ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.026, 0.052, 0.078, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.052 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.039, 0.080, 0.122, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.080 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.041, 0.142, 0.243, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.142 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.018, 0.119, 0.220, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.119 std_dev=0.101
O4' A 0, -0.006, 0.100, 0.207, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.100 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.059, 0.221, 0.383, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.221 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.022, 0.193, 0.364, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.193 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.105, 0.321, 0.537, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.321 std_dev=0.216
O5' A 0, 0.190, 0.421, 0.651, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.421 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.180, 0.436, 0.691, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.436 std_dev=0.255
C5' A 0, 0.139, 0.395, 0.651, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.395 std_dev=0.256
O3' B 0, 0.148, 0.419, 0.690, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.419 std_dev=0.271
P A 0, 0.254, 0.534, 0.813, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.534 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.090, 0.383, 0.676, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.383 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.143, 0.511, 0.879, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.511 std_dev=0.368
OP2 A 0, 0.292, 0.690, 1.088, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.690 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.314, 0.759, 1.203, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.759 std_dev=0.444
C4' B 0, 0.300, 0.797, 1.295, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.797 std_dev=0.498
C1' B 0, 0.351, 0.962, 1.573, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.962 std_dev=0.611
C5' B 0, 0.289, 0.991, 1.692, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.991 std_dev=0.702
O4' B 0, 0.335, 1.052, 1.770, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.052 std_dev=0.717
O5' B 0, 0.090, 0.965, 1.840, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.965 std_dev=0.875
N9 B 0, 0.543, 1.512, 2.481, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.512 std_dev=0.969
C4 B 0, 1.017, 2.160, 3.303, 3.117 max_d=3.117 avg_d=2.160 std_dev=1.143
P B 0, 0.475, 1.659, 2.843, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.659 std_dev=1.184
N3 B 0, 1.173, 2.360, 3.548, 3.057 max_d=3.057 avg_d=2.360 std_dev=1.187
OP1 B 0, 1.197, 2.454, 3.710, 3.396 max_d=3.396 avg_d=2.454 std_dev=1.257
OP2 B 0, 0.003, 1.466, 2.930, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.466 std_dev=1.464
C8 B 0, 0.349, 1.814, 3.279, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.814 std_dev=1.465
C5 B 0, 1.210, 2.746, 4.283, 4.202 max_d=4.202 avg_d=2.746 std_dev=1.536
C2 B 0, 1.611, 3.234, 4.857, 4.192 max_d=4.192 avg_d=3.234 std_dev=1.623
N7 B 0, 0.774, 2.487, 4.201, 4.439 max_d=4.439 avg_d=2.487 std_dev=1.713
