ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54025

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.012, 0.060, 0.107, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.060 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.015, 0.067, 0.118, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.067 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.015, 0.083, 0.152, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.083 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.030, 0.129, 0.228, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.129 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.028, 0.133, 0.237, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.133 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.047, 0.180, 0.312, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.180 std_dev=0.133
O5' B 0, 0.084, 0.249, 0.413, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.249 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.047, 0.231, 0.416, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.231 std_dev=0.185
OP1 B 0, 0.086, 0.274, 0.463, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.274 std_dev=0.188
P B 0, 0.062, 0.264, 0.466, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.264 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.066, 0.273, 0.479, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.273 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.098, 0.321, 0.543, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.321 std_dev=0.222
C8 B 0, 0.089, 0.326, 0.563, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.326 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.112, 0.353, 0.594, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.353 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.105, 0.355, 0.606, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.355 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.107, 0.369, 0.632, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.369 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.115, 0.383, 0.651, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.383 std_dev=0.268
OP2 B 0, 0.082, 0.356, 0.629, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.356 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.108, 0.389, 0.670, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.389 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.105, 0.387, 0.668, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.387 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.097, 0.395, 0.692, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.395 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.095, 0.398, 0.701, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.398 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.111, 0.417, 0.722, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.417 std_dev=0.305
P A 0, 0.081, 0.390, 0.698, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.390 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.162, 0.530, 0.899, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.530 std_dev=0.369
OP1 A 0, 0.104, 0.501, 0.897, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.501 std_dev=0.396
OP2 A 0, 0.092, 0.489, 0.886, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.489 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.158, 0.565, 0.972, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.565 std_dev=0.407
N6 B 0, 0.206, 0.665, 1.125, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.665 std_dev=0.459
C6 B 0, 0.198, 0.672, 1.145, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.672 std_dev=0.474
N3 B 0, 0.190, 0.733, 1.277, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.733 std_dev=0.544
N1 B 0, 0.219, 0.834, 1.448, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.834 std_dev=0.614
C2 B 0, 0.217, 0.856, 1.495, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.856 std_dev=0.639

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.06 0.14 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.10 0.18 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.11 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.08 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.05 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.08 0.17 0.11
N4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.12 0.20 0.14
O2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.04 0.12 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04
