ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.029, 0.068, 0.107, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.068 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.042, 0.100, 0.159, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.100 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.085, 0.256, 0.427, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.013, 0.206, 0.399, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.206 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.189, 0.407, 0.625, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.407 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.140, 0.391, 0.642, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.391 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.138, 0.394, 0.651, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.394 std_dev=0.256
O3' A 0, 0.232, 0.541, 0.851, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.541 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.175, 0.492, 0.809, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.492 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.377, 0.754, 1.132, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.754 std_dev=0.378
OP2 A 0, 0.395, 0.794, 1.194, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.794 std_dev=0.399
P A 0, 0.296, 0.706, 1.116, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.706 std_dev=0.410
C5' A 0, 0.306, 0.769, 1.232, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.769 std_dev=0.463
C3' B 0, 0.330, 0.803, 1.276, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.803 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.540, 1.038, 1.537, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.038 std_dev=0.499
C4' B 0, 0.311, 0.869, 1.427, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.869 std_dev=0.558
O3' B 0, 0.866, 1.540, 2.214, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.540 std_dev=0.674
C5' B 0, 0.638, 1.387, 2.137, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.387 std_dev=0.750
O5' B 0, 0.656, 1.463, 2.270, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.463 std_dev=0.807
O4' B 0, 0.680, 1.497, 2.314, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.497 std_dev=0.817
OP1 A 0, 0.997, 1.844, 2.691, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.844 std_dev=0.847
C1' B 0, 1.044, 1.898, 2.753, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.898 std_dev=0.855
C8 B 0, 1.658, 2.908, 4.159, 3.980 max_d=3.980 avg_d=2.908 std_dev=1.250
N9 B 0, 1.702, 2.967, 4.231, 4.033 max_d=4.033 avg_d=2.967 std_dev=1.264
OP2 B 0, 1.417, 2.755, 4.093, 4.143 max_d=4.143 avg_d=2.755 std_dev=1.338
P B 0, 1.516, 2.861, 4.205, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.861 std_dev=1.344
N7 B 0, 2.438, 4.203, 5.967, 5.548 max_d=5.548 avg_d=4.203 std_dev=1.765
OP1 B 0, 2.233, 3.999, 5.764, 5.218 max_d=5.218 avg_d=3.999 std_dev=1.765
C4 B 0, 2.604, 4.462, 6.320, 5.814 max_d=5.814 avg_d=4.462 std_dev=1.858
C5 B 0, 3.020, 5.155, 7.290, 6.639 max_d=6.639 avg_d=5.155 std_dev=2.135
N3 B 0, 3.045, 5.201, 7.357, 6.701 max_d=6.701 avg_d=5.201 std_dev=2.156
C2 B 0, 3.902, 6.641, 9.379, 8.377 max_d=8.377 avg_d=6.641 std_dev=2.738
C6 B 0, 3.948, 6.709, 9.471, 8.462 max_d=8.462 avg_d=6.709 std_dev=2.762
N1 B 0, 4.361, 7.409, 10.456, 9.263 max_d=9.263 avg_d=7.409 std_dev=3.048
N6 B 0, 4.466, 7.583, 10.700, 9.525 max_d=9.525 avg_d=7.583 std_dev=3.117

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.11 0.10 0.42 0.16
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.26 0.14 0.38 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.03 0.04 0.07 0.12 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.34 0.09
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.04 0.15 0.06 0.11 0.14 0.17 0.02 0.01 0.02 0.25 0.31 0.34 0.17
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.34 0.20 0.35 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07 0.04 0.03 0.00 0.04 0.12 0.37 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.03 0.34 0.22 0.37 0.20
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.12 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.11 0.13 0.10 0.06 0.08 0.03 0.02 0.15 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.03 0.30 0.19 0.39 0.19
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.23 0.14 0.40 0.16
N3 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.31 0.17 0.36 0.17
N4 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.18 0.03 0.36 0.22 0.32 0.20
O2 0.03 0.01 0.12 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.20 0.02 0.23 0.13 0.38 0.15
O2' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.00 0.04 0.04 0.09 0.20 0.36 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.08 0.16 0.06 0.12 0.18 0.20 0.04 0.00 0.02 0.22 0.44 0.40 0.25
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.14 0.48 0.24
