ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54016

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.016, 0.050, 0.084, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.050 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.002, 0.058, 0.115, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.058 std_dev=0.056
C3' B 0, 0.186, 0.441, 0.696, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.441 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.186, 0.494, 0.801, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.494 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.208, 0.538, 0.867, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.538 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.074, 0.458, 0.841, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.458 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.281, 0.697, 1.112, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.697 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.257, 0.675, 1.093, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.675 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.341, 0.776, 1.211, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.776 std_dev=0.435
N3 B 0, 0.314, 0.798, 1.283, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.798 std_dev=0.484
N9 B 0, 0.291, 0.776, 1.262, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.776 std_dev=0.486
C4 B 0, 0.323, 0.828, 1.333, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.828 std_dev=0.505
C2' A 0, -0.096, 0.428, 0.953, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.428 std_dev=0.525
C8 B 0, 0.316, 0.843, 1.369, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.843 std_dev=0.527
P A 0, 0.172, 0.699, 1.227, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.699 std_dev=0.528
C2 B 0, 0.362, 0.896, 1.429, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.896 std_dev=0.533
OP2 A 0, 0.335, 0.887, 1.440, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.887 std_dev=0.552
O4' A 0, -0.127, 0.432, 0.992, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.432 std_dev=0.560
C5 B 0, 0.375, 0.953, 1.530, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.953 std_dev=0.577
N7 B 0, 0.371, 0.960, 1.550, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.960 std_dev=0.589
O5' A 0, 0.257, 0.849, 1.441, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.849 std_dev=0.592
N1 B 0, 0.406, 1.032, 1.659, 1.655 max_d=1.655 avg_d=1.032 std_dev=0.627
C6 B 0, 0.415, 1.069, 1.722, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.069 std_dev=0.654
C5' B 0, 0.181, 0.839, 1.498, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.839 std_dev=0.659
O5' B 0, 0.347, 1.033, 1.718, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.033 std_dev=0.686
OP2 B 0, 0.494, 1.200, 1.905, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.200 std_dev=0.705
O2' A 0, -0.024, 0.687, 1.397, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.687 std_dev=0.711
OP1 A 0, -0.041, 0.709, 1.459, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.709 std_dev=0.750
N6 B 0, 0.450, 1.227, 2.005, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.227 std_dev=0.778
C4' A 0, -0.039, 0.897, 1.833, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.897 std_dev=0.936
C3' A 0, -0.206, 0.741, 1.688, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.741 std_dev=0.947
P B 0, 0.300, 1.367, 2.434, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.367 std_dev=1.067
C5' A 0, 0.323, 1.527, 2.731, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.527 std_dev=1.204
O3' A 0, -0.315, 0.942, 2.199, 3.211 max_d=3.211 avg_d=0.942 std_dev=1.257
