ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54017

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.003, 0.016, 0.036, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.002, 0.045, 0.089, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.045 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.006, 0.350, 0.694, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.350 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.175, 0.522, 0.869, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.522 std_dev=0.347
O5' A 0, 0.204, 0.559, 0.915, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.559 std_dev=0.355
O2' B 0, 0.127, 0.485, 0.843, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.485 std_dev=0.358
C2' A 0, 0.012, 0.383, 0.755, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.383 std_dev=0.371
P A 0, 0.126, 0.499, 0.872, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.499 std_dev=0.373
O3' B 0, 0.126, 0.514, 0.901, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.514 std_dev=0.388
OP2 A 0, 0.232, 0.644, 1.055, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.644 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.304, 0.793, 1.282, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.793 std_dev=0.489
C3' B 0, 0.118, 0.611, 1.104, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.611 std_dev=0.493
OP1 A 0, 0.297, 0.807, 1.316, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.807 std_dev=0.509
O2' A 0, 0.006, 0.617, 1.229, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.617 std_dev=0.612
C4' B 0, 0.317, 0.957, 1.597, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.957 std_dev=0.640
O4' B 0, 0.366, 1.038, 1.709, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.038 std_dev=0.671
C4' A 0, -0.010, 0.672, 1.354, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.672 std_dev=0.682
C3' A 0, -0.031, 0.662, 1.355, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.662 std_dev=0.693
N9 B 0, 0.395, 1.224, 2.052, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.224 std_dev=0.828
C5' A 0, 0.042, 0.970, 1.897, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.970 std_dev=0.927
C5' B 0, 0.476, 1.451, 2.426, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.451 std_dev=0.975
C4 B 0, 0.255, 1.290, 2.325, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.290 std_dev=1.035
O3' A 0, -0.041, 1.026, 2.094, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.026 std_dev=1.067
N3 B 0, 0.024, 1.094, 2.164, 3.604 max_d=3.604 avg_d=1.094 std_dev=1.070
O5' B 0, 0.380, 1.496, 2.612, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.496 std_dev=1.116
C8 B 0, 0.467, 1.681, 2.895, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.681 std_dev=1.214
C5 B 0, 0.269, 1.714, 3.159, 4.986 max_d=4.986 avg_d=1.714 std_dev=1.445
C2 B 0, -0.200, 1.301, 2.802, 5.002 max_d=5.002 avg_d=1.301 std_dev=1.501
N7 B 0, 0.414, 1.963, 3.513, 5.234 max_d=5.234 avg_d=1.963 std_dev=1.549
P B 0, 0.424, 2.002, 3.580, 4.533 max_d=4.533 avg_d=2.002 std_dev=1.578
OP2 B 0, 0.455, 2.054, 3.652, 4.925 max_d=4.925 avg_d=2.054 std_dev=1.598
OP1 B 0, 0.375, 2.149, 3.924, 4.849 max_d=4.849 avg_d=2.149 std_dev=1.775
C6 B 0, 0.067, 1.868, 3.670, 6.176 max_d=6.176 avg_d=1.868 std_dev=1.801
N1 B 0, -0.185, 1.634, 3.453, 6.132 max_d=6.132 avg_d=1.634 std_dev=1.819
N6 B 0, 0.046, 2.270, 4.494, 7.582 max_d=7.582 avg_d=2.270 std_dev=2.224

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.23 0.01 0.30 0.20 0.22 0.09
