ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, -0.001, 0.004, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.041 std_dev=0.024
P B 0, 0.133, 0.340, 0.547, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.340 std_dev=0.207
C2' A 0, -0.022, 0.214, 0.450, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.214 std_dev=0.236
O4' A 0, -0.045, 0.193, 0.431, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.193 std_dev=0.238
C5' B 0, 0.274, 0.588, 0.903, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.588 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.296, 0.616, 0.936, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.616 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.325, 0.657, 0.988, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.657 std_dev=0.332
C4' B 0, 0.274, 0.613, 0.952, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.613 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.325, 0.665, 1.004, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.665 std_dev=0.340
C3' B 0, 0.270, 0.646, 1.023, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.646 std_dev=0.377
N9 B 0, 0.303, 0.688, 1.072, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.688 std_dev=0.384
C8 B 0, 0.332, 0.726, 1.119, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.726 std_dev=0.394
O2' B 0, 0.259, 0.737, 1.215, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.737 std_dev=0.478
C5' A 0, -0.070, 0.417, 0.905, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.417 std_dev=0.488
C4' A 0, -0.145, 0.344, 0.834, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.344 std_dev=0.490
C4 B 0, 0.445, 0.963, 1.482, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.963 std_dev=0.519
N7 B 0, 0.469, 0.990, 1.511, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.990 std_dev=0.521
O3' B 0, 0.185, 0.716, 1.246, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.716 std_dev=0.530
O2' A 0, -0.121, 0.413, 0.948, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.413 std_dev=0.535
O5' A 0, -0.042, 0.497, 1.035, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.497 std_dev=0.538
O5' B 0, 0.260, 0.847, 1.433, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.847 std_dev=0.587
P A 0, 0.096, 0.694, 1.292, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.694 std_dev=0.598
C3' A 0, -0.179, 0.427, 1.033, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.427 std_dev=0.606
C5 B 0, 0.521, 1.129, 1.736, 1.762 max_d=1.762 avg_d=1.129 std_dev=0.607
N3 B 0, 0.485, 1.156, 1.827, 1.915 max_d=1.915 avg_d=1.156 std_dev=0.671
OP2 B 0, 0.075, 0.860, 1.645, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.860 std_dev=0.785
C2 B 0, 0.637, 1.484, 2.331, 2.245 max_d=2.245 avg_d=1.484 std_dev=0.847
C6 B 0, 0.610, 1.486, 2.361, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.486 std_dev=0.875
OP1 B 0, 0.065, 0.953, 1.841, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.953 std_dev=0.888
N1 B 0, 0.681, 1.644, 2.608, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.644 std_dev=0.964
OP2 A 0, 0.293, 1.328, 2.363, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.328 std_dev=1.035
O3' A 0, -0.422, 0.681, 1.785, 2.881 max_d=2.881 avg_d=0.681 std_dev=1.104
N6 B 0, 0.615, 1.724, 2.832, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.724 std_dev=1.108
OP1 A 0, 0.463, 1.698, 2.932, 3.166 max_d=3.166 avg_d=1.698 std_dev=1.234

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.00 0.28 0.63 0.19 0.23