OP1 B 0, -0.102, 1.753, 3.608, 4.982 max_d=4.982 avg_d=1.753 std_dev=1.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.02 0.02 0.04 0.03 0.09 0.03 0.26 0.01 0.26 0.16 0.33 0.16
C2 0.04 0.00 0.21 0.30 0.03 0.06 0.03 0.25 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.04 0.17 0.28 0.10 0.32 0.12
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.20 0.18 0.02 0.17 0.07 0.33 0.01 0.02 0.02 0.68 0.64 0.49 0.51
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.38 0.01 0.32 0.03 0.24 0.22 0.37 0.42 0.23 0.03 0.01 0.03 0.38 0.45 0.42 0.23
C4 0.03 0.03 0.06 0.38 0.00 0.16 0.01 0.37 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.28 0.21 0.08 0.23 0.16 0.30 0.13
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.17 0.09 0.10 0.18 0.08 0.31 0.02 0.00 0.02 0.18 0.42 0.09
C5 0.02 0.03 0.12 0.32 0.01 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.34 0.22 0.07 0.21 0.18 0.27 0.14
C5' 0.12 0.25 0.20 0.03 0.37 0.01 0.38 0.00 0.32 0.23 0.32 0.41 0.22 0.11 0.22 0.03 0.01 0.26 0.40 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.24 0.02 0.17 0.01 0.32 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.31 0.13 0.11 0.23 0.11 0.29 0.13
N1 0.02 0.02 0.02 0.22 0.02 0.09 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.03 0.04 0.27 0.10 0.32 0.14
N3 0.04 0.01 0.17 0.37 0.01 0.10 0.01 0.32 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.18 0.13 0.15 0.26 0.10 0.31 0.10
N4 0.03 0.03 0.07 0.42 0.00 0.18 0.01 0.41 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.30 0.28 0.08 0.21 0.23 0.32 0.16
O2 0.09 0.01 0.33 0.23 0.04 0.08 0.04 0.22 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.15 0.15 0.28 0.32 0.16 0.31 0.14
O2' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.28 0.31 0.34 0.11 0.31 0.17 0.18 0.30 0.15 0.00 0.02 0.23 0.41 0.46 0.49 0.38
O3' 0.26 0.04 0.02 0.01 0.21 0.02 0.22 0.22 0.13 0.03 0.13 0.28 0.15 0.02 0.00 0.19 0.14 0.23 0.57 0.16
O4' 0.01 0.17 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.03 0.11 0.04 0.15 0.08 0.28 0.23 0.19 0.00 0.16 0.12 0.52 0.29
O5' 0.26 0.28 0.68 0.38 0.23 0.02 0.21 0.01 0.23 0.27 0.26 0.21 0.32 0.41 0.14 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.16 0.10 0.64 0.45 0.16 0.18 0.18 0.26 0.11 0.10 0.10 0.23 0.16 0.46 0.23 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.32 0.49 0.42 0.30 0.42 0.27 0.40 0.29 0.32 0.31 0.32 0.31 0.49 0.57 0.52 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.16 0.12 0.51 0.23 0.13 0.09 0.14 0.02 0.13 0.14 0.10 0.16 0.14 0.38 0.16 0.29 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.25 0.21 0.26 0.22 0.58 0.14 0.75 0.12 0.19 0.17 0.29 0.11 0.15 0.23 0.28 0.19 0.49 0.67 1.50 0.40 0.85
C2 0.23 0.16 0.15 0.19 0.11 0.45 0.10 0.55 0.09 0.16 0.10 0.18 0.14 0.16 0.14 0.26 0.18 0.35 0.49 1.15 0.20 0.56
C2' 0.13 0.23 0.22 0.23 0.25 0.13 0.38 0.25 0.40 0.40 0.32 0.18 0.49 0.47 0.26 0.10 0.26 0.11 0.21 1.13 0.16 0.40
C3' 0.11 0.18 0.07 0.09 0.10 0.19 0.09 0.32 0.08 0.16 0.11 0.19 0.12 0.17 0.09 0.11 0.07 0.16 0.25 1.17 0.07 0.49
C4 0.18 0.07 0.16 0.15 0.09 0.33 0.16 0.36 0.15 0.23 0.10 0.06 0.21 0.23 0.16 0.26 0.21 0.24 0.38 0.83 0.20 0.33
C4' 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.26 0.10 0.52 0.08 0.14 0.08 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.07 0.19 0.44 1.40 0.37 0.75
C5 0.18 0.08 0.16 0.17 0.06 0.34 0.14 0.36 0.13 0.21 0.08 0.08 0.19 0.22 0.14 0.27 0.24 0.24 0.41 0.86 0.21 0.36
C5' 0.24 0.15 0.30 0.17 0.16 0.15 0.18 0.27 0.18 0.21 0.16 0.15 0.19 0.20 0.19 0.43 0.26 0.19 0.17 1.13 0.17 0.49
C6 0.22 0.16 0.17 0.21 0.10 0.43 0.08 0.50 0.07 0.16 0.09 0.18 0.13 0.15 0.13 0.29 0.24 0.33 0.51 1.09 0.21 0.53
N1 0.28 0.20 0.18 0.23 0.15 0.50 0.09 0.61 0.08 0.15 0.12 0.23 0.11 0.13 0.17 0.30 0.21 0.40 0.57 1.25 0.26 0.65
