ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54033

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5' B 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O5' B 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O3' A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O5' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
P B 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O2' A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
OP2 B 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4' B 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
OP1 B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
P A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O4' B 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C3' B 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
OP1 A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
N7 B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C5 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C4 B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C8 B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
N9 B 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C1' B 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C6 B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
N6 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C2' B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.05
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C2' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C3' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
C4 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C4' 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02
C6 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
N1 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
N3 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
N4 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
O2 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O3' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02
O4' 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
O5' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02
OP1 0.01 0.10 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.02 0.10 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01
OP2 0.02 0.08 0.06 0.00 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.00 0.07 0.07 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.09
P 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00