sequences=5
maxmove=0.1
pval=0.1
usescval=false
complexatt=true
cooling=1.0
currcool=1.0
attfactor=10.0
attvalpow=1
repfactor=10.0
repvalpow=1
dampening=1.0
minattract=1.0
cluster2d=false
blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500
formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb
showinfo=true
zoom=1.0
dotsize=0
ovalsize=10
groupsize=4
usefoldchange=false
avgfoldchange=false
colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9;
colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23):
1.0;0.0;0.0;
0.0;1.0;0.0;
0.0;0.0;1.0;
>2J02-A1427-A1426
X
>3OXD-A65-A64
X
>1XMQ-A335-A334
X
>2VQF-A335-A334
X
>2UXC-A335-A334
X
0 1:0.62725107091
0 2:0.89086912131
0 3:0.999999781293
0 4:0.714842952214
1 2:0.555689030905
1 3:0.648966181272
1 4:0.462531840913
2 3:0.201521094312
2 4:0.297006449649
3 4:0.368816650524