ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54031

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.021, 0.053, 0.085, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.027, 0.071, 0.115, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.071 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.133, 0.316, 0.499, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.316 std_dev=0.183
O2' A 0, 0.105, 0.313, 0.522, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.313 std_dev=0.208
O4' A 0, 0.080, 0.301, 0.522, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.301 std_dev=0.221
C2' A 0, 0.106, 0.351, 0.597, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.351 std_dev=0.245
C4' A 0, 0.156, 0.537, 0.919, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.537 std_dev=0.381
C3' A 0, 0.151, 0.549, 0.946, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.549 std_dev=0.398
C3' B 0, 0.267, 0.709, 1.151, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.709 std_dev=0.442
P A 0, 0.100, 0.557, 1.014, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.557 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.067, 0.561, 1.055, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.561 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.203, 0.699, 1.195, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.496
O3' A 0, 0.269, 0.797, 1.325, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.797 std_dev=0.528
OP2 A 0, 0.146, 0.689, 1.233, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.689 std_dev=0.544
O5' A 0, 0.352, 0.901, 1.450, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.901 std_dev=0.549
O3' B 0, 0.423, 1.020, 1.616, 1.487 max_d=1.487 avg_d=1.020 std_dev=0.597
OP1 A 0, 0.147, 0.753, 1.360, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.753 std_dev=0.607
C8 B 0, 0.306, 0.948, 1.589, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.948 std_dev=0.641
O5' B 0, 0.434, 1.076, 1.718, 1.696 max_d=1.696 avg_d=1.076 std_dev=0.642
C5' A 0, 0.400, 1.100, 1.800, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.100 std_dev=0.700
C4' B 0, 0.417, 1.120, 1.823, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.120 std_dev=0.703
O4' B 0, 0.245, 0.956, 1.667, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.956 std_dev=0.711
N9 B 0, 0.083, 0.935, 1.787, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.935 std_dev=0.852
OP2 B 0, 0.563, 1.433, 2.303, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.433 std_dev=0.870
P B 0, 0.554, 1.435, 2.315, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.435 std_dev=0.881
C5' B 0, 0.500, 1.469, 2.438, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.469 std_dev=0.969
N7 B 0, 0.538, 1.585, 2.632, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.585 std_dev=1.047
C4 B 0, 0.160, 1.781, 3.402, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.781 std_dev=1.621
C5 B 0, 0.476, 2.166, 3.856, 4.688 max_d=4.688 avg_d=2.166 std_dev=1.690
OP1 B 0, 0.396, 2.120, 3.843, 4.801 max_d=4.801 avg_d=2.120 std_dev=1.723
N3 B 0, -0.031, 2.215, 4.462, 5.907 max_d=5.907 avg_d=2.215 std_dev=2.247
C6 B 0, 0.618, 3.080, 5.542, 6.821 max_d=6.821 avg_d=3.080 std_dev=2.462
N6 B 0, 0.906, 3.546, 6.186, 7.375 max_d=7.375 avg_d=3.546 std_dev=2.640
C2 B 0, 0.126, 3.082, 6.039, 7.890 max_d=7.890 avg_d=3.082 std_dev=2.956
