Doublet Group distance statistics: 54022

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5	A	0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N4	A	0, 0.010, 0.044, 0.077, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.044 std_dev=0.034
C2'	A	0, 0.121, 0.224, 0.327, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.224 std_dev=0.103
O4'	A	0, 0.114, 0.225, 0.337, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.225 std_dev=0.111
O2'	A	0, 0.132, 0.253, 0.375, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.253 std_dev=0.122
C1'	B	0, 0.126, 0.290, 0.453, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.290 std_dev=0.164
C3'	A	0, 0.186, 0.356, 0.525, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.356 std_dev=0.169
C4'	A	0, 0.187, 0.358, 0.529, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.358 std_dev=0.171
P	A	0, 0.241, 0.439, 0.637, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.439 std_dev=0.198
O3'	A	0, 0.198, 0.397, 0.596, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.397 std_dev=0.199
OP1	A	0, 0.182, 0.382, 0.582, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.382 std_dev=0.200
N9	B	0, 0.264, 0.505, 0.746, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.505 std_dev=0.241
O4'	B	0, 0.287, 0.567, 0.846, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.567 std_dev=0.279
C2'	B	0, 0.338, 0.637, 0.936, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.637 std_dev=0.299
C5'	A	0, 0.369, 0.677, 0.985, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.677 std_dev=0.308
C4	B	0, 0.326, 0.635, 0.945, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.635 std_dev=0.310
C4'	B	0, 0.385, 0.708, 1.031, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.708 std_dev=0.323
C3'	B	0, 0.348, 0.680, 1.013, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.680 std_dev=0.333
C5	B	0, 0.342, 0.774, 1.205, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.774 std_dev=0.432
O2'	B	0, 0.432, 0.868, 1.305, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.868 std_dev=0.436
OP2	A	0, 0.534, 0.974, 1.414, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.974 std_dev=0.440
O3'	B	0, 0.364, 0.809, 1.254, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.809 std_dev=0.445
O5'	A	0, 0.556, 1.016, 1.475, 1.274 max_d=1.274 avg_d=1.016 std_dev=0.459
C6	B	0, 0.396, 0.884, 1.372, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.884 std_dev=0.488
C5'	B	0, 0.722, 1.338, 1.954, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.338 std_dev=0.616
C8	B	0, 0.631, 1.267, 1.902, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.267 std_dev=0.636
N1	B	0, 0.669, 1.348, 2.026, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.348 std_dev=0.679
N7	B	0, 0.755, 1.438, 2.120, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.438 std_dev=0.683
N6	B	0, 0.417, 1.120, 1.822, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.120 std_dev=0.703
N3	B	0, 0.647, 1.352, 2.057, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.352 std_dev=0.705
P	B	0, 0.962, 1.744, 2.527, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.744 std_dev=0.783
O5'	B	0, 0.980, 1.802, 2.624, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.802 std_dev=0.822
C2	B	0, 0.765, 1.665, 2.564, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.665 std_dev=0.900
OP1	B	0, 1.770, 3.204, 4.639, 3.989 max_d=3.989 avg_d=3.204 std_dev=1.435
