ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54028

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.020, 0.056, 0.093, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.010, 0.055, 0.100, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.055 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.079, 0.273, 0.467, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.273 std_dev=0.194
C2' A 0, 0.074, 0.268, 0.462, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.268 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.073, 0.287, 0.501, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.287 std_dev=0.214
C4' A 0, 0.131, 0.411, 0.691, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.411 std_dev=0.280
P A 0, 0.135, 0.418, 0.702, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.418 std_dev=0.283
C3' A 0, 0.116, 0.416, 0.716, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.416 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.306, 0.653, 1.000, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.653 std_dev=0.347
O5' A 0, 0.251, 0.642, 1.033, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.642 std_dev=0.391
O3' A 0, 0.168, 0.579, 0.990, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.579 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.375, 0.806, 1.236, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.806 std_dev=0.431
OP1 A 0, 0.055, 0.535, 1.014, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.535 std_dev=0.480
C5' A 0, 0.263, 0.762, 1.261, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.762 std_dev=0.499
O2' B 0, 0.144, 0.690, 1.237, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.690 std_dev=0.547
OP2 A 0, 0.192, 0.754, 1.316, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.754 std_dev=0.562
N9 B 0, 0.524, 1.096, 1.667, 1.638 max_d=1.638 avg_d=1.096 std_dev=0.571
O3' B 0, 0.122, 0.710, 1.297, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.710 std_dev=0.588
C4 B 0, 0.618, 1.301, 1.985, 1.966 max_d=1.966 avg_d=1.301 std_dev=0.683
C3' B 0, 0.127, 0.964, 1.800, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.964 std_dev=0.837
C5 B 0, 0.595, 1.699, 2.802, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.699 std_dev=1.104
O4' B 0, 0.394, 1.546, 2.698, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.546 std_dev=1.152
N3 B 0, 0.681, 1.882, 3.084, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.882 std_dev=1.201
C8 B 0, 0.685, 1.959, 3.233, 3.970 max_d=3.970 avg_d=1.959 std_dev=1.274
C6 B 0, 0.721, 2.133, 3.545, 4.448 max_d=4.448 avg_d=2.133 std_dev=1.412
C4' B 0, 0.119, 1.685, 3.251, 4.562 max_d=4.562 avg_d=1.685 std_dev=1.566
N7 B 0, 0.596, 2.165, 3.735, 4.825 max_d=4.825 avg_d=2.165 std_dev=1.570
N1 B 0, 0.872, 2.516, 4.161, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.516 std_dev=1.645
C2 B 0, 0.784, 2.490, 4.196, 5.050 max_d=5.050 avg_d=2.490 std_dev=1.706
N6 B 0, 0.619, 2.537, 4.455, 5.919 max_d=5.919 avg_d=2.537 std_dev=1.918
C5' B 0, -0.047, 2.465, 4.977, 7.215 max_d=7.215 avg_d=2.465 std_dev=2.512
O5' B 0, 0.069, 2.661, 5.254, 7.585 max_d=7.585 avg_d=2.661 std_dev=2.592
P B 0, -0.650, 3.142, 6.934, 10.484 max_d=10.484 avg_d=3.142 std_dev=3.792
OP2 B 0, -0.055, 3.845, 7.744, 11.221 max_d=11.221 avg_d=3.845 std_dev=3.899
OP1 B 0, -0.043, 4.165, 8.373, 11.681 max_d=11.681 avg_d=4.165 std_dev=4.208

