ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54012

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 4, 3, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.025, 0.050, 0.074, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.025, 0.082, 0.139, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.082 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.047, 0.111, 0.174, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.111 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.081, 0.153, 0.224, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.153 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.055, 0.137, 0.219, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.137 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.079, 0.163, 0.246, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.138, 0.225, 0.311, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.225 std_dev=0.087
P A 0, 0.129, 0.222, 0.316, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.222 std_dev=0.093
O3' B 0, 0.143, 0.252, 0.361, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.252 std_dev=0.109
OP1 A 0, 0.147, 0.263, 0.379, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.263 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.118, 0.242, 0.366, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.242 std_dev=0.124
OP2 A 0, 0.119, 0.244, 0.369, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.244 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.102, 0.234, 0.366, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.234 std_dev=0.132
C3' B 0, 0.144, 0.279, 0.414, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.279 std_dev=0.135
C4' B 0, 0.225, 0.378, 0.530, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.378 std_dev=0.152
C2' B 0, 0.182, 0.360, 0.537, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.360 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.248, 0.435, 0.621, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.435 std_dev=0.187
C5' B 0, 0.220, 0.406, 0.593, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.406 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.216, 0.404, 0.591, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.404 std_dev=0.187
N9 B 0, 0.239, 0.434, 0.628, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.434 std_dev=0.195
O2' B 0, 0.250, 0.454, 0.659, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.454 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.242, 0.472, 0.702, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.472 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.279, 0.521, 0.764, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.521 std_dev=0.243
C8 B 0, 0.267, 0.513, 0.759, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.513 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.248, 0.546, 0.845, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.546 std_dev=0.298
C2 B 0, 0.277, 0.601, 0.924, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.601 std_dev=0.324
N7 B 0, 0.245, 0.575, 0.905, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.575 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.228, 0.618, 1.008, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.618 std_dev=0.390
N1 B 0, 0.242, 0.634, 1.027, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.634 std_dev=0.392
O5' B 0, 0.131, 0.525, 0.920, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.525 std_dev=0.395
N6 B 0, 0.187, 0.706, 1.224, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.706 std_dev=0.518
P B 0, 0.103, 0.798, 1.493, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.798 std_dev=0.695
OP2 B 0, 0.098, 0.905, 1.712, 3.809 max_d=3.809 avg_d=0.905 std_dev=0.807
OP1 B 0, -0.191, 1.035, 2.260, 5.456 max_d=5.456 avg_d=1.035 std_dev=1.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.10 0.13 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.14 0.17 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.14 0.16 0.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.11 0.12 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.12 0.16 0.13
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.12 0.15 0.19 0.16
O2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.07
O5' 0.04 0.09 0.02 0.03 0.12 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.11 0.12 0.08 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.03 0.03 0.14 0.04 0.14 0.04 0.11 0.10 0.12 0.15 0.09 0.05 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.06 0.06 0.17 0.02 0.16 0.01 0.12 0.11 0.16 0.19 0.12 0.05 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.04 0.03 0.14 0.02 0.14 0.01 0.12 0.10 0.13 0.16 0.10 0.03 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.11 0.15 0.16 0.09 0.16 0.13 0.10 0.15 0.60 0.73 0.34
