ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54021

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.046, 0.108, 0.170, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.108 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.040, 0.105, 0.169, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.105 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.051, 0.125, 0.200, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.125 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.074, 0.174, 0.274, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.174 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.073, 0.177, 0.280, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.177 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.096, 0.246, 0.396, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.246 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.123, 0.303, 0.482, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.303 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.097, 0.306, 0.515, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.306 std_dev=0.209
O5' A 0, 0.093, 0.308, 0.523, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.308 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.103, 0.331, 0.559, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.331 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.022, 0.258, 0.495, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.258 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.070, 0.328, 0.585, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.328 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.194, 0.482, 0.770, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.482 std_dev=0.288
P A 0, 0.102, 0.393, 0.684, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.393 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.099, 0.397, 0.695, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.397 std_dev=0.298
C2' B 0, 0.134, 0.443, 0.753, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.443 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.127, 0.501, 0.875, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.501 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.115, 0.495, 0.875, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.495 std_dev=0.380
OP2 A 0, 0.086, 0.508, 0.929, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.508 std_dev=0.421
N9 B 0, 0.059, 0.574, 1.089, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.574 std_dev=0.515
C8 B 0, 0.001, 0.552, 1.104, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C4 B 0, 0.046, 0.736, 1.427, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.736 std_dev=0.690
N7 B 0, -0.052, 0.684, 1.420, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.684 std_dev=0.736
N3 B 0, 0.105, 0.858, 1.611, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.858 std_dev=0.753
C5 B 0, -0.023, 0.791, 1.605, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.791 std_dev=0.814
C2 B 0, 0.084, 1.016, 1.949, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.016 std_dev=0.933
O5' B 0, -0.313, 0.690, 1.694, 2.891 max_d=2.891 avg_d=0.690 std_dev=1.003
C6 B 0, -0.032, 0.974, 1.980, 2.992 max_d=2.992 avg_d=0.974 std_dev=1.006
N1 B 0, 0.022, 1.077, 2.131, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.077 std_dev=1.055
N6 B 0, -0.078, 1.077, 2.233, 3.460 max_d=3.460 avg_d=1.077 std_dev=1.155
OP2 B 0, -0.437, 1.062, 2.561, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.062 std_dev=1.499
P B 0, -0.585, 1.018, 2.621, 4.583 max_d=4.583 avg_d=1.018 std_dev=1.603
OP1 B 0, -1.061, 1.501, 4.064, 7.214 max_d=7.214 avg_d=1.501 std_dev=2.562

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.15 0.08
C2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.13 0.11 0.33 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.12 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.09 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.17 0.20 0.44 0.26
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.19 0.40 0.25
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.14 0.13 0.30 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.11 0.08 0.26 0.15
N3 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.16 0.17 0.41 0.24
N4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.18 0.24 0.48 0.29
O2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.12 0.09 0.30 0.17
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.12 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.06