O5' 0.05 0.10 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.11 0.13 0.08 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.08 0.05 0.08 0.12 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.05 0.04 0.18 0.02 0.16 0.03 0.11 0.10 0.17 0.20 0.12 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.07 0.11 0.14 0.07 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.25 0.18 0.13 0.20 0.19 0.18 0.16 0.19 0.13 0.23 0.25 0.18 0.14 0.18 0.25 0.11 0.21 0.14 0.12 0.10 0.11
C2 0.19 0.27 0.20 0.12 0.21 0.13 0.17 0.12 0.19 0.12 0.24 0.26 0.18 0.13 0.17 0.28 0.11 0.17 0.14 0.14 0.14 0.14
C2' 0.17 0.23 0.14 0.11 0.17 0.18 0.15 0.16 0.17 0.09 0.20 0.22 0.16 0.10 0.14 0.20 0.10 0.19 0.13 0.11 0.08 0.09
C3' 0.12 0.20 0.09 0.08 0.13 0.15 0.11 0.15 0.13 0.05 0.18 0.18 0.12 0.06 0.10 0.14 0.08 0.15 0.13 0.14 0.09 0.11
C4 0.17 0.30 0.20 0.12 0.21 0.12 0.19 0.15 0.22 0.12 0.27 0.28 0.20 0.13 0.17 0.27 0.12 0.14 0.14 0.14 0.19 0.16
C4' 0.14 0.21 0.11 0.10 0.16 0.18 0.13 0.18 0.16 0.07 0.19 0.20 0.15 0.09 0.12 0.15 0.09 0.18 0.14 0.13 0.11 0.11
C5 0.18 0.29 0.19 0.14 0.22 0.15 0.19 0.16 0.22 0.13 0.27 0.28 0.21 0.14 0.17 0.25 0.13 0.16 0.13 0.13 0.18 0.15
C5' 0.09 0.19 0.06 0.07 0.12 0.13 0.09 0.16 0.13 0.04 0.18 0.17 0.12 0.04 0.07 0.08 0.06 0.12 0.15 0.19 0.15 0.17
C6 0.18 0.28 0.18 0.14 0.21 0.16 0.18 0.15 0.21 0.12 0.25 0.27 0.19 0.13 0.17 0.24 0.12 0.17 0.12 0.12 0.15 0.13
N1 0.19 0.26 0.19 0.13 0.20 0.15 0.17 0.13 0.19 0.12 0.24 0.26 0.18 0.13 0.17 0.26 0.11 0.18 0.13 0.13 0.13 0.12
N3 0.18 0.29 0.20 0.12 0.21 0.11 0.18 0.13 0.20 0.12 0.25 0.27 0.18 0.13 0.17 0.28 0.11 0.14 0.14 0.15 0.17 0.15
N4 0.17 0.31 0.20 0.13 0.22 0.13 0.20 0.16 0.23 0.13 0.29 0.29 0.22 0.14 0.17 0.26 0.13 0.14 0.15 0.15 0.21 0.17
O2 0.20 0.26 0.20 0.12 0.20 0.14 0.17 0.11 0.19 0.12 0.23 0.26 0.17 0.13 0.17 0.29 0.11 0.18 0.14 0.14 0.12 0.13
O2' 0.19 0.23 0.15 0.11 0.19 0.20 0.17 0.19 0.18 0.12 0.21 0.22 0.18 0.14 0.16 0.21 0.09 0.22 0.14 0.12 0.10 0.10
O3' 0.10 0.18 0.07 0.07 0.11 0.15 0.08 0.17 0.12 0.04 0.16 0.16 0.11 0.04 0.07 0.11 0.07 0.15 0.15 0.17 0.14 0.15
O4' 0.19 0.24 0.17 0.13 0.19 0.20 0.17 0.16 0.19 0.12 0.22 0.24 0.18 0.13 0.17 0.22 0.11 0.21 0.13 0.12 0.07 0.09
O5' 0.04 0.19 0.02 0.03 0.10 0.07 0.08 0.08 0.11 0.05 0.16 0.17 0.10 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.13 0.19 0.10 0.13
OP1 0.04 0.21 0.04 0.02 0.09 0.04 0.07 0.08 0.11 0.14 0.18 0.17 0.10 0.11 0.05 0.03 0.01 0.05 0.20 0.32 0.22 0.25
OP2 0.03 0.18 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.09 0.15 0.14 0.15 0.08 0.13 0.06 0.05 0.01 0.02 0.15 0.27 0.13 0.18
P 0.01 0.18 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.09 0.11 0.16 0.16 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.24 0.13 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.16 0.03 0.14 0.16 0.12 0.13
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.11 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.06 0.11 0.12 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.07 0.07
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.12 0.14 0.14 0.12
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.15 0.14 0.13
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.14 0.17 0.13 0.14
C8 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.10 0.12 0.16 0.11
N1 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.02 0.15 0.17 0.13 0.14
N3 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.03 0.12 0.14 0.13 0.12
N6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.15 0.18 0.13 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.14 0.15 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.15 0.11
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.10 0.03
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.06 0.14 0.15 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.16 0.08 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.13 0.10
O5' 0.07 0.14 0.01 0.06 0.12 0.01 0.13 0.00 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12 0.10 0.01 0.11 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.16 0.10 0.12 0.14 0.04 0.15 0.01 0.17 0.12 0.17 0.14 0.18 0.14 0.11 0.08 0.16 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.12 0.09 0.07 0.14 0.06 0.14 0.06 0.13 0.16 0.13 0.13 0.13 0.15 0.15 0.10 0.08 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.04 0.07 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.11 0.14 0.12 0.14 0.12 0.11 0.03 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00