ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54013

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 4, 3, 4, 0, 2, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.024, 0.051, 0.077, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.051 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.018, 0.051, 0.083, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.051 std_dev=0.032
O2' A 0, 0.051, 0.161, 0.272, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.161 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.043, 0.160, 0.277, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.160 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.060, 0.177, 0.294, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.177 std_dev=0.117
C3' B 0, 0.226, 0.391, 0.556, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.391 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.157, 0.354, 0.551, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.354 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.185, 0.399, 0.613, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.399 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.167, 0.397, 0.628, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.397 std_dev=0.231
O3' B 0, 0.200, 0.453, 0.706, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.453 std_dev=0.253
O3' A 0, 0.195, 0.460, 0.726, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.460 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.125, 0.407, 0.690, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.407 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.330, 0.617, 0.903, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.617 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.174, 0.486, 0.799, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.486 std_dev=0.312
P A 0, 0.210, 0.522, 0.835, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.522 std_dev=0.313
O4' B 0, 0.152, 0.489, 0.826, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.489 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.371, 0.764, 1.156, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.764 std_dev=0.392
C5' A 0, 0.346, 0.746, 1.146, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.746 std_dev=0.400
OP1 A 0, 0.246, 0.662, 1.077, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.662 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.368, 0.794, 1.220, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.794 std_dev=0.426
N9 B 0, 0.036, 0.525, 1.013, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.525 std_dev=0.489
C5' B 0, 0.284, 0.823, 1.362, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.823 std_dev=0.539
O5' B 0, 0.588, 1.223, 1.858, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.223 std_dev=0.635
P B 0, 0.479, 1.118, 1.758, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.118 std_dev=0.640
C4 B 0, -0.014, 0.627, 1.267, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.627 std_dev=0.640
C8 B 0, 0.114, 0.756, 1.397, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.756 std_dev=0.642
OP2 B 0, 0.647, 1.323, 1.998, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.323 std_dev=0.676
N3 B 0, 0.136, 0.813, 1.491, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.813 std_dev=0.678
N7 B 0, 0.045, 0.874, 1.703, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.874 std_dev=0.829
C5 B 0, -0.095, 0.740, 1.575, 3.033 max_d=3.033 avg_d=0.740 std_dev=0.835
C2 B 0, 0.092, 0.994, 1.897, 3.317 max_d=3.317 avg_d=0.994 std_dev=0.902
OP1 B 0, 0.306, 1.267, 2.228, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.267 std_dev=0.961
C6 B 0, -0.188, 0.860, 1.907, 3.652 max_d=3.652 avg_d=0.860 std_dev=1.048
N1 B 0, -0.086, 0.981, 2.048, 3.761 max_d=3.761 avg_d=0.981 std_dev=1.067
N6 B 0, -0.246, 1.012, 2.271, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.012 std_dev=1.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.27 0.09 0.37 0.12
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.12 0.02 0.52 0.21 0.30 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.11 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.34 0.07
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.10 0.06 0.13 0.13 0.15 0.02 0.01 0.01 0.31 0.34 0.32 0.10
C4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.14 0.05 0.69 0.33 0.34 0.33
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.10 0.13 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.46 0.12
C5 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.06 0.71 0.33 0.34 0.35
C5' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.24 0.00 0.24 0.00 0.19 0.13 0.21 0.26 0.14 0.06 0.04 0.01 0.01 0.36 0.48 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.11 0.06 0.63 0.25 0.29 0.25
N1 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.50 0.19 0.31 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.14 0.04 0.61 0.28 0.31 0.26
N4 0.03 0.02 0.06 0.13 0.00 0.13 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.16 0.06 0.72 0.38 0.38 0.38
O2 0.05 0.00 0.11 0.15 0.02 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.16 0.04 0.43 0.18 0.32 0.16
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.06 0.10 0.40 0.15
