ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54014

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 4, 5, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.041, 0.078, 0.116, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.078 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.040, 0.090, 0.140, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.090 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.008, 0.194, 0.381, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.194 std_dev=0.186
O2' B 0, 0.317, 0.542, 0.767, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.542 std_dev=0.225
C2' A 0, -0.022, 0.209, 0.440, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.209 std_dev=0.231
C4' A 0, -0.024, 0.267, 0.558, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.267 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.263, 0.559, 0.855, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.559 std_dev=0.296
C3' A 0, -0.081, 0.285, 0.652, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.285 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.532, 0.931, 1.331, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.931 std_dev=0.399
O4' B 0, 0.567, 0.982, 1.397, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.982 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.000, 0.421, 0.842, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O2' A 0, -0.182, 0.291, 0.764, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.291 std_dev=0.473
O3' A 0, -0.125, 0.478, 1.081, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.478 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.027, 0.684, 1.340, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.684 std_dev=0.656
C4' B 0, 0.367, 1.050, 1.732, 2.842 max_d=2.842 avg_d=1.050 std_dev=0.683
O3' B 0, -0.080, 0.753, 1.586, 2.843 max_d=2.843 avg_d=0.753 std_dev=0.833
N9 B 0, 0.604, 1.575, 2.546, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.575 std_dev=0.971
O5' A 0, -0.420, 0.668, 1.756, 3.606 max_d=3.606 avg_d=0.668 std_dev=1.088
P A 0, -0.317, 0.841, 2.000, 4.029 max_d=4.029 avg_d=0.841 std_dev=1.158
C8 B 0, 0.907, 2.119, 3.331, 4.841 max_d=4.841 avg_d=2.119 std_dev=1.212
C5' B 0, 0.076, 1.369, 2.662, 4.259 max_d=4.259 avg_d=1.369 std_dev=1.293
OP2 A 0, -0.448, 0.875, 2.199, 4.640 max_d=4.640 avg_d=0.875 std_dev=1.323
OP1 A 0, -0.333, 1.077, 2.486, 4.985 max_d=4.985 avg_d=1.077 std_dev=1.409
C4 B 0, 0.557, 2.285, 4.013, 6.309 max_d=6.309 avg_d=2.285 std_dev=1.728
O5' B 0, -0.123, 1.673, 3.469, 6.473 max_d=6.473 avg_d=1.673 std_dev=1.796
N7 B 0, 0.942, 2.797, 4.653, 7.388 max_d=7.388 avg_d=2.797 std_dev=1.855
N3 B 0, 0.550, 2.713, 4.876, 6.600 max_d=6.600 avg_d=2.713 std_dev=2.163
C5 B 0, 0.596, 2.834, 5.072, 8.333 max_d=8.333 avg_d=2.834 std_dev=2.238
P B 0, -0.493, 2.186, 4.865, 8.975 max_d=8.975 avg_d=2.186 std_dev=2.679
OP2 B 0, -0.403, 2.284, 4.971, 9.811 max_d=9.811 avg_d=2.284 std_dev=2.687
C2 B 0, 0.667, 3.640, 6.612, 9.151 max_d=9.151 avg_d=3.640 std_dev=2.972
C6 B 0, 0.689, 3.735, 6.781, 10.941 max_d=10.941 avg_d=3.735 std_dev=3.046
OP1 B 0, -0.304, 2.785, 5.874, 10.190 max_d=10.190 avg_d=2.785 std_dev=3.089
N1 B 0, 0.777, 4.123, 7.470, 11.265 max_d=11.265 avg_d=4.123 std_dev=3.347
N6 B 0, 0.772, 4.397, 8.022, 13.123 max_d=13.123 avg_d=4.397 std_dev=3.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.15 0.01 0.28 0.33 0.12 0.20
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.05 0.52 0.53 0.51 0.46
