ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54034

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4' A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C5' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP1 A 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O3' B 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
P A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C3' B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.000, 0.453, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C2' B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.000, 0.534, 1.067, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C1' B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C5' B 0, 0.000, 0.862, 1.725, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.862 std_dev=0.862
N9 B 0, 0.000, 0.955, 1.910, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.955 std_dev=0.955
O5' B 0, 0.000, 0.965, 1.930, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.965 std_dev=0.965
C8 B 0, 0.000, 1.193, 2.385, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.193 std_dev=1.193
C4 B 0, 0.000, 1.238, 2.476, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.238 std_dev=1.238
N3 B 0, 0.000, 1.313, 2.627, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.313 std_dev=1.313
P B 0, 0.000, 1.373, 2.747, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.373 std_dev=1.373
N7 B 0, 0.000, 1.528, 3.056, 3.056 max_d=3.056 avg_d=1.528 std_dev=1.528
OP2 B 0, 0.000, 1.536, 3.071, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.536 std_dev=1.536
C5 B 0, 0.000, 1.548, 3.095, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.548 std_dev=1.548
OP1 B 0, 0.000, 1.586, 3.172, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.586 std_dev=1.586
C2 B 0, 0.000, 1.678, 3.356, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.678 std_dev=1.678
C6 B 0, 0.000, 1.881, 3.762, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.881 std_dev=1.881
N1 B 0, 0.000, 1.935, 3.869, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.935 std_dev=1.935
N6 B 0, 0.000, 2.209, 4.419, 4.419 max_d=4.419 avg_d=2.209 std_dev=2.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.05 0.03 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.05 0.03 0.04
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.06 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.03 0.04
N4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.08 0.05 0.03 0.04
O2 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02
O5' 0.05 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.57 0.10 0.18 0.53 0.17 0.67 0.33 0.75 0.52 0.70 0.45 0.82 0.65 0.42 0.17 0.02 0.21 0.10 0.06 0.45 0.14
C2 0.18 0.23 0.00 0.18 0.45 0.26 0.74 0.50 0.78 0.64 0.54 0.16 0.92 0.81 0.42 0.23 0.00 0.30 0.05 0.33 0.67 0.37
C2' 0.19 0.56 0.09 0.17 0.50 0.15 0.65 0.32 0.76 0.49 0.72 0.43 0.86 0.64 0.39 0.15 0.02 0.20 0.16 0.01 0.39 0.08
C3' 0.15 0.45 0.08 0.14 0.39 0.12 0.50 0.26 0.58 0.37 0.55 0.35 0.65 0.48 0.30 0.10 0.03 0.15 0.25 0.15 0.23 0.06
C4 0.00 0.48 0.17 0.07 0.06 0.26 0.22 0.55 0.09 0.43 0.27 0.40 0.29 0.53 0.13 0.29 0.03 0.24 0.04 0.45 0.67 0.41
C4' 0.16 0.51 0.13 0.15 0.41 0.08 0.48 0.17 0.56 0.33 0.57 0.42 0.60 0.43 0.31 0.06 0.02 0.12 0.25 0.20 0.21 0.09
C5 0.03 0.35 0.19 0.05 0.09 0.23 0.10 0.51 0.01 0.29 0.20 0.33 0.14 0.33 0.06 0.28 0.04 0.19 0.06 0.30 0.51 0.26
C5' 0.11 0.37 0.11 0.11 0.29 0.04 0.32 0.10 0.38 0.20 0.41 0.31 0.41 0.27 0.20 0.02 0.01 0.07 0.32 0.33 0.07 0.21
C6 0.06 0.02 0.09 0.11 0.15 0.21 0.32 0.44 0.29 0.36 0.13 0.04 0.37 0.43 0.20 0.25 0.03 0.20 0.11 0.16 0.44 0.17
N1 0.16 0.27 0.01 0.17 0.40 0.22 0.59 0.43 0.62 0.53 0.46 0.20 0.70 0.65 0.37 0.22 0.01 0.25 0.05 0.19 0.53 0.23
N3 0.10 0.20 0.08 0.13 0.22 0.27 0.57 0.54 0.54 0.60 0.13 0.17 0.75 0.77 0.31 0.27 0.02 0.29 0.08 0.44 0.72 0.44
N4 0.07 0.78 0.22 0.02 0.29 0.24 0.07 0.57 0.30 0.31 0.67 0.61 0.08 0.36 0.02 0.31 0.04 0.21 0.08 0.58 0.71 0.48
O2 0.25 0.54 0.07 0.21 0.61 0.27 0.90 0.49 1.03 0.72 0.89 0.37 1.17 0.91 0.52 0.19 0.01 0.32 0.08 0.34 0.70 0.40
O2' 0.21 0.74 0.12 0.16 0.59 0.12 0.74 0.27 0.89 0.52 0.90 0.56 1.00 0.69 0.44 0.13 0.04 0.18 0.16 0.04 0.40 0.07
O3' 0.15 0.50 0.10 0.13 0.40 0.09 0.51 0.22 0.60 0.35 0.60 0.38 0.68 0.47 0.30 0.07 0.02 0.13 0.28 0.22 0.17 0.11
O4' 0.19 0.53 0.14 0.18 0.47 0.12 0.55 0.24 0.62 0.41 0.60 0.45 0.65 0.51 0.37 0.12 0.02 0.16 0.15 0.07 0.34 0.04
O5' 0.11 0.22 0.07 0.12 0.20 0.11 0.24 0.21 0.27 0.18 0.26 0.19 0.29 0.23 0.17 0.02 0.01 0.13 0.31 0.26 0.06 0.18
OP1 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.11 0.02 0.12 0.03 0.04 0.03 0.11 0.06 0.03 0.00 0.06 0.49 0.62 0.29 0.50
OP2 0.04 0.19 0.10 0.02 0.15 0.15 0.15 0.31 0.17 0.07 0.19 0.17 0.16 0.10 0.09 0.07 0.00 0.09 0.35 0.19 0.08 0.22
P 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.39 0.36 0.09 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.27 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.28 0.11 0.07 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.15 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.31 0.22 0.08 0.17
C4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.24 0.08 0.13 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.27 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.29 0.08 0.08 0.11
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.31 0.10 0.02 0.14
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.19 0.02 0.23 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.31 0.12 0.02 0.14
N3 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.24 0.09 0.11 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.33 0.11 0.03 0.16
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.05 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.04 0.21 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.18 0.03
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.27 0.03 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.39 0.17
O5' 0.05 0.28 0.20 0.31 0.24 0.01 0.29 0.01 0.31 0.19 0.31 0.24 0.33 0.26 0.18 0.09 0.29 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.00 0.11 0.14 0.22 0.08 0.03 0.08 0.04 0.10 0.02 0.12 0.09 0.11 0.05 0.04 0.11 0.27 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.07 0.15 0.08 0.13 0.27 0.08 0.29 0.02 0.23 0.02 0.11 0.03 0.12 0.21 0.18 0.03 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.09 0.17 0.08 0.04 0.11 0.01 0.14 0.02 0.14 0.08 0.16 0.09 0.02 0.03 0.20 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00