ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54015

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C1' B 0, 0.277, 0.487, 0.696, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.487 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.193, 0.408, 0.623, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.408 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.169, 0.394, 0.620, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.394 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.146, 0.373, 0.600, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.373 std_dev=0.227
C2' A 0, -0.027, 0.214, 0.455, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.214 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.384, 0.626, 0.869, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.626 std_dev=0.242
O4' A 0, -0.045, 0.198, 0.441, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.198 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.256, 0.535, 0.814, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.535 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.029, 0.313, 0.598, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.313 std_dev=0.284
OP1 A 0, 0.257, 0.569, 0.881, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.569 std_dev=0.312
P A 0, 0.235, 0.552, 0.869, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.552 std_dev=0.317
O4' B 0, 0.490, 0.816, 1.141, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.816 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.514, 0.842, 1.170, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.842 std_dev=0.328
C4' A 0, -0.017, 0.325, 0.666, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.325 std_dev=0.341
C8 B 0, 0.325, 0.701, 1.077, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.701 std_dev=0.376
C3' A 0, -0.044, 0.342, 0.729, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.342 std_dev=0.386
N7 B 0, 0.494, 0.893, 1.293, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.893 std_dev=0.399
OP2 A 0, 0.235, 0.668, 1.101, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.668 std_dev=0.433
O5' A 0, 0.115, 0.560, 1.004, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.560 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.203, 0.655, 1.108, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.655 std_dev=0.452
N3 B 0, 0.404, 0.873, 1.343, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.873 std_dev=0.469
C4' B 0, 0.725, 1.202, 1.679, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.202 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.676, 1.191, 1.705, 1.868 max_d=1.868 avg_d=1.191 std_dev=0.515
O3' A 0, -0.049, 0.482, 1.012, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.482 std_dev=0.531
C5' A 0, -0.027, 0.586, 1.198, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.586 std_dev=0.613
N6 B 0, 0.849, 1.485, 2.120, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.485 std_dev=0.636
C2 B 0, 0.530, 1.211, 1.891, 2.945 max_d=2.945 avg_d=1.211 std_dev=0.681
N1 B 0, 0.647, 1.346, 2.045, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.346 std_dev=0.699
C5' B 0, 1.311, 2.151, 2.992, 3.316 max_d=3.316 avg_d=2.151 std_dev=0.840
O5' B 0, 0.639, 1.519, 2.400, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.519 std_dev=0.880
P B 0, 0.892, 2.244, 3.597, 5.172 max_d=5.172 avg_d=2.244 std_dev=1.353
OP2 B 0, 0.535, 2.057, 3.579, 6.663 max_d=6.663 avg_d=2.057 std_dev=1.522
OP1 B 0, 2.729, 4.361, 5.992, 6.415 max_d=6.415 avg_d=4.361 std_dev=1.631

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.15 0.12 0.36 0.21
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.09 0.03 0.28 0.20 0.37 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.06 0.15 0.00 0.03 0.01 0.18 0.20 0.22 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.17 0.06 0.09 0.10 0.17 0.03 0.01 0.02 0.23 0.34 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.40 0.31 0.40 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.13 0.28 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.04 0.45 0.32 0.38 0.30
C5' 0.03 0.14 0.02 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.20 0.12 0.18 0.23 0.13 0.05 0.03 0.02 0.01 0.24 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.03 0.41 0.25 0.34 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.29 0.19 0.36 0.21
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09 0.03 0.34 0.26 0.39 0.26
N4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.03 0.42 0.35 0.42 0.33
O2 0.04 0.01 0.15 0.17 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.19 0.05 0.22 0.17 0.37 0.21
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.12 0.10 0.19 0.00 0.08 0.05 0.09 0.17 0.25 0.11
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.11 0.02 0.18 0.03 0.18 0.05 0.09 0.12 0.19 0.08 0.00 0.02 0.20 0.46 0.12 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.08 0.15 0.42 0.28