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.15 0.11 0.02 0.05 0.03 0.19 0.01 0.02 0.01 0.17 0.30 0.18 0.10
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.03 0.17 0.11 0.14 0.18 0.15 0.02 0.01 0.01 0.16 0.36 0.19 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.07 0.02 0.72 0.70 0.82 0.68
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.04 0.16 0.02 0.00 0.03 0.21 0.23 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.15 0.06 0.73 0.69 0.77 0.68
C5' 0.08 0.08 0.15 0.03 0.08 0.02 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.04 0.11 0.03 0.02 0.29 0.26 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.07 0.64 0.58 0.54 0.54
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.50 0.49 0.40 0.41
N3 0.02 0.00 0.05 0.14 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.05 0.04 0.63 0.63 0.70 0.59
N4 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.03 0.77 0.78 0.95 0.77
O2 0.03 0.01 0.19 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.20 0.09 0.42 0.47 0.42 0.38
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.21 0.16 0.20 0.04 0.16 0.11 0.20 0.23 0.16 0.00 0.04 0.11 0.12 0.25 0.32 0.11
O3' 0.15 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.15 0.11 0.14 0.04 0.05 0.09 0.20 0.04 0.00 0.12 0.14 0.43 0.52 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.09 0.11 0.12 0.00 0.21 0.27 0.07 0.16
O5' 0.28 0.52 0.17 0.16 0.72 0.03 0.73 0.02 0.64 0.50 0.63 0.77 0.42 0.12 0.14 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.53 0.30 0.36 0.70 0.21 0.69 0.29 0.58 0.49 0.63 0.78 0.47 0.25 0.43 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.51 0.18 0.19 0.82 0.23 0.77 0.26 0.54 0.40 0.70 0.95 0.42 0.32 0.52 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.46 0.10 0.10 0.68 0.05 0.68 0.03 0.54 0.41 0.59 0.77 0.38 0.11 0.27 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 1.23 0.30 0.19 0.72 0.22 0.67 0.23 0.88 0.42 1.14 1.05 0.85 0.51 0.42 0.27 0.19 0.28 0.42 0.55 1.04 0.67
C2 0.45 1.52 0.35 0.36 0.93 0.34 0.91 0.54 1.16 0.63 1.44 1.27 1.14 0.76 0.60 0.25 0.30 0.36 0.81 0.88 1.47 1.17
C2' 0.31 1.22 0.33 0.15 0.75 0.18 0.79 0.14 0.99 0.60 1.20 1.00 1.02 0.71 0.49 0.26 0.17 0.24 0.38 0.86 1.10 0.71
C3' 0.22 0.99 0.28 0.21 0.55 0.19 0.59 0.26 0.78 0.52 0.96 0.80 0.81 0.56 0.34 0.29 0.14 0.19 0.46 1.05 1.13 0.79
C4 0.56 1.78 0.37 0.53 1.16 0.49 1.22 0.82 1.49 0.94 1.75 1.48 1.51 1.12 0.80 0.23 0.43 0.43 1.17 1.42 1.85 1.65
C4' 0.19 1.02 0.20 0.10 0.54 0.15 0.50 0.14 0.69 0.46 0.93 0.86 0.66 0.47 0.30 0.23 0.15 0.14 0.27 0.85 0.80 0.50
C5 0.53 1.53 0.36 0.52 1.07 0.48 1.11 0.77 1.30 0.89 1.49 1.33 1.31 1.04 0.76 0.23 0.44 0.40 1.09 1.25 1.69 1.50
C5' 0.21 0.86 0.25 0.15 0.46 0.16 0.44 0.20 0.58 0.48 0.77 0.73 0.56 0.46 0.29 0.26 0.14 0.14 0.28 0.85 0.64 0.44
C6 0.43 1.26 0.34 0.40 0.85 0.36 0.85 0.54 1.01 0.64 1.20 1.11 1.00 0.75 0.58 0.24 0.36 0.35 0.80 0.84 1.36 1.11
N1 0.40 1.31 0.33 0.32 0.82 0.30 0.79 0.43 0.99 0.54 1.23 1.13 0.97 0.65 0.52 0.25 0.28 0.33 0.67 0.70 1.28 0.98
N3 0.53 1.73 0.37 0.46 1.07 0.43 1.10 0.71 1.38 0.81 1.68 1.43 1.38 0.97 0.72 0.25 0.37 0.41 1.02 1.21 1.72 1.47
N4 0.60 2.01 0.37 0.60 1.29 0.57 1.42 0.99 1.76 1.10 2.04 1.62 1.82 1.33 0.89 0.22 0.49 0.45 1.38 1.81 2.13 1.97
O2 0.42 1.52 0.34 0.31 0.89 0.30 0.86 0.46 1.13 0.56 1.44 1.26 1.10 0.68 0.55 0.25 0.25 0.35 0.72 0.77 1.40 1.07
O2' 0.26 1.30 0.28 0.15 0.74 0.18 0.78 0.18 1.02 0.59 1.26 1.06 1.05 0.71 0.44 0.23 0.17 0.20 0.39 0.99 1.13 0.75
