ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54020

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, -0.004, 0.016, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.005, 0.017, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C6 A 0, -0.009, 0.013, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.007, 0.015, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.015 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.023
O2 A 0, -0.011, 0.041, 0.093, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.041 std_dev=0.052
N4 A 0, -0.031, 0.048, 0.127, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.048 std_dev=0.079
C2' B 0, 0.106, 0.273, 0.440, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.273 std_dev=0.167
O4' A 0, -0.060, 0.199, 0.457, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.199 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.102, 0.389, 0.677, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.389 std_dev=0.287
C2' A 0, -0.051, 0.247, 0.544, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.247 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.056, 0.461, 0.867, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.461 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.035, 0.467, 0.899, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.467 std_dev=0.432
O4' B 0, 0.114, 0.592, 1.069, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.592 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.020, 0.530, 1.039, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.530 std_dev=0.509
O5' A 0, -0.044, 0.489, 1.022, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.489 std_dev=0.533
C3' A 0, -0.121, 0.444, 1.010, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.444 std_dev=0.565
C4' A 0, -0.177, 0.390, 0.958, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.390 std_dev=0.567
O2' A 0, -0.105, 0.590, 1.285, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.590 std_dev=0.695
P A 0, -0.066, 0.694, 1.454, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.694 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.029, 0.799, 1.569, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.799 std_dev=0.770
C5' A 0, -0.221, 0.593, 1.407, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.593 std_dev=0.814
O5' B 0, 0.006, 0.873, 1.740, 2.688 max_d=2.688 avg_d=0.873 std_dev=0.867
N9 B 0, -0.068, 0.910, 1.888, 2.739 max_d=2.739 avg_d=0.910 std_dev=0.978
O3' A 0, -0.218, 0.766, 1.750, 2.492 max_d=2.492 avg_d=0.766 std_dev=0.984
OP2 A 0, -0.062, 0.935, 1.932, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.935 std_dev=0.997
N3 B 0, -0.111, 0.897, 1.904, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.897 std_dev=1.008
C4 B 0, -0.154, 0.872, 1.898, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.872 std_dev=1.026
OP1 A 0, -0.120, 1.072, 2.265, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.072 std_dev=1.192
P B 0, -0.130, 1.181, 2.493, 3.958 max_d=3.958 avg_d=1.181 std_dev=1.311
C2 B 0, -0.283, 1.063, 2.409, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.063 std_dev=1.346
C5' B 0, -0.091, 1.284, 2.659, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.284 std_dev=1.375
OP2 B 0, 0.011, 1.440, 2.869, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.440 std_dev=1.429
N1 B 0, -0.451, 1.174, 2.799, 4.695 max_d=4.695 avg_d=1.174 std_dev=1.625
OP1 B 0, -0.167, 1.582, 3.330, 4.994 max_d=4.994 avg_d=1.582 std_dev=1.749
C5 B 0, -0.263, 1.488, 3.239, 4.702 max_d=4.702 avg_d=1.488 std_dev=1.751
C8 B 0, -0.259, 1.655, 3.569, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.655 std_dev=1.914