C6 B 0, 1.692, 3.570, 5.448, 5.121 max_d=5.121 avg_d=3.570 std_dev=1.878
N1 B 0, 1.874, 3.795, 5.717, 5.094 max_d=5.094 avg_d=3.795 std_dev=1.921
N6 B 0, 1.958, 4.246, 6.535, 6.265 max_d=6.265 avg_d=4.246 std_dev=2.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.11 0.24 0.16
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.02 0.30 0.34 0.46 0.33
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.07
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.10 0.09 0.12 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.04 0.38 0.49 0.61 0.45
C4' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.36 0.44 0.57 0.42
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.22 0.01 0.21 0.00 0.18 0.14 0.20 0.24 0.12 0.09 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03
C6 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.31 0.31 0.42 0.32
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.27 0.26 0.38 0.28
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.36 0.44 0.57 0.41
N4 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.12 0.05 0.39 0.56 0.66 0.49
O2 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.02 0.26 0.29 0.42 0.29
O2' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.09 0.09 0.05
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.10 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.13 0.12 0.13 0.08 0.00 0.02 0.10 0.15 0.07 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.08 0.18 0.14
O5' 0.14 0.30 0.04 0.02 0.38 0.01 0.36 0.01 0.31 0.27 0.36 0.39 0.26 0.03 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.34 0.06 0.08 0.49 0.04 0.44 0.07 0.31 0.26 0.44 0.56 0.29 0.09 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.46 0.13 0.03 0.61 0.06 0.57 0.02 0.42 0.38 0.57 0.66 0.42 0.09 0.07 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.07 0.02 0.45 0.04 0.42 0.03 0.32 0.28 0.41 0.49 0.29 0.05 0.09 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.30 0.21 0.24 0.42 0.27 0.46 0.33 0.59 0.90 1.05 0.99 0.55 0.83 0.42 0.16 0.21 0.36 0.43 1.08 0.52 0.65
C2 0.23 1.86 0.12 0.24 0.61 0.35 0.47 0.51 0.97 0.86 1.70 1.33 0.82 0.72 0.29 0.10 0.17 0.42 0.62 1.51 0.80 0.97
C2' 0.26 1.30 0.17 0.17 0.44 0.18 0.45 0.22 0.64 0.82 1.09 0.98 0.61 0.77 0.37 0.13 0.18 0.28 0.32 1.02 0.40 0.57
C3' 0.17 1.28 0.11 0.09 0.49 0.10 0.42 0.10 0.68 0.61 1.11 1.00 0.61 0.53 0.25 0.09 0.15 0.15 0.15 0.83 0.18 0.38
C4 0.09 2.13 0.02 0.21 0.96 0.40 0.91 0.62 1.60 0.49 2.20 1.56 1.51 0.25 0.19 0.05 0.21 0.40 0.70 1.71 0.87 1.11
C4' 0.18 1.08 0.13 0.11 0.43 0.11 0.39 0.11 0.57 0.59 0.90 0.87 0.51 0.53 0.27 0.08 0.17 0.15 0.15 0.70 0.16 0.33
C5 0.08 1.93 0.03 0.21 0.97 0.38 0.88 0.57 1.43 0.41 1.91 1.51 1.29 0.20 0.21 0.05 0.20 0.36 0.62 1.46 0.63 0.92
C5' 0.16 0.97 0.15 0.08 0.44 0.06 0.37 0.06 0.56 0.43 0.85 0.80 0.50 0.37 0.23 0.10 0.09 0.09 0.06 0.54 0.05 0.21
C6 0.17 1.68 0.08 0.23 0.71 0.33 0.53 0.45 0.98 0.63 1.51 1.33 0.82 0.39 0.18 0.06 0.16 0.36 0.51 1.21 0.52 0.74
N1 0.25 1.66 0.14 0.24 0.56 0.32 0.43 0.43 0.82 0.83 1.44 1.25 0.67 0.68 0.30 0.10 0.17 0.39 0.53 1.29 0.63 0.80
N3 0.17 2.08 0.06 0.23 0.78 0.39 0.64 0.59 1.32 0.72 2.06 1.48 1.19 0.50 0.19 0.06 0.19 0.43 0.70 1.69 0.91 1.09
N4 0.06 2.19 0.06 0.20 1.10 0.42 1.17 0.68 1.93 0.27 2.40 1.60 1.98 0.32 0.30 0.07 0.24 0.38 0.73 1.87 0.99 1.22