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.16 0.08 0.66 0.28
C2 0.05 0.00 0.10 0.15 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.16 0.03 0.34 0.12 0.59 0.23
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.16 0.01 0.02 0.01 0.28 0.31 0.37 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.10 0.02 0.14 0.07 0.22 0.01 0.00 0.01 0.35 0.49 0.24 0.16
C4 0.03 0.02 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.03 0.42 0.25 0.53 0.22
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.03 0.20 0.49 0.15
C5 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.44 0.26 0.56 0.20
C5' 0.03 0.11 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.13 0.06 0.13 0.11 0.14 0.06 0.08 0.03 0.02 0.26 0.38 0.03
C6 0.01 0.02 0.08 0.10 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03 0.40 0.19 0.64 0.22
N1 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.31 0.12 0.64 0.24
N3 0.04 0.00 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.38 0.18 0.56 0.23
N4 0.04 0.02 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02 0.43 0.29 0.46 0.21
O2 0.06 0.01 0.16 0.22 0.02 0.09 0.02 0.14 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.24 0.05 0.30 0.07 0.57 0.22
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.08 0.11 0.00 0.03 0.02 0.10 0.28 0.43 0.13
O3' 0.02 0.16 0.02 0.00 0.07 0.01 0.05 0.08 0.10 0.02 0.16 0.10 0.24 0.03 0.00 0.01 0.29 0.69 0.17 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.11 0.17 0.79 0.43
O5' 0.16 0.34 0.28 0.35 0.42 0.03 0.44 0.02 0.40 0.31 0.38 0.43 0.30 0.10 0.29 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.12 0.31 0.49 0.25 0.20 0.26 0.26 0.19 0.12 0.18 0.29 0.07 0.28 0.69 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.66 0.59 0.37 0.24 0.53 0.49 0.56 0.38 0.64 0.64 0.56 0.46 0.57 0.43 0.17 0.79 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.23 0.06 0.16 0.22 0.15 0.20 0.03 0.22 0.24 0.23 0.21 0.22 0.13 0.27 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.72 0.17 0.33 0.36 0.70 0.36 0.78 0.51 0.24 0.68 0.57 0.51 0.27 0.19 0.25 0.59 0.50 0.63 1.35 0.53 0.41
C2 0.23 0.61 0.16 0.40 0.28 0.52 0.30 0.54 0.40 0.35 0.53 0.52 0.44 0.39 0.15 0.30 0.50 0.40 0.54 1.81 1.53 1.17
C2' 0.08 0.71 0.11 0.19 0.37 0.45 0.35 0.57 0.49 0.22 0.66 0.58 0.48 0.26 0.18 0.27 0.35 0.25 0.53 1.39 0.59 0.39
C3' 0.26 0.74 0.22 0.21 0.44 0.18 0.37 0.30 0.48 0.23 0.65 0.65 0.43 0.26 0.28 0.37 0.16 0.10 0.39 1.25 0.57 0.26
C4 0.27 0.77 0.20 0.55 0.28 0.51 0.17 0.85 0.25 0.48 0.55 0.69 0.23 0.45 0.16 0.41 0.43 0.38 1.14 2.50 2.30 1.99
C4' 0.23 0.92 0.17 0.12 0.52 0.35 0.42 0.60 0.57 0.22 0.81 0.81 0.51 0.26 0.29 0.39 0.32 0.09 0.77 1.31 0.25 0.48
C5 0.27 0.66 0.19 0.53 0.26 0.47 0.14 0.74 0.22 0.41 0.47 0.61 0.17 0.36 0.16 0.42 0.42 0.35 1.00 2.23 2.00 1.73
C5' 0.55 1.00 0.35 0.22 0.66 0.18 0.50 0.19 0.61 0.28 0.84 0.96 0.51 0.31 0.47 0.60 0.20 0.37 0.48 1.07 0.32 0.28
C6 0.23 0.49 0.16 0.39 0.22 0.45 0.19 0.45 0.26 0.29 0.39 0.44 0.26 0.28 0.14 0.32 0.47 0.36 0.50 1.65 1.34 1.06
N1 0.23 0.56 0.15 0.35 0.27 0.54 0.28 0.51 0.38 0.28 0.51 0.47 0.40 0.31 0.15 0.28 0.52 0.41 0.40 1.55 1.15 0.83
N3 0.26 0.69 0.18 0.48 0.27 0.50 0.24 0.69 0.32 0.44 0.52 0.61 0.35 0.45 0.15 0.36 0.46 0.38 0.88 2.23 2.03 1.68
N4 0.29 1.00 0.23 0.63 0.37 0.60 0.17 1.13 0.31 0.58 0.72 0.89 0.20 0.52 0.19 0.45 0.41 0.41 1.53 2.96 2.79 2.49
O2 0.22 0.66 0.15 0.37 0.32 0.56 0.36 0.57 0.49 0.34 0.62 0.53 0.55 0.41 0.17 0.27 0.51 0.42 0.47 1.70 1.36 0.98