OP2	B	0, 1.762, 3.201, 4.639, 4.020 max_d=4.020 avg_d=3.201 std_dev=1.439

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.06	0.20	0.08
C2	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.14	0.03	0.24	0.07
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.00	0.01	0.00	0.04	0.04	0.22	0.10
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.05	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.20	0.11
C4	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.18	0.02	0.28	0.07
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.11	0.06
C5	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.18	0.02	0.29	0.08
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.05	0.04	0.04	0.05	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.12	0.04	0.01
C6	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.16	0.03	0.26	0.08
N1	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.13	0.04	0.24	0.08
N3	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.16	0.02	0.26	0.07
N4	0.00	0.00	0.03	0.05	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.01	0.18	0.02	0.30	0.08
O2	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.12	0.04	0.23	0.07
O2'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.06	0.21	0.10
O3'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.04	0.06	0.03	0.01	0.00	0.01	0.07	0.06	0.22	0.12
O4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.07	0.11	0.16	0.09
O5'	0.08	0.14	0.04	0.03	0.18	0.01	0.18	0.01	0.16	0.13	0.16	0.18	0.12	0.03	0.07	0.07	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.06	0.03	0.04	0.04	0.02	0.09	0.02	0.12	0.03	0.04	0.02	0.02	0.04	0.06	0.06	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.20	0.24	0.22	0.20	0.28	0.11	0.29	0.04	0.26	0.24	0.26	0.30	0.23	0.21	0.22	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.07	0.10	0.11	0.07	0.06	0.08	0.01	0.08	0.08	0.07	0.08	0.07	0.10	0.12	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.46	0.11	0.13	0.19	0.16	0.20	0.27	0.21	0.42	0.36	0.38	0.19	0.38	0.20	0.22	0.26	0.08	0.32	0.47	0.26	0.23
C2	0.14	0.40	0.14	0.09	0.17	0.15	0.21	0.28	0.18	0.47	0.30	0.33	0.18	0.44	0.22	0.24	0.16	0.11	0.35	0.55	0.27	0.27
C2'	0.13	0.44	0.14	0.14	0.19	0.17	0.20	0.27	0.21	0.41	0.35	0.37	0.20	0.37	0.20	0.19	0.23	0.10	0.32	0.50	0.22	0.23
C3'	0.15	0.39	0.18	0.15	0.20	0.16	0.21	0.25	0.22	0.38	0.31	0.33	0.22	0.35	0.21	0.19	0.21	0.11	0.29	0.44	0.20	0.19
C4	0.15	0.27	0.17	0.06	0.17	0.14	0.25	0.28	0.17	0.49	0.20	0.24	0.21	0.47	0.24	0.24	0.06	0.13	0.35	0.57	0.26	0.28
C4'	0.13	0.41	0.14	0.13	0.21	0.13	0.22	0.21	0.23	0.37	0.34	0.35	0.23	0.34	0.20	0.17	0.26	0.06	0.25	0.37	0.21	0.16
C5	0.15	0.27	0.18	0.06	0.16	0.14	0.22	0.29	0.16	0.46	0.19	0.24	0.19	0.43	0.23	0.24	0.07	0.13	0.35	0.54	0.25	0.27
C5'	0.16	0.36	0.20	0.13	0.22	0.10	0.24	0.16	0.25	0.35	0.30	0.31	0.25	0.33	0.22	0.19	0.21	0.06	0.20	0.27	0.17	0.10
C6	0.14	0.34	0.16	0.08	0.17	0.15	0.20	0.28	0.16	0.44	0.25	0.29	0.16	0.39	0.21	0.25	0.16	0.11	0.34	0.50	0.25	0.25
N1	0.14	0.40	0.14	0.10	0.18	0.15	0.20	0.28	0.18	0.45	0.31	0.34	0.17	0.41	0.21	0.24	0.20	0.10	0.34	0.51	0.26	0.25
N3	0.15	0.34	0.16	0.07	0.17	0.15	0.23	0.29	0.17	0.49	0.25	0.28	0.20	0.47	0.24	0.25	0.10	0.12	0.35	0.57	0.27	0.28
N4	0.16	0.21	0.18	0.06	0.18	0.13	0.28	0.27	0.21	0.50	0.16	0.19	0.27	0.51	0.26	0.24	0.04	0.14	0.34	0.58	0.25	0.28
O2	0.13	0.46	0.13	0.10	0.18	0.15	0.21	0.28	0.19	0.47	0.35	0.37	0.19	0.43	0.21	0.24	0.18	0.10	0.35	0.55	0.28	0.27