C2 0.04 0.00 0.21 0.35 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.11 0.06 0.26 0.12 0.31 0.11
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.15 0.16 0.02 0.16 0.06 0.37 0.00 0.02 0.03 0.66 0.59 0.47 0.46
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.39 0.01 0.31 0.03 0.22 0.24 0.41 0.43 0.35 0.02 0.01 0.03 0.38 0.44 0.36 0.19
C4 0.02 0.02 0.06 0.39 0.00 0.22 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.23 0.03 0.22 0.17 0.27 0.14
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.22 0.00 0.23 0.00 0.19 0.12 0.18 0.25 0.11 0.26 0.03 0.00 0.03 0.22 0.35 0.08
C5 0.01 0.02 0.11 0.31 0.01 0.23 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.33 0.20 0.06 0.21 0.16 0.22 0.12
C5' 0.05 0.23 0.15 0.03 0.40 0.00 0.39 0.00 0.30 0.20 0.33 0.45 0.16 0.10 0.20 0.02 0.01 0.35 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.22 0.01 0.19 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.11 0.07 0.25 0.11 0.20 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.12 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.04 0.01 0.27 0.11 0.26 0.09
N3 0.03 0.01 0.16 0.41 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.19 0.04 0.23 0.13 0.30 0.12
N4 0.02 0.02 0.06 0.43 0.00 0.25 0.02 0.45 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.37 0.28 0.03 0.21 0.23 0.30 0.17
O2 0.07 0.01 0.37 0.35 0.02 0.11 0.03 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.20 0.14 0.10 0.27 0.13 0.34 0.12
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.34 0.26 0.33 0.10 0.28 0.20 0.30 0.37 0.20 0.00 0.04 0.20 0.35 0.38 0.38 0.25
O3' 0.23 0.11 0.02 0.01 0.23 0.03 0.20 0.20 0.11 0.04 0.19 0.28 0.14 0.04 0.00 0.13 0.11 0.23 0.48 0.07
O4' 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.10 0.20 0.13 0.00 0.12 0.16 0.33 0.16
O5' 0.30 0.26 0.66 0.38 0.22 0.03 0.21 0.01 0.25 0.27 0.23 0.21 0.27 0.35 0.11 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.20 0.12 0.59 0.44 0.17 0.22 0.16 0.35 0.11 0.11 0.13 0.23 0.13 0.38 0.23 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.31 0.47 0.36 0.27 0.35 0.22 0.40 0.20 0.26 0.30 0.30 0.34 0.38 0.48 0.33 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.46 0.19 0.14 0.08 0.12 0.02 0.08 0.09 0.12 0.17 0.12 0.25 0.07 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.31 0.21 0.45 0.31 0.77 0.43 1.13 0.35 0.64 0.26 0.32 0.44 0.64 0.41 0.26 0.32 0.64 1.05 1.78 1.28 1.40
C2 0.23 0.49 0.17 0.35 0.20 0.73 0.21 1.05 0.24 0.44 0.39 0.40 0.23 0.38 0.23 0.25 0.28 0.58 0.90 1.55 1.04 1.17
C2' 0.30 0.22 0.35 0.34 0.33 0.52 0.51 0.84 0.43 0.73 0.26 0.21 0.56 0.75 0.44 0.40 0.28 0.45 0.79 1.61 1.13 1.19
C3' 0.18 0.23 0.14 0.23 0.19 0.37 0.32 0.58 0.26 0.51 0.18 0.22 0.36 0.52 0.27 0.20 0.18 0.31 0.55 1.28 0.90 0.92
C4 0.16 0.68 0.16 0.24 0.36 0.60 0.40 0.80 0.52 0.37 0.65 0.53 0.54 0.39 0.25 0.13 0.26 0.46 0.61 1.10 0.67 0.78
C4' 0.23 0.28 0.21 0.29 0.33 0.35 0.47 0.56 0.45 0.56 0.35 0.25 0.55 0.61 0.36 0.28 0.25 0.30 0.59 1.26 0.96 0.95
C5 0.13 0.56 0.16 0.23 0.30 0.55 0.34 0.69 0.43 0.36 0.52 0.44 0.44 0.38 0.22 0.11 0.27 0.39 0.52 0.97 0.59 0.66
C5' 0.24 0.23 0.27 0.20 0.24 0.21 0.33 0.21 0.33 0.41 0.29 0.18 0.39 0.42 0.27 0.39 0.24 0.22 0.12 0.65 0.42 0.38
C6 0.16 0.39 0.15 0.30 0.16 0.62 0.19 0.82 0.20 0.37 0.31 0.33 0.21 0.33 0.18 0.18 0.29 0.45 0.65 1.18 0.77 0.85
N1 0.24 0.38 0.16 0.36 0.18 0.72 0.22 1.01 0.18 0.46 0.27 0.34 0.21 0.41 0.25 0.25 0.29 0.55 0.87 1.50 1.02 1.14
N3 0.19 0.62 0.16 0.30 0.28 0.69 0.29 0.96 0.40 0.38 0.56 0.49 0.40 0.35 0.21 0.20 0.27 0.54 0.78 1.36 0.88 1.00