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.14 0.02 0.13 0.04 0.11 0.06 0.14 0.16 0.16 0.03 0.00 0.02 0.19 0.39 0.32 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.11 0.08 0.45 0.18
O5' 0.27 0.52 0.27 0.31 0.69 0.01 0.71 0.01 0.63 0.50 0.61 0.72 0.43 0.06 0.19 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.21 0.19 0.34 0.33 0.16 0.33 0.36 0.25 0.19 0.28 0.38 0.18 0.10 0.39 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.30 0.34 0.32 0.34 0.46 0.34 0.48 0.29 0.31 0.31 0.38 0.32 0.40 0.32 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.07 0.10 0.33 0.12 0.35 0.01 0.25 0.17 0.26 0.38 0.16 0.15 0.09 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.29 0.11 0.22 0.33 0.22 0.50 0.34 0.45 0.57 0.31 0.26 0.52 0.64 0.38 0.24 0.26 0.24 0.44 0.41 0.70 0.42
C2 0.15 0.53 0.14 0.14 0.13 0.25 0.37 0.44 0.23 0.60 0.32 0.39 0.40 0.69 0.28 0.28 0.16 0.27 0.72 0.72 0.81 0.67
C2' 0.22 0.31 0.11 0.18 0.37 0.19 0.55 0.31 0.54 0.58 0.39 0.26 0.64 0.67 0.39 0.23 0.21 0.23 0.45 0.44 0.69 0.44
C3' 0.19 0.29 0.17 0.10 0.27 0.12 0.41 0.24 0.39 0.48 0.29 0.26 0.49 0.54 0.30 0.31 0.13 0.17 0.45 0.43 0.64 0.43
C4 0.18 0.85 0.22 0.14 0.39 0.30 0.29 0.54 0.55 0.35 0.82 0.66 0.45 0.29 0.17 0.28 0.14 0.28 0.89 0.92 0.90 0.83
C4' 0.22 0.32 0.21 0.13 0.28 0.11 0.36 0.25 0.34 0.43 0.29 0.31 0.40 0.47 0.29 0.37 0.15 0.15 0.30 0.30 0.64 0.33
C5 0.19 0.75 0.24 0.15 0.42 0.29 0.35 0.51 0.52 0.28 0.70 0.63 0.45 0.24 0.20 0.27 0.16 0.25 0.80 0.78 0.81 0.71
C5' 0.24 0.26 0.31 0.13 0.19 0.10 0.25 0.20 0.22 0.35 0.19 0.28 0.30 0.39 0.22 0.51 0.16 0.15 0.30 0.31 0.64 0.33
C6 0.14 0.54 0.20 0.13 0.22 0.24 0.12 0.42 0.22 0.36 0.42 0.48 0.17 0.32 0.13 0.27 0.13 0.22 0.63 0.57 0.72 0.54
N1 0.14 0.42 0.14 0.15 0.12 0.23 0.30 0.39 0.19 0.53 0.24 0.35 0.30 0.57 0.25 0.27 0.17 0.24 0.60 0.57 0.74 0.54
N3 0.15 0.75 0.18 0.13 0.20 0.28 0.13 0.51 0.21 0.51 0.64 0.55 0.11 0.55 0.19 0.28 0.13 0.29 0.85 0.87 0.89 0.80
N4 0.21 0.95 0.25 0.16 0.51 0.33 0.50 0.59 0.81 0.27 1.02 0.74 0.80 0.22 0.24 0.28 0.17 0.29 1.00 1.08 0.97 0.95
O2 0.19 0.38 0.12 0.16 0.29 0.24 0.60 0.41 0.55 0.68 0.28 0.27 0.76 0.83 0.38 0.28 0.21 0.29 0.68 0.70 0.81 0.65
O2' 0.28 0.47 0.18 0.26 0.50 0.23 0.66 0.33 0.70 0.62 0.60 0.39 0.79 0.73 0.47 0.18 0.30 0.26 0.36 0.37 0.69 0.38
O3' 0.20 0.31 0.17 0.10 0.30 0.10 0.44 0.23 0.45 0.48 0.35 0.28 0.56 0.56 0.31 0.31 0.13 0.16 0.41 0.42 0.62 0.41
O4' 0.21 0.31 0.16 0.19 0.29 0.16 0.37 0.29 0.33 0.45 0.28 0.30 0.38 0.48 0.31 0.30 0.25 0.18 0.33 0.30 0.64 0.32
O5' 0.27 0.55 0.30 0.16 0.46 0.05 0.50 0.13 0.55 0.44 0.57 0.49 0.57 0.49 0.38 0.22 0.02 0.14 0.40 0.37 0.52 0.42
OP1 0.21 0.23 0.07 0.15 0.17 0.39 0.22 0.55 0.22 0.30 0.22 0.20 0.26 0.29 0.21 0.09 0.01 0.36 0.46 0.39 0.64 0.42
OP2 0.06 0.32 0.07 0.04 0.22 0.12 0.26 0.20 0.30 0.24 0.32 0.28 0.33 0.28 0.14 0.06 0.01 0.08 0.54 0.54 0.53 0.52
P 0.03 0.26 0.07 0.02 0.16 0.13 0.20 0.21 0.23 0.21 0.25 0.23 0.26 0.23 0.11 0.07 0.01 0.09 0.27 0.28 0.50 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.22 0.52 0.13
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02 0.40 0.44 0.55 0.18
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.28 0.41 0.11
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.13 0.13 0.15 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.31 0.30 0.37 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.39 0.40 0.57 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.21 0.40 0.06
C5 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.48 0.48 0.59 0.22
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.13 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.26 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.14 0.03 0.51 0.53 0.59 0.24
C8 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.15 0.03 0.44 0.39 0.61 0.20
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.18 0.03 0.47 0.50 0.57 0.22
N3 0.03 0.00 0.13 0.15 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.19 0.02 0.35 0.38 0.54 0.15
N6 0.04 0.02 0.07 0.11 0.02 0.07 0.03 0.13 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.15 0.05 0.57 0.59 0.61 0.29
N7 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.07 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.15 0.03 0.51 0.49 0.62 0.24
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.34 0.32 0.57 0.15
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.10 0.12 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.20 0.44 0.12
O3' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.14 0.15 0.18 0.19 0.15 0.15 0.06 0.04 0.00 0.02 0.26 0.32 0.40 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.17 0.54 0.20
O5' 0.16 0.40 0.23 0.31 0.39 0.02 0.48 0.01 0.51 0.44 0.47 0.35 0.57 0.51 0.34 0.07 0.26 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.44 0.28 0.30 0.40 0.21 0.48 0.26 0.53 0.39 0.50 0.38 0.59 0.49 0.32 0.20 0.32 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.55 0.41 0.37 0.57 0.40 0.59 0.35 0.59 0.61 0.57 0.54 0.61 0.62 0.57 0.44 0.40 0.54 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.11 0.19 0.17 0.06 0.22 0.02 0.24 0.20 0.22 0.15 0.29 0.24 0.15 0.12 0.25 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00