ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.006, 0.046, 0.086, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.046 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.012, 0.075, 0.138, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.075 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.066, 0.294, 0.522, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.294 std_dev=0.228
C2' A 0, 0.110, 0.362, 0.613, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.362 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.340, 0.810, 1.280, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.810 std_dev=0.470
C4' A 0, 0.265, 0.747, 1.228, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.747 std_dev=0.482
O2' B 0, 0.458, 0.962, 1.465, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.962 std_dev=0.504
C5' A 0, 0.474, 0.985, 1.496, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.985 std_dev=0.511
O2' A 0, 0.499, 1.021, 1.543, 1.442 max_d=1.442 avg_d=1.021 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.199, 0.731, 1.264, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.731 std_dev=0.533
C3' B 0, 0.255, 0.799, 1.342, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.799 std_dev=0.544
O5' A 0, 0.563, 1.145, 1.727, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.145 std_dev=0.582
P A 0, 0.497, 1.168, 1.840, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.168 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.384, 1.078, 1.771, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.078 std_dev=0.693
C3' A 0, 0.378, 1.108, 1.838, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.108 std_dev=0.730
C4' B 0, 0.359, 1.131, 1.903, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.131 std_dev=0.772
O4' B 0, 0.488, 1.266, 2.044, 2.393 max_d=2.393 avg_d=1.266 std_dev=0.778
N9 B 0, 0.471, 1.318, 2.166, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.318 std_dev=0.847
OP2 A 0, 0.586, 1.499, 2.413, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.499 std_dev=0.913
C8 B 0, 0.575, 1.496, 2.416, 2.897 max_d=2.897 avg_d=1.496 std_dev=0.920
OP1 A 0, 0.292, 1.251, 2.210, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.251 std_dev=0.959
C4 B 0, 0.888, 1.914, 2.940, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.914 std_dev=1.026
N7 B 0, 0.670, 1.782, 2.894, 3.407 max_d=3.407 avg_d=1.782 std_dev=1.112
C5' B 0, 0.481, 1.623, 2.765, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.623 std_dev=1.142
C5 B 0, 0.808, 1.982, 3.156, 3.434 max_d=3.434 avg_d=1.982 std_dev=1.174
OP1 B 0, 0.688, 1.940, 3.193, 3.886 max_d=3.886 avg_d=1.940 std_dev=1.253
P B 0, 0.484, 1.738, 2.993, 3.734 max_d=3.734 avg_d=1.738 std_dev=1.254
N3 B 0, 1.252, 2.543, 3.834, 3.460 max_d=3.460 avg_d=2.543 std_dev=1.291
OP2 B 0, 0.998, 2.320, 3.642, 3.848 max_d=3.848 avg_d=2.320 std_dev=1.322
O3' A 0, 0.713, 2.063, 3.413, 3.430 max_d=3.430 avg_d=2.063 std_dev=1.350
O5' B 0, 0.397, 1.783, 3.169, 3.357 max_d=3.357 avg_d=1.783 std_dev=1.386
C6 B 0, 1.196, 2.608, 4.021, 3.927 max_d=3.927 avg_d=2.608 std_dev=1.412
N6 B 0, 1.191, 2.787, 4.383, 4.502 max_d=4.502 avg_d=2.787 std_dev=1.596
C2 B 0, 1.536, 3.144, 4.753, 4.253 max_d=4.253 avg_d=3.144 std_dev=1.609
N1 B 0, 1.577, 3.189, 4.800, 4.426 max_d=4.426 avg_d=3.189 std_dev=1.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.01 0.07 0.13 0.26 0.13
C2 0.01 0.00 0.16 0.21 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.06 0.29 0.10 0.52 0.24
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.10 0.15 0.01 0.11 0.02 0.30 0.00 0.02 0.03 0.21 0.26 0.42 0.34