O5' 0.05 0.13 0.05 0.05 0.17 0.01 0.16 0.01 0.14 0.11 0.16 0.18 0.12 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.11 0.03 0.05 0.20 0.03 0.19 0.02 0.13 0.08 0.17 0.24 0.09 0.02 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.33 0.12 0.09 0.44 0.02 0.40 0.03 0.30 0.26 0.41 0.48 0.30 0.09 0.08 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.07 0.06 0.26 0.02 0.25 0.00 0.19 0.15 0.24 0.29 0.17 0.05 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.20 0.09 0.17 0.20 0.11 0.25 0.26 0.27 0.23 0.24 0.17 0.31 0.28 0.18 0.05 0.12 0.11 0.45 1.58 1.25 0.97
C2 0.06 0.06 0.04 0.12 0.05 0.08 0.09 0.26 0.10 0.10 0.07 0.06 0.14 0.13 0.05 0.15 0.14 0.06 0.63 2.16 1.29 1.27
C2' 0.12 0.25 0.10 0.17 0.24 0.10 0.31 0.24 0.34 0.28 0.31 0.21 0.40 0.34 0.21 0.06 0.08 0.13 0.31 1.35 1.25 0.82
C3' 0.15 0.32 0.14 0.17 0.29 0.11 0.35 0.18 0.39 0.28 0.37 0.27 0.44 0.35 0.24 0.04 0.07 0.16 0.13 0.84 0.94 0.44
C4 0.14 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.07 0.24 0.08 0.06 0.11 0.16 0.06 0.06 0.10 0.21 0.16 0.11 0.60 2.11 0.99 1.17
C4' 0.20 0.38 0.19 0.20 0.34 0.11 0.40 0.16 0.44 0.32 0.42 0.33 0.47 0.39 0.29 0.06 0.09 0.19 0.16 0.52 0.74 0.24
C5 0.13 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.06 0.23 0.06 0.07 0.08 0.12 0.06 0.06 0.09 0.19 0.16 0.12 0.49 1.81 0.81 0.97
C5' 0.23 0.43 0.23 0.21 0.37 0.12 0.40 0.13 0.45 0.30 0.46 0.39 0.47 0.36 0.30 0.13 0.08 0.20 0.45 0.12 0.31 0.25
C6 0.09 0.08 0.05 0.12 0.08 0.11 0.10 0.25 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.12 0.07 0.13 0.14 0.11 0.45 1.68 0.88 0.92
N1 0.06 0.09 0.04 0.14 0.10 0.09 0.14 0.26 0.15 0.14 0.13 0.08 0.19 0.17 0.09 0.11 0.13 0.08 0.53 1.88 1.16 1.09
N3 0.11 0.11 0.07 0.11 0.07 0.08 0.04 0.26 0.05 0.05 0.07 0.12 0.06 0.06 0.06 0.19 0.16 0.08 0.66 2.26 1.19 1.30
N4 0.19 0.24 0.14 0.09 0.18 0.08 0.14 0.23 0.16 0.11 0.20 0.24 0.13 0.10 0.16 0.24 0.17 0.14 0.60 2.13 0.92 1.18
O2 0.05 0.06 0.03 0.13 0.07 0.07 0.13 0.26 0.14 0.13 0.10 0.06 0.18 0.17 0.06 0.13 0.13 0.05 0.66 2.18 1.43 1.33
O2' 0.18 0.34 0.16 0.21 0.33 0.13 0.42 0.26 0.45 0.37 0.41 0.29 0.51 0.44 0.29 0.03 0.11 0.18 0.35 1.26 1.38 0.83
O3' 0.19 0.40 0.17 0.19 0.36 0.11 0.43 0.16 0.49 0.34 0.47 0.34 0.55 0.42 0.29 0.05 0.06 0.18 0.17 0.59 0.89 0.29
O4' 0.14 0.27 0.14 0.18 0.25 0.11 0.30 0.22 0.32 0.26 0.31 0.23 0.36 0.31 0.22 0.03 0.12 0.15 0.24 1.03 0.92 0.59
O5' 0.08 0.26 0.09 0.08 0.19 0.07 0.21 0.11 0.26 0.12 0.27 0.22 0.27 0.17 0.13 0.03 0.00 0.09 0.42 0.20 0.27 0.13
OP1 0.09 0.40 0.18 0.02 0.24 0.13 0.21 0.31 0.28 0.12 0.37 0.36 0.26 0.14 0.12 0.22 0.01 0.05 0.98 0.86 0.51 0.88
OP2 0.06 0.14 0.07 0.05 0.10 0.01 0.14 0.06 0.14 0.17 0.13 0.12 0.17 0.18 0.10 0.14 0.01 0.03 0.47 0.12 0.09 0.20
P 0.05 0.23 0.10 0.01 0.14 0.05 0.13 0.12 0.17 0.10 0.21 0.20 0.17 0.11 0.07 0.13 0.00 0.02 0.58 0.13 0.11 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.28 0.64 0.32
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.37 0.86 0.92 0.67
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.24 0.19 0.43 0.26
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.02 0.33 0.13 0.26 0.24
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.39 0.92 0.95 0.72
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.32 0.23 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.52 1.31 1.10 0.95
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.13 0.07 0.02 0.13 0.14 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.54 1.39 1.13 0.98
C8 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.52 1.25 1.09 0.95
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.46 1.16 1.04 0.84
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.31 0.68 0.85 0.57
N6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.61 1.64 1.21 1.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.59 1.55 1.18 1.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.36 0.80 0.90 0.66
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.44 0.27 0.11
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.03 0.03 0.00 0.02 0.26 0.32 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.15 0.57 0.19
O5' 0.14 0.37 0.24 0.33 0.39 0.00 0.52 0.01 0.54 0.52 0.46 0.31 0.61 0.59 0.36 0.04 0.26 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.86 0.19 0.13 0.92 0.32 1.31 0.24 1.39 1.25 1.16 0.68 1.64 1.55 0.80 0.44 0.32 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.64 0.92 0.43 0.26 0.95 0.23 1.10 0.06 1.13 1.09 1.04 0.85 1.21 1.18 0.90 0.27 0.10 0.57 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.67 0.26 0.24 0.72 0.06 0.95 0.01 0.98 0.95 0.84 0.57 1.12 1.09 0.66 0.11 0.08 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00