ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54045

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 16, 12, 17, 10, 3, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.016, 0.023, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.023, 0.033, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.027, 0.039, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.046, 0.071, 0.097, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.071 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.042, 0.071, 0.101, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.071 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.135, 0.271, 0.407, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.271 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.141, 0.294, 0.448, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.294 std_dev=0.153
O2' B 0, 0.200, 0.377, 0.555, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.377 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.259, 0.450, 0.641, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.450 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.249, 0.444, 0.638, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.444 std_dev=0.194
C4' A 0, 0.168, 0.375, 0.583, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.375 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.273, 0.495, 0.717, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.495 std_dev=0.222
C1' B 0, 0.552, 0.813, 1.075, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.813 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.638, 0.907, 1.176, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.907 std_dev=0.269
P A 0, 0.559, 0.830, 1.101, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.830 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.764, 1.059, 1.354, 1.595 max_d=1.595 avg_d=1.059 std_dev=0.295
O2 B 0, 0.639, 0.940, 1.242, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.940 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.551, 0.854, 1.158, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.854 std_dev=0.303
O3' A 0, 0.461, 0.775, 1.089, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.775 std_dev=0.314
O5' A 0, 0.911, 1.228, 1.544, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.228 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.561, 0.883, 1.205, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.883 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.544, 0.888, 1.233, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.888 std_dev=0.344
OP2 A 0, 0.317, 0.669, 1.021, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.669 std_dev=0.352
O3' B 0, 0.767, 1.119, 1.472, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.119 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.749, 1.106, 1.463, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.106 std_dev=0.357
O4' B 0, 0.776, 1.136, 1.495, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.136 std_dev=0.360
C5' A 0, 0.338, 0.721, 1.104, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.721 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.509, 0.902, 1.295, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.902 std_dev=0.393
C5 B 0, 0.476, 0.895, 1.315, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.895 std_dev=0.419
C4 B 0, 0.439, 0.882, 1.325, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.882 std_dev=0.443
C5' B 0, 1.158, 1.631, 2.104, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.631 std_dev=0.473
N4 B 0, 0.407, 0.915, 1.423, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.915 std_dev=0.508
O5' B 0, 1.364, 1.877, 2.390, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.877 std_dev=0.513
P B 0, 1.088, 1.758, 2.427, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.758 std_dev=0.669
OP1 B 0, 1.150, 1.898, 2.646, 3.828 max_d=3.828 avg_d=1.898 std_dev=0.748
OP2 B 0, 0.878, 1.629, 2.379, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.629 std_dev=0.751

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.15 0.16 0.15 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.26 0.20 0.25 0.18
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.09 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.11 0.12
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.11 0.06 0.10 0.13 0.12 0.02 0.01 0.01 0.22 0.31 0.12 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.34 0.26 0.37 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.14 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.04 0.36 0.26 0.37 0.25
C5' 0.03 0.13 0.03 0.03 0.20 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.16 0.22 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.21 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.04 0.32 0.22 0.28 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.25 0.19 0.22 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.31 0.23 0.32 0.22
