 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.12 0.01 0.01 0.01 0.24 0.22 0.22 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.09 0.07 0.15 0.12 0.17 0.01 0.01 0.01 0.33 0.37 0.16 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.51 0.24 0.75 0.36
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.10 0.12 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.17 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.52 0.25 0.74 0.37
C5' 0.03 0.14 0.01 0.01 0.21 0.01 0.21 0.00 0.17 0.11 0.19 0.24 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.28 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.05 0.46 0.18 0.56 0.26
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.35 0.12 0.45 0.18
N3 0.02 0.00 0.06 0.15 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.03 0.45 0.19 0.66 0.29
N4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.04 0.54 0.28 0.84 0.41
O2 0.04 0.00 0.12 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.20 0.04 0.30 0.11 0.44 0.16
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.10 0.00 0.04 0.05 0.06 0.14 0.26 0.09
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.14 0.02 0.11 0.05 0.10 0.07 0.17 0.16 0.20 0.04 0.00 0.01 0.28 0.46 0.21 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.10 0.13 0.35 0.16
O5' 0.16 0.37 0.24 0.33 0.51 0.01 0.52 0.01 0.46 0.35 0.45 0.54 0.30 0.06 0.28 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.14 0.22 0.37 0.24 0.17 0.25 0.28 0.18 0.12 0.19 0.28 0.11 0.14 0.46 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.52 0.22 0.16 0.75 0.31 0.74 0.39 0.56 0.45 0.66 0.84 0.44 0.26 0.21 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.10 0.15 0.36 0.07 0.37 0.02 0.26 0.18 0.29 0.41 0.16 0.09 0.17 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 1.54 0.28 0.21 0.90 0.25 0.85 0.27 1.10 0.64 1.43 1.28 1.01 0.69 0.56 0.24 0.18 0.36 0.73 1.00 0.66 0.62
C2 0.37 1.64 0.20 0.15 0.92 0.26 0.95 0.30 1.31 0.68 1.67 1.28 1.26 0.77 0.54 0.17 0.11 0.40 0.97 1.27 0.86 0.86
C2' 0.38 1.63 0.27 0.16 0.92 0.19 0.91 0.21 1.21 0.62 1.56 1.31 1.17 0.71 0.55 0.24 0.15 0.32 0.75 1.07 0.63 0.65
C3' 0.31 1.44 0.26 0.13 0.81 0.12 0.78 0.17 1.07 0.50 1.39 1.17 1.04 0.57 0.45 0.29 0.18 0.22 0.69 1.01 0.52 0.58
C4 0.27 1.38 0.16 0.16 0.85 0.26 0.93 0.33 1.29 0.42 1.48 1.08 1.30 0.55 0.42 0.14 0.14 0.34 1.06 1.38 0.91 0.95
C4' 0.32 1.26 0.28 0.14 0.72 0.14 0.67 0.21 0.88 0.47 1.16 1.06 0.83 0.51 0.43 0.32 0.15 0.23 0.58 0.84 0.48 0.48
C5 0.26 1.25 0.18 0.15 0.83 0.23 0.86 0.30 1.12 0.35 1.29 1.03 1.08 0.49 0.42 0.16 0.15 0.29 0.97 1.20 0.72 0.80
C5' 0.31 1.00 0.36 0.19 0.57 0.15 0.52 0.21 0.70 0.37 0.92 0.85 0.67 0.39 0.34 0.47 0.21 0.21 0.53 0.77 0.41 0.44
C6 0.31 1.30 0.21 0.14 0.83 0.22 0.78 0.27 1.02 0.43 1.27 1.11 0.94 0.47 0.45 0.18 0.11 0.31 0.84 1.06 0.64 0.67
N1 0.37 1.53 0.23 0.16 0.90 0.24 0.87 0.27 1.15 0.61 1.47 1.26 1.05 0.66 0.53 0.19 0.12 0.36 0.86 1.12 0.72 0.72
N3 0.33 1.54 0.17 0.16 0.88 0.28 0.93 0.33 1.35 0.58 1.64 1.18 1.34 0.67 0.47 0.15 0.11 0.39 1.05 1.38 0.95 0.96
N4 0.23 1.28 0.15 0.18 0.80 0.28 0.94 0.36 1.32 0.32 1.44 0.98 1.42 0.56 0.38 0.14 0.18 0.32 1.08 1.47 1.03 1.03
O2 0.41 1.74 0.21 0.16 0.94 0.27 1.01 0.29 1.39 0.75 1.77 1.32 1.38 0.88 0.58 0.18 0.12 0.42 0.96 1.28 0.90 0.87
O2' 0.43 1.68 0.31 0.22 0.95 0.24 0.94 0.26 1.25 0.67 1.61 1.35 1.22 0.78 0.59 0.27 0.21 0.36 0.70 1.02 0.65 0.61
