ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.021, 0.051, 0.082, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.022, 0.060, 0.099, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.060 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.051, 0.115, 0.178, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.115 std_dev=0.063
O2 A 0, 0.053, 0.147, 0.241, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.147 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.433, 0.872, 1.311, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.872 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.384, 0.844, 1.305, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.844 std_dev=0.460
C2' A 0, 0.518, 1.037, 1.555, 1.322 max_d=1.322 avg_d=1.037 std_dev=0.519
C2' B 0, 0.459, 0.983, 1.506, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.983 std_dev=0.524
O2' B 0, 0.302, 0.834, 1.367, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.834 std_dev=0.532
O2' A 0, 0.662, 1.388, 2.114, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.388 std_dev=0.726
N9 B 0, 0.198, 1.046, 1.895, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.046 std_dev=0.849
C4' A 0, 0.835, 1.716, 2.598, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.716 std_dev=0.882
C3' A 0, 0.869, 1.759, 2.650, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.759 std_dev=0.890
C4 B 0, 1.081, 2.165, 3.249, 2.783 max_d=2.783 avg_d=2.165 std_dev=1.084
C5' A 0, 1.188, 2.386, 3.584, 3.116 max_d=3.116 avg_d=2.386 std_dev=1.198
O3' A 0, 1.218, 2.485, 3.752, 3.371 max_d=3.371 avg_d=2.485 std_dev=1.267
O4' B 0, 1.035, 2.308, 3.582, 3.389 max_d=3.389 avg_d=2.308 std_dev=1.274
N3 B 0, 0.981, 2.380, 3.779, 3.654 max_d=3.654 avg_d=2.380 std_dev=1.399
C3' B 0, 1.420, 2.905, 4.391, 3.948 max_d=3.948 avg_d=2.905 std_dev=1.486
O5' A 0, 1.514, 3.138, 4.763, 4.535 max_d=4.535 avg_d=3.138 std_dev=1.625
C8 B 0, 0.140, 1.863, 3.586, 5.135 max_d=5.135 avg_d=1.863 std_dev=1.723
C5 B 0, 1.624, 3.372, 5.120, 5.098 max_d=5.098 avg_d=3.372 std_dev=1.748
O3' B 0, 1.756, 3.558, 5.360, 4.775 max_d=4.775 avg_d=3.558 std_dev=1.802
C4' B 0, 1.820, 3.808, 5.796, 5.300 max_d=5.300 avg_d=3.808 std_dev=1.988
N7 B 0, 1.081, 3.188, 5.295, 6.647 max_d=6.647 avg_d=3.188 std_dev=2.107
C2 B 0, 1.548, 3.662, 5.776, 5.492 max_d=5.492 avg_d=3.662 std_dev=2.114
P A 0, 2.222, 4.466, 6.710, 5.934 max_d=5.934 avg_d=4.466 std_dev=2.244
C6 B 0, 2.332, 4.668, 7.003, 5.993 max_d=5.993 avg_d=4.668 std_dev=2.336
N1 B 0, 2.202, 4.715, 7.227, 6.585 max_d=6.585 avg_d=4.715 std_dev=2.512
C5' B 0, 2.491, 5.119, 7.747, 7.007 max_d=7.007 avg_d=5.119 std_dev=2.628
OP1 A 0, 2.839, 5.705, 8.571, 7.446 max_d=7.446 avg_d=5.705 std_dev=2.866
O5' B 0, 2.393, 5.266, 8.139, 7.465 max_d=7.465 avg_d=5.266 std_dev=2.873
OP2 A 0, 2.881, 5.777, 8.672, 7.577 max_d=7.577 avg_d=5.777 std_dev=2.896
N6 B 0, 2.956, 5.945, 8.934, 8.013 max_d=8.013 avg_d=5.945 std_dev=2.989
P B 0, 3.427, 7.413, 11.400, 10.330 max_d=10.330 avg_d=7.413 std_dev=3.986
OP2 B 0, 3.282, 7.757, 12.233, 11.290 max_d=11.290 avg_d=7.757 std_dev=4.475
OP1 B 0, 4.214, 8.700, 13.186, 11.723 max_d=11.723 avg_d=8.700 std_dev=4.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.32 0.00 0.07 0.57 0.14 0.20
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.02 0.08 0.03 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.30 0.05 0.26 0.52 0.36 0.26
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.17 0.09 0.04 0.11 0.10 0.20 0.01 0.03 0.02 0.33 0.53 0.15 0.21