O5' 0.15 0.28 0.18 0.23 0.40 0.01 0.45 0.01 0.41 0.29 0.34 0.42 0.22 0.09 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.20 0.20 0.34 0.31 0.13 0.32 0.24 0.25 0.19 0.26 0.35 0.17 0.17 0.46 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.37 0.22 0.12 0.40 0.28 0.38 0.26 0.34 0.36 0.39 0.42 0.37 0.25 0.12 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.23 0.09 0.12 0.30 0.11 0.30 0.02 0.24 0.21 0.26 0.33 0.21 0.11 0.17 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.63 0.14 0.36 0.30 0.25 0.28 0.36 0.38 0.27 0.53 0.52 0.36 0.28 0.19 0.15 0.45 0.14 0.35 0.36 0.42 0.35
C2 0.12 0.81 0.09 0.32 0.35 0.24 0.34 0.40 0.49 0.32 0.72 0.62 0.46 0.35 0.18 0.10 0.37 0.14 0.48 0.51 0.68 0.49
C2' 0.17 0.64 0.12 0.25 0.31 0.17 0.30 0.30 0.41 0.27 0.57 0.52 0.40 0.29 0.19 0.22 0.32 0.13 0.32 0.36 0.43 0.33
C3' 0.31 0.65 0.28 0.14 0.37 0.13 0.32 0.21 0.43 0.26 0.59 0.56 0.42 0.26 0.27 0.44 0.18 0.20 0.30 0.35 0.42 0.31
C4 0.12 0.76 0.11 0.31 0.34 0.31 0.33 0.51 0.51 0.36 0.73 0.58 0.46 0.36 0.18 0.11 0.33 0.22 0.60 0.66 0.96 0.67
C4' 0.32 0.57 0.27 0.15 0.35 0.13 0.28 0.22 0.37 0.21 0.50 0.51 0.35 0.21 0.26 0.49 0.25 0.20 0.24 0.26 0.43 0.29
C5 0.12 0.65 0.10 0.31 0.33 0.33 0.30 0.52 0.43 0.34 0.60 0.53 0.37 0.30 0.18 0.13 0.32 0.24 0.57 0.60 0.81 0.59
C5' 0.46 0.59 0.49 0.18 0.43 0.21 0.35 0.12 0.42 0.25 0.53 0.56 0.40 0.24 0.36 0.74 0.14 0.33 0.21 0.24 0.45 0.27
C6 0.12 0.62 0.07 0.33 0.32 0.29 0.27 0.45 0.37 0.31 0.54 0.53 0.33 0.28 0.18 0.14 0.35 0.20 0.46 0.48 0.58 0.46
N1 0.13 0.70 0.09 0.34 0.33 0.25 0.30 0.40 0.41 0.30 0.60 0.58 0.38 0.30 0.18 0.13 0.39 0.15 0.42 0.45 0.54 0.42
N3 0.12 0.83 0.10 0.31 0.35 0.27 0.34 0.46 0.53 0.35 0.78 0.62 0.50 0.37 0.18 0.10 0.34 0.17 0.56 0.61 0.87 0.61
N4 0.14 0.73 0.13 0.32 0.33 0.35 0.33 0.57 0.54 0.37 0.75 0.54 0.52 0.37 0.19 0.12 0.32 0.26 0.67 0.76 1.17 0.79
O2 0.13 0.82 0.10 0.32 0.34 0.21 0.35 0.36 0.51 0.31 0.73 0.62 0.51 0.36 0.19 0.11 0.39 0.12 0.45 0.49 0.64 0.46
O2' 0.14 0.56 0.14 0.30 0.27 0.20 0.29 0.30 0.38 0.28 0.51 0.44 0.39 0.31 0.18 0.15 0.38 0.12 0.30 0.31 0.41 0.31
O3' 0.31 0.63 0.28 0.15 0.36 0.15 0.32 0.19 0.43 0.26 0.58 0.54 0.42 0.26 0.27 0.44 0.15 0.22 0.30 0.36 0.45 0.31
O4' 0.24 0.57 0.16 0.32 0.33 0.20 0.27 0.32 0.35 0.22 0.48 0.52 0.31 0.22 0.22 0.33 0.47 0.14 0.30 0.31 0.41 0.33
O5' 0.46 0.72 0.51 0.19 0.57 0.10 0.52 0.14 0.58 0.40 0.68 0.68 0.55 0.42 0.47 0.57 0.01 0.27 0.29 0.37 0.40 0.28
OP1 0.07 0.37 0.12 0.10 0.22 0.34 0.22 0.57 0.29 0.15 0.36 0.31 0.30 0.17 0.12 0.23 0.02 0.25 0.46 0.47 0.80 0.69
OP2 0.07 0.43 0.12 0.07 0.25 0.21 0.26 0.40 0.36 0.19 0.43 0.35 0.37 0.21 0.13 0.16 0.03 0.17 0.40 0.55 0.42 0.40
P 0.11 0.41 0.20 0.02 0.26 0.14 0.25 0.31 0.32 0.15 0.39 0.35 0.32 0.18 0.15 0.26 0.01 0.06 0.26 0.35 0.39 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.18 0.22 0.26 0.24
C2 0.03 0.00 0.20 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.30 0.04 0.40 0.40 0.64 0.47
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.04 0.12 0.06 0.17 0.20 0.11 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.22 0.27 0.21 0.16
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.03 0.19 0.12 0.22 0.22 0.19 0.13 0.08 0.02 0.01 0.03 0.27 0.33 0.20 0.17
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.02 0.43 0.42 0.69 0.51
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.13 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.13 0.22 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.03 0.57 0.57 1.01 0.70
C5' 0.05 0.16 0.04 0.03 0.17 0.00 0.24 0.00 0.24 0.27 0.20 0.13 0.29 0.29 0.16 0.04 0.06 0.02 0.01 0.19 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.22 0.03 0.58 0.59 1.07 0.73
C8 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.05 0.59 0.55 0.97 0.70
N1 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.03 0.50 0.51 0.88 0.62
N3 0.03 0.00 0.20 0.22 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.04 0.34 0.34 0.51 0.39
N6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.22 0.04 0.65 0.69 1.27 0.86
N7 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.05 0.65 0.65 1.20 0.83
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.41 0.39 0.62 0.47
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.11 0.06 0.09 0.04 0.12 0.04 0.17 0.19 0.11 0.04 0.04 0.00 0.06 0.06 0.10 0.15 0.32 0.10
O3' 0.03 0.30 0.03 0.01 0.17 0.02 0.17 0.06 0.22 0.12 0.27 0.26 0.22 0.13 0.09 0.06 0.00 0.02 0.22 0.35 0.34 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.21 0.27 0.25
O5' 0.18 0.40 0.22 0.27 0.43 0.01 0.57 0.01 0.58 0.59 0.50 0.34 0.65 0.65 0.41 0.10 0.22 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.40 0.27 0.33 0.42 0.13 0.57 0.19 0.59 0.55 0.51 0.34 0.69 0.65 0.39 0.15 0.35 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.64 0.21 0.20 0.69 0.22 1.01 0.09 1.07 0.97 0.88 0.51 1.27 1.20 0.62 0.32 0.34 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.47 0.16 0.17 0.51 0.09 0.70 0.01 0.73 0.70 0.62 0.39 0.86 0.83 0.47 0.10 0.19 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00