O3' 0.31 1.49 0.27 0.13 0.82 0.11 0.81 0.17 1.12 0.49 1.44 1.19 1.11 0.59 0.45 0.32 0.19 0.20 0.66 1.02 0.48 0.57
O4' 0.35 1.27 0.27 0.19 0.76 0.21 0.68 0.26 0.86 0.51 1.13 1.11 0.77 0.54 0.47 0.25 0.21 0.29 0.58 0.81 0.55 0.47
O5' 0.31 0.97 0.37 0.13 0.56 0.09 0.50 0.21 0.69 0.34 0.90 0.83 0.66 0.35 0.31 0.55 0.02 0.19 0.61 0.98 0.45 0.60
OP1 0.52 0.76 0.50 0.21 0.54 0.42 0.46 0.39 0.58 0.27 0.71 0.70 0.55 0.29 0.42 0.77 0.01 0.51 0.29 0.52 0.40 0.24
OP2 0.27 0.80 0.10 0.29 0.61 0.35 0.71 0.63 0.82 0.61 0.85 0.67 0.87 0.70 0.48 0.22 0.01 0.36 0.86 1.16 0.83 0.91
P 0.14 0.72 0.21 0.03 0.42 0.12 0.40 0.29 0.56 0.13 0.69 0.61 0.55 0.23 0.17 0.42 0.00 0.10 0.44 0.77 0.39 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.37 0.57 0.18
C2 0.02 0.00 0.32 0.44 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.49 0.13 0.28 0.53 0.61 0.27
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.04 0.16 0.13 0.26 0.32 0.12 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.23 0.50 0.47 0.22
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.29 0.01 0.26 0.05 0.34 0.07 0.42 0.39 0.32 0.13 0.13 0.02 0.01 0.01 0.34 0.53 0.41 0.27
C4 0.02 0.00 0.18 0.29 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.29 0.07 0.27 0.52 0.61 0.27
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.18 0.14 0.16 0.11 0.19 0.17 0.10 0.06 0.03 0.00 0.02 0.23 0.44 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.16 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.28 0.03 0.33 0.62 0.65 0.34
C5' 0.05 0.26 0.04 0.05 0.25 0.01 0.33 0.00 0.35 0.28 0.32 0.21 0.39 0.34 0.20 0.06 0.07 0.02 0.01 0.26 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.18 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.39 0.06 0.35 0.64 0.66 0.36
C8 0.01 0.01 0.13 0.07 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.10 0.30 0.59 0.64 0.33
N1 0.02 0.00 0.26 0.42 0.01 0.16 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.48 0.10 0.33 0.60 0.64 0.33
N3 0.03 0.00 0.32 0.39 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.42 0.13 0.25 0.48 0.60 0.23
N6 0.01 0.01 0.12 0.32 0.01 0.19 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.38 0.04 0.38 0.70 0.68 0.41
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.17 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.06 0.35 0.66 0.67 0.39
N9 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.24 0.48 0.60 0.25
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.12 0.15 0.08 0.09 0.04 0.00 0.10 0.10 0.07 0.37 0.49 0.14
O3' 0.03 0.49 0.04 0.01 0.29 0.03 0.28 0.07 0.39 0.08 0.48 0.42 0.38 0.14 0.11 0.10 0.00 0.02 0.30 0.55 0.38 0.26
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.10 0.13 0.04 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.11 0.24 0.58 0.21
O5' 0.12 0.28 0.23 0.34 0.27 0.02 0.33 0.01 0.35 0.30 0.33 0.25 0.38 0.35 0.24 0.07 0.30 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.37 0.53 0.50 0.53 0.52 0.23 0.62 0.26 0.64 0.59 0.60 0.48 0.70 0.66 0.48 0.37 0.55 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.61 0.47 0.41 0.61 0.44 0.65 0.37 0.66 0.64 0.64 0.60 0.68 0.67 0.60 0.49 0.38 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.27 0.22 0.27 0.27 0.09 0.34 0.02 0.36 0.33 0.33 0.23 0.41 0.39 0.25 0.14 0.26 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00