ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54035

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N4 A 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C2' A 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O4' A 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
O2' B 0, 0.000, 0.728, 1.455, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C3' B 0, 0.000, 0.774, 1.548, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C3' A 0, 0.000, 0.836, 1.671, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.836 std_dev=0.836
C4' A 0, 0.000, 0.845, 1.691, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.845 std_dev=0.845
C1' B 0, 0.000, 1.066, 2.132, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.066 std_dev=1.066
OP1 A 0, 0.000, 1.076, 2.152, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.076 std_dev=1.076
OP2 A 0, 0.000, 1.108, 2.216, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.108 std_dev=1.108
P A 0, 0.000, 1.153, 2.307, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.153 std_dev=1.153
O5' A 0, 0.000, 1.203, 2.406, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.203 std_dev=1.203
O3' A 0, 0.000, 1.213, 2.426, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.213 std_dev=1.213
O3' B 0, 0.000, 1.275, 2.551, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.275 std_dev=1.275
C5' A 0, 0.000, 1.355, 2.710, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.355 std_dev=1.355
C4' B 0, 0.000, 1.619, 3.237, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.619 std_dev=1.619
O4' B 0, 0.000, 1.630, 3.261, 3.261 max_d=3.261 avg_d=1.630 std_dev=1.630
N9 B 0, 0.000, 1.796, 3.593, 3.593 max_d=3.593 avg_d=1.796 std_dev=1.796
C4 B 0, 0.000, 2.239, 4.477, 4.477 max_d=4.477 avg_d=2.239 std_dev=2.239
N3 B 0, 0.000, 2.280, 4.560, 4.560 max_d=4.560 avg_d=2.280 std_dev=2.280
C5' B 0, 0.000, 2.400, 4.801, 4.801 max_d=4.801 avg_d=2.400 std_dev=2.400
C8 B 0, 0.000, 2.469, 4.938, 4.938 max_d=4.938 avg_d=2.469 std_dev=2.469
C5 B 0, 0.000, 2.973, 5.946, 5.946 max_d=5.946 avg_d=2.973 std_dev=2.973
C2 B 0, 0.000, 3.075, 6.151, 6.151 max_d=6.151 avg_d=3.075 std_dev=3.075
N7 B 0, 0.000, 3.085, 6.170, 6.170 max_d=6.170 avg_d=3.085 std_dev=3.085
O5' B 0, 0.000, 3.334, 6.668, 6.668 max_d=6.668 avg_d=3.334 std_dev=3.334
C6 B 0, 0.000, 3.641, 7.282, 7.282 max_d=7.282 avg_d=3.641 std_dev=3.641
N1 B 0, 0.000, 3.682, 7.364, 7.364 max_d=7.364 avg_d=3.682 std_dev=3.682
P B 0, 0.000, 4.073, 8.146, 8.146 max_d=8.146 avg_d=4.073 std_dev=4.073
OP2 B 0, 0.000, 4.187, 8.375, 8.375 max_d=8.375 avg_d=4.187 std_dev=4.187
N6 B 0, 0.000, 4.376, 8.752, 8.752 max_d=8.752 avg_d=4.376 std_dev=4.376
OP1 B 0, 0.000, 4.617, 9.234, 9.234 max_d=9.234 avg_d=4.617 std_dev=4.617

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.27 0.03 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.12 0.29 0.00 0.18 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.02 0.38 0.20 0.09 0.15
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.03 0.19 0.00 0.01 0.01 0.27 0.16 0.07 0.01
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.28 0.17 0.38 0.03 0.01 0.00 0.30 0.32 0.07 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.05 0.51 0.35 0.29 0.33
C4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.15 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.20 0.16 0.20 0.07 0.01 0.00 0.01 0.05 0.31 0.14
C5 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.59 0.38 0.32 0.38
C5' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.20 0.00 0.07 0.00 0.02 0.07 0.26 0.24 0.25 0.07 0.02 0.02 0.00 0.25 0.32 0.01
C6 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.60 0.30 0.16 0.29
N1 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.01 0.44 0.19 0.05 0.15
N3 0.00 0.00 0.09 0.28 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.04 0.42 0.27 0.19 0.23
N4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.21 0.06 0.50 0.38 0.35 0.36
O2 0.04 0.00 0.19 0.38 0.01 0.20 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.46 0.00 0.29 0.14 0.03 0.08
O2' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.12 0.26 0.23
O3' 0.02 0.33 0.01 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.34 0.21 0.46 0.01 0.00 0.01 0.16 0.35 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.10 0.31 0.19