O2' 0.18 0.88 0.16 0.27 0.43 0.70 0.40 0.94 0.60 0.25 0.82 0.69 0.58 0.26 0.21 0.28 0.48 0.46 0.93 1.56 0.24 0.61
O3' 0.35 0.83 0.26 0.22 0.50 0.13 0.39 0.26 0.51 0.23 0.72 0.75 0.43 0.25 0.33 0.42 0.12 0.19 0.49 1.27 0.48 0.27
O4' 0.18 0.82 0.18 0.37 0.43 0.71 0.40 0.86 0.56 0.24 0.76 0.68 0.53 0.26 0.22 0.27 0.65 0.43 0.81 1.27 0.24 0.45
O5' 0.38 0.59 0.37 0.16 0.38 0.10 0.32 0.18 0.34 0.38 0.45 0.59 0.33 0.40 0.32 0.62 0.03 0.21 0.58 1.05 0.48 0.33
OP1 0.26 0.31 0.57 0.33 0.54 0.30 0.84 0.31 0.79 1.00 0.53 0.27 0.97 1.10 0.61 0.42 0.02 0.31 0.78 1.03 0.87 0.70
OP2 0.17 0.51 0.38 0.22 0.43 0.60 0.50 0.79 0.57 0.36 0.57 0.44 0.61 0.46 0.32 0.77 0.02 0.42 0.41 1.13 1.07 0.71
P 0.07 0.10 0.29 0.02 0.18 0.29 0.36 0.23 0.34 0.46 0.19 0.10 0.44 0.52 0.22 0.38 0.01 0.25 0.36 0.84 0.51 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.01 0.37 0.53 0.16 0.31
C2 0.06 0.00 0.21 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.40 0.40 0.08 0.47 0.60 0.34 0.38
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.20 0.10 0.10 0.16 0.21 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.78 0.48 0.56
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.17 0.03 0.16 0.28 0.13 0.16 0.20 0.27 0.14 0.02 0.01 0.03 0.09 0.66 0.27 0.14
C4 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.21 0.05 0.47 0.58 0.35 0.35
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.02 0.22 0.02 0.01 0.02 0.42 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.03 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.27 0.08 0.04 0.49 0.64 0.53 0.34
C5' 0.11 0.14 0.20 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.15 0.14 0.17 0.17 0.14 0.05 0.17 0.04 0.01 0.26 0.34 0.04
C6 0.03 0.02 0.10 0.16 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.14 0.06 0.49 0.65 0.57 0.34
C8 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.21 0.15 0.04 0.48 0.61 0.56 0.33
N1 0.05 0.01 0.16 0.13 0.02 0.04 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.29 0.08 0.49 0.63 0.46 0.37
N3 0.06 0.01 0.21 0.16 0.00 0.06 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.36 0.41 0.07 0.46 0.58 0.28 0.38
N6 0.03 0.02 0.08 0.20 0.02 0.06 0.03 0.17 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.33 0.09 0.07 0.49 0.69 0.71 0.32
N7 0.02 0.02 0.06 0.27 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.24 0.13 0.02 0.49 0.68 0.67 0.32
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.14 0.09 0.02 0.46 0.55 0.31 0.33
O2' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.26 0.22 0.27 0.05 0.32 0.21 0.38 0.36 0.33 0.24 0.14 0.00 0.05 0.13 0.26 0.78 0.59 0.52
O3' 0.24 0.40 0.02 0.01 0.21 0.02 0.08 0.17 0.14 0.15 0.29 0.41 0.09 0.13 0.09 0.05 0.00 0.18 0.42 0.74 0.31 0.23
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.02 0.02 0.13 0.18 0.00 0.23 0.33 0.14 0.08
O5' 0.37 0.47 0.41 0.09 0.47 0.02 0.49 0.01 0.49 0.48 0.49 0.46 0.49 0.49 0.46 0.26 0.42 0.23 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.53 0.60 0.78 0.66 0.58 0.42 0.64 0.26 0.65 0.61 0.63 0.58 0.69 0.68 0.55 0.78 0.74 0.33 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.16 0.34 0.48 0.27 0.35 0.26 0.53 0.34 0.57 0.56 0.46 0.28 0.71 0.67 0.31 0.59 0.31 0.14 0.04 0.04 0.00 0.01
P 0.31 0.38 0.56 0.14 0.35 0.06 0.34 0.04 0.34 0.33 0.37 0.38 0.32 0.32 0.33 0.52 0.23 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00