N3 0.20 0.10 0.15 0.17 0.08 0.39 0.12 0.45 0.12 0.19 0.08 0.12 0.18 0.19 0.14 0.26 0.19 0.28 0.42 0.97 0.17 0.43
N4 0.20 0.09 0.18 0.15 0.16 0.28 0.23 0.28 0.22 0.29 0.16 0.07 0.27 0.29 0.22 0.24 0.22 0.21 0.33 0.67 0.26 0.23
O2 0.25 0.19 0.15 0.18 0.14 0.46 0.11 0.59 0.10 0.16 0.12 0.21 0.14 0.15 0.16 0.25 0.15 0.37 0.50 1.23 0.22 0.63
O2' 0.14 0.22 0.12 0.09 0.18 0.40 0.34 0.60 0.40 0.29 0.33 0.15 0.51 0.40 0.15 0.13 0.11 0.34 0.58 1.61 0.27 0.82
O3' 0.13 0.20 0.10 0.14 0.14 0.24 0.12 0.44 0.12 0.15 0.15 0.20 0.13 0.14 0.12 0.10 0.10 0.19 0.39 1.42 0.33 0.72
O4' 0.37 0.31 0.25 0.39 0.31 0.64 0.28 0.90 0.25 0.33 0.26 0.33 0.24 0.29 0.33 0.19 0.31 0.52 0.79 1.63 0.63 1.02
O5' 0.19 0.15 0.06 0.16 0.14 0.39 0.12 0.65 0.09 0.17 0.10 0.17 0.11 0.15 0.16 0.10 0.02 0.34 0.68 1.54 0.49 0.89
OP1 0.19 0.43 0.19 0.15 0.38 0.10 0.41 0.09 0.44 0.33 0.44 0.40 0.47 0.38 0.31 0.07 0.03 0.12 0.33 0.82 0.33 0.44
OP2 0.25 0.18 0.21 0.23 0.30 0.21 0.42 0.27 0.39 0.53 0.28 0.16 0.46 0.55 0.36 0.10 0.03 0.22 0.19 0.58 0.51 0.18
P 0.05 0.15 0.06 0.03 0.10 0.08 0.12 0.12 0.12 0.18 0.12 0.15 0.16 0.18 0.09 0.06 0.02 0.06 0.30 0.87 0.23 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.15 0.25 0.25
C2 0.05 0.00 0.16 0.11 0.01 0.04 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.23 0.18 0.04 0.09 0.48 0.42 0.50
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.12 0.17 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.17 0.23 0.12
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.13 0.07 0.12 0.08 0.11 0.03 0.01 0.01 0.03 0.21 0.39 0.22 0.12
C4 0.03 0.01 0.09 0.05 0.00 0.06 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.08 0.03 0.09 0.40 0.38 0.44
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.12 0.18 0.07 0.05 0.16 0.19 0.08 0.08 0.02 0.01 0.02 0.19 0.29 0.10
C5 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.12 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.14 0.51 0.44 0.52
C5' 0.07 0.19 0.03 0.02 0.23 0.01 0.34 0.00 0.35 0.38 0.28 0.15 0.41 0.42 0.23 0.08 0.05 0.02 0.01 0.36 0.38 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.12 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.07 0.06 0.15 0.59 0.48 0.57
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.18 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.13 0.03 0.14 0.35 0.36 0.40
N1 0.04 0.01 0.12 0.07 0.02 0.07 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.13 0.05 0.12 0.57 0.47 0.56
N3 0.05 0.01 0.17 0.12 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.22 0.17 0.03 0.07 0.39 0.37 0.43
N6 0.02 0.03 0.06 0.08 0.02 0.16 0.02 0.41 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.09 0.08 0.07 0.20 0.65 0.52 0.60
N7 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.19 0.01 0.42 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05 0.16 0.49 0.44 0.50
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.29 0.32 0.36
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.08 0.07 0.08 0.11 0.05 0.18 0.22 0.09 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.21 0.22 0.11
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.07 0.13 0.13 0.17 0.08 0.11 0.04 0.04 0.00 0.03 0.22 0.61 0.24 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.08 0.16 0.22 0.23
O5' 0.05 0.09 0.11 0.21 0.09 0.02 0.14 0.01 0.15 0.14 0.12 0.07 0.20 0.16 0.09 0.07 0.22 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.15 0.48 0.17 0.39 0.40 0.19 0.51 0.36 0.59 0.35 0.57 0.39 0.65 0.49 0.29 0.21 0.61 0.16 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.42 0.23 0.22 0.38 0.29 0.44 0.38 0.48 0.36 0.47 0.37 0.52 0.44 0.32 0.22 0.24 0.22 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.50 0.12 0.12 0.44 0.10 0.52 0.02 0.57 0.40 0.56 0.43 0.60 0.50 0.36 0.11 0.22 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00