N4 0.18 0.84 0.16 0.20 0.49 0.56 0.56 0.72 0.73 0.41 0.85 0.64 0.77 0.50 0.33 0.07 0.26 0.43 0.53 0.96 0.56 0.65
O2 0.27 0.47 0.18 0.37 0.20 0.77 0.24 1.14 0.21 0.50 0.35 0.40 0.23 0.45 0.27 0.29 0.27 0.62 1.01 1.73 1.19 1.34
O2' 0.37 0.24 0.28 0.44 0.42 0.79 0.64 1.23 0.58 0.84 0.36 0.25 0.75 0.90 0.52 0.31 0.31 0.67 1.18 2.20 1.58 1.70
O3' 0.18 0.25 0.13 0.24 0.26 0.36 0.40 0.60 0.38 0.52 0.28 0.22 0.50 0.57 0.30 0.24 0.19 0.30 0.62 1.43 1.05 1.06
O4' 0.31 0.30 0.22 0.44 0.36 0.62 0.49 0.94 0.45 0.64 0.34 0.30 0.54 0.66 0.42 0.26 0.35 0.50 0.93 1.58 1.22 1.27
O5' 0.07 0.29 0.09 0.12 0.23 0.34 0.32 0.63 0.37 0.26 0.35 0.24 0.44 0.34 0.16 0.23 0.02 0.27 0.50 1.08 0.62 0.74
OP1 0.34 0.82 0.34 0.17 0.67 0.21 0.70 0.40 0.80 0.43 0.85 0.73 0.82 0.56 0.49 0.23 0.02 0.27 0.31 0.45 0.25 0.31
OP2 0.30 0.37 0.34 0.16 0.32 0.10 0.39 0.17 0.35 0.57 0.34 0.36 0.39 0.56 0.36 0.46 0.04 0.17 0.31 0.21 0.34 0.19
P 0.12 0.41 0.19 0.03 0.30 0.12 0.33 0.28 0.37 0.28 0.41 0.36 0.39 0.32 0.20 0.22 0.01 0.09 0.15 0.48 0.19 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.18 0.12 0.15
C2 0.07 0.00 0.25 0.17 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.39 0.24 0.08 0.27 0.51 0.43 0.51
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.02 0.12 0.12 0.19 0.25 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.16 0.20 0.13
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.12 0.22 0.14 0.18 0.14 0.20 0.08 0.03 0.01 0.04 0.10 0.23 0.23 0.16
C4 0.04 0.00 0.13 0.10 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.12 0.05 0.28 0.46 0.37 0.46
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.09 0.19 0.04 0.07 0.13 0.19 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.10 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.15 0.04 0.41 0.60 0.54 0.62
C5' 0.04 0.15 0.02 0.03 0.18 0.01 0.29 0.00 0.30 0.32 0.23 0.10 0.35 0.37 0.18 0.06 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.09 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.16 0.05 0.42 0.67 0.62 0.69
C8 0.03 0.01 0.12 0.22 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.24 0.04 0.39 0.48 0.39 0.49
N1 0.04 0.01 0.19 0.14 0.01 0.04 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.20 0.07 0.36 0.62 0.56 0.63
N3 0.07 0.00 0.25 0.18 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.36 0.23 0.07 0.21 0.42 0.33 0.41
N6 0.03 0.02 0.10 0.14 0.02 0.13 0.02 0.35 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.19 0.19 0.05 0.49 0.75 0.74 0.78
N7 0.01 0.02 0.07 0.20 0.02 0.19 0.00 0.37 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.23 0.03 0.47 0.63 0.58 0.66
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.24 0.36 0.26 0.35
O2' 0.02 0.39 0.01 0.03 0.20 0.06 0.14 0.06 0.22 0.09 0.32 0.36 0.19 0.04 0.05 0.00 0.10 0.05 0.06 0.16 0.17 0.09
O3' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.09 0.16 0.24 0.20 0.23 0.19 0.23 0.08 0.10 0.00 0.03 0.11 0.42 0.34 0.27
O4' 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.12 0.18 0.16 0.11
O5' 0.09 0.27 0.08 0.10 0.28 0.03 0.41 0.01 0.42 0.39 0.36 0.21 0.49 0.47 0.24 0.06 0.11 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.51 0.16 0.23 0.46 0.10 0.60 0.09 0.67 0.48 0.62 0.42 0.75 0.63 0.36 0.16 0.42 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.43 0.20 0.23 0.37 0.08 0.54 0.02 0.62 0.39 0.56 0.33 0.74 0.58 0.26 0.17 0.34 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.51 0.13 0.16 0.46 0.04 0.62 0.02 0.69 0.49 0.63 0.41 0.78 0.66 0.35 0.09 0.27 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00