O2'	0.12	0.51	0.11	0.13	0.21	0.15	0.20	0.26	0.24	0.39	0.41	0.42	0.22	0.36	0.19	0.18	0.25	0.07	0.31	0.49	0.23	0.23
O3'	0.16	0.38	0.19	0.15	0.20	0.15	0.22	0.23	0.23	0.36	0.32	0.32	0.22	0.33	0.21	0.19	0.19	0.10	0.27	0.42	0.19	0.17
O4'	0.11	0.45	0.10	0.14	0.20	0.15	0.20	0.24	0.22	0.40	0.35	0.38	0.21	0.36	0.19	0.22	0.32	0.06	0.29	0.40	0.26	0.21
O5'	0.17	0.31	0.23	0.10	0.21	0.05	0.21	0.13	0.22	0.29	0.27	0.29	0.21	0.27	0.20	0.25	0.02	0.05	0.09	0.16	0.29	0.07
OP1	0.14	0.28	0.17	0.05	0.19	0.10	0.15	0.18	0.18	0.09	0.24	0.27	0.16	0.09	0.13	0.23	0.02	0.07	0.13	0.21	0.24	0.11
OP2	0.07	0.14	0.04	0.09	0.08	0.19	0.12	0.34	0.10	0.21	0.10	0.14	0.13	0.21	0.09	0.13	0.04	0.15	0.32	0.40	0.47	0.34
P	0.07	0.20	0.11	0.01	0.09	0.11	0.05	0.19	0.07	0.13	0.14	0.19	0.05	0.11	0.05	0.16	0.01	0.06	0.15	0.22	0.30	0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.05	0.10	0.13	0.06
C2	0.02	0.00	0.18	0.08	0.01	0.08	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.25	0.16	0.16	0.16	0.38	0.14	0.11
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.09	0.01	0.05	0.02	0.09	0.10	0.15	0.17	0.08	0.05	0.01	0.00	0.05	0.01	0.04	0.05	0.24	0.13
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.05	0.16	0.06	0.08	0.06	0.13	0.06	0.02	0.01	0.01	0.05	0.08	0.25	0.12
C4	0.01	0.01	0.09	0.03	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.06	0.09	0.13	0.30	0.12	0.10
C4'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.08	0.05	0.09	0.07	0.09	0.06	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.06	0.16	0.05
C5	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.07	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.07	0.07	0.17	0.38	0.19	0.17
C5'	0.01	0.15	0.02	0.01	0.10	0.00	0.12	0.00	0.15	0.07	0.17	0.12	0.16	0.10	0.05	0.06	0.06	0.01	0.01	0.07	0.14	0.01
C6	0.01	0.00	0.09	0.05	0.01	0.08	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.07	0.11	0.19	0.45	0.21	0.19
C8	0.01	0.01	0.10	0.16	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.19	0.07	0.12	0.26	0.16	0.14
N1	0.02	0.00	0.15	0.06	0.01	0.09	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.22	0.12	0.15	0.19	0.44	0.18	0.16
N3	0.01	0.00	0.17	0.08	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.23	0.15	0.15	0.13	0.30	0.12	0.07
N6	0.01	0.01	0.08	0.06	0.01	0.09	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.08	0.10	0.20	0.50	0.27	0.23
N7	0.01	0.01	0.05	0.13	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.16	0.02	0.16	0.36	0.23	0.20
N9	0.00	0.01	0.01	0.06	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.09	0.21	0.10	0.07
O2'	0.02	0.25	0.00	0.02	0.12	0.06	0.09	0.06	0.15	0.08	0.22	0.23	0.13	0.03	0.02	0.00	0.10	0.06	0.05	0.07	0.25	0.11
O3'	0.03	0.16	0.05	0.01	0.06	0.02	0.07	0.06	0.07	0.19	0.12	0.15	0.08	0.16	0.07	0.10	0.00	0.01	0.11	0.20	0.34	0.15
O4'	0.00	0.16	0.01	0.01	0.09	0.00	0.07	0.01	0.11	0.07	0.15	0.15	0.10	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.05	0.11	0.08	0.04
O5'	0.05	0.16	0.04	0.05	0.13	0.01	0.17	0.01	0.19	0.12	0.19	0.13	0.20	0.16	0.09	0.05	0.11	0.05	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.10	0.38	0.05	0.08	0.30	0.06	0.38	0.07	0.45	0.26	0.44	0.30	0.50	0.36	0.21	0.07	0.20	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.14	0.24	0.25	0.12	0.16	0.19	0.14	0.21	0.16	0.18	0.12	0.27	0.23	0.10	0.25	0.34	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.11	0.13	0.12	0.10	0.05	0.17	0.01	0.19	0.14	0.16	0.07	0.23	0.20	0.07	0.11	0.15	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00