C2 0.12 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.11 0.13 0.13 0.16 0.10 0.22 0.14 0.09 0.29 1.08 0.86 0.64
C2' 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.10 0.15 0.16 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.46 0.67 0.21
C3' 0.05 0.13 0.06 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.13 0.11 0.12 0.14 0.15 0.06 0.07 0.06 0.06 0.16 0.38 0.44 0.09
C4 0.15 0.21 0.20 0.15 0.16 0.12 0.15 0.14 0.16 0.17 0.18 0.20 0.16 0.17 0.15 0.26 0.16 0.12 0.30 1.16 0.72 0.65
C4' 0.06 0.13 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.13 0.12 0.12 0.15 0.16 0.06 0.07 0.07 0.07 0.22 0.48 0.32 0.21
C5 0.15 0.20 0.19 0.15 0.16 0.12 0.17 0.13 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.18 0.16 0.25 0.16 0.12 0.22 0.96 0.59 0.51
C5' 0.07 0.15 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.07 0.07 0.04 0.08 0.38 0.57 0.20 0.39
C6 0.13 0.15 0.16 0.13 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.17 0.14 0.15 0.15 0.17 0.13 0.21 0.15 0.10 0.18 0.81 0.59 0.42
N1 0.11 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.15 0.10 0.13 0.13 0.16 0.11 0.20 0.14 0.09 0.22 0.87 0.75 0.50
N3 0.13 0.17 0.18 0.13 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.16 0.14 0.17 0.14 0.16 0.12 0.25 0.15 0.10 0.33 1.21 0.83 0.70
N4 0.17 0.26 0.22 0.16 0.19 0.13 0.18 0.15 0.19 0.18 0.23 0.24 0.19 0.18 0.17 0.29 0.16 0.14 0.32 1.22 0.70 0.68
O2 0.11 0.11 0.14 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.09 0.12 0.15 0.16 0.09 0.21 0.14 0.09 0.30 1.03 0.93 0.65
O2' 0.08 0.13 0.08 0.08 0.11 0.09 0.15 0.10 0.17 0.16 0.15 0.11 0.21 0.19 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.42 0.69 0.18
O3' 0.06 0.16 0.07 0.06 0.10 0.05 0.12 0.06 0.13 0.14 0.14 0.14 0.16 0.17 0.07 0.07 0.05 0.06 0.22 0.44 0.39 0.18
O4' 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.14 0.10 0.10 0.15 0.16 0.08 0.13 0.12 0.08 0.09 0.40 0.49 0.11
O5' 0.03 0.12 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09 0.12 0.12 0.15 0.05 0.05 0.01 0.05 0.28 0.32 0.17 0.20
OP1 0.04 0.13 0.06 0.02 0.08 0.03 0.14 0.07 0.12 0.21 0.10 0.13 0.17 0.23 0.09 0.10 0.01 0.04 0.41 0.47 0.29 0.42
OP2 0.06 0.15 0.07 0.03 0.11 0.02 0.16 0.03 0.17 0.18 0.16 0.13 0.21 0.21 0.11 0.08 0.01 0.03 0.22 0.21 0.11 0.10
P 0.02 0.12 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.04 0.11 0.16 0.10 0.11 0.14 0.18 0.07 0.06 0.00 0.01 0.28 0.22 0.11 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.37 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.10 0.01 0.41 0.68 0.81 0.59
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.21 0.14 0.27 0.20
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.11 0.05 0.07 0.07 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.25 0.17 0.18 0.21
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.42 0.69 0.78 0.60
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.03 0.04 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.09 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.55 0.98 0.99 0.82
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.09 0.05 0.16 0.18 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.16 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.57 1.06 1.06 0.87
C8 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.54 0.89 0.87 0.76
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.01 0.50 0.90 0.96 0.75
N3 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.02 0.34 0.53 0.69 0.48
N6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.04 0.63 1.25 1.18 1.00
N7 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.61 1.13 1.06 0.93
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.38 0.57 0.67 0.52
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.12 0.13 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.29 0.11 0.10
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.06 0.12 0.07 0.10 0.08 0.12 0.05 0.04 0.00 0.02 0.18 0.20 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.08 0.25 0.08
O5' 0.17 0.41 0.21 0.25 0.42 0.01 0.55 0.00 0.57 0.54 0.50 0.34 0.63 0.61 0.38 0.05 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.68 0.14 0.17 0.69 0.20 0.98 0.16 1.06 0.89 0.90 0.53 1.25 1.13 0.57 0.29 0.20 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.81 0.27 0.18 0.78 0.09 0.99 0.16 1.06 0.87 0.96 0.69 1.18 1.06 0.67 0.11 0.07 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.59 0.20 0.21 0.60 0.04 0.82 0.01 0.87 0.76 0.75 0.48 1.00 0.93 0.52 0.10 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00