O2 0.27 1.72 0.16 0.24 0.50 0.34 0.44 0.48 0.81 0.96 1.52 1.21 0.73 0.89 0.36 0.13 0.17 0.43 0.62 1.51 0.83 0.97
O2' 0.29 1.08 0.20 0.18 0.40 0.18 0.56 0.20 0.61 0.91 0.88 0.80 0.71 0.92 0.46 0.16 0.21 0.28 0.31 0.96 0.42 0.54
O3' 0.14 1.22 0.09 0.07 0.48 0.10 0.42 0.09 0.67 0.57 1.07 0.95 0.62 0.52 0.24 0.11 0.16 0.10 0.09 0.74 0.13 0.31
O4' 0.24 1.12 0.18 0.21 0.42 0.21 0.40 0.23 0.53 0.70 0.89 0.91 0.48 0.63 0.33 0.14 0.25 0.25 0.27 0.80 0.31 0.44
O5' 0.16 1.05 0.16 0.09 0.49 0.03 0.41 0.02 0.65 0.40 0.95 0.86 0.59 0.30 0.21 0.10 0.03 0.10 0.07 0.61 0.03 0.25
OP1 0.09 0.82 0.05 0.05 0.46 0.20 0.42 0.22 0.60 0.03 0.78 0.69 0.57 0.16 0.18 0.15 0.01 0.18 0.16 0.30 0.24 0.19
OP2 0.06 1.01 0.03 0.04 0.58 0.09 0.55 0.11 0.79 0.07 1.00 0.83 0.76 0.20 0.20 0.08 0.01 0.09 0.11 0.50 0.21 0.23
P 0.02 0.91 0.03 0.01 0.49 0.10 0.43 0.10 0.64 0.12 0.86 0.77 0.60 0.13 0.15 0.09 0.01 0.06 0.07 0.40 0.15 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.08 0.07
C2 0.04 0.00 0.39 0.66 0.00 0.31 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.76 0.04 0.59 0.50 0.64 0.63
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.03 0.20 0.13 0.32 0.39 0.16 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.17 0.04 0.02
C3' 0.01 0.66 0.01 0.00 0.42 0.00 0.34 0.01 0.47 0.06 0.61 0.60 0.43 0.10 0.14 0.03 0.02 0.02 0.03 0.22 0.04 0.06
C4 0.01 0.00 0.21 0.42 0.00 0.24 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.43 0.02 0.44 0.32 0.39 0.47
C4' 0.01 0.31 0.02 0.00 0.24 0.00 0.26 0.00 0.31 0.11 0.33 0.27 0.31 0.18 0.13 0.06 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.26 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.36 0.05 0.51 0.38 0.50 0.57
C5' 0.03 0.45 0.03 0.01 0.35 0.00 0.42 0.00 0.49 0.21 0.50 0.38 0.52 0.34 0.21 0.06 0.01 0.01 0.02 0.19 0.04 0.05
C6 0.02 0.01 0.20 0.47 0.01 0.31 0.01 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.52 0.04 0.62 0.51 0.68 0.70
C8 0.03 0.01 0.13 0.06 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.06 0.10 0.19 0.12 0.09 0.25
N1 0.03 0.00 0.32 0.61 0.01 0.33 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.69 0.02 0.65 0.56 0.73 0.72
N3 0.04 0.00 0.39 0.60 0.00 0.27 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.66 0.04 0.49 0.39 0.47 0.50
N6 0.02 0.01 0.16 0.43 0.02 0.31 0.02 0.52 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.48 0.07 0.64 0.56 0.76 0.76
N7 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.10 0.09 0.38 0.26 0.31 0.46
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.14 0.03 0.23 0.13 0.13 0.26
O2' 0.04 0.13 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.10 0.12 0.05 0.09 0.05 0.00 0.10 0.07 0.04 0.06 0.01 0.04
O3' 0.03 0.76 0.04 0.02 0.43 0.03 0.36 0.01 0.52 0.06 0.69 0.66 0.48 0.10 0.14 0.10 0.00 0.04 0.02 0.27 0.07 0.09
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.07 0.09 0.03 0.07 0.04 0.00 0.07 0.09 0.16 0.07
O5' 0.03 0.59 0.03 0.03 0.44 0.01 0.51 0.02 0.62 0.19 0.65 0.49 0.64 0.38 0.23 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.50 0.17 0.22 0.32 0.07 0.38 0.19 0.51 0.12 0.56 0.39 0.56 0.26 0.13 0.06 0.27 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.64 0.04 0.04 0.39 0.02 0.50 0.04 0.68 0.09 0.73 0.47 0.76 0.31 0.13 0.01 0.07 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.63 0.02 0.06 0.47 0.03 0.57 0.05 0.70 0.25 0.72 0.50 0.76 0.46 0.26 0.04 0.09 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00