O5' 0.27 0.38 0.27 0.30 0.51 0.01 0.59 0.00 0.60 0.44 0.42 0.50 0.29 0.00 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.20 0.16 0.32 0.35 0.05 0.38 0.25 0.30 0.19 0.27 0.38 0.14 0.12 0.35 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.09 0.07 0.07 0.29 0.31 0.32 0.32 0.16 0.05 0.19 0.35 0.03 0.26 0.10 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.01 0.10 0.33 0.14 0.38 0.01 0.29 0.15 0.23 0.36 0.08 0.23 0.07 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.38 0.20 0.01 0.22 0.22 0.65 0.50 0.48 0.92 0.02 0.34 0.72 1.06 0.44 0.41 0.35 0.33 1.35 1.56 1.46 1.41
C2 0.07 1.22 0.20 0.11 0.36 0.45 0.08 0.85 0.48 0.64 1.06 0.90 0.24 0.59 0.12 0.28 0.09 0.42 1.78 2.31 2.06 2.02
C2' 0.25 0.07 0.08 0.05 0.44 0.21 0.87 0.45 0.82 0.97 0.34 0.06 1.10 1.18 0.55 0.33 0.32 0.35 1.28 1.57 1.49 1.39
C3' 0.41 0.22 0.20 0.19 0.54 0.25 0.80 0.34 0.75 0.87 0.46 0.23 0.90 0.98 0.61 0.02 0.15 0.40 1.08 1.32 1.12 1.12
C4 0.20 1.58 0.24 0.09 0.94 0.38 0.98 0.76 1.42 0.13 1.69 1.24 1.40 0.44 0.42 0.18 0.12 0.18 1.52 2.28 1.38 1.71
C4' 0.56 0.58 0.36 0.19 0.78 0.21 0.95 0.21 0.92 0.93 0.74 0.56 0.99 1.03 0.78 0.14 0.26 0.44 0.87 1.00 0.84 0.86
C5 0.29 1.40 0.26 0.04 0.98 0.26 1.02 0.56 1.30 0.32 1.47 1.17 1.25 0.61 0.54 0.16 0.15 0.02 1.23 1.77 0.82 1.24
C5' 0.65 0.55 0.64 0.38 0.67 0.27 0.68 0.10 0.64 0.70 0.57 0.59 0.63 0.70 0.69 0.57 0.06 0.46 0.62 0.72 0.42 0.56
C6 0.18 1.11 0.25 0.03 0.68 0.23 0.56 0.51 0.77 0.03 1.04 0.96 0.63 0.12 0.28 0.22 0.01 0.09 1.26 1.58 0.95 1.21
N1 0.02 1.00 0.21 0.07 0.31 0.33 0.03 0.67 0.32 0.56 0.79 0.81 0.09 0.52 0.09 0.30 0.12 0.31 1.54 1.87 1.56 1.62
N3 0.05 1.50 0.22 0.11 0.67 0.46 0.56 0.88 1.04 0.29 1.51 1.12 0.92 0.10 0.14 0.23 0.02 0.35 1.75 2.49 1.95 2.05
N4 0.28 1.71 0.26 0.08 1.10 0.37 1.25 0.74 1.73 0.38 1.92 1.33 1.85 0.77 0.58 0.15 0.19 0.11 1.38 2.30 1.15 1.59
O2 0.20 1.00 0.15 0.13 0.06 0.49 0.35 0.90 0.02 0.96 0.73 0.70 0.31 1.04 0.36 0.31 0.15 0.55 1.87 2.40 2.34 2.18
O2' 0.25 0.43 0.19 0.10 0.76 0.07 1.33 0.32 1.47 1.15 1.00 0.27 1.84 1.51 0.71 0.55 0.56 0.30 1.15 1.41 1.51 1.31
O3' 0.49 0.55 0.29 0.20 0.73 0.22 0.98 0.27 1.02 0.93 0.80 0.49 1.18 1.08 0.71 0.10 0.16 0.41 0.98 1.22 1.08 1.04
O4' 0.39 0.15 0.07 0.06 0.55 0.21 0.80 0.34 0.68 0.95 0.38 0.17 0.78 1.01 0.67 0.16 0.39 0.40 1.06 1.17 1.00 1.04
O5' 0.41 0.37 0.39 0.29 0.49 0.14 0.59 0.08 0.57 0.64 0.46 0.36 0.63 0.67 0.53 0.23 0.03 0.28 0.52 0.76 0.44 0.54
OP1 0.13 0.09 0.08 0.13 0.03 0.50 0.03 0.76 0.03 0.15 0.09 0.04 0.04 0.11 0.10 0.11 0.01 0.40 0.66 0.39 0.72 0.62
OP2 0.25 0.58 0.14 0.16 0.49 0.19 0.49 0.27 0.55 0.32 0.59 0.53 0.53 0.40 0.36 0.04 0.00 0.25 0.05 0.48 0.33 0.04
P 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.18 0.03 0.30 0.04 0.03 0.08 0.10 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.02 0.28 0.23 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.10 0.19 0.02
C2 0.01 0.00 0.10 0.19 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.48 0.31 0.16 0.25
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.24 0.11 0.06
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.10 0.05 0.15 0.19 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.30 0.38 0.10 0.14
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.50 0.29 0.10 0.23
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.33 0.09
C5 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.61 0.38 0.25 0.36
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.09 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.28 0.35 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.62 0.42 0.32 0.40
C8 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.62 0.32 0.11 0.31
N1 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.57 0.38 0.26 0.34
N3 0.01 0.00 0.11 0.19 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.23 0.00 0.43 0.26 0.06 0.18
N6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.67 0.48 0.42 0.47
N7 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.67 0.41 0.30 0.42
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.47 0.24 0.01 0.17
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.24 0.12
O3' 0.00 0.25 0.01 0.01 0.14 0.01 0.10 0.02 0.15 0.04 0.21 0.23 0.12 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.17 0.40 0.13 0.11
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.36 0.16
O5' 0.25 0.48 0.27 0.30 0.50 0.01 0.61 0.00 0.62 0.62 0.57 0.43 0.67 0.67 0.47 0.04 0.17 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.31 0.24 0.38 0.29 0.14 0.38 0.28 0.42 0.32 0.38 0.26 0.48 0.41 0.24 0.06 0.40 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.16 0.11 0.10 0.10 0.33 0.25 0.35 0.32 0.11 0.26 0.06 0.42 0.30 0.01 0.24 0.13 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.25 0.06 0.14 0.23 0.09 0.36 0.00 0.40 0.31 0.34 0.18 0.47 0.42 0.17 0.12 0.11 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00