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.32 0.01 0.35 0.03 0.31 0.20 0.27 0.34 0.19 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.19 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.37 0.11 0.02 0.50 0.28 0.80 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.20 0.08 0.08 0.16 0.08 0.24 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.05
C5 0.00 0.01 0.11 0.35 0.00 0.21 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.23 0.07 0.54 0.33 0.80 0.48
C5' 0.02 0.10 0.10 0.03 0.27 0.00 0.34 0.00 0.29 0.14 0.17 0.30 0.04 0.14 0.19 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.15 0.31 0.01 0.20 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.19 0.08 0.44 0.21 0.59 0.34
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.06 0.01 0.27 0.09 0.45 0.20
N3 0.01 0.01 0.11 0.27 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.08 0.04 0.40 0.17 0.68 0.34
N4 0.01 0.01 0.02 0.34 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.14 0.02 0.56 0.35 0.91 0.52
O2 0.03 0.01 0.30 0.19 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.34 0.11 0.20 0.11 0.43 0.17
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.37 0.24 0.40 0.14 0.33 0.20 0.28 0.41 0.20 0.00 0.03 0.16 0.14 0.12 0.45 0.28
O3' 0.24 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.23 0.19 0.19 0.06 0.08 0.14 0.34 0.03 0.00 0.12 0.28 0.36 0.35 0.27
O4' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.11 0.16 0.12 0.00 0.05 0.17 0.18 0.10
O5' 0.07 0.29 0.21 0.08 0.50 0.02 0.54 0.01 0.44 0.27 0.40 0.56 0.20 0.14 0.28 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.13 0.10 0.26 0.08 0.28 0.11 0.33 0.12 0.21 0.09 0.17 0.35 0.11 0.12 0.36 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.52 0.42 0.19 0.80 0.11 0.80 0.04 0.59 0.45 0.68 0.91 0.43 0.45 0.35 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.34 0.08 0.45 0.05 0.48 0.01 0.34 0.20 0.34 0.52 0.17 0.28 0.27 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.76 0.22 0.33 0.45 0.42 0.52 0.74 0.55 0.68 0.64 0.68 0.64 0.73 0.37 0.51 0.27 0.35 0.87 1.09 0.43 0.69
C2 0.32 0.83 0.25 0.29 0.65 0.44 0.84 0.76 0.90 0.92 0.85 0.72 1.07 1.06 0.57 0.47 0.20 0.44 0.97 1.33 0.54 0.78
C2' 0.39 0.59 0.27 0.57 0.49 0.71 0.65 1.05 0.62 0.89 0.56 0.52 0.74 0.91 0.56 0.21 0.53 0.61 1.13 1.28 0.49 0.99
C3' 0.11 0.42 0.10 0.16 0.14 0.18 0.25 0.42 0.23 0.47 0.27 0.38 0.35 0.50 0.16 0.41 0.15 0.14 0.51 0.61 0.53 0.41
C4 0.39 0.87 0.30 0.22 0.79 0.43 1.03 0.74 1.10 1.04 0.99 0.75 1.30 1.23 0.70 0.42 0.23 0.50 1.00 1.45 0.58 0.86
C4' 0.16 0.50 0.15 0.14 0.17 0.12 0.19 0.32 0.19 0.43 0.32 0.48 0.29 0.44 0.10 0.52 0.13 0.12 0.43 0.57 0.52 0.29
C5 0.39 0.79 0.33 0.25 0.73 0.43 0.94 0.75 0.98 0.98 0.88 0.70 1.13 1.12 0.67 0.43 0.24 0.50 1.02 1.33 0.55 0.88
C5' 0.27 0.34 0.22 0.10 0.15 0.15 0.15 0.07 0.12 0.35 0.18 0.35 0.21 0.35 0.17 0.49 0.03 0.25 0.15 0.21 0.66 0.16
C6 0.34 0.74 0.31 0.30 0.62 0.45 0.77 0.77 0.80 0.86 0.75 0.66 0.92 0.95 0.56 0.47 0.19 0.45 0.97 1.18 0.50 0.80
N1 0.30 0.77 0.26 0.31 0.57 0.44 0.72 0.76 0.76 0.83 0.74 0.68 0.89 0.92 0.51 0.49 0.20 0.42 0.94 1.21 0.48 0.76
N3 0.36 0.88 0.27 0.25 0.74 0.44 0.98 0.75 1.06 1.00 0.97 0.75 1.26 1.19 0.65 0.44 0.20 0.48 0.99 1.42 0.58 0.82
N4 0.42 0.94 0.30 0.19 0.87 0.42 1.15 0.70 1.24 1.09 1.11 0.80 1.48 1.33 0.76 0.38 0.27 0.52 0.95 1.52 0.61 0.87
O2 0.30 0.85 0.24 0.30 0.62 0.44 0.81 0.75 0.87 0.90 0.85 0.74 1.04 1.03 0.54 0.48 0.22 0.43 0.96 1.32 0.54 0.76