C2 0.01 0.00 0.10 0.20 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.05 0.21 0.81 0.30 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.10 0.00 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.36 0.54 0.32 0.30
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.01 0.26 0.19 0.26 0.33 0.13 0.00 0.01 0.02 0.12 0.11 0.25 0.17
C4 0.01 0.00 0.01 0.31 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.10 0.02 0.16 0.87 0.44 0.16
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.07 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.34 0.21 0.05
C5 0.01 0.00 0.08 0.31 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.16 0.02 0.18 0.83 0.39 0.17
C5' 0.05 0.03 0.16 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.09 0.03 0.06 0.12 0.02 0.09 0.17 0.01 0.01 0.32 0.38 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.26 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.10 0.03 0.24 0.78 0.29 0.22
N1 0.01 0.00 0.00 0.19 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.07 0.02 0.25 0.76 0.24 0.21
N3 0.01 0.00 0.07 0.26 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.04 0.05 0.18 0.86 0.40 0.16
N4 0.01 0.00 0.01 0.33 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.14 0.02 0.13 0.87 0.52 0.14
O2 0.01 0.00 0.18 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.26 0.07 0.21 0.78 0.27 0.18
O2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.32 0.25 0.29 0.09 0.23 0.19 0.30 0.35 0.18 0.00 0.03 0.19 0.20 0.44 0.36 0.20
O3' 0.25 0.12 0.01 0.01 0.10 0.01 0.16 0.17 0.10 0.07 0.04 0.14 0.26 0.03 0.00 0.17 0.44 0.35 0.56 0.44
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.19 0.17 0.00 0.22 0.63 0.24 0.22
O5' 0.28 0.21 0.36 0.12 0.16 0.02 0.18 0.01 0.24 0.25 0.18 0.13 0.21 0.20 0.44 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.63 0.81 0.54 0.11 0.87 0.34 0.83 0.32 0.78 0.76 0.86 0.87 0.78 0.44 0.35 0.63 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.30 0.32 0.25 0.44 0.21 0.39 0.38 0.29 0.24 0.40 0.52 0.27 0.36 0.56 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.18 0.30 0.17 0.16 0.05 0.17 0.01 0.22 0.21 0.16 0.14 0.18 0.20 0.44 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.51 0.23 0.12 0.34 0.11 0.40 0.16 0.52 0.20 0.56 0.41 0.58 0.34 0.18 0.36 0.16 0.07 0.41 0.87 0.86 0.12
C2 0.20 0.51 0.28 0.18 0.41 0.09 0.50 0.18 0.59 0.35 0.58 0.42 0.67 0.49 0.29 0.33 0.15 0.14 0.52 0.97 0.92 0.05
C2' 0.08 0.40 0.06 0.09 0.30 0.23 0.39 0.28 0.46 0.31 0.46 0.31 0.53 0.39 0.22 0.09 0.10 0.19 0.35 0.88 0.85 0.14
C3' 0.38 0.59 0.36 0.39 0.42 0.34 0.42 0.32 0.52 0.22 0.59 0.52 0.55 0.30 0.31 0.41 0.37 0.35 0.63 0.75 0.94 0.38
C4 0.27 0.48 0.33 0.23 0.43 0.16 0.52 0.22 0.57 0.43 0.54 0.42 0.65 0.54 0.36 0.32 0.13 0.25 0.57 0.98 0.91 0.05
C4' 0.30 0.58 0.28 0.25 0.35 0.26 0.36 0.17 0.50 0.09 0.59 0.48 0.54 0.23 0.20 0.47 0.30 0.27 0.42 0.71 0.81 0.24
C5 0.24 0.44 0.32 0.22 0.38 0.12 0.45 0.19 0.49 0.35 0.48 0.39 0.54 0.44 0.31 0.32 0.13 0.20 0.52 0.91 0.88 0.08
C5' 0.34 0.58 0.28 0.26 0.36 0.33 0.35 0.23 0.48 0.12 0.58 0.50 0.49 0.20 0.23 0.46 0.31 0.34 0.38 0.63 0.74 0.28
C6 0.18 0.45 0.28 0.18 0.35 0.09 0.40 0.17 0.48 0.27 0.49 0.39 0.52 0.37 0.24 0.33 0.14 0.10 0.44 0.86 0.86 0.12
N1 0.17 0.49 0.26 0.16 0.37 0.08 0.44 0.16 0.53 0.28 0.54 0.41 0.59 0.41 0.24 0.34 0.15 0.09 0.46 0.91 0.88 0.09
N3 0.24 0.51 0.31 0.21 0.44 0.13 0.54 0.21 0.61 0.42 0.58 0.43 0.70 0.55 0.34 0.33 0.14 0.22 0.56 0.98 0.92 0.06
N4 0.33 0.49 0.35 0.25 0.46 0.21 0.56 0.25 0.60 0.50 0.56 0.43 0.68 0.59 0.41 0.33 0.12 0.33 0.58 0.96 0.90 0.12
