ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54030

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N4 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O3' A 0, 0.017, 0.056, 0.095, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.056 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.016, 0.057, 0.098, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.057 std_dev=0.041
C2' A 0, -0.008, 0.034, 0.077, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.034 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.004, 0.040, 0.085, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.040 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.027, 0.077, 0.126, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.077 std_dev=0.050
O2' A 0, -0.005, 0.063, 0.130, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.063 std_dev=0.067
C5' A 0, 0.051, 0.131, 0.211, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.131 std_dev=0.080
O5' A 0, 0.109, 0.260, 0.412, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.260 std_dev=0.151
P B 0, 0.082, 0.237, 0.392, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.237 std_dev=0.155
P A 0, 0.097, 0.263, 0.428, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.263 std_dev=0.165
C4' B 0, 0.104, 0.274, 0.445, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.274 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.101, 0.283, 0.465, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.283 std_dev=0.182
C3' B 0, 0.105, 0.287, 0.470, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.287 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.124, 0.314, 0.503, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.314 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.085, 0.282, 0.478, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.282 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.118, 0.317, 0.517, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.317 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.156, 0.374, 0.592, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.374 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.039, 0.258, 0.476, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.258 std_dev=0.218
N9 B 0, 0.137, 0.389, 0.641, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.389 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.136, 0.429, 0.722, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.429 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.149, 0.465, 0.782, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.465 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.161, 0.501, 0.841, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.501 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.140, 0.511, 0.882, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.511 std_dev=0.371
C5 B 0, 0.148, 0.531, 0.914, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.531 std_dev=0.383
C2 B 0, 0.169, 0.595, 1.020, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.595 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.156, 0.625, 1.094, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.625 std_dev=0.469
N1 B 0, 0.164, 0.650, 1.137, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.650 std_dev=0.487
N6 B 0, 0.157, 0.706, 1.256, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.706 std_dev=0.549
O5' B 0, 0.291, 0.900, 1.508, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.900 std_dev=0.609
OP1 A 0, 0.739, 1.755, 2.770, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.755 std_dev=1.015
OP2 B 0, 0.686, 1.724, 2.761, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.724 std_dev=1.038
OP1 B 0, 0.825, 1.977, 3.128, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.977 std_dev=1.151
OP2 A 0, 0.899, 2.131, 3.363, 2.910 max_d=2.910 avg_d=2.131 std_dev=1.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.16 0.17 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.19 0.07
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.09 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.25 0.23 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.26 0.24 0.05
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.22 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.20 0.19 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.15 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.21 0.20 0.03
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.29 0.25 0.06