O2' 0.29 0.68 0.16 0.52 0.40 0.73 0.55 1.19 0.51 0.86 0.55 0.59 0.64 0.88 0.46 0.40 0.46 0.59 1.28 1.56 0.67 1.24
O3' 0.28 0.45 0.26 0.07 0.15 0.08 0.18 0.24 0.14 0.41 0.24 0.45 0.29 0.45 0.15 0.63 0.04 0.21 0.40 0.57 0.60 0.37
O4' 0.19 0.70 0.21 0.23 0.35 0.25 0.36 0.49 0.40 0.53 0.54 0.65 0.47 0.57 0.23 0.59 0.19 0.20 0.62 0.81 0.45 0.43
O5' 0.15 0.18 0.11 0.02 0.07 0.10 0.14 0.11 0.12 0.26 0.09 0.19 0.19 0.27 0.12 0.23 0.02 0.16 0.10 0.18 0.81 0.32
OP1 0.26 0.18 0.24 0.06 0.20 0.43 0.24 0.47 0.26 0.23 0.22 0.18 0.27 0.24 0.21 0.31 0.08 0.44 0.33 0.44 0.81 0.48
OP2 0.17 0.19 0.23 0.07 0.18 0.10 0.18 0.32 0.20 0.14 0.20 0.20 0.20 0.15 0.17 0.43 0.05 0.11 0.33 0.62 1.04 0.63
P 0.13 0.09 0.17 0.02 0.13 0.17 0.18 0.23 0.19 0.22 0.14 0.11 0.22 0.23 0.15 0.20 0.00 0.18 0.17 0.33 0.84 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.23 0.30 0.11
C2 0.03 0.00 0.18 0.11 0.02 0.09 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.26 0.22 0.17 0.15 0.57 0.49 0.25
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.05 0.04 0.16 0.11 0.19 0.04 0.12 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.14 0.33 0.23
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.04 0.15 0.24 0.10 0.12 0.19 0.23 0.11 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.49 0.25
C4 0.01 0.02 0.08 0.09 0.00 0.09 0.03 0.14 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.11 0.08 0.09 0.14 0.48 0.45 0.21
C4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.16 0.15 0.12 0.08 0.18 0.16 0.09 0.09 0.03 0.01 0.01 0.25 0.22 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.15 0.03 0.14 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.11 0.07 0.21 0.58 0.57 0.33
C5' 0.03 0.17 0.05 0.04 0.14 0.01 0.19 0.00 0.23 0.14 0.21 0.15 0.26 0.19 0.09 0.08 0.08 0.04 0.01 0.33 0.14 0.02
C6 0.05 0.02 0.04 0.15 0.05 0.16 0.02 0.23 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.12 0.25 0.67 0.65 0.39
C8 0.01 0.02 0.16 0.24 0.03 0.15 0.02 0.14 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.13 0.25 0.08 0.16 0.45 0.44 0.24
N1 0.04 0.02 0.11 0.10 0.02 0.12 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.18 0.13 0.15 0.21 0.65 0.59 0.34
N3 0.04 0.01 0.19 0.12 0.01 0.08 0.03 0.15 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.25 0.22 0.17 0.12 0.49 0.44 0.18
N6 0.04 0.03 0.04 0.19 0.05 0.18 0.03 0.26 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.16 0.10 0.29 0.76 0.74 0.47
N7 0.01 0.03 0.12 0.23 0.04 0.16 0.02 0.19 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.03 0.09 0.25 0.05 0.22 0.61 0.58 0.35
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.36 0.37 0.14
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.11 0.09 0.04 0.08 0.08 0.13 0.18 0.25 0.04 0.09 0.02 0.00 0.20 0.07 0.05 0.12 0.35 0.19
O3' 0.06 0.22 0.09 0.00 0.08 0.03 0.11 0.08 0.10 0.25 0.13 0.22 0.16 0.25 0.06 0.20 0.00 0.03 0.11 0.11 0.61 0.20
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.04 0.12 0.08 0.15 0.17 0.10 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.13 0.26 0.45 0.15
O5' 0.09 0.15 0.09 0.05 0.14 0.01 0.21 0.01 0.25 0.16 0.21 0.12 0.29 0.22 0.09 0.05 0.11 0.13 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.23 0.57 0.14 0.06 0.48 0.25 0.58 0.33 0.67 0.45 0.65 0.49 0.76 0.61 0.36 0.12 0.11 0.26 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.49 0.33 0.49 0.45 0.22 0.57 0.14 0.65 0.44 0.59 0.44 0.74 0.58 0.37 0.35 0.61 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.23 0.25 0.21 0.05 0.33 0.02 0.39 0.24 0.34 0.18 0.47 0.35 0.14 0.19 0.20 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00