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.43 0.01 0.53 0.03 0.49 0.25 0.30 0.48 0.21 0.01 0.01 0.01 0.23 0.43 0.48 0.33
C4 0.01 0.02 0.08 0.43 0.00 0.20 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.18 0.04 0.42 0.60 0.47 0.42
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.26 0.13 0.12 0.22 0.13 0.27 0.04 0.01 0.02 0.47 0.24 0.06
C5 0.01 0.03 0.08 0.53 0.01 0.27 0.00 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.30 0.37 0.05 0.42 0.60 0.44 0.44
C5' 0.05 0.17 0.17 0.03 0.32 0.01 0.37 0.00 0.31 0.18 0.24 0.35 0.14 0.11 0.15 0.03 0.01 0.37 0.25 0.03
C6 0.02 0.02 0.09 0.49 0.01 0.26 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.24 0.31 0.05 0.32 0.51 0.33 0.34
N1 0.00 0.01 0.04 0.25 0.01 0.13 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.09 0.02 0.21 0.52 0.27 0.24
N3 0.02 0.00 0.11 0.30 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.18 0.05 0.36 0.55 0.44 0.35
N4 0.01 0.01 0.10 0.48 0.00 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.23 0.05 0.47 0.66 0.53 0.48
O2 0.08 0.01 0.20 0.21 0.02 0.13 0.04 0.14 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.26 0.63 0.09 0.21 0.53 0.36 0.23
O2' 0.02 0.26 0.01 0.01 0.32 0.27 0.30 0.11 0.24 0.20 0.31 0.34 0.26 0.00 0.03 0.20 0.28 0.52 0.22 0.19
O3' 0.32 0.30 0.03 0.01 0.18 0.04 0.37 0.15 0.31 0.09 0.18 0.23 0.63 0.03 0.00 0.20 0.30 0.60 0.89 0.60
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.09 0.20 0.20 0.00 0.17 0.65 0.15 0.25
O5' 0.07 0.26 0.33 0.23 0.42 0.02 0.42 0.01 0.32 0.21 0.36 0.47 0.21 0.28 0.30 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.57 0.52 0.53 0.43 0.60 0.47 0.60 0.37 0.51 0.52 0.55 0.66 0.53 0.52 0.60 0.65 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.36 0.15 0.48 0.47 0.24 0.44 0.25 0.33 0.27 0.44 0.53 0.36 0.22 0.89 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.26 0.21 0.33 0.42 0.06 0.44 0.03 0.34 0.24 0.35 0.48 0.23 0.19 0.60 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.31 0.22 0.22 0.33 0.23 0.44 0.32 0.37 0.65 0.29 0.29 0.45 0.63 0.43 0.30 0.30 0.15 0.54 1.05 0.69 0.80
C2 0.33 0.36 0.24 0.24 0.53 0.53 0.81 0.76 0.78 0.98 0.54 0.31 0.97 1.07 0.61 0.29 0.33 0.17 1.11 1.61 1.47 1.47
C2' 0.29 0.55 0.22 0.27 0.39 0.23 0.35 0.22 0.40 0.31 0.50 0.51 0.38 0.32 0.31 0.26 0.30 0.22 0.31 0.90 0.59 0.55
C3' 0.43 0.76 0.57 0.43 0.60 0.53 0.61 0.51 0.67 0.53 0.74 0.69 0.67 0.57 0.51 0.48 0.61 0.49 0.67 1.17 0.57 0.79
C4 0.26 0.33 0.21 0.40 0.60 0.84 1.00 1.12 0.97 1.20 0.64 0.25 1.23 1.34 0.69 0.23 0.43 0.37 1.51 1.90 2.07 1.90
C4' 0.17 0.71 0.27 0.19 0.37 0.22 0.39 0.35 0.53 0.31 0.68 0.56 0.53 0.33 0.22 0.28 0.27 0.14 0.45 0.90 0.52 0.60
C5 0.33 0.25 0.21 0.37 0.53 0.76 0.86 0.99 0.79 1.13 0.48 0.21 1.00 1.19 0.67 0.28 0.46 0.28 1.30 1.63 1.70 1.61
C5' 0.37 0.89 0.37 0.26 0.50 0.24 0.55 0.33 0.73 0.46 0.89 0.68 0.76 0.48 0.37 0.51 0.22 0.28 0.38 0.75 0.60 0.49
C6 0.39 0.25 0.24 0.23 0.44 0.49 0.67 0.67 0.58 0.93 0.36 0.24 0.73 0.94 0.59 0.35 0.41 0.13 0.92 1.31 1.15 1.20
N1 0.37 0.31 0.25 0.20 0.45 0.40 0.66 0.58 0.59 0.87 0.40 0.29 0.73 0.90 0.56 0.32 0.34 0.11 0.86 1.33 1.09 1.16
N3 0.27 0.37 0.21 0.33 0.59 0.73 0.96 1.00 0.94 1.11 0.64 0.29 1.19 1.26 0.65 0.24 0.38 0.30 1.40 1.86 1.91 1.80
N4 0.20 0.37 0.21 0.50 0.66 1.01 1.15 1.33 1.15 1.32 0.76 0.25 1.48 1.54 0.72 0.21 0.45 0.51 1.78 2.12 2.53 2.21
O2 0.34 0.40 0.26 0.24 0.53 0.46 0.79 0.68 0.77 0.94 0.56 0.35 0.95 1.03 0.59 0.30 0.29 0.14 1.04 1.57 1.37 1.40
O2' 0.44 0.79 0.36 0.34 0.63 0.26 0.63 0.29 0.70 0.51 0.78 0.72 0.70 0.56 0.52 0.46 0.27 0.32 0.24 0.83 0.64 0.50