N1 B 0, 0.436, 3.528, 6.621, 8.428 max_d=8.428 avg_d=3.528 std_dev=3.092

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.13 0.12 0.30 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.02 0.21 0.24 0.45 0.26
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.03 0.14 0.01 0.04 0.01 0.15 0.19 0.19 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.10 0.06 0.16 0.03 0.01 0.01 0.22 0.26 0.15 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.29 0.33 0.50 0.34
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.10 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.31 0.30 0.45 0.31
C5' 0.08 0.19 0.05 0.02 0.22 0.00 0.21 0.00 0.18 0.16 0.22 0.23 0.18 0.03 0.04 0.03 0.01 0.17 0.23 0.04
C6 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.27 0.23 0.39 0.25
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.20 0.20 0.39 0.22
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.25 0.30 0.50 0.31
N4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.32 0.38 0.52 0.38
O2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.20 0.03 0.17 0.21 0.44 0.24
O2' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.05 0.10 0.00 0.10 0.05 0.06 0.15 0.16 0.05
O3' 0.05 0.13 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.12 0.08 0.20 0.10 0.00 0.06 0.26 0.36 0.18 0.23
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.17 0.11 0.30 0.17
O5' 0.13 0.21 0.15 0.22 0.29 0.02 0.31 0.01 0.27 0.20 0.25 0.32 0.17 0.06 0.26 0.17 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.12 0.24 0.19 0.26 0.33 0.10 0.30 0.17 0.23 0.20 0.30 0.38 0.21 0.15 0.36 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.45 0.19 0.15 0.50 0.18 0.45 0.23 0.39 0.39 0.50 0.52 0.44 0.16 0.18 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.09 0.15 0.34 0.04 0.31 0.04 0.25 0.22 0.31 0.38 0.24 0.05 0.23 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 2.14 0.17 0.22 1.23 0.19 1.14 0.36 1.56 0.32 2.03 1.77 1.48 0.59 0.64 0.44 0.25 0.22 0.31 1.17 0.62 0.54
C2 0.33 2.19 0.15 0.34 1.26 0.36 1.25 0.62 1.76 0.35 2.20 1.75 1.75 0.68 0.61 0.47 0.27 0.12 0.58 1.55 0.91 0.84
C2' 0.45 2.06 0.26 0.16 1.19 0.18 1.10 0.35 1.51 0.35 1.96 1.70 1.45 0.60 0.64 0.53 0.18 0.24 0.22 1.21 0.46 0.48
C3' 0.49 1.80 0.34 0.16 1.09 0.18 1.00 0.30 1.33 0.40 1.70 1.54 1.27 0.59 0.64 0.60 0.17 0.28 0.13 1.07 0.25 0.34
C4 0.21 1.73 0.15 0.44 1.03 0.54 1.08 0.81 1.49 0.36 1.79 1.37 1.53 0.63 0.49 0.43 0.33 0.27 0.74 1.67 0.98 0.98
C4' 0.49 1.74 0.26 0.16 1.06 0.21 0.95 0.27 1.24 0.38 1.60 1.51 1.16 0.56 0.62 0.46 0.23 0.33 0.16 0.89 0.29 0.31
C5 0.20 1.52 0.15 0.42 0.94 0.48 0.95 0.69 1.27 0.32 1.53 1.25 1.27 0.55 0.45 0.43 0.32 0.22 0.59 1.40 0.71 0.75
C5' 0.48 1.33 0.31 0.22 0.86 0.29 0.76 0.35 0.95 0.38 1.21 1.21 0.89 0.50 0.55 0.46 0.23 0.36 0.29 0.76 0.26 0.31
C6 0.29 1.70 0.16 0.33 1.04 0.32 0.99 0.50 1.33 0.29 1.65 1.43 1.28 0.54 0.52 0.49 0.27 0.12 0.41 1.22 0.60 0.59
N1 0.36 2.05 0.17 0.30 1.21 0.28 1.15 0.49 1.58 0.33 2.00 1.69 1.53 0.62 0.61 0.49 0.26 0.13 0.44 1.32 0.71 0.66
N3 0.26 2.03 0.15 0.40 1.18 0.47 1.22 0.76 1.71 0.37 2.09 1.60 1.74 0.68 0.56 0.45 0.31 0.19 0.70 1.69 1.03 0.98
N4 0.20 1.54 0.15 0.48 0.91 0.65 1.01 0.95 1.41 0.38 1.65 1.19 1.48 0.62 0.42 0.37 0.39 0.39 0.87 1.83 1.14 1.15
O2 0.37 2.38 0.15 0.32 1.33 0.33 1.32 0.60 1.88 0.36 2.39 1.87 1.88 0.71 0.65 0.47 0.27 0.13 0.57 1.58 0.95 0.86