C6 B 0, -0.349, 1.580, 3.510, 5.293 max_d=5.293 avg_d=1.580 std_dev=1.930
N7 B 0, -0.365, 2.016, 4.398, 5.974 max_d=5.974 avg_d=2.016 std_dev=2.381
N6 B 0, -0.481, 2.169, 4.819, 6.911 max_d=6.911 avg_d=2.169 std_dev=2.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.30 0.00 0.33 0.61 0.19 0.32
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.32 0.06 0.42 0.91 0.25 0.48
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.13 0.12 0.01 0.09 0.03 0.21 0.00 0.03 0.05 0.51 0.58 0.44 0.49
C3' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.22 0.00 0.24 0.02 0.21 0.14 0.18 0.23 0.08 0.02 0.01 0.01 0.20 0.30 0.13 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.22 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.35 0.15 0.05 0.51 1.10 0.37 0.62
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.07 0.05 0.13 0.10 0.19 0.03 0.01 0.01 0.26 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.06 0.07 0.52 1.04 0.36 0.60
C5' 0.01 0.08 0.13 0.02 0.25 0.00 0.31 0.00 0.28 0.13 0.16 0.27 0.04 0.07 0.13 0.02 0.00 0.32 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.21 0.01 0.18 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.03 0.08 0.48 0.90 0.28 0.51
N1 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.19 0.01 0.42 0.83 0.23 0.44
N3 0.01 0.00 0.09 0.18 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.26 0.05 0.46 1.04 0.31 0.56
N4 0.03 0.01 0.03 0.23 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.15 0.07 0.55 1.20 0.44 0.69
O2 0.03 0.00 0.21 0.08 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.47 0.12 0.39 0.84 0.23 0.43
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.35 0.19 0.39 0.07 0.33 0.20 0.24 0.38 0.04 0.00 0.06 0.12 0.28 0.27 0.34 0.29
O3' 0.30 0.32 0.03 0.01 0.15 0.03 0.06 0.13 0.03 0.19 0.26 0.15 0.47 0.06 0.00 0.18 0.15 0.06 0.31 0.19
O4' 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.05 0.07 0.12 0.12 0.18 0.00 0.22 0.56 0.20 0.25
O5' 0.33 0.42 0.51 0.20 0.51 0.01 0.52 0.00 0.48 0.42 0.46 0.55 0.39 0.28 0.15 0.22 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.61 0.91 0.58 0.30 1.10 0.26 1.04 0.32 0.90 0.83 1.04 1.20 0.84 0.27 0.06 0.56 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.25 0.44 0.13 0.37 0.06 0.36 0.11 0.28 0.23 0.31 0.44 0.23 0.34 0.31 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.48 0.49 0.15 0.62 0.03 0.60 0.01 0.51 0.44 0.56 0.69 0.43 0.29 0.19 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.72 0.10 0.07 0.28 0.42 0.34 0.48 0.40 0.57 0.59 0.59 0.44 0.55 0.24 0.09 0.13 0.32 0.52 1.01 0.26 0.59
C2 0.20 0.69 0.13 0.10 0.28 0.54 0.59 0.62 0.51 1.02 0.49 0.59 0.73 1.06 0.45 0.12 0.25 0.42 0.57 0.98 0.26 0.65
C2' 0.31 0.86 0.30 0.48 0.51 0.24 0.58 0.32 0.67 0.66 0.81 0.69 0.70 0.67 0.44 0.29 0.48 0.21 0.05 0.53 0.53 0.11
C3' 0.33 1.10 0.42 0.08 0.71 0.29 0.66 0.19 0.84 0.29 1.04 0.96 0.80 0.43 0.44 0.39 0.05 0.34 0.52 0.89 0.20 0.44
C4 0.27 0.45 0.16 0.21 0.38 0.65 0.87 0.75 0.72 1.37 0.30 0.43 1.05 1.46 0.65 0.18 0.42 0.50 0.60 0.87 0.42 0.69
C4' 0.36 0.85 0.53 0.26 0.55 0.52 0.49 0.52 0.63 0.27 0.79 0.74 0.59 0.31 0.37 0.58 0.24 0.47 0.74 1.15 0.33 0.72
C5 0.27 0.40 0.16 0.21 0.35 0.64 0.78 0.72 0.63 1.25 0.28 0.38 0.90 1.30 0.61 0.19 0.41 0.49 0.59 0.84 0.39 0.67
C5' 0.58 0.82 0.79 0.43 0.73 0.58 0.76 0.54 0.82 0.64 0.85 0.75 0.84 0.70 0.65 0.88 0.37 0.58 0.81 1.09 0.34 0.72
C6 0.22 0.51 0.14 0.13 0.26 0.55 0.54 0.62 0.45 0.94 0.35 0.46 0.63 0.95 0.45 0.14 0.30 0.42 0.56 0.89 0.28 0.63
N1 0.19 0.65 0.12 0.09 0.25 0.50 0.48 0.57 0.43 0.85 0.48 0.55 0.58 0.86 0.38 0.11 0.22 0.38 0.55 0.95 0.23 0.62
N3 0.24 0.59 0.14 0.16 0.32 0.61 0.76 0.70 0.62 1.24 0.37 0.52 0.94 1.32 0.57 0.15 0.34 0.47 0.59 0.94 0.34 0.69