O3' 0.32 0.95 0.39 0.43 0.50 0.41 0.55 0.54 0.72 0.59 0.91 0.75 0.76 0.59 0.37 0.35 0.28 0.35 0.72 1.49 1.37 1.10
O4' 0.31 1.15 0.30 0.20 0.68 0.24 0.61 0.22 0.80 0.40 1.05 1.00 0.74 0.46 0.40 0.32 0.19 0.28 0.32 0.44 0.82 0.47
O5' 0.25 0.75 0.28 0.14 0.47 0.08 0.46 0.08 0.60 0.29 0.73 0.63 0.59 0.35 0.29 0.37 0.02 0.17 0.21 0.69 0.56 0.26
OP1 0.23 0.69 0.09 0.09 0.29 0.22 0.27 0.40 0.43 0.27 0.62 0.56 0.44 0.26 0.09 0.21 0.04 0.27 0.63 1.31 0.37 0.69
OP2 0.18 1.20 0.26 0.10 0.83 0.19 0.91 0.23 1.10 0.57 1.23 1.01 1.15 0.77 0.51 0.16 0.04 0.14 0.30 0.92 0.69 0.48
P 0.11 0.70 0.13 0.03 0.39 0.11 0.42 0.16 0.56 0.24 0.68 0.56 0.59 0.33 0.17 0.18 0.02 0.14 0.29 0.88 0.38 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.38 0.42 0.35 0.31
C2 0.03 0.00 0.31 0.55 0.01 0.61 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.38 0.53 1.03 1.46 1.18 1.17
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.19 0.14 0.19 0.24 0.31 0.11 0.12 0.03 0.01 0.02 0.03 0.46 0.51 0.63 0.54
C3' 0.02 0.55 0.01 0.00 0.31 0.01 0.27 0.02 0.34 0.30 0.47 0.52 0.33 0.28 0.15 0.02 0.01 0.03 0.14 0.44 0.43 0.25
C4 0.02 0.01 0.16 0.31 0.00 0.26 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.14 0.27 0.49 0.67 0.47 0.44
C4' 0.02 0.61 0.02 0.01 0.26 0.00 0.14 0.01 0.23 0.41 0.44 0.59 0.18 0.31 0.10 0.23 0.02 0.01 0.02 0.28 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.14 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.10 0.10 0.54 0.80 0.57 0.55
C5' 0.14 0.97 0.19 0.02 0.39 0.01 0.37 0.00 0.42 0.85 0.71 0.91 0.42 0.73 0.32 0.10 0.17 0.02 0.01 0.23 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.34 0.01 0.23 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.21 0.50 0.81 0.59 0.49
C8 0.02 0.01 0.19 0.30 0.01 0.41 0.01 0.85 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.34 0.20 0.28 1.12 1.40 1.11 1.24
N1 0.03 0.01 0.24 0.47 0.02 0.44 0.01 0.71 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.31 0.40 0.73 1.11 0.87 0.81
N3 0.03 0.01 0.31 0.52 0.00 0.59 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.33 0.54 0.97 1.27 1.04 1.06
N6 0.03 0.02 0.11 0.33 0.01 0.18 0.01 0.42 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.25 0.18 0.14 0.55 0.92 0.71 0.60
N7 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01 0.31 0.01 0.73 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.30 0.15 0.17 1.00 1.38 1.09 1.17
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.10 0.01 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.10 0.02 0.54 0.66 0.46 0.51
O2' 0.01 0.41 0.01 0.02 0.23 0.23 0.22 0.10 0.26 0.34 0.34 0.39 0.25 0.30 0.15 0.00 0.06 0.13 0.29 0.39 0.62 0.40
O3' 0.23 0.38 0.02 0.01 0.14 0.02 0.10 0.17 0.19 0.20 0.31 0.33 0.18 0.15 0.10 0.06 0.00 0.18 0.28 0.66 0.29 0.26
O4' 0.01 0.53 0.03 0.03 0.27 0.01 0.10 0.02 0.21 0.28 0.40 0.54 0.14 0.17 0.02 0.13 0.18 0.00 0.31 0.33 0.35 0.21
O5' 0.38 1.03 0.46 0.14 0.49 0.02 0.54 0.01 0.50 1.12 0.73 0.97 0.55 1.00 0.54 0.29 0.28 0.31 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.42 1.46 0.51 0.44 0.67 0.28 0.80 0.23 0.81 1.40 1.11 1.27 0.92 1.38 0.66 0.39 0.66 0.33 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.35 1.18 0.63 0.43 0.47 0.28 0.57 0.35 0.59 1.11 0.87 1.04 0.71 1.09 0.46 0.62 0.29 0.35 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.31 1.17 0.54 0.25 0.44 0.07 0.55 0.01 0.49 1.24 0.81 1.06 0.60 1.17 0.51 0.40 0.26 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00