O2' 0.43 2.12 0.19 0.17 1.18 0.18 1.09 0.33 1.53 0.30 2.02 1.73 1.47 0.56 0.61 0.41 0.21 0.24 0.23 1.19 0.51 0.49
O3' 0.49 1.73 0.37 0.20 1.04 0.21 0.96 0.28 1.27 0.40 1.63 1.47 1.22 0.58 0.62 0.58 0.22 0.31 0.13 1.04 0.17 0.28
O4' 0.48 1.98 0.18 0.17 1.19 0.16 1.07 0.23 1.41 0.36 1.82 1.71 1.31 0.59 0.66 0.41 0.27 0.30 0.20 0.93 0.48 0.39
O5' 0.25 0.98 0.25 0.12 0.60 0.10 0.53 0.18 0.70 0.23 0.89 0.88 0.65 0.32 0.34 0.41 0.04 0.06 0.07 0.72 0.24 0.20
OP1 0.08 0.31 0.05 0.03 0.15 0.22 0.12 0.21 0.18 0.09 0.27 0.26 0.17 0.08 0.08 0.11 0.02 0.20 0.26 0.59 0.40 0.27
OP2 0.14 0.61 0.25 0.10 0.38 0.26 0.36 0.29 0.47 0.13 0.58 0.53 0.46 0.21 0.22 0.37 0.02 0.20 0.33 0.79 0.60 0.36
P 0.09 0.53 0.13 0.02 0.30 0.18 0.26 0.18 0.36 0.04 0.48 0.47 0.33 0.11 0.14 0.23 0.01 0.12 0.20 0.63 0.36 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.11 0.16 0.10
C2 0.07 0.00 0.33 0.23 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.55 0.27 0.15 0.14 0.32 0.20 0.31
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.19 0.01 0.13 0.03 0.19 0.09 0.28 0.31 0.16 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.11 0.14
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.02 0.13 0.06 0.20 0.22 0.11 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.17 0.14
C4 0.03 0.02 0.19 0.12 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.14 0.09 0.14 0.29 0.24 0.25
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.10 0.04 0.04
C5 0.03 0.00 0.13 0.09 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.11 0.05 0.18 0.37 0.36 0.28
C5' 0.01 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.11 0.11 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.04
C6 0.03 0.00 0.19 0.13 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.16 0.09 0.18 0.41 0.35 0.32
C8 0.02 0.02 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.08 0.25 0.33 0.49 0.18
N1 0.06 0.00 0.28 0.20 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.47 0.23 0.13 0.15 0.37 0.26 0.33
N3 0.07 0.00 0.31 0.22 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.52 0.25 0.14 0.14 0.27 0.17 0.28
N6 0.03 0.01 0.16 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.14 0.07 0.20 0.47 0.43 0.35
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.25 0.41 0.52 0.25
N9 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.16 0.23 0.28 0.17
O2' 0.02 0.55 0.00 0.01 0.30 0.03 0.22 0.03 0.33 0.10 0.47 0.52 0.28 0.06 0.07 0.00 0.04 0.03 0.10 0.23 0.15 0.17
O3' 0.04 0.27 0.01 0.01 0.14 0.02 0.11 0.02 0.16 0.04 0.23 0.25 0.14 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.15 0.39 0.22 0.16
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.09 0.08 0.13 0.14 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.15 0.17 0.19 0.11
O5' 0.11 0.14 0.08 0.14 0.14 0.03 0.18 0.01 0.18 0.25 0.15 0.14 0.20 0.25 0.16 0.10 0.15 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.32 0.15 0.29 0.29 0.10 0.37 0.09 0.41 0.33 0.37 0.27 0.47 0.41 0.23 0.23 0.39 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.20 0.11 0.17 0.24 0.04 0.36 0.03 0.35 0.49 0.26 0.17 0.43 0.52 0.28 0.15 0.22 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.31 0.14 0.14 0.25 0.04 0.28 0.04 0.32 0.18 0.33 0.28 0.35 0.25 0.17 0.17 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00