N4 0.30 0.35 0.17 0.26 0.49 0.70 1.08 0.80 0.92 1.58 0.35 0.37 1.33 1.74 0.77 0.20 0.50 0.52 0.59 0.82 0.52 0.71
O2 0.18 0.80 0.13 0.09 0.30 0.49 0.55 0.57 0.51 0.94 0.60 0.66 0.69 0.98 0.40 0.10 0.21 0.39 0.55 1.01 0.23 0.64
O2' 0.48 0.91 0.44 0.54 0.66 0.35 0.80 0.46 0.87 0.89 0.93 0.73 0.95 0.93 0.64 0.52 0.44 0.35 0.13 0.64 0.60 0.24
O3' 0.51 1.36 0.61 0.25 0.94 0.44 0.91 0.34 1.12 0.50 1.33 1.18 1.09 0.66 0.65 0.52 0.23 0.50 0.76 1.15 0.17 0.69
O4' 0.23 0.63 0.32 0.19 0.22 0.58 0.09 0.67 0.24 0.32 0.49 0.54 0.16 0.24 0.12 0.38 0.12 0.46 0.74 1.21 0.39 0.80
O5' 0.14 0.45 0.30 0.13 0.32 0.04 0.32 0.10 0.38 0.21 0.43 0.42 0.39 0.29 0.20 0.23 0.01 0.08 0.48 0.90 0.22 0.46
OP1 0.34 0.09 0.12 0.06 0.17 0.22 0.36 0.14 0.36 0.46 0.17 0.18 0.52 0.55 0.23 0.23 0.01 0.40 0.54 1.21 0.66 0.78
OP2 0.29 0.48 0.46 0.04 0.59 0.29 0.84 0.36 0.83 0.92 0.64 0.41 0.98 1.02 0.62 0.40 0.02 0.14 0.25 0.39 0.45 0.07
P 0.14 0.04 0.20 0.02 0.14 0.16 0.35 0.04 0.34 0.43 0.17 0.08 0.47 0.50 0.19 0.18 0.00 0.21 0.39 0.81 0.35 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.00 0.13 0.61 0.17 0.29
C2 0.01 0.00 0.28 0.41 0.01 0.70 0.01 1.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.36 0.48 1.24 1.25 1.09 1.26
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.03 0.08 0.20 0.13 0.12 0.22 0.29 0.10 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.14 0.44 0.08 0.16
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.11 0.53 0.23 0.42 0.20 0.46 0.19 0.02 0.00 0.02 0.41 0.59 0.14 0.36
C4 0.01 0.01 0.15 0.09 0.00 0.29 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.22 0.25 0.38 0.80 0.11 0.33
C4' 0.01 0.70 0.03 0.01 0.29 0.00 0.08 0.01 0.24 0.46 0.51 0.69 0.13 0.31 0.07 0.28 0.02 0.00 0.02 0.15 0.29 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.14 0.10 0.07 1.01 0.57 0.40
C5' 0.06 1.35 0.20 0.02 0.57 0.01 0.22 0.00 0.53 0.66 1.03 1.26 0.32 0.44 0.02 0.13 0.21 0.01 0.02 0.26 0.34 0.03
C6 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.24 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.16 0.20 0.32 0.93 0.30 0.28
C8 0.01 0.01 0.12 0.53 0.00 0.46 0.01 0.66 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.35 0.21 0.27 1.01 1.61 1.47 1.35
N1 0.01 0.00 0.22 0.23 0.00 0.51 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.27 0.24 0.36 0.88 1.07 0.61 0.85
N3 0.02 0.00 0.29 0.42 0.00 0.69 0.00 1.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.39 0.48 1.12 1.07 0.96 1.08
N6 0.01 0.00 0.10 0.20 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.34 0.17 0.12 0.08 1.02 0.66 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.46 0.00 0.31 0.00 0.44 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.37 0.22 0.15 0.78 1.56 1.44 1.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.16 0.01 0.26 0.91 0.50 0.51
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.22 0.28 0.30 0.13 0.30 0.35 0.27 0.25 0.34 0.37 0.20 0.00 0.08 0.20 0.28 0.60 0.08 0.29
O3' 0.32 0.36 0.04 0.00 0.22 0.02 0.14 0.21 0.16 0.21 0.24 0.39 0.17 0.22 0.16 0.08 0.00 0.23 0.48 0.85 0.27 0.54
O4' 0.00 0.48 0.02 0.02 0.25 0.00 0.10 0.01 0.20 0.27 0.36 0.48 0.12 0.15 0.01 0.20 0.23 0.00 0.12 0.48 0.25 0.23
O5' 0.13 1.24 0.14 0.41 0.38 0.02 0.07 0.02 0.32 1.01 0.88 1.12 0.08 0.78 0.26 0.28 0.48 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.61 1.25 0.44 0.59 0.80 0.15 1.01 0.26 0.93 1.61 1.07 1.07 1.02 1.56 0.91 0.60 0.85 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 1.09 0.08 0.14 0.11 0.29 0.57 0.34 0.30 1.47 0.61 0.96 0.66 1.44 0.50 0.08 0.27 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.29 1.26 0.16 0.36 0.33 0.02 0.40 0.03 0.28 1.35 0.85 1.08 0.33 1.20 0.51 0.29 0.54 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00