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.12 0.14 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.15 0.25 0.09
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.10 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.08 0.03
O5' 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.16 0.11 0.05 0.25 0.13 0.26 0.19 0.20 0.14 0.21 0.29 0.12 0.15 0.06 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.17 0.19 0.09 0.23 0.14 0.24 0.22 0.19 0.15 0.20 0.25 0.14 0.25 0.10 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.07 0.17 0.11 0.18 0.18 0.14 0.08 0.22 0.21 0.12 0.03 0.06 0.07 0.40 0.44 0.60 0.15
C2 0.11 0.17 0.11 0.10 0.18 0.06 0.24 0.10 0.26 0.23 0.22 0.14 0.30 0.28 0.17 0.07 0.08 0.09 0.46 0.53 0.60 0.13
C2' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.14 0.12 0.14 0.16 0.11 0.08 0.17 0.18 0.11 0.06 0.07 0.09 0.38 0.43 0.59 0.15
C3' 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.09 0.15 0.16 0.10 0.07 0.07 0.09 0.34 0.40 0.57 0.14
C4 0.15 0.21 0.14 0.12 0.21 0.08 0.26 0.10 0.27 0.24 0.24 0.18 0.30 0.28 0.19 0.12 0.11 0.12 0.47 0.56 0.59 0.12
C4' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.12 0.14 0.09 0.07 0.15 0.15 0.09 0.03 0.06 0.06 0.32 0.37 0.54 0.13
C5 0.12 0.16 0.13 0.12 0.16 0.07 0.20 0.10 0.21 0.20 0.19 0.14 0.23 0.23 0.16 0.11 0.11 0.10 0.46 0.48 0.61 0.13
C5' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.06 0.08 0.08 0.24 0.33 0.50 0.12
C6 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.06 0.17 0.10 0.18 0.18 0.15 0.10 0.21 0.20 0.13 0.07 0.09 0.07 0.42 0.44 0.60 0.14
N1 0.09 0.13 0.09 0.09 0.15 0.06 0.20 0.10 0.20 0.20 0.17 0.11 0.24 0.23 0.14 0.06 0.07 0.07 0.43 0.48 0.60 0.14
N3 0.14 0.21 0.13 0.11 0.21 0.07 0.27 0.10 0.28 0.25 0.25 0.18 0.33 0.30 0.19 0.10 0.10 0.11 0.47 0.56 0.58 0.12
N4 0.17 0.25 0.16 0.14 0.24 0.11 0.29 0.11 0.31 0.26 0.28 0.22 0.34 0.30 0.22 0.14 0.12 0.15 0.44 0.59 0.52 0.09
O2 0.11 0.18 0.11 0.09 0.19 0.06 0.25 0.10 0.27 0.24 0.23 0.15 0.32 0.29 0.17 0.06 0.07 0.09 0.46 0.54 0.59 0.13
O2' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.15 0.12 0.15 0.17 0.12 0.08 0.19 0.19 0.11 0.06 0.07 0.10 0.40 0.46 0.60 0.16
O3' 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.08 0.13 0.11 0.13 0.15 0.10 0.07 0.17 0.17 0.10 0.04 0.07 0.08 0.36 0.42 0.59 0.14
O4' 0.07 0.10 0.08 0.08 0.12 0.06 0.16 0.10 0.17 0.17 0.13 0.08 0.20 0.19 0.12 0.04 0.06 0.07 0.37 0.39 0.56 0.14
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.22 0.36 0.43 0.06
OP1 0.04 0.08 0.11 0.04 0.04 0.24 0.02 0.29 0.03 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.02 0.24 0.01 0.18 0.19 0.51 0.28 0.24
OP2 0.06 0.14 0.15 0.05 0.08 0.29 0.06 0.38 0.08 0.04 0.12 0.13 0.06 0.03 0.05 0.29 0.01 0.21 0.33 0.30 0.56 0.28
P 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.15 0.32 0.36 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.58 0.06 0.18
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.24 0.76 0.30 0.24
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.45 0.11 0.13
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.36 0.21 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.23 0.71 0.24 0.22
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.09
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.25 0.68 0.31 0.21
C5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.26 0.70 0.37 0.22
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.23 0.55 0.19 0.17
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.25 0.74 0.36 0.23
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.22 0.74 0.24 0.23
N6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.26 0.65 0.41 0.20
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.25 0.57 0.29 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.21 0.63 0.16 0.19
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.47 0.14 0.13
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.18 0.35 0.32 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.57 0.03 0.18
O5' 0.14 0.24 0.03 0.09 0.23 0.01 0.25 0.01 0.26 0.23 0.25 0.22 0.26 0.25 0.21 0.03 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.58 0.76 0.45 0.36 0.71 0.36 0.68 0.20 0.70 0.55 0.74 0.74 0.65 0.57 0.63 0.47 0.35 0.57 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.30 0.11 0.21 0.24 0.16 0.31 0.21 0.37 0.19 0.36 0.24 0.41 0.29 0.16 0.14 0.32 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.24 0.13 0.09 0.22 0.09 0.21 0.01 0.22 0.17 0.23 0.23 0.20 0.18 0.19 0.13 0.07 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00