O5' 0.11 0.26 0.18 0.25 0.34 0.04 0.34 0.02 0.30 0.23 0.31 0.36 0.23 0.09 0.22 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.14 0.22 0.31 0.20 0.12 0.22 0.15 0.19 0.14 0.17 0.22 0.13 0.20 0.44 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.38 0.34 0.34 0.35 0.37 0.37 0.33 0.39 0.40 0.36 0.32 0.38 0.36 0.40 0.48 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.16 0.09 0.17 0.19 0.08 0.20 0.02 0.19 0.16 0.17 0.20 0.15 0.09 0.25 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.87 0.33 0.31 0.68 0.32 0.66 0.35 0.73 0.51 0.82 0.79 0.70 0.57 0.54 0.24 0.32 0.38 0.43 0.52 0.73 0.55
C2 0.44 0.97 0.31 0.32 0.75 0.34 0.81 0.42 0.93 0.60 1.02 0.82 0.93 0.70 0.59 0.24 0.34 0.42 0.50 0.65 0.86 0.68
C2' 0.35 0.93 0.23 0.17 0.66 0.19 0.67 0.21 0.79 0.46 0.91 0.80 0.77 0.55 0.49 0.16 0.22 0.28 0.31 0.40 0.65 0.43
C3' 0.23 0.75 0.16 0.07 0.52 0.10 0.53 0.10 0.63 0.34 0.73 0.64 0.62 0.42 0.36 0.13 0.21 0.15 0.20 0.32 0.53 0.28
C4 0.41 0.90 0.30 0.31 0.68 0.36 0.73 0.48 0.85 0.55 0.94 0.77 0.86 0.65 0.53 0.26 0.33 0.40 0.56 0.74 0.93 0.77
C4' 0.21 0.61 0.16 0.11 0.43 0.09 0.42 0.10 0.49 0.27 0.58 0.55 0.48 0.33 0.30 0.14 0.19 0.13 0.22 0.35 0.51 0.29
C5 0.40 0.79 0.30 0.31 0.61 0.35 0.62 0.47 0.72 0.49 0.81 0.69 0.72 0.54 0.49 0.27 0.33 0.38 0.54 0.68 0.87 0.72
C5' 0.29 0.50 0.27 0.19 0.36 0.25 0.33 0.21 0.38 0.23 0.46 0.46 0.36 0.25 0.28 0.37 0.24 0.27 0.16 0.35 0.39 0.15
C6 0.38 0.69 0.30 0.32 0.55 0.34 0.55 0.41 0.62 0.46 0.68 0.61 0.60 0.49 0.47 0.25 0.33 0.36 0.49 0.59 0.79 0.63
N1 0.41 0.84 0.31 0.32 0.68 0.33 0.69 0.39 0.76 0.53 0.84 0.75 0.73 0.60 0.54 0.23 0.33 0.39 0.47 0.59 0.80 0.62
N3 0.42 0.94 0.30 0.32 0.72 0.35 0.80 0.46 0.93 0.59 1.00 0.79 0.95 0.71 0.56 0.25 0.34 0.41 0.54 0.71 0.92 0.74
N4 0.42 0.99 0.30 0.31 0.73 0.37 0.79 0.51 0.97 0.55 1.07 0.82 1.00 0.67 0.54 0.28 0.32 0.40 0.59 0.80 0.97 0.82
O2 0.46 1.11 0.32 0.31 0.81 0.34 0.88 0.40 1.05 0.63 1.17 0.91 1.05 0.75 0.63 0.24 0.33 0.44 0.48 0.63 0.86 0.66
O2' 0.42 0.98 0.30 0.23 0.70 0.25 0.70 0.25 0.82 0.49 0.95 0.85 0.80 0.57 0.53 0.25 0.22 0.35 0.32 0.40 0.65 0.43
O3' 0.24 0.76 0.18 0.11 0.51 0.14 0.53 0.14 0.64 0.34 0.75 0.64 0.64 0.42 0.36 0.16 0.22 0.16 0.21 0.29 0.47 0.22
O4' 0.29 0.65 0.27 0.29 0.49 0.24 0.47 0.28 0.53 0.36 0.60 0.60 0.50 0.40 0.38 0.15 0.32 0.25 0.38 0.47 0.65 0.47
O5' 0.24 0.48 0.27 0.11 0.36 0.10 0.35 0.04 0.41 0.24 0.47 0.44 0.42 0.29 0.26 0.38 0.02 0.16 0.15 0.43 0.47 0.25
OP1 0.33 0.35 0.22 0.11 0.25 0.28 0.20 0.20 0.22 0.21 0.30 0.34 0.20 0.17 0.24 0.31 0.03 0.35 0.24 0.44 0.43 0.26
OP2 0.11 0.39 0.20 0.08 0.27 0.16 0.30 0.28 0.36 0.24 0.39 0.34 0.38 0.29 0.18 0.25 0.01 0.09 0.31 0.60 0.57 0.44
P 0.12 0.28 0.15 0.03 0.16 0.14 0.15 0.14 0.20 0.12 0.25 0.25 0.21 0.13 0.08 0.25 0.01 0.13 0.18 0.45 0.44 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.17 0.24 0.29 0.21
C2 0.03 0.00 0.12 0.11 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.05 0.27 0.35 0.53 0.38
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.07 0.10 0.13 0.08 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.26 0.34 0.21
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.27 0.32 0.17
C4 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.29 0.37 0.51 0.39
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.21 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.35 0.48 0.62 0.50
C5' 0.06 0.10 0.04 0.04 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.23 0.14 0.08 0.20 0.24 0.14 0.04 0.04 0.04 0.01 0.18 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.04 0.35 0.49 0.66 0.51
C8 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.38 0.48 0.56 0.49
N1 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.05 0.32 0.43 0.61 0.46
N3 0.02 0.00 0.13 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.05 0.24 0.31 0.47 0.33
N6 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.10 0.04 0.38 0.56 0.71 0.56
N7 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.40 0.55 0.67 0.56
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.29 0.35 0.44 0.36
O2' 0.03 0.16 0.00 0.02 0.10 0.05 0.09 0.04 0.11 0.06 0.14 0.15 0.11 0.06 0.04 0.00 0.08 0.04 0.09 0.26 0.31 0.15
O3' 0.04 0.16 0.04 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.10 0.11 0.13 0.14 0.10 0.08 0.04 0.08 0.00 0.04 0.13 0.33 0.35 0.15
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.13 0.19 0.15 0.13
O5' 0.17 0.27 0.13 0.10 0.29 0.03 0.35 0.01 0.35 0.38 0.32 0.24 0.38 0.40 0.29 0.09 0.13 0.13 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.24 0.35 0.26 0.27 0.37 0.21 0.48 0.18 0.49 0.48 0.43 0.31 0.56 0.55 0.35 0.26 0.33 0.19 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.53 0.34 0.32 0.51 0.17 0.62 0.13 0.66 0.56 0.61 0.47 0.71 0.67 0.44 0.31 0.35 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.38 0.21 0.17 0.39 0.06 0.50 0.02 0.51 0.49 0.46 0.33 0.56 0.56 0.36 0.15 0.15 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00