N4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.16 0.04 0.36 0.29 0.41 0.28
O2 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.13 0.03 0.22 0.19 0.22 0.16
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.07 0.11 0.00 0.06 0.06 0.08 0.18 0.10 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.12 0.06 0.11 0.16 0.13 0.06 0.00 0.02 0.20 0.40 0.19 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.11 0.17 0.20 0.16
O5' 0.15 0.26 0.18 0.22 0.34 0.02 0.36 0.01 0.32 0.25 0.31 0.36 0.22 0.08 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.20 0.22 0.31 0.26 0.14 0.26 0.21 0.22 0.19 0.23 0.29 0.19 0.18 0.40 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.25 0.11 0.12 0.37 0.16 0.37 0.24 0.28 0.22 0.32 0.41 0.22 0.10 0.19 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.12 0.16 0.25 0.05 0.25 0.02 0.20 0.16 0.22 0.28 0.16 0.07 0.20 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.27 0.17 0.25 0.29 0.21 0.28 0.26 0.26 0.22 0.31 0.32 0.35 0.18 0.31 0.18 0.29 0.46 0.51 0.37
C2 0.16 0.24 0.12 0.26 0.33 0.22 0.33 0.33 0.29 0.21 0.31 0.37 0.28 0.15 0.34 0.16 0.36 0.53 0.62 0.46
C2' 0.18 0.25 0.15 0.20 0.27 0.17 0.28 0.22 0.26 0.20 0.29 0.30 0.34 0.21 0.26 0.16 0.31 0.54 0.56 0.41
C3' 0.20 0.23 0.18 0.17 0.21 0.17 0.25 0.19 0.25 0.19 0.24 0.23 0.32 0.25 0.21 0.17 0.31 0.60 0.56 0.43
C4 0.18 0.21 0.12 0.27 0.30 0.26 0.36 0.41 0.33 0.22 0.25 0.33 0.26 0.14 0.34 0.20 0.44 0.59 0.70 0.54
C4' 0.21 0.25 0.19 0.16 0.22 0.17 0.22 0.17 0.23 0.21 0.26 0.23 0.34 0.26 0.20 0.18 0.24 0.50 0.46 0.33
C5 0.18 0.20 0.13 0.27 0.24 0.26 0.32 0.40 0.31 0.21 0.22 0.25 0.27 0.14 0.34 0.20 0.42 0.56 0.65 0.50
C5' 0.26 0.25 0.26 0.18 0.22 0.19 0.24 0.18 0.26 0.24 0.25 0.23 0.33 0.34 0.17 0.21 0.24 0.54 0.45 0.34
C6 0.15 0.19 0.11 0.26 0.23 0.23 0.28 0.33 0.27 0.18 0.22 0.25 0.27 0.14 0.33 0.16 0.36 0.51 0.57 0.44
N1 0.16 0.23 0.13 0.26 0.28 0.21 0.30 0.31 0.27 0.20 0.28 0.31 0.30 0.15 0.34 0.16 0.34 0.50 0.57 0.42
N3 0.17 0.22 0.12 0.27 0.33 0.24 0.36 0.38 0.31 0.22 0.28 0.38 0.26 0.15 0.35 0.18 0.41 0.57 0.68 0.51
N4 0.21 0.24 0.14 0.28 0.33 0.29 0.40 0.46 0.35 0.25 0.27 0.36 0.28 0.15 0.34 0.24 0.48 0.65 0.76 0.59
O2 0.17 0.26 0.13 0.26 0.35 0.21 0.34 0.31 0.29 0.22 0.34 0.41 0.30 0.17 0.34 0.16 0.35 0.51 0.61 0.44
O2' 0.20 0.30 0.18 0.21 0.30 0.20 0.28 0.22 0.25 0.22 0.33 0.34 0.38 0.21 0.25 0.20 0.26 0.49 0.52 0.36
O3' 0.21 0.23 0.19 0.17 0.21 0.17 0.25 0.19 0.26 0.20 0.24 0.23 0.33 0.27 0.19 0.18 0.31 0.65 0.59 0.45
O4' 0.20 0.27 0.18 0.23 0.25 0.20 0.24 0.23 0.24 0.22 0.28 0.27 0.35 0.21 0.30 0.19 0.26 0.44 0.45 0.33
O5' 0.18 0.27 0.20 0.11 0.29 0.10 0.32 0.09 0.30 0.23 0.29 0.31 0.32 0.22 0.02 0.13 0.27 0.58 0.50 0.40
OP1 0.34 0.31 0.25 0.17 0.29 0.40 0.32 0.32 0.31 0.29 0.29 0.29 0.37 0.38 0.02 0.45 0.39 0.63 0.55 0.47
OP2 0.18 0.28 0.20 0.16 0.40 0.11 0.46 0.19 0.42 0.29 0.34 0.43 0.27 0.14 0.02 0.12 0.38 0.74 0.66 0.58
P 0.06 0.16 0.08 0.02 0.19 0.15 0.24 0.14 0.22 0.11 0.18 0.22 0.23 0.17 0.01 0.13 0.26 0.61 0.49 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.12 0.15 0.19 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.04 0.19 0.25 0.30 0.19
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.17 0.01 0.02 0.02 0.16 0.27 0.20 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.16 0.01 0.15 0.03 0.14 0.10 0.19 0.18 0.21 0.03 0.01 0.01 0.21 0.37 0.22 0.20
C4 0.03 0.01 0.07 0.16 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.20 0.04 0.27 0.37 0.40 0.27
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.07 0.12 0.15 0.09 0.09 0.02 0.01 0.02 0.17 0.16 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.05 0.29 0.38 0.39 0.27
C5' 0.05 0.19 0.04 0.03 0.28 0.01 0.28 0.00 0.22 0.16 0.25 0.31 0.15 0.07 0.06 0.02 0.01 0.21 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.05 0.26 0.29 0.31 0.22
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.19 0.22 0.26 0.17
N3 0.03 0.01 0.10 0.19 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.23 0.04 0.23 0.32 0.37 0.23
N4 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.22 0.04 0.28 0.42 0.45 0.30
O2 0.04 0.01 0.17 0.21 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.26 0.06 0.16 0.21 0.27 0.16
O2' 0.02 0.15 0.01 0.03 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.15 0.13 0.21 0.00 0.07 0.09 0.09 0.25 0.19 0.12
O3' 0.03 0.20 0.02 0.01 0.20 0.02 0.18 0.06 0.15 0.09 0.23 0.22 0.26 0.07 0.00 0.03 0.23 0.53 0.31 0.30
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.03 0.00 0.12 0.14 0.22 0.18
O5' 0.12 0.19 0.16 0.21 0.27 0.02 0.29 0.01 0.26 0.19 0.23 0.28 0.16 0.09 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.25 0.27 0.37 0.37 0.17 0.38 0.21 0.29 0.22 0.32 0.42 0.21 0.25 0.53 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.30 0.20 0.22 0.40 0.16 0.39 0.24 0.31 0.26 0.37 0.45 0.27 0.19 0.31 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.14 0.20 0.27 0.05 0.27 0.02 0.22 0.17 0.23 0.30 0.16 0.12 0.30 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00