O3' 0.88 1.22 1.03 0.81 1.12 0.84 1.18 0.79 1.25 1.06 1.27 1.14 1.28 1.14 1.03 0.86 0.87 0.87 0.92 1.41 0.61 0.98
O4' 0.45 0.33 0.25 0.25 0.19 0.19 0.28 0.29 0.16 0.64 0.22 0.23 0.22 0.55 0.42 0.36 0.30 0.24 0.40 0.86 0.49 0.63
O5' 0.42 0.68 0.37 0.26 0.23 0.10 0.25 0.24 0.41 0.45 0.62 0.48 0.41 0.32 0.29 0.51 0.02 0.25 0.36 0.80 0.40 0.53
OP1 0.20 1.36 0.09 0.22 0.61 0.45 0.52 1.02 0.84 0.23 1.22 1.10 0.77 0.15 0.14 0.24 0.01 0.26 0.97 1.23 0.73 1.19
OP2 0.11 1.41 0.10 0.08 0.79 0.34 0.85 0.23 1.17 0.26 1.41 1.10 1.19 0.55 0.32 0.15 0.02 0.24 0.28 0.35 0.92 0.21
P 0.23 1.07 0.10 0.01 0.48 0.12 0.45 0.39 0.72 0.14 0.99 0.84 0.69 0.15 0.06 0.23 0.00 0.15 0.30 0.65 0.19 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.30 0.01 0.23 0.29 0.31 0.24
C2 0.02 0.00 0.26 0.60 0.01 0.43 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.42 0.58 0.18 0.29 0.94 0.17 0.39
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.19 0.12 0.15 0.20 0.27 0.08 0.10 0.03 0.01 0.03 0.03 0.33 0.50 0.56 0.41
C3' 0.02 0.60 0.00 0.00 0.39 0.01 0.37 0.01 0.46 0.17 0.56 0.56 0.44 0.25 0.18 0.01 0.00 0.01 0.15 0.49 0.40 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.39 0.00 0.24 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.32 0.20 0.10 0.22 0.48 0.34 0.21
C4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.24 0.00 0.18 0.00 0.26 0.12 0.36 0.41 0.22 0.12 0.08 0.20 0.02 0.00 0.01 0.18 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.37 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.15 0.05 0.35 0.51 0.59 0.37
C5' 0.07 0.52 0.19 0.01 0.22 0.00 0.21 0.00 0.29 0.30 0.43 0.45 0.28 0.27 0.12 0.03 0.20 0.01 0.01 0.30 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.46 0.01 0.26 0.01 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.39 0.32 0.08 0.28 0.66 0.49 0.30
C8 0.03 0.01 0.15 0.17 0.01 0.12 0.01 0.30 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.17 0.25 0.08 0.60 0.58 0.89 0.68
N1 0.01 0.00 0.20 0.56 0.02 0.36 0.02 0.43 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.43 0.50 0.14 0.23 0.87 0.25 0.30
N3 0.03 0.01 0.27 0.56 0.00 0.41 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.37 0.47 0.19 0.24 0.74 0.12 0.29
N6 0.03 0.03 0.08 0.44 0.01 0.22 0.02 0.28 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.39 0.28 0.06 0.34 0.65 0.64 0.38
N7 0.03 0.02 0.10 0.25 0.02 0.12 0.01 0.27 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.24 0.09 0.06 0.56 0.56 0.92 0.65
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.08 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.18 0.12 0.02 0.35 0.38 0.50 0.36
O2' 0.02 0.42 0.01 0.01 0.32 0.20 0.33 0.03 0.39 0.17 0.43 0.37 0.39 0.24 0.18 0.00 0.03 0.14 0.29 0.60 0.43 0.38
O3' 0.30 0.58 0.03 0.00 0.20 0.02 0.15 0.20 0.32 0.25 0.50 0.47 0.28 0.09 0.12 0.03 0.00 0.20 0.16 0.47 0.19 0.24
O4' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.08 0.14 0.19 0.06 0.06 0.02 0.14 0.20 0.00 0.11 0.16 0.12 0.10
O5' 0.23 0.29 0.33 0.15 0.22 0.01 0.35 0.01 0.28 0.60 0.23 0.24 0.34 0.56 0.35 0.29 0.16 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.94 0.50 0.49 0.48 0.18 0.51 0.30 0.66 0.58 0.87 0.74 0.65 0.56 0.38 0.60 0.47 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.17 0.56 0.40 0.34 0.27 0.59 0.37 0.49 0.89 0.25 0.12 0.64 0.92 0.50 0.43 0.19 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.39 0.41 0.22 0.21 0.03 0.37 0.01 0.30 0.68 0.30 0.29 0.38 0.65 0.36 0.38 0.24 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00