O2 0.18 0.53 0.27 0.17 0.41 0.08 0.52 0.17 0.62 0.35 0.61 0.44 0.71 0.50 0.28 0.34 0.15 0.13 0.52 0.97 0.92 0.05
O2' 0.08 0.42 0.12 0.12 0.30 0.30 0.38 0.45 0.45 0.33 0.46 0.34 0.52 0.40 0.22 0.22 0.07 0.24 0.39 1.05 0.90 0.33
O3' 0.52 0.73 0.45 0.47 0.51 0.49 0.46 0.42 0.58 0.22 0.69 0.67 0.59 0.30 0.39 0.57 0.49 0.50 0.65 0.80 0.92 0.35
O4' 0.23 0.57 0.28 0.18 0.35 0.19 0.39 0.13 0.53 0.11 0.61 0.46 0.58 0.28 0.16 0.49 0.28 0.17 0.36 0.78 0.81 0.18
O5' 0.10 0.45 0.05 0.03 0.27 0.19 0.32 0.15 0.41 0.20 0.46 0.37 0.45 0.29 0.12 0.13 0.04 0.17 0.18 0.63 0.65 0.17
OP1 0.22 0.59 0.22 0.15 0.44 0.51 0.60 0.56 0.70 0.45 0.67 0.49 0.80 0.63 0.27 0.67 0.03 0.41 0.48 0.87 0.38 0.50
OP2 0.15 0.54 0.42 0.10 0.35 0.66 0.40 0.82 0.51 0.26 0.57 0.43 0.53 0.33 0.21 0.67 0.02 0.51 0.60 0.48 1.05 0.62
P 0.11 0.42 0.12 0.04 0.28 0.31 0.36 0.24 0.44 0.23 0.46 0.33 0.49 0.33 0.14 0.14 0.01 0.27 0.14 0.48 0.53 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.54 0.11 0.14
C2 0.01 0.00 0.23 0.18 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.27 0.20 0.42 0.54 0.70 0.24
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.14 0.02 0.10 0.04 0.14 0.09 0.20 0.23 0.12 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.18 0.37 0.24 0.20
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.03 0.18 0.19 0.19 0.16 0.20 0.20 0.12 0.03 0.01 0.01 0.18 0.31 0.33 0.12
C4 0.00 0.01 0.14 0.14 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.16 0.11 0.36 0.56 0.53 0.20
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.16 0.09 0.07 0.13 0.16 0.08 0.10 0.02 0.00 0.03 0.36 0.23 0.06
C5 0.00 0.01 0.10 0.17 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.16 0.07 0.45 0.62 0.65 0.29
C5' 0.02 0.22 0.04 0.03 0.17 0.00 0.23 0.00 0.25 0.23 0.24 0.18 0.28 0.26 0.13 0.06 0.04 0.01 0.01 0.28 0.28 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.18 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.20 0.11 0.49 0.64 0.77 0.33
C8 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.11 0.36 0.61 0.35 0.27
N1 0.01 0.00 0.20 0.19 0.00 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.25 0.16 0.48 0.60 0.79 0.30
N3 0.01 0.00 0.23 0.16 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.25 0.19 0.35 0.52 0.57 0.18
N6 0.00 0.00 0.12 0.20 0.00 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.20 0.09 0.53 0.71 0.84 0.39
N7 0.00 0.01 0.06 0.20 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.19 0.06 0.45 0.65 0.56 0.33
N9 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.02 0.26 0.56 0.33 0.17
O2' 0.01 0.31 0.00 0.03 0.21 0.10 0.22 0.06 0.26 0.15 0.30 0.27 0.27 0.18 0.12 0.00 0.10 0.10 0.14 0.39 0.24 0.15
O3' 0.05 0.27 0.04 0.01 0.16 0.02 0.16 0.04 0.20 0.19 0.25 0.25 0.20 0.19 0.09 0.10 0.00 0.01 0.17 0.48 0.51 0.16
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.11 0.16 0.19 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.09 0.64 0.07 0.22
O5' 0.08 0.42 0.18 0.18 0.36 0.03 0.45 0.01 0.49 0.36 0.48 0.35 0.53 0.45 0.26 0.14 0.17 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.54 0.54 0.37 0.31 0.56 0.36 0.62 0.28 0.64 0.61 0.60 0.52 0.71 0.65 0.56 0.39 0.48 0.64 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.70 0.24 0.33 0.53 0.23 0.65 0.28 0.77 0.35 0.79 0.57 0.84 0.56 0.33 0.24 0.51 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.24 0.20 0.12 0.20 0.06 0.29 0.01 0.33 0.27 0.30 0.18 0.39 0.33 0.17 0.15 0.16 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00