ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54023

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.019, 0.044, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.019, 0.061, 0.103, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.061 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.035, 0.196, 0.358, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.196 std_dev=0.161
C2' A 0, 0.016, 0.198, 0.380, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.198 std_dev=0.182
O2' A 0, -0.004, 0.218, 0.440, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.218 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.049, 0.286, 0.524, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.286 std_dev=0.238
C3' A 0, 0.041, 0.315, 0.590, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.315 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.080, 0.390, 0.700, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.390 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.075, 0.389, 0.704, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.389 std_dev=0.315
P A 0, 0.068, 0.384, 0.701, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.384 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.058, 0.377, 0.697, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.377 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.067, 0.391, 0.716, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.391 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.072, 0.405, 0.737, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.405 std_dev=0.333
OP2 A 0, 0.090, 0.443, 0.795, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.443 std_dev=0.353
O5' A 0, 0.050, 0.411, 0.772, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.411 std_dev=0.361
C3' B 0, 0.078, 0.442, 0.805, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.442 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.053, 0.423, 0.793, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.423 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.067, 0.440, 0.813, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.440 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.089, 0.483, 0.877, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.483 std_dev=0.394
O3' A 0, 0.061, 0.464, 0.867, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.464 std_dev=0.403
OP2 B 0, 0.062, 0.476, 0.890, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.476 std_dev=0.414
P B 0, 0.082, 0.499, 0.917, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.499 std_dev=0.418
C5' A 0, 0.072, 0.510, 0.947, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.510 std_dev=0.437
C1' B 0, 0.097, 0.536, 0.976, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.536 std_dev=0.440
N9 B 0, 0.135, 0.700, 1.266, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.700 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.146, 0.726, 1.305, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.726 std_dev=0.580
N3 B 0, 0.132, 0.753, 1.374, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.753 std_dev=0.621
C4 B 0, 0.143, 0.779, 1.415, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.779 std_dev=0.636
C8 B 0, 0.172, 0.844, 1.517, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.844 std_dev=0.673
C2 B 0, 0.163, 0.905, 1.648, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.905 std_dev=0.743
C5 B 0, 0.181, 0.947, 1.713, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.947 std_dev=0.766
N7 B 0, 0.197, 0.984, 1.771, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.984 std_dev=0.787
N1 B 0, 0.185, 1.044, 1.904, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.044 std_dev=0.859
C6 B 0, 0.198, 1.069, 1.939, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.069 std_dev=0.871
N6 B 0, 0.238, 1.238, 2.238, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.238 std_dev=1.000

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.16 0.03 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.04 0.14 0.09 0.05 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.11 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.04 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.16 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.20 0.04 0.05 0.06
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.20 0.06 0.05 0.06
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.17 0.11 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.12 0.12 0.04 0.03
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.17 0.06 0.05 0.04
N4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.21 0.04 0.06 0.08
O2 0.02 0.00 0.12 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.06 0.12 0.10 0.05 0.03
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.11 0.01
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.06 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.22 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.20 0.02 0.11
O5' 0.04 0.14 0.08 0.10 0.20 0.01 0.20 0.01 0.17 0.12 0.17 0.21 0.12 0.03 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.09 0.08 0.03 0.04 0.09 0.06 0.02 0.11 0.12 0.06 0.04 0.10 0.10 0.04 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.05 0.11 0.16 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.11 0.22 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.10 0.10 0.11 0.14 0.08 0.13 0.08 0.09 0.12 0.16 0.06 0.08 0.10 0.14 0.09 0.15 0.17 0.20 0.11 0.16
C2 0.15 0.11 0.11 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.16 0.09 0.11 0.10 0.14 0.14 0.15 0.05 0.16 0.14 0.12 0.05 0.08
C2' 0.05 0.13 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.09 0.13 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.07 0.09 0.12 0.04 0.07
C3' 0.05 0.12 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.12 0.02 0.07 0.03 0.11 0.04 0.05 0.09 0.10 0.04 0.05
C4 0.10 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.12 0.04 0.04 0.06 0.11 0.09 0.08 0.06 0.12 0.13 0.08 0.04 0.05
C4' 0.12 0.16 0.12 0.11 0.11 0.13 0.07 0.12 0.07 0.09 0.12 0.17 0.05 0.08 0.09 0.16 0.11 0.12 0.14 0.19 0.10 0.13
C5 0.06 0.06 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.10 0.13 0.10 0.06 0.08
C5' 0.15 0.18 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.19 0.11 0.13 0.14 0.18 0.13 0.13 0.12 0.18 0.08 0.11
C6 0.08 0.11 0.04 0.05 0.07 0.10 0.05 0.10 0.06 0.06 0.08 0.11 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.12 0.15 0.15 0.09 0.13
N1 0.12 0.13 0.09 0.08 0.10 0.13 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.13 0.07 0.09 0.10 0.13 0.06 0.15 0.15 0.16 0.08 0.12
N3 0.14 0.07 0.09 0.05 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.16 0.07 0.08 0.10 0.15 0.13 0.13 0.03 0.15 0.13 0.08 0.03 0.05
N4 0.09 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.11 0.02 0.02 0.05 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.07 0.07 0.05
O2 0.18 0.13 0.14 0.10 0.13 0.13 0.14 0.10 0.12 0.19 0.11 0.13 0.13 0.18 0.16 0.19 0.07 0.18 0.14 0.12 0.04 0.08
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.07 0.12 0.06 0.09 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.13 0.05 0.09
O3' 0.03 0.13 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.06 0.06 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04
O4' 0.17 0.19 0.16 0.17 0.16 0.20 0.13 0.19 0.13 0.14 0.16 0.20 0.11 0.13 0.15 0.19 0.16 0.20 0.22 0.26 0.17 0.21
O5' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.07 0.02 0.12 0.14 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.03 0.07
OP1 0.03 0.12 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.03 0.12 0.10 0.09 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.02 0.03
OP2 0.03 0.16 0.03 0.03 0.09 0.08 0.07 0.15 0.08 0.03 0.12 0.15 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.17 0.29 0.20 0.22
P 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.09 0.11 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.15 0.07 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.12 0.08 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.09 0.06 0.03
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.08 0.06
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.09 0.11 0.06 0.14 0.11 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.04 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.05 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.11 0.06 0.08 0.04
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.03 0.15 0.09 0.06
N6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.05 0.13 0.10
N7 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05 0.02
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.08 0.06
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.05
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.05 0.06
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.14 0.10 0.11 0.03 0.17 0.13 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.12 0.09 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.15 0.05 0.03 0.09 0.11 0.08 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.07 0.08 0.09 0.13 0.10 0.